Changeset 8323 for mauRepo/MolesManager


Ignore:
Timestamp:
01/06/12 13:23:25 (9 years ago)
Author:
mnagni
Message:

Complete - # 22434: CEDA Observation - keywords (following Gemini method)
 http://team.ceda.ac.uk/trac/ceda/ticket/22434
Removed the SA session from all but the EPBxx instances

Location:
mauRepo/MolesManager/trunk/src
Files:
24 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/djencoder.py

    r8248 r8323  
    3333            return d 
    3434 
    35         if d['__class__'] == 'CEDA_Project': 
    36             print d 
    37  
    3835        if d['__class__'] == 'Decimal': 
    3936            d.update({'value': str(obj)}) 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/moles3epb.py

    r8295 r8323  
    1818from ea_model.moles3_4.utilities.mo_responsiblepartyinfo import MO_ResponsiblePartyInfo 
    1919from ea_model.moles3_4.utilities.mo_rolevalue import MO_RoleValue 
     20from sqlalchemy.orm.collections import InstrumentedList 
     21from sqlalchemy.orm.util import identity_key 
    2022 
    2123 
    … …  
    6466 
    6567    @classmethod         
    66     def search(self, clazz, inst_id, session = None): 
    67         intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
    68         return EPB.search(clazz, inst_id, intSession) 
     68    def searchEager(self, clazz, inst_id, session = None): 
     69        intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
     70        ret = EPB.searchEager(clazz, inst_id, intSession) 
     71        if session is None: 
     72            intSession.close() 
     73        return ret      
    6974 
    7075    @classmethod         
    71     def searchEager(self, clazz, inst_id, session = None): 
    72         intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
    73         return EPB.searchEager(clazz, inst_id, intSession) 
     76    def persistInstance(self, instance, session = None): 
     77        """ 
     78            Adds a new migration object. 
     79            @param migrationObj: the migration object to add 
     80            @param session: an SQLAlchemy Session object. If not None the session IS NOT closed at the exit,  
     81            If None (default) a new Session is created from the underlying EPB and closed at the exit. 
     82            @return an updated, session independent, object instance reflecting the new persisted object  
     83        """       
     84        intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
     85        EPB.persistInstance(instance, intSession) 
     86        if session is None: 
     87            intSession.close() 
     88        #return ret 
     89         
    7490 
    7591    @classmethod         
    76     def addCedaObject(self, ceda_observation, session = None, commit = False): 
    77         """ 
    78             Adds and eventually commit a CEDA Object in MOLES3 db 
    79             @param ceda_observation: the CEDA object to persist 
     92    def updateCedaObject(self, ceda_object, cols_to_update, session = None): 
     93        """ 
     94            Update and eventually commit a CEDA Object in MOLES3 db. 
     95            NOTE: only the returned instance will reflect the update!  
     96            @param ceda_object: the CEDA object to persist 
     97            @param dict: a dictionary containing the columns to update for the given ceda_object 
    8098            @param session: the external session to use. If None a new session will be open to add and commit the object and then closed at the exit. The object is committed 
    81             @param commit: defines if the object has to be committed immediately or not. 
    82         """ 
    83         intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
    84         intSession.add(ceda_observation) 
    85         if commit: 
    86             intSession.commit() 
    87         #Moles3EPB._closeSession(session)  
     99            @return: the given instance with the updated attributes. 
     100        """ 
     101        intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
     102        coll = None 
     103        try: 
     104            coll = intSession.merge(ceda_object) 
     105        except Exception as e: 
     106            print e 
     107        if coll != None:         
     108            for k,v in cols_to_update.items(): 
     109                if hasattr(coll, k): 
     110                    val = None 
     111                    try: 
     112                        val = intSession.merge(v) 
     113                    except Exception: 
     114                        val = v 
     115                    coll_k = getattr(coll, k)                         
     116                    if type(coll_k) == list or type(coll_k) == InstrumentedList: 
     117                        if  type(val) == list or type(val) == InstrumentedList: 
     118                            coll_k.extend(val) 
     119                        else: 
     120                            if val in coll_k: 
     121                                break 
     122                            coll_k.append(val) 
     123                    else: 
     124                        setattr(coll, k, val) 
     125        EPB.persistInstance(coll, intSession)                          
     126        if session is None: 
     127            intSession.close()           
    88128 
    89129    @classmethod 
    … …  
    100140        elif type(instance) == CEDA_Observation: 
    101141            return intSession.query(CedaGUID).filter(CedaGUID.ceda_observation==instance.id).first() 
    102              
     142        if session is None: 
     143            intSession.close()           
    103144     
    104145    @classmethod 
    … …  
    111152        """ 
    112153        intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
    113         return intSession.query(CEDA_ObservationCollection, CEDA_Observation).filter(CEDA_ObservationCollection.id==obs_coll_id).filter(CEDA_Observation.id==obs_id).count() > 0 
     154        ret = intSession.query(CEDA_ObservationCollection, CEDA_Observation).filter(CEDA_ObservationCollection.id==obs_coll_id).filter(CEDA_Observation.id==obs_id).count() > 0 
     155        if session is None: 
     156            intSession.close() 
     157        return ret 
    114158 
    115159    @classmethod 
    … …  
    124168            filter(MO_ResponsiblePartyInfo.role == MO_RoleValue.cl_author). \ 
    125169            filter(MO_Observation.id == obs_id) 
     170        if session is None: 
     171            intSession.close()          
    126172        return ret 
    127173 
    … …  
    184230        cos = intSession.query(CEDA_ObservationCollection).all() 
    185231        co = intSession.query(MO_ObservationCollection).join(MO_ObservationCollection.member).filter(MO_ObservationCollection.member.contains(obsers)) 
    186         print co 
    187         print co.all() 
    188232         
    189233        observations = intSession.query(MO_ObservationCollection).join(CEDA_Observation). \ 
    … …  
    192236        return observations 
    193237 
    194     @classmethod 
    195     def addObservationToObservationCollection(self, observationCollection, observation, session = None, commit = False): 
    196         """ 
    197             Adds an Observation instance to an ObservationCollection if still not part of the collection. 
    198             @param observationCollection: the collection to update 
    199             @param observation: the observation to add 
    200             @param session: the session to use for the operation 
    201             @param commit: if True commits at the end (defaul False)  
    202         """ 
    203         intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
    204         if not self.observationCollectionHasObservation(observationCollection.id, observation.id, intSession): 
    205             observationCollection.member.append(observation) 
    206             if commit: 
    207                 intSession.commit() 
    208      
    209     @classmethod 
    210     def addDataLineageToObservation(self, data_lineage, observation, session = None, commit = False): 
    211         """ 
    212             Adds an data_lineage element to an Observation if still not assigned or not equal. 
    213             @param data_lineage: the quality string to persist 
    214             @param observation: the observation to update 
    215             @param session: the session to use for the operation 
    216             @param commit: if True commits at the end (defaul False)  
    217         """         
    218         intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
    219         if observation.dataLineage != data_lineage: 
    220             observation.dataLineage = data_lineage 
    221         if commit: 
    222             intSession.commit()                 
    223  
    224     @classmethod 
    225     def addDescriptionToObservation(self, description, observation, session = None, commit = False): 
    226         """ 
    227             Adds an description element to an Observation if still not assigned or not equal. 
    228             @param description: the description string to persist 
    229             @param observation: the observation to update 
    230             @param session: the session to use for the operation 
    231             @param commit: if True commits at the end (defaul False)  
    232         """         
    233         intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
    234         if observation.description != description: 
    235             observation.description = description 
    236         if commit: 
    237             intSession.commit() 
    238  
    239     @classmethod 
    240     def addRelatedPartyInfoToObservation(self, responsibleParty, observation, session = None, commit = False): 
    241         """ 
    242             Adds a relatedParty element to an Observation if still not assigned or not equal. 
    243             @param responsibleParty: the responsibleParty element to persist 
    244             @param observation: the observation to update 
    245             @param session: the session to use for the operation 
    246             @param commit: if True commits at the end (defaul False)  
    247         """           
    248         intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
    249         if not responsibleParty in observation.relatedParty: 
    250             observation.relatedParty.append(responsibleParty)                            
    251             #moles3Append(observation, 'relatedParty', responsibleParty) 
    252         if commit: 
    253             intSession.commit() 
    254  
    255  
    256238    @classmethod         
    257239    def getNewMolesSession(self): 
    258240            return Moles3EPB._getSession() 
     241 
     242    @classmethod 
     243    def search(self, clazz, inst_id, session = None): 
     244        intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
     245        ret = EPB.search(clazz, inst_id, intSession) 
     246        if session is None: 
     247            intSession.close() 
     248        return ret 
     249     
     250    @classmethod     
     251    def searchSelectiveLoad(self, clazz, inst_id, attributes, session = None):  
     252        """ 
     253            Searches a required instance by id loading selectively \ 
     254            the specified fields. The parameter "attributes" is a single string or a list of attributes  
     255            owned by the instance of "clazz". Furthermore such list may contain  
     256            also the children of the main attributes. For example "attrs" may look  
     257            like 
     258            ['resultAccumulation', 'identifier.authority', 'resultTime.position.dateTime8601.month', \ 
     259                      'relatedParty.party', 'result.source.function', 'permission', \ 
     260                      'geographicExtent', 'phenomenonTime', 'keywords', 'description', \ 
     261                      'inSupportOf.abstract', 'dataLineage'] 
     262            the first parameter refers to the main class so is equivalent to  
     263            clazz.resultAccumulation 
     264            the second parameter is equivalent to invoke 
     265            clazz.identifier.authority 
     266            As single string "attributes" could be as well just 'identifier.authority' 
     267            @param clazz: the class type to search for 
     268            @param inst_id: the instance id for which the search is done 
     269            @param attributes: a single string or a list of attributes to load  
     270            @param session: a session to use for the query. By default a new one is created automatically at start and closed at the end 
     271            @return the required instance               
     272        """                
     273        intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
     274        ret = EPB.searchSelectiveLoad(clazz, inst_id, attributes, intSession) 
     275        if session is None: 
     276            intSession.close() 
     277        return ret     
     278     
     279    @classmethod 
     280    def loadAttributes(self, instance, attributes, session = None): 
     281        """ 
     282            Returns the attribute of an instance. The parameter "attributes" is a single string or a list of attributes  
     283            owned by the instance of "clazz". Furthermore such list may contain  
     284            also the children of the main attributes. For example "attrs" may look  
     285            like 
     286            ['resultAccumulation', 'identifier.authority', 'resultTime.position.dateTime8601.month', \ 
     287                      'relatedParty.party', 'result.source.function', 'permission', \ 
     288                      'geographicExtent', 'phenomenonTime', 'keywords', 'description', \ 
     289                      'inSupportOf.abstract', 'dataLineage'] 
     290            the first parameter refers to the main class so is equivalent to  
     291            clazz.resultAccumulation 
     292            the second parameter is equivalent to invoke 
     293            clazz.identifier.authority 
     294            As single string "attributes" could be as well just 'identifier.authority' 
     295            @param instance: an instance containing the appropriate id 
     296            @param attributes: the attribute value required 
     297            @param session: the session to use for the operation 
     298            @return: the given instance filled with the required attributes.                      
     299        """ 
     300        intSession = Moles3EPB._getSession(session) 
     301        instance = intSession.merge(instance) 
     302        EPB.loadAttributes(instance, attributes, intSession)         
     303        if session is None: 
     304            intSession.close()               
     305        return instance  
    259306 
    260307    @classmethod 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/molesSessionMiddleware.py

    r8245 r8323  
    2323    _epbInitialized = False 
    2424     
    25  
    26  
    27  
    2825    def _getNewMolesSession(self): 
    29         session = Moles3EPB.getNewMolesSession()  
     26        session = Moles3EPB.getNewMolesSession() 
    3027        return session 
     28     
    3129     
    3230    def _doInitialization(self): 
    … …  
    3937        molesDB = DbManager(MOLES3_DB_CONNECTION, MOLES3_DB_SCRIPT, session_event_manager=EVENTS_DB) 
    4038        Moles3EPB.overrrideDBManager(molesDB) 
    41         MolesSessionMiddleware._epbInitialized = True             
     39        MolesSessionMiddleware._epbInitialized = True       
     40         
     41        self._migration() #see the note on  MolesSessionMiddleware._migration       
    4242     
     43    """ 
    4344    def _getMolesSession(self): 
     45        ''' 
     46            @deprecated: db session is going to be removed from all GUI-related instances 
     47        ''' 
    4448        if not MolesSessionMiddleware._epbInitialized: 
    4549            self._doInitialization() 
    4650 
    4751        return self._getNewMolesSession() 
     52    """ 
    4853     
    4954    def _migration(self, runMigration = RUN_MIGRATION): 
    … …  
    5863    """   
    5964     
    60     def process_request(self, request):         
    61         self._migration() #see the note on  MolesSessionMiddleware._migration 
    62          
    63         request.moles_session = self._getMolesSession() 
     65    def process_request(self, request):   
     66        if not MolesSessionMiddleware._epbInitialized: 
     67            self._doInitialization()      
     68 
     69        ''' 
     70            @deprecated: request.moles_session is going to be removed from all GUI-related instances 
     71        ''' 
     72        #request.moles_session = self._getMolesSession() 
    6473 
    6574 
    6675    def process_response(self, request, response): 
     76        """ 
    6777        if hasattr(request, 'moles_session'): 
    6878            request.moles_session.close() 
    69  
     79        """ 
    7080        return response 
    7181 
    7282 
    7383    def process_exception(self, request, exception): 
     84        pass 
     85        """ 
    7486        try: 
    7587            session = request.moles_session             
    … …  
    7789            return 
    7890        session.rollback() 
    79         session.close()         
     91        session.close() 
     92        """         

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/views/cedaInstrument.py

    r8120 r8323  
    1818    ''' 
    1919    if request.POST.has_key('obs_id'): 
    20         dp = Moles3EPB.search(CEDA_Observation, request.POST['obs_id'], request.moles_session) 
     20        dp = Moles3EPB.search(CEDA_Observation, request.POST['obs_id']) 
    2121        c['records'] = dp 
    2222 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/views/cedaObservationView.py

    r8264 r8323  
    3232    if record: 
    3333        c['coObs'] = mark_safe(DJEncoder().escapeForJSON(DJEncoder().encode(record))) 
    34         guid = Moles3EPB.retrieveGUIDFromInstance(record, request.moles_session) 
     34        guid = Moles3EPB.retrieveGUIDFromInstance(record) 
    3535        if guid: 
    3636            c['guid'] = guid.id 
    … …  
    4141    return render_to_response('cedaObservation.html', c) 
    4242 
    43 def _getCedaObservation(request, obs_id): 
    44     return Moles3EPB.searchEager(CEDA_Observation, obs_id, request.moles_session)     
     43def _getCedaObservation(request, obs_id):     
     44    eagerloadthese = ['identifier.authority', 'resultTime.position.dateTime8601.month', \ 
     45                      'resultAccumulation', 'relatedParty.party', 'result.source.function', 'permission', \ 
     46                      'geographicExtent', 'phenomenonTime', 'keywords', 'description', \ 
     47                      'inSupportOf.abstract', 'dataLineage'] 
     48    return Moles3EPB.searchSelectiveLoad(CEDA_Observation, obs_id, eagerloadthese) 
     49    #return Moles3EPB.searchEager(CEDA_Observation, obs_id) 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/views/cedaPlatform.py

    r8120 r8323  
    1818    ''' 
    1919    if request.POST.has_key('obs_id'): 
    20         dp = Moles3EPB.search(CEDA_Observation, request.POST['obs_id'], request.moles_session) 
     20        dp = Moles3EPB.search(CEDA_Observation, request.POST['obs_id']) 
    2121        c['records'] = dp 
    2222 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/views/cedaProjectView.py

    r8120 r8323  
    1818    ''' 
    1919    if request.POST.has_key('obs_id'): 
    20         dp = Moles3EPB.search(CEDA_Observation, request.POST['obs_id'], request.moles_session) 
     20        dp = Moles3EPB.search(CEDA_Observation, request.POST['obs_id']) 
    2121        c['records'] = dp 
    2222 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/views/cedaSearch.py

    r8296 r8323  
    2727    if not keywords.endswith("'"): 
    2828        keywords = keywords + "'" 
    29     obsevations = Moles3EPB.extractObservationByTitleKeywords(keywords, request.moles_session)  
     29    obsevations = Moles3EPB.extractObservationByTitleKeywords(keywords)  
    3030    titles = [] 
    3131    ids = [] 
    … …  
    3636            [baseCov, 
    3737            str(o.id)]) 
    38         auth_query = Moles3EPB.observationAuthor(o.id, request.moles_session) 
     38        auth_query = Moles3EPB.observationAuthor(o.id) 
    3939        ath = auth_query.all() 
    4040        ath0 = ath[0] 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/views/cedacat.py

    r8245 r8323  
    1212 
    1313def cedacat(request, guid): 
    14     ceda_guid = Moles3EPB.search(CedaGUID, guid, request.moles_session) 
     14    ceda_guid = Moles3EPB.search(CedaGUID, guid) 
    1515    if ceda_guid and ceda_guid.ceda_observation: 
    1616        return redirect(cedaObservationView.coView, ceda_guid.ceda_observation) 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/commons_db.py

    r8245 r8323  
    4242            self._script(self.metadata) 
    4343            self.metadata.create_all(bind=self.engine) 
    44             self._session = scoped_session(sessionmaker()) 
     44            #self._session = scoped_session(sessionmaker()) 
     45        if self.engine: 
     46            self.engine.connect() 
    4547             
    4648    def createDbSession(self): 
    … …  
    4951           @return: a sqlalchemy.orm.session.Session instance if the ORM is fully configured, otherwise a sqlalchemy.engine.base.Connection instance  
    5052        """ 
    51         if self._session: 
    52             ret = self._session() 
    53             if self._session_event_manager: 
    54                 self._session_event_manager(ret) 
    55             return ret 
    56         if self.engine: 
    57             return self.engine.connect() 
     53        #session = scoped_session(sessionmaker(bind=self.engine))() 
     54        session = sessionmaker(bind=self.engine)()         
     55        if self._session_event_manager: 
     56            self._session_event_manager(session) 
     57        return session         
     58        #if self._session: 
     59        #    ret = self._session() 
     60        #    if self._session_event_manager: 
     61        #        self._session_event_manager(ret) 
     62        #    return ret 
     63        #if self.engine: 
     64        #    return self.engine.connect() 
    5865 
    5966    def closeDbSession(self, dbSession): 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/epb.py

    r8180 r8323  
    66from sqlalchemy.orm import subqueryload 
    77from sqlalchemy.sql.expression import text 
     8from sqlalchemy.orm.util import identity_key 
    89 
    910class EPB(object): 
    … …  
    1718 
    1819    @classmethod 
    19     def search(self, clazz, inst_id, session):           
    20         res = session.query(clazz).get(inst_id) 
     20    def search(self, clazz, inst_key, session): 
     21        """ 
     22            Searches a required instance by id 
     23            @param clazz: the class type to search for 
     24            @param inst_key: the instance id for which the search is done 
     25            @param session: a session to use for the query 
     26            @return the required instance 
     27        """  
     28        res = session.query(clazz).get(inst_key) 
    2129        if res is None: 
    2230            return None 
    … …  
    2432 
    2533    @classmethod 
    26     def searchEager(self, clazz, inst_id, session):           
     34    def searchEager(self, clazz, inst_id, session): 
     35        """ 
     36            Searches a required instance by id loading eagerly ALL its field. Please use carefully because \ 
     37            it could impact the performance  
     38            @param clazz: the class type to search for 
     39            @param inst_id: the instance id for which the search is done 
     40            @param session: a session to use for the query     
     41            @return the required instance                     
     42        """ 
    2743        res = session.query(clazz).options(subqueryload('*')).get(inst_id) 
    2844        if res is None: 
    2945            return None 
     46             
    3047        return res 
     48 
     49    @classmethod 
     50    def searchSelectiveLoad(self, clazz, inst_id, attrs, session): 
     51        """ 
     52            Searches a required instance by id loading \ 
     53            the specified fields. The parameter "attrs" is a single string or a list of attributes  
     54            owned by the instance of "clazz". Furthermore such list may contain  
     55            also the children of the main attributes. For example "attrs" may look  
     56            like 
     57            ['resultAccumulation', 'identifier.authority', 'resultTime.position.dateTime8601.month', \ 
     58                      'relatedParty.party', 'result.source.function', 'permission', \ 
     59                      'geographicExtent', 'phenomenonTime', 'keywords', 'description', \ 
     60                      'inSupportOf.abstract', 'dataLineage'] 
     61            the first parameter refers to the main class so is equivalent to  
     62            clazz.resultAccumulation 
     63            the second parameter is equivalent to invoke 
     64            clazz.identifier.authority 
     65            As single string "attrs" could be as well just 'identifier.authority' 
     66            @param clazz: the class type to search for 
     67            @param inst_id: the instance id for which the search is done 
     68            @param attrs: a single string or a list of attributes to load  
     69            @param session: a session to use for the query 
     70            @return the required instance               
     71        """           
     72        if session is None: 
     73            raise Exception("Session is None!")         
     74        res = EPB.search(clazz, inst_id, session) 
     75        if res is None: 
     76            return None 
     77        self._drillData(res, attrs) 
     78        return res 
     79 
     80    @classmethod 
     81    def loadAttributes(self, instance, attributes, session): 
     82        """ 
     83            Loads the given instance with the required attributes. 
     84            The parameter "attributes" is a single string or a list of attributes  
     85            owned by the instance of "clazz". Furthermore such list may contain  
     86            also the children of the main attributes. For example "attrs" may look  
     87            like 
     88            ['resultAccumulation', 'identifier.authority', 'resultTime.position.dateTime8601.month', \ 
     89                      'relatedParty.party', 'result.source.function', 'permission', \ 
     90                      'geographicExtent', 'phenomenonTime', 'keywords', 'description', \ 
     91                      'inSupportOf.abstract', 'dataLineage'] 
     92            the first parameter refers to the main class so is equivalent to  
     93            clazz.resultAccumulation 
     94            the second parameter is equivalent to invoke 
     95            clazz.identifier.authority 
     96            As single string "attributes" could be as well just 'identifier.authority' 
     97            It does not return anything because it does not close the session 
     98            @param instance: an instance containing the appropriate id 
     99            @param attributes: a single string or a list of attributes to load 
     100            @param session: the session to use for the operation                              
     101        """ 
     102        if instance is None: 
     103            raise Exception("Instance is None!") 
     104        if session is None: 
     105            raise Exception("Session is None!") 
     106        session.merge(instance) 
     107        self._drillData(instance, attributes)                     
     108 
    31109 
    32110    @classmethod     
    … …  
    46124 
    47125    @classmethod 
     126    def persistInstance(self, instance, session): 
     127        """ 
     128            Adds a new migration object. 
     129            @param migrationObj: the migration object to add 
     130            @param session: an sqlalchemy Session object. If None (default) the method creates 
     131            @return an updated, session independant, object instance reflecting the new persisted object  
     132        """         
     133        session.add(instance) 
     134        session.commit() 
     135        id_key = identity_key(instance=instance) 
     136        instance = EPB.search(id_key[0], id_key[1], session) 
     137        #instance = ret 
     138 
     139    @classmethod 
    48140    def executeNative(self, sqlNative, session): 
    49141        return session.execute(text(sqlNative))      
    … …  
    56148 
    57149    @classmethod 
    58     def _closeSession(self, session): 
    59         if session is not None: 
    60             return 
    61         session.commit() 
    62         session.close() 
     150    def _drillData(self, obj, attrs): 
     151        """ 
     152            @param obj: its an instance already living inside an SQLAlchemy session 
     153            @param attrs: a list of attributes owned by the obj parameter. It accepts dot separated attributes as childern of obj attributes.  
     154        """ 
     155        #if is a single field wrap it in a list and recalls itself 
     156        if not isinstance(attrs, list): 
     157            self._drillData(obj, [attrs]) 
     158        for item in attrs: 
     159            attr = item.split('.')[0]             
     160            if isinstance(obj, list): 
     161                for element in obj: 
     162                    self._drillData(element, [item]) 
     163            else: 
     164                if hasattr(obj, attr): 
     165                    nobj = getattr(obj, attr)  
     166                    if len(attr) != len(item): 
     167                        self._drillData(nobj, [item[len(attr) + 1:]]) 
     168 
     169         

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/InfodbEPB.py

    r8222 r8323  
    66from libs.epb import EPB 
    77from libs.migration.exception.exceptions import NoDBManager 
    8 from sqlalchemy.sql.expression import text 
     8from sqlalchemy.sql.expression import text, bindparam 
     9from sqlalchemy.types import String 
    910 
    1011 
    … …  
    2829            @param de_id: the cedainfoapp_dataentity.dataentity_id to look for              
    2930        """ 
    30         connection = InfodbEPB.getNewInfoConnection(); 
    31         query_string = text("""SELECT cedainfoapp_dataentity.logical_path AS logical_path, \ 
     31        query_string = text("SELECT cedainfoapp_dataentity.logical_path AS logical_path, \ 
    3232            cedainfoapp_curationcategory.category AS category,\ 
    3333            cedainfoapp_person.name AS name \ 
    … …  
    3737                LEFT JOIN cedainfoapp_person \ 
    3838                    ON cedainfoapp_dataentity.responsible_officer_id=cedainfoapp_person.id \ 
    39             WHERE cedainfoapp_dataentity.dataentity_id = :id""") 
    40         records = connection.execute(query_string, id=de_id) 
     39            WHERE cedainfoapp_dataentity.dataentity_id=:i_id") 
     40        records = InfodbEPB._infoDB.engine.execute(query_string, i_id=de_id) 
    4141        ret = records.fetchone() 
    4242        records.close() 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/MigrationEPB.py

    r8269 r8323  
    99from libs.epb import EPB 
    1010from libs.migration.exception.exceptions import NoDBManager 
     11from libs.migration.processor.commons import stringToTimestamp 
     12from sqlalchemy.orm.collections import InstrumentedList 
     13from sqlalchemy.orm.util import identity_key 
    1114 
    1215 
    … …  
    2023            Sets the MigrationEPB libs.commons_db.DbManager 
    2124        """ 
    22         MigrationEPB._migrationDB = dbManager 
     25        MigrationEPB._migrationDB = dbManager          
     26         
     27    @classmethod 
     28    def persistInstance(self, instance, session = None): 
     29        """ 
     30            Adds a new migration object. 
     31            @param migrationObj: the migration object to add 
     32            @param session: an SQLAlchemy Session object. If None (default) the method creates 
     33            @return an updated, session independent, object instance reflecting the new persisted object  
     34        """       
     35        intSession = MigrationEPB._getSession(session) 
     36        EPB.persistInstance(instance, intSession) 
     37        if session is None: 
     38            intSession.close() 
     39        #return ret 
    2340 
    2441    @classmethod 
    25     def associateObservationCollectionToDataEntity(self, dataEntityMigration, obs_coll_id, session = None, commit = False): 
    26         intSession = MigrationEPB._getSession(session) 
    27         dataEntityMigration.ceda_observation_coll_id = obs_coll_id 
    28         if commit: 
    29             intSession.commit() 
    30  
    31     @classmethod 
    32     def associateObservationToDeployment(self, deploymentMigration, obs_id, session = None, commit = False): 
    33         intSession = MigrationEPB._getSession(session) 
    34         deploymentMigration.ceda_observation_id = obs_id 
    35         if commit: 
    36             intSession.commit()          
    37          
    38     @classmethod 
    39     def addMigration(self, migrationObj, session = None): 
    40         intSession = MigrationEPB._getSession(session) 
    41         intSession.add(migrationObj) 
    42         EPB._closeSession(session)         
    43  
    44     @classmethod 
    45     def getAllDataEntityMigration(self, session = None): 
    46         intSession = MigrationEPB._getSession(session)    
    47         return EPB.getAllObjects(DataEntityMigration, intSession) 
    48  
    49     @classmethod         
    50     def getDataEntityMigrationOrderByDate(self, session = None): 
    51         return MigrationEPB.getAllDataEntityMigration(session).order_by(asc("doc_creation"))      
    52  
    53     @classmethod 
    54     def getAllDeploymentsMigrationByDataEntitySortedByDate(self, dataEntity, deploymentNames, session = None): 
    55         intSession = MigrationEPB._getSession(session) 
    56         return EPB.getAllObjects(DeploymentsMigration, intSession).filter(DeploymentsMigration.doc_name.in_(deploymentNames)).order_by(asc("doc_creation"))         
     42    def getAllDeploymentsMigrationByDataEntitySortedByDate(self, dataEntity, deploymentNames): 
     43        intSession = MigrationEPB._getSession(None) 
     44        res = EPB.getAllObjects(DeploymentsMigration, intSession).filter(DeploymentsMigration.doc_name.in_(deploymentNames)).order_by(asc("doc_creation")).all() 
     45        intSession.close() 
     46        return res 
    5747        #return EPB.getAllObjects(DeploymentsMigration, intSession).filter(*[EPB.buildFilter('doc_owner', dataEntity.doc_owner)]).filter(DeploymentsMigration.doc_name.in_(deploymentNames)).order_by(asc("doc_creation"))         
    5848        #return EPB.getAllObjects(DeploymentsMigration, intSession).filter(*[EPB.buildFilter('doc_status', dataEntity.doc_status)]).filter(*[EPB.buildFilter('doc_owner', dataEntity.doc_owner)]).filter(DeploymentsMigration.doc_name.in_(deploymentNames)).order_by(asc("doc_creation")) 
    … …  
    8373    @classmethod 
    8474    def getDataEntityMigrationbyPath(self, migrationObject, session = None): 
    85         if migrationObject is None: 
    86             raise Exception("migrationObject is None") 
    87         return self._getMigrationObjectByName(DataEntityMigration, migrationObject, migrationObject.doc_name, session)         
     75        """ 
     76            Returns the DataEntityMigration associated with the given path 
     77            @param migrationObject: the migration object to look for. If None returns all the DataEntityMigration items 
     78        """ 
     79        intSession = MigrationEPB._getSession(session) 
     80        if migrationObject: 
     81            ret = intSession.query(DataEntityMigration).filter(*[EPB.buildFilter('doc_name', migrationObject.doc_name)]).first()                
     82        else: #then process all the DataEntities 
     83            ret = EPB.getAllObjects(DataEntityMigration, intSession) 
     84        if session is None: 
     85            intSession.close()                    
     86        return ret 
     87 
     88    @classmethod         
     89    def updateMigrationObject(self, migration_object, cols_to_update, session = None): 
     90        """ 
     91            Update and eventually commit a Migration Object in Migration db 
     92            @param ceda_object: the Migration object to persist 
     93            @param dict: a dictionary containing the columns to update for the given migration_object 
     94            @param session: the external session to use. If None a new session will be open to add and commit the object and then closed at the exit. The object is committed 
     95        """ 
     96        intSession = MigrationEPB._getSession(session) 
     97        coll = None 
     98        try: 
     99            coll = intSession.merge(migration_object)      
     100        except Exception as e: 
     101            print e                
     102        if coll != None:         
     103            for k,v in cols_to_update.items(): 
     104                if hasattr(coll, k): 
     105                    val = None 
     106                    try: 
     107                        val = intSession.merge(v) 
     108                    except Exception: 
     109                        val = v 
     110                    coll_k = getattr(coll, k)                         
     111                    if type(coll_k) == list or type(coll_k) == InstrumentedList: 
     112                        if  type(val) == list or type(val) == InstrumentedList: 
     113                            coll_k.extend(val) 
     114                        else: 
     115                            coll_k.append(val) 
     116                    else: 
     117                        setattr(coll, k, val) 
     118        EPB.persistInstance(coll, intSession)                         
     119        #intSession.commit()         
     120        if session is None: 
     121            intSession.close() 
     122        #if coll: 
     123        #    return coll 
     124             
    88125 
    89126    @classmethod 
    … …  
    92129 
    93130    @classmethod 
     131    def loadAttributes(self, instance, attributes, session = None): 
     132        """ 
     133            Returns the attribute of an instance. The parameter "attributes" is a single string or a list of attributes  
     134            owned by the instance of "clazz". Furthermore such list may contain  
     135            also the children of the main attributes. For example "attrs" may look  
     136            like 
     137            ['resultAccumulation', 'identifier.authority', 'resultTime.position.dateTime8601.month', \ 
     138                      'relatedParty.party', 'result.source.function', 'permission', \ 
     139                      'geographicExtent', 'phenomenonTime', 'keywords', 'description', \ 
     140                      'inSupportOf.abstract', 'dataLineage'] 
     141            the first parameter refers to the main class so is equivalent to  
     142            clazz.resultAccumulation 
     143            the second parameter is equivalent to invoke 
     144            clazz.identifier.authority 
     145            As single string "attributes" could be as well just 'identifier.authority' 
     146            @param instance: an instance containing the appropriate id 
     147            @param attributes: the attribute value required 
     148            @param session: the session to use for the operation 
     149            @return: a detached instance (or array of instances) of the required attribute.                      
     150        """ 
     151        intSession = MigrationEPB._getSession(session) 
     152        instance = intSession.merge(instance) 
     153        EPB.loadAttributes(instance, attributes, session)         
     154        if session is None: 
     155            intSession.close()                 
     156        return instance   
     157 
     158    @classmethod 
     159    def search(self, clazz, inst_id, session = None): 
     160        if clazz is None or inst_id is None: 
     161            return None  
     162        intSession = MigrationEPB._getSession(session) 
     163        ret = EPB.search(clazz, inst_id, intSession) 
     164        if session is None: 
     165            intSession.close() 
     166        return ret  
     167          
     168 
     169    @classmethod 
    94170    def _getSession(self, session = None): 
    95171        if MigrationEPB._migrationDB is None: 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/processor/commons.py

    r8285 r8323  
    682682        ci_party.name = name 
    683683    if contactInfo: 
    684         ci_party.contactInfo = contactInfo          
     684        ci_party.contactInfo.extend(contactInfo)          
    685685    return ci_party 
    686686 
    … …  
    718718    ci_citation.title = title 
    719719    if date and type(date) == list: 
    720         ci_citation.date = date 
     720        ci_citation.date.extend(date) 
    721721    if citedResponsibleParty: 
    722722        ci_citation.extend(citedResponsibleParty) 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/processor/dataEntity.py

    r8274 r8323  
    77from ea_model.ceda_metadatamodel.ceda_observationcollection.ceda_observationcollection import \ 
    88    CEDA_ObservationCollection 
    9 from libs.epb import EPB 
    109from libs.migration.MigrationEPB import MigrationEPB 
    1110from libs.migration.exception.exceptions import MigrationObjectException, NoAssociatedAuthor,\ 
    1211    migrationObjectDescription, NoAssociatedDeployments 
    1312from libs.migration.processor.commons import findDeploymentsInDE,\ 
    14     createMD_Identifier, extractContent, MD_CODE_MOLES2_CITATION,\ 
     13    createMD_Identifier, extractContent,\ 
    1514    hasAtomDocumentSameHash, createCI_Citation, createCI_Date, findPublishedDate,\ 
    1615    isoDateTimeStringToTimeDate, findUpdatedDate, createDate,\ 
    17     calculateHash, extractUpdateFrequency, findDOIInMigrationDocument 
     16    calculateHash, extractUpdateFrequency, findDOIInMigrationDocument,\ 
     17    getAtomDocumentHash 
    1818from libs.migration.processor.deployment import DeploymentProcessor 
    1919from ea_model.moles3_4.utilities.mo_publicationstatevalue import MO_PublicationStateValue 
    … …  
    3131        Processes a DataEntityMigration item. Note that each DataEntity is associated to a "dataent_xxxx" file in Moles2 
    3232    '''         
    33     def __init__(self, dataEntityMigration, migrationSessions): 
     33    def __init__(self, dataEntityMigration): 
    3434        ''' 
    3535            Initializes the class 
    3636            @param _dataEntityMigration: the DataEntityMigration instance 
    37             @param migrationSessions: a MigrationSessions instance 
    3837        ''' 
    3938        if dataEntityMigration is None: 
    4039            raise MigrationObjectException("DataEntityProcessor cannot process an None item") 
    4140        self._dataEntityMigration = dataEntityMigration        
    42         self.migrationSessions = migrationSessions 
    4341     
    4442    def _processCitation(self, ceda_observationCollection): 
    … …  
    6563     
    6664    def _getObservationCollection(self): 
    67         return EPB.search(CEDA_ObservationCollection, self._dataEntityMigration.ceda_observation_coll_id, self.migrationSessions.molesSession) 
     65        return Moles3EPB.search(CEDA_ObservationCollection, self._dataEntityMigration.ceda_observation_coll_id) 
    6866     
    6967    def _processObservationCollection(self):                                    
    … …  
    8886        #self._processCitation(ceda_observationCollection) 
    8987        return ceda_observationCollection 
     88 
     89    def _update(self):  
     90        # ...and the data entity document has not changed 
     91        if hasAtomDocumentSameHash(self._dataEntityMigration): 
     92                return self._getObservationCollection() 
     93        else: 
     94                return self.updateObservationCollection()  
    9095 
    9196    def _create(self):  
    … …  
    100105        ceda_observationCollection.publicationState = MO_PublicationStateValue.cl_working 
    101106                   
    102         Moles3EPB.addCedaObject(ceda_observationCollection, self.migrationSessions.molesSession, True) 
    103          
    104         MigrationEPB.associateObservationCollectionToDataEntity(self._dataEntityMigration, ceda_observationCollection.id, \ 
    105                                                                 self.migrationSessions.migrationSession, True) 
     107        Moles3EPB.persistInstance(ceda_observationCollection) 
     108         
     109        MigrationEPB.updateMigrationObject(self._dataEntityMigration, {'ceda_observation_coll_id': ceda_observationCollection.id}) 
     110 
    106111         
    107112        #Adds the CedaGUID 
    … …  
    109114        ceda_guid.id = calculateHash(self._dataEntityMigration.data_ent_id) 
    110115        ceda_guid.ceda_observationcollection = ceda_observationCollection.id 
    111         Moles3EPB.addCedaObject(ceda_guid, self.migrationSessions.molesSession, True) 
     116        Moles3EPB.persistInstance(ceda_guid) 
    112117        DataEntityProcessor.log.info("GUID for this ObservationCollection: %s" % (ceda_guid.id)) 
    113118         
    114119        return ceda_observationCollection 
    115120 
     121    def _processResultAccumulation(self, ceda_observation):         
     122        ceda_observation = Moles3EPB.loadAttributes(ceda_observation, "resultAccumulation")         
     123        if ceda_observation.resultAccumulation is None: 
     124            updateFrequency = extractUpdateFrequency(self._dataEntityMigration) 
     125            if updateFrequency: 
     126                resultAccumulation = MD_MaintenanceFrequencyCode.from_string(updateFrequency) 
     127                Moles3EPB.updateCedaObject(ceda_observation, {'resultAccumulation': resultAccumulation}) 
     128 
     129    def _processDOI(self, deploymentMigration, ceda_observation, deProcessor, single_deployment):         
     130        doi = findDOIInMigrationDocument(deploymentMigration)                                                               
     131        if single_deployment: 
     132            if doi is None: 
     133                doi = findDOIInMigrationDocument(self._dataEntityMigration) 
     134                    #collection_identifier = Moles3EPB.extractCollectionIdentifierByTitle(MD_CODE_MOLES2_CITATION, self.migrationSessions.molesSession) 
     135                    #if collection_identifier.count()==1: 
     136                    #    ceda_observation.identifier.append(collection_identifier.first()) 
     137                 
     138        deProcessor.assignDOI(ceda_observation, doi) 
     139 
    116140    def _processDeploymentMigration(self, deploymentMigration, single_deployment):                                       
    117         deProcessor = DeploymentProcessor(self._dataEntityMigration, deploymentMigration, self.migrationSessions) 
     141        deProcessor = DeploymentProcessor(self._dataEntityMigration, deploymentMigration) 
    118142        try: 
    119143            DataEntityProcessor.log.info("Processing deployment: %s" % (migrationObjectDescription(deploymentMigration))) 
    120144            ceda_observation = deProcessor.process() 
    121             if ceda_observation.resultAccumulation is None: 
    122                     updateFrequency = extractUpdateFrequency(self._dataEntityMigration) 
    123                     if updateFrequency: 
    124                         ceda_observation.resultAccumulation = MD_MaintenanceFrequencyCode.from_string(updateFrequency) 
    125              
    126             doi = findDOIInMigrationDocument(deploymentMigration)                                                               
    127             if single_deployment: 
    128                 if doi is None: 
    129                     doi = findDOIInMigrationDocument(self._dataEntityMigration) 
    130                 #collection_identifier = Moles3EPB.extractCollectionIdentifierByTitle(MD_CODE_MOLES2_CITATION, self.migrationSessions.molesSession) 
    131                 #if collection_identifier.count()==1: 
    132                 #    ceda_observation.identifier.append(collection_identifier.first()) 
    133              
    134             deProcessor.assignDOI(ceda_observation, doi) 
    135                  
    136  
    137             self.migrationSessions.molesSession.commit() 
     145            try:             
     146                self._processResultAccumulation(ceda_observation) 
     147            except Exception as ex: 
     148                pass     
     149            try:                             
     150                self._processDOI(deploymentMigration, ceda_observation, deProcessor, single_deployment) 
     151            except Exception as ex: 
     152                pass                 
     153 
     154                if not hasAtomDocumentSameHash(deploymentMigration): 
     155                    doc_hash = getAtomDocumentHash(deploymentMigration.docStatus, deploymentMigration.docType, deploymentMigration.docOwner, deploymentMigration.docName) 
     156                    MigrationEPB.updateMigrationObject(deploymentMigration, {'doc_hash': doc_hash})                 
    138157        except NoAssociatedAuthor as ex: 
    139158            raise ex                  
    140159        except Exception as ex: 
    141             self.migrationSessions.molesSession.rollback() 
    142             self.migrationSessions.migrationSession.rollback()                
     160            #self.migrationSessions.molesSession.rollback() 
     161            #self.migrationSessions.migrationSession.rollback()                
    143162            raise MigrationObjectException(ex)                      
    144163         
    145164        return ceda_observation 
    146      
    147     def _update(self):  
    148         # ...and the data entity document has not changed 
    149         if hasAtomDocumentSameHash(self._dataEntityMigration): 
    150                 return self._getObservationCollection() 
    151         else: 
    152                 return self.updateObservationCollection()     
    153165     
    154166    def process(self): 
    … …  
    171183        #retrieves the DataEntityMigration sorted by creation date 
    172184        deploymentMigrations = MigrationEPB.getAllDeploymentsMigrationByDataEntitySortedByDate( \ 
    173                                                 self._dataEntityMigration, deploymentsLinks, self.migrationSessions.migrationSession) 
    174         howManydm = deploymentMigrations.count() 
     185                                                self._dataEntityMigration, deploymentsLinks) 
     186        howManydm = 0 
     187        if deploymentMigrations: 
     188            howManydm = len(deploymentMigrations) 
    175189        if howManydm == 0: 
    176190            exs.append(NoAssociatedDeployments(self._dataEntityMigration)) 
    … …  
    178192            try: 
    179193                ceda_observation = self._processDeploymentMigration(deploymentMigration, howManydm == 1) 
    180                 cedaObservationCollection.member.append(ceda_observation)                                        
     194                 
     195                #Check if a doi has been already assigned      
     196                cedaObservationCollection = Moles3EPB.loadAttributes(cedaObservationCollection, 'member')                            
     197                member = cedaObservationCollection.member 
     198                if member and not (ceda_observation in member): 
     199                    Moles3EPB.updateCedaObject(cedaObservationCollection, {'member': ceda_observation}) 
     200                                       
    181201            except Exception as ex: 
    182202                exs.append(ex) 
    183203            except RuntimeError as er: 
    184204                print er                 
    185         self.migrationSessions.molesSession.commit()                         
     205        #self.migrationSessions.molesSession.commit()                         
    186206                 
    187207        return exs 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/processor/deployment.py

    r8286 r8323  
    6060    log.addHandler(StreamHandler()) 
    6161    log.setLevel(logging.INFO)     
    62     def __init__(self, dataEntityMigration, deploymentMigration, migrationSessions): 
     62    def __init__(self, dataEntityMigration, deploymentMigration): 
    6363        ''' 
    6464            Initializes the class 
    6565            @param dataEntityMigration: a DataEntityMigration instance 
    66             @param deploymentMigration: the DeploymentMigration instance 
    67             @param migrationSessions: a MigrationSessions instance     
     66            @param deploymentMigration: the DeploymentMigration instance     
    6867        '''               
    6968        self._dataEntityMigration = dataEntityMigration 
    … …  
    7170        self._dataEntityHasSameHash = hasAtomDocumentSameHash(self._dataEntityMigration) and self._dataEntityMigration.doc_hash is not None 
    7271        self._deploymentHasSameHash = hasAtomDocumentSameHash(self._deploymentMigration) and self._deploymentMigration.doc_hash is not None 
    73          
    74         self._migrationSessions = migrationSessions 
    7572 
    7673    def _existsCEDAasPublisher(self): 
    … …  
    211208        if data_lineage is None: 
    212209            raise NoDataLineage(self._dataEntityMigration) 
    213         Moles3EPB.addDataLineageToObservation(data_lineage, observation, self._migrationSessions.molesSession)         
     210        observation.dataLineage = data_lineage         
    214211         
    215212    def _assignTitle(self, observation):        
    … …  
    233230                obsList = [] 
    234231                for obs in links['OBS']: 
    235                     observationStation = MigrationEPB.getDeploymentDataMigrationByName(self._deploymentMigration, obs + \ 
    236                                                                                    '.atom', self._migrationSessions.migrationSession) 
     232                    observationStation = MigrationEPB.getDeploymentDataMigrationByName(self._deploymentMigration, obs + '.atom') 
    237233                    obsList.append((extractTitle(observationStation), findSubTypeInDPT(observationStation))) 
    238234                 
    … …  
    250246            if links.has_key('ACTIVITY'):              
    251247                for link in links['ACTIVITY']: 
    252                     activity = MigrationEPB.getDeploymentDataMigrationByName(self._deploymentMigration, link + '.atom', \ 
    253                                                                              self._migrationSessions.migrationSession)                     
     248                    activity = MigrationEPB.getDeploymentDataMigrationByName(self._deploymentMigration, link + '.atom')                     
    254249      
    255250                    projSubType = findSubTypeInDPT(activity) 
    … …  
    268263 
    269264    def _assignDescription(self, observation): 
    270         summary = extractSummary(self._deploymentMigration, self._dataEntityMigration) 
    271         Moles3EPB.addDescriptionToObservation(summary, observation, self._migrationSessions.molesSession) 
     265        description = extractSummary(self._deploymentMigration, self._dataEntityMigration) 
     266        if description: 
     267            observation.description = description 
    272268         
    273269    def _assignQuality(self, observation): 
    … …  
    288284         
    289285    def updateObservation(self): 
    290         ceda_observation = EPB.searchOrCreate(CEDA_Observation, self._migrationSessions.molesSession, \ 
    291                                               self._deploymentMigration.ceda_observation_id) 
    292         return ceda_observation 
     286        return EPB.searchOrCreate(CEDA_Observation, self._deploymentMigration.ceda_observation_id) 
    293287         
    294288 
    … …  
    351345        if doi and doi.has_key('href'): 
    352346            doi = doi['href'][22:]             
     347             
     348            #Check if a doi has been already assigned 
     349            observation = Moles3EPB.loadAttributes(observation, 'identifier') 
     350            obs_identifier = observation.identifier 
     351            if obs_identifier: 
     352                for ident in obs_identifier: 
     353                    if ident.code == doi: 
     354                        return 
     355             
    353356            py_date = None 
    354357            cited_responsible = createCI_ResponsibleParty(role=CI_RoleCode.cl_publisher, \ 
    … …  
    367370                ci_date = createCI_Date(CI_DateTypeCode.cl_publication, date = dt) 
    368371                i_authority = createCI_Citation("DOI", date = ci_date) 
    369                 identifier = createMD_Identifier(code = doi, authority=i_authority)              
    370                 observation.identifier.append(identifier) 
     372                identifier = createMD_Identifier(code = doi, authority=i_authority) 
     373                Moles3EPB.updateCedaObject(observation, {'identifier': identifier}) 
    371374                DeploymentProcessor.log.info("DOI: %s" % (doi))                                   
    372375 
    … …  
    379382            i_address = createCI_Address(deliveryPoint = ['British Atmospheric Data Centre, STFC Rutherford Appleton Laboratory'], \ 
    380383                                         electronicMailAddress=['badc@rl.ac.uk'], postalCode='OX11 0QX', country='UK', city='Harwell Oxford')                                    
    381             i_phone = createCI_Telephone(voice=['+44(0)1235 446432'])                                    
     384            i_phone = createCI_Telephone(voice=['+44(0)1235 446432'])                                   
    382385            contact = createCI_Contact(phone=i_phone, address=i_address, onlineResource=i_onlineResources)                        
    383386            party = createMO_Organization(name = "NERC - British Atmospheric Data Centre", contactInfo = [contact]) 
    … …  
    491494    def _create(self): 
    492495        ceda_observation = CEDA_Observation() 
     496        self._assignKeywords(ceda_observation) 
     497        self._assignLineage(ceda_observation) 
     498        self._assignResult(ceda_observation) 
     499        self._assignPublisherCurator(ceda_observation) 
     500                         
    493501        ceda_observation.publicationState = MO_PublicationStateValue.cl_working 
    494         self._assignQuality(ceda_observation) 
    495         self._assignLineage(ceda_observation) 
     502        self._assignQuality(ceda_observation)         
    496503        self._assignDescription(ceda_observation) 
    497         self._assignTitle(ceda_observation) 
    498         self._assignResult(ceda_observation)     
     504        self._assignTitle(ceda_observation)     
    499505        self._assignGeographicExtent(ceda_observation)     
    500506        #self._assignDOI(ceda_observation)         
    501         self._assignCreationDate(ceda_observation) 
    502         self._assignPublisherCurator(ceda_observation)         
     507        self._assignCreationDate(ceda_observation)         
    503508        self._assignPhenomenonTime(ceda_observation)         
    504509        self._assignPermission(ceda_observation)         
    … …  
    508513        self._assignUpdateFrequency(ceda_observation)     
    509514        self._assignName(ceda_observation)   
    510         self._assignKeywords(ceda_observation)                           
    511         Moles3EPB.addCedaObject(ceda_observation, self._migrationSessions.molesSession, True) 
    512          
    513         MigrationEPB.associateObservationToDeployment(self._deploymentMigration, ceda_observation.id, self._migrationSessions.migrationSession, True) 
     515        Moles3EPB.persistInstance(ceda_observation)         
     516        MigrationEPB.updateMigrationObject(self._deploymentMigration, {'ceda_observation_id': ceda_observation.id}) 
    514517         
    515518        #Adds the CedaGUID         
    … …  
    517520        ceda_guid.id = calculateHash(self._deploymentMigration.depl_id) 
    518521        ceda_guid.ceda_observation = ceda_observation.id 
    519         Moles3EPB.addCedaObject(ceda_guid, self._migrationSessions.molesSession, True) 
     522        Moles3EPB.persistInstance(ceda_guid) 
    520523        DeploymentProcessor.log.info("GUID for this Observation: %s" % (ceda_guid.id)) 
     524                 
     525        #process the CEDA_Observation.procedure 
     526        deploymentDataProcessor = DeploymentDataProcessor(self._deploymentMigration) 
     527         
     528        links = findLinksInDeployment(self._deploymentMigration) 
     529        procedure = deploymentDataProcessor.createProcess(links) 
     530         
     531        #Temporary commented because CEDA_Project.subProject is not correctly mapped to the DB 
     532        project = deploymentDataProcessor.createProject(links)  
     533        Moles3EPB.updateCedaObject(ceda_observation, {'procedure': procedure, 'inSupportOf': project}) 
    521534         
    522535        return ceda_observation 
    523536 
    524537    def _getObservation(self): 
    525         return EPB.search(CEDA_Observation, self._deploymentMigration.ceda_observation_id, self._migrationSessions.molesSession) 
     538        return Moles3EPB.search(CEDA_Observation, self._deploymentMigration.ceda_observation_id) 
    526539             
    527540    def _update(self): 
    … …  
    539552            #... does not exist so create it 
    540553            ceda_observation = self._create() 
    541          
    542         #process the CEDA_Observation.procedure 
    543         deploymentDataProcessor = DeploymentDataProcessor(self._deploymentMigration, self._migrationSessions) 
    544         links = findLinksInDeployment(self._deploymentMigration) 
    545         procedure = deploymentDataProcessor.createProcess(links) 
    546          
    547         #Temporary commented because CEDA_Project.subProject is not correctly mapped to the DB 
    548         project = deploymentDataProcessor.createProject(links)         
    549         if procedure: 
    550             ceda_observation.procedure = procedure 
    551              
    552         if project: 
    553             ceda_observation.inSupportOf = project                   
    554                      
    555         if procedure or project:                         
    556             self._migrationSessions.molesSession.commit() 
    557              
     554     
    558555        if not self._deploymentHasSameHash: 
    559556            self._deploymentMigration.doc_hash = getAtomDocumentHashByMO(self._deploymentMigration) 
    560557            self._commitMigration() 
    561               
    562          
     558             
    563559        return ceda_observation 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/processor/deployment_data.py

    r8210 r8323  
    77    createCEDA_Processing, createCEDA_Instrument, createCEDA_Project,\ 
    88    findSummary, findDocumentationInMigrationDocument, createCI_Citation,\ 
    9     createMO_OnlineResource 
     9    createMO_OnlineResource, hasAtomDocumentSameHash 
    1010from libs.migration.MigrationEPB import MigrationEPB 
    1111from MolesManager.moles3epb import Moles3EPB 
    … …  
    1414class DeploymentDataProcessor(object): 
    1515     
    16     def __init__(self, deploymentMigration, migrationSessions): 
    17         self._migrationSessions = migrationSessions 
     16    def __init__(self, deploymentMigration): 
    1817        self._deploymentMigration = deploymentMigration 
    1918         
    2019    def _commitDeploymentMigration(self, associateWithCedaObservation, dataProductionTool, dataProductionToolField): 
    21         Moles3EPB.addCedaObject(associateWithCedaObservation, self._migrationSessions.molesSession, True) 
    22         setattr(dataProductionTool, dataProductionToolField, associateWithCedaObservation.id)                                   
    23         self._migrationSessions.migrationSession.commit()  
     20        Moles3EPB.persistInstance(associateWithCedaObservation) 
     21        MigrationEPB.updateMigrationObject(dataProductionTool, {dataProductionToolField: associateWithCedaObservation.id}) 
     22                                   
    2423         
    2524    def createProject(self, links): 
    … …  
    2726        if links.has_key('ACTIVITY'): 
    2827            for link in links['ACTIVITY']: 
    29                 activity = MigrationEPB.getDeploymentDataMigrationByName(self._deploymentMigration, link + '.atom', \ 
    30                                                                          self._migrationSessions.migrationSession) 
     28                activity = MigrationEPB.getDeploymentDataMigrationByName(self._deploymentMigration, link + '.atom') 
    3129                i_abstract = findSummary(activity) 
    3230                doc_link = findDocumentationInMigrationDocument(activity) 
    … …  
    4745        hasCedaAcquisition = False 
    4846        for dpt in links['DPT']: 
    49             dataProductionTool = MigrationEPB.getDeploymentDataMigrationByName(self._deploymentMigration, dpt + \ 
    50                                                                                '.atom', self._migrationSessions.migrationSession) 
     47            dataProductionTool = MigrationEPB.getDeploymentDataMigrationByName(self._deploymentMigration, dpt + '.atom') 
    5148             
    5249            #has the document changed?             
    … …  
    5754             
    5855            subType = findSubTypeInDPT(dataProductionTool) 
     56             
    5957            if subType == 'model': 
    60                 associateWithCedaObservation = createCEDA_Processing() 
    61                 self._commitDeploymentMigration(associateWithCedaObservation, dataProductionTool, 'ceda_processing_id') 
    62                 if not (hasCedaComposite or hasCedaProcessing): 
    63                     hasCedaProcessing = True 
    64                     hasCedaComposite = False 
    65                     hasCedaAcquisition = False  
    66             else: 
    67                 associateWithCedaObservation = createCEDA_Instrument() 
    68                 self._commitDeploymentMigration(associateWithCedaObservation, dataProductionTool, 'ceda_instrument_id') 
     58                #MigrationEPB.loadAttributes(dataProductionTool, 'ceda_processing_id') 
     59                if dataProductionTool.ceda_processing_id is None: 
     60                    associateWithCedaObservation = createCEDA_Processing() 
     61                    self._commitDeploymentMigration(associateWithCedaObservation, dataProductionTool, 'ceda_processing_id') 
     62                    if not (hasCedaComposite or hasCedaProcessing): 
     63                        hasCedaProcessing = True 
     64                        hasCedaComposite = False 
     65                        hasCedaAcquisition = False 
     66                else: 
     67                    #should update 
     68                    pass  
     69            else:  
     70                #MigrationEPB.loadAttributes(dataProductionTool, 'ceda_instrument_id') 
     71                if dataProductionTool.ceda_instrument_id is None: 
     72                    associateWithCedaObservation = createCEDA_Instrument() 
     73                    self._commitDeploymentMigration(associateWithCedaObservation, dataProductionTool, 'ceda_instrument_id') 
     74                else: 
     75                    #should update 
     76                    pass 
    6977                 
    7078                 
    7179        #if not a DPT.subType == 'model' then.... 
    7280        for obs in links['OBS']: 
    73             observationStation = MigrationEPB.getDeploymentDataMigrationByName(self._deploymentMigration, obs + \ 
    74                                                                                '.atom', self._migrationSessions.migrationSession) 
     81            observationStation = MigrationEPB.getDeploymentDataMigrationByName(self._deploymentMigration, obs + '.atom') 
    7582  
    7683            #has the document changed?             
    … …  
    8289            subType = findSubTypeInDPT(observationStation) 
    8390            if subType == 'satellite': 
     91                #MigrationEPB.loadAttributes(dataProductionTool, 'ceda_compositeprocess_id')                 
     92                if dataProductionTool.ceda_compositeprocess_id is None: 
    8493                    associateWithCedaObservation = createCEDA_Processing() 
    8594                    self._commitDeploymentMigration(associateWithCedaObservation, dataProductionTool, 'ceda_compositeprocess_id')    
    … …  
    8796                        hasCedaProcessing = True 
    8897                        hasCedaComposite = False 
    89                         hasCedaAcquisition = False                
     98                        hasCedaAcquisition = False 
     99                else: 
     100                    #should update 
     101                    pass 
    90102            else: 
    91                 pass 
    92                 ''' 
    93                 associateWithCedaObservation = createCEDA_Acquisition() 
    94                 self._commitDeploymentMigration(associateWithCedaObservation, dataProductionTool, 'ceda_acquisition_id') 
    95                 '''                 
    96                 if not (hasCedaComposite or hasCedaProcessing or hasCedaAcquisition): 
    97                     hasCedaProcessing = True 
    98                     hasCedaComposite = False 
    99                     hasCedaAcquisition = True                             
     103                #MigrationEPB.loadAttributes(dataProductionTool, 'ceda_acquisition_id')                 
     104                if dataProductionTool.ceda_acquisition_id is None: 
     105                    pass 
     106                    ''' 
     107                    associateWithCedaObservation = createCEDA_Acquisition() 
     108                    self._commitDeploymentMigration(associateWithCedaObservation, dataProductionTool, 'ceda_acquisition_id') 
     109                    '''                 
     110                else: 
     111                    #should update 
     112                    pass 
     113                    if not (hasCedaComposite or hasCedaProcessing or hasCedaAcquisition): 
     114                        hasCedaProcessing = True 
     115                        hasCedaComposite = False 
     116                        hasCedaAcquisition = True                             
    100117        return associateWithCedaObservation                             
    101118         

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/processor/loadResources.py

    r8180 r8323  
    1818    """ 
    1919    def __init__(self): 
    20         self._migrationSession = MigrationEPB.getNewMigrationSession() 
     20        pass 
    2121 
    2222    def process(self): 
    … …  
    2929            ex.extend(self._loadCollections(status, DT_DEPLOYMENTS, DeploymentsMigration)) 
    3030            ex.extend(self._loadCollections(status, DT_DEPLOYMENT_DATA, DeploymentDataMigration))                                                
    31              
    32         self._migrationSession.close() 
    3331        return ex 
    3432 
    35     def updateMigrationDoc(self, migrationClass, doc_id, docHash, docCreation): 
    36         """ 
    37             Updates an existing migration document 
    38             @param migrationClass: the migration class associated with the document 
    39             @param doc_id: the document id 
    40             @param docHash: the document hashCode calculated by libs.migration.processor.commons.calculateHash 
    41             @param docCreation:the creation date 
    42             @return: True if the document exists, False otherwise               
    43         """ 
    44         coll = MigrationEPB.search(migrationClass, doc_id, self._migrationSession) 
    45         if coll != None: 
    46             #... and has the same hash nothing has changed 
    47             if coll.doc_hash == docHash:                 
    48                 return True 
    49             else: 
    50                 coll.doc_creation = stringToTimestamp(docCreation) 
    51                 coll.doc_hash = docHash 
    52                 self._migrationSession.commit() 
    53                 return True 
    54         return False 
    55  
    56  
    57     def createMigrationDoc(self, migrationClass, doc_id, docName, docOwner, docStatus, docHash, docCreation): 
    58         coll = None 
     33    def _createMigrationObject(self, migrationClass, doc_id, docName, docOwner, docStatus, docHash, docCreation): 
     34        migrationObject = None 
    5935        if migrationClass == DeploymentsMigration: 
    60             coll = DeploymentsMigration() 
    61             coll.depl_id = doc_id 
     36            migrationObject = DeploymentsMigration() 
     37            migrationObject.depl_id = doc_id 
    6238        elif  migrationClass == DataEntityMigration: 
    63             coll = DataEntityMigration() 
    64             coll.data_ent_id = doc_id 
     39            migrationObject = DataEntityMigration() 
     40            migrationObject.data_ent_id = doc_id 
    6541        elif migrationClass == DeploymentDataMigration: 
    66             coll = DeploymentDataMigration() 
    67             coll.deployment_data_id = doc_id 
    68              
    69         self._processNotExistingDoc(coll, docName, docOwner, docStatus, docHash, docCreation) 
     42            migrationObject = DeploymentDataMigration() 
     43            migrationObject.deployment_data_id = doc_id 
     44          
     45        if migrationObject is None: 
     46            raise Exception("migrationObject is None") 
     47        migrationObject.doc_name = docName 
     48        migrationObject.doc_owner = docOwner 
     49        migrationObject.doc_status = docStatus 
     50        migrationObject.doc_hash = docHash                       
     51        migrationObject.doc_creation = stringToTimestamp(docCreation) 
     52        try: 
     53            MigrationEPB.persistInstance(migrationObject) 
     54        except Exception as e: 
     55            print e 
    7056 
    7157    def _loadCollections(self, docStatus, docType, migrationClass): 
    … …  
    10187            @param docOwner: a common.docOwner item    
    10288        """ 
     89           
    10390        docHash = getAtomDocumentHash(docStatus, docType, docOwner, docName) 
    10491        xmlDocument = getAtomDocumentAsElementtree(docStatus, docType, docOwner, docName) 
    105                                      
    106         docCreation = self._extractCreationDate(xmlDocument) 
    107         doc_id = findID(xmlDocument)  
     92        doc_id = findID(xmlDocument) 
     93          
     94        #The document has been already classified 
     95        if doc_id is None or MigrationEPB.search(migrationClass, doc_id) is not None: 
     96            return 
    10897         
    109         if self.updateMigrationDoc(migrationClass, doc_id, docHash, docCreation): 
    110             return 
    111  
    112         self.createMigrationDoc(migrationClass, doc_id, docName, docOwner, docStatus, docHash, docCreation) 
    113              
    114     def _processNotExistingDoc(self, migrationObject, docName, docOwner, docStatus, docHash, docCreation): 
    115         if migrationObject is None: 
    116             raise Exception("migrationObject is None") 
    117         migrationObject.doc_name = docName 
    118         migrationObject.doc_owner = docOwner 
    119         migrationObject.doc_status = docStatus 
    120         migrationObject.doc_hash = docHash                       
    121         migrationObject.doc_creation = stringToTimestamp(docCreation) 
    122         MigrationEPB.addMigration(migrationObject, self._migrationSession) 
    123         self._migrationSession.commit()     
     98                           
     99        #The document shall be classified                                 
     100        docCreation = self._extractCreationDate(xmlDocument)        
     101        self._createMigrationObject(migrationClass, doc_id, docName, docOwner, docStatus, docHash, docCreation) 
    124102 
    125103 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/processor/migrationProcess.py

    r8258 r8323  
    66from libs.migration.processor.dataEntity import DataEntityProcessor 
    77from libs.migration.MigrationEPB import MigrationEPB 
    8 from MolesManager.moles3epb import Moles3EPB 
    9 from libs.migration.migration_sessions import MigrationSessions 
    108import logging 
    119from logging import StreamHandler 
    12 from libs.migration.exception.exceptions import migrationObjectDescription 
    1310 
    1411class MigrationProcess(): 
    … …  
    2118    """ 
    2219    def __init__(self): 
    23         ''' 
    24             Because this is usually the starting point of a migration 
    25             process, it initialize the necessaries DB sessions   
    26         ''' 
    27         self.migrationSessions = MigrationSessions(MigrationEPB.getNewMigrationSession(), Moles3EPB.getNewMolesSession()) 
     20        pass 
    2821     
    2922    def process(self, dataEntityObject = None): 
    … …  
    3831        exs = [] 
    3932        data_ents = [] 
    40          
     33        data_ents.append(MigrationEPB.getDataEntityMigrationbyPath(dataEntityObject)) 
     34        """ 
    4135        #Does the migrationObject exists? 
    4236        if dataEntityObject: 
    … …  
    4438        else: #then process all the DataEntities 
    4539            data_ents = MigrationEPB.getAllDataEntityMigration(session = self.migrationSessions.migrationSession) 
     40        """ 
    4641             
    4742        #loops over the data entities 
    48         for dataEntityMigration in [f for f in data_ents if f != None]: 
    49             MigrationProcess.log.info("Start processing dataEntity %s" % (migrationObjectDescription(dataEntityMigration)))              
    50             dep = DataEntityProcessor(dataEntityMigration, self.migrationSessions)             
     43        for dataEntityMigration in [f for f in data_ents if f != None]:                          
     44            dep = DataEntityProcessor(dataEntityMigration)             
    5145            exs.extend(dep.process()) 
    5246            MigrationProcess.log.info("Done")             

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/tests/dropAllTables.sql

    r8254 r8323  
    556556DROP TABLE IF EXISTS deployments_migration CASCADE; 
    557557DROP TABLE IF EXISTS cv_solidvaluepair_cv_discretecoverage CASCADE; 
    558 DROP TABLE IF EXISTS ceda_gui CASCADE; 
     558DROP TABLE IF EXISTS ceda_guid CASCADE; 
     559 
     560 
    559561 
    560562DROP SEQUENCE IF EXISTS angle_id_seq CASCADE; 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/tests/migrationprocess.py

    r8254 r8323  
    2323 
    2424    def setUp(self): 
    25         #self._dropAllTables() 
    26          
    2725        migrationDB = DbManager(MIGRATION_DB_CONNECTION, MIGRATION_DB_SCRIPT, sql_echo=True) 
     26        #migrationDB = DbManager(MIGRATION_DB_CONNECTION, MIGRATION_DB_SCRIPT) 
    2827        MigrationEPB.overrrideDBManager(migrationDB)         
    2928 
    3029        molesDB = DbManager(MOLES3_DB_CONNECTION, MOLES3_DB_SCRIPT, sql_echo=True, session_event_manager=EVENTS_DB) 
     30        #molesDB = DbManager(MOLES3_DB_CONNECTION, MOLES3_DB_SCRIPT, session_event_manager=EVENTS_DB) 
    3131        Moles3EPB.overrrideDBManager(molesDB) 
    3232         
    33         infoDB = DbManager(INFO_DB_CONNECTION, sql_echo=True) 
     33        #infoDB = DbManager(INFO_DB_CONNECTION, sql_echo=True) 
     34        infoDB = DbManager(INFO_DB_CONNECTION)         
    3435        InfodbEPB.overrrideDBManager(infoDB) 
    3536         
    3637        lr = LoadResources() 
    37         ex = [] 
    38         #ex = lr.process() 
     38        ex = lr.process() 
    3939        for e in ex: 
    4040            print e 
    41           
    4241 
    43     def testMigrationProcess(self): 
     42    def testMigrationProcess(self):         
    4443        mp = MigrationProcess() 
    4544 
    4645        dataEntity = MigrationObject() 
    47         dataEntity.doc_status = DS_pUBLISHED 
    4846        dataEntity.doc_owner = DO_BADC 
     47                 
     48        #dataEntity.doc_status = DS_pUBLISHED 
    4949        #dataEntity.doc_name = 'dataent_csip.atom' 
    5050         
    51         dataEntity.doc_status = DS_PUBLISHED 
    52         dataEntity.doc_name = 'DE_095e8da2-cf02-11e0-8b7a-00e081470265.atom' 
     51        #Has a DOI 
     52        #dataEntity.doc_status = DS_PUBLISHED 
     53        #dataEntity.doc_name = 'DE_095e8da2-cf02-11e0-8b7a-00e081470265.atom' 
     54         
     55        #Has 3 DOI 
     56        dataEntity.doc_status = DS_pUBLISHED 
     57        dataEntity.doc_name = 'dataent_chobs.atom'         
     58                 
    5359         
    5460        ex = mp.process(dataEntity) 
     61        #ex = [] 
    5562        #ex = mp.process() 
    5663        for e in ex: 
    5764            print e 
     65        #self._dropAllTables() 
    5866         
    5967    def _dropAllTables(self): 
    60         molesDB = DbManager(MOLES3_DB_CONNECTION, None) 
    61         Moles3EPB.overrrideDBManager(molesDB) 
    6268        session = Moles3EPB.getNewMolesSession() 
    6369        f = open('dropAllTables.sql', 'r') 
    … …  
    6571            stripped = line.strip() 
    6672            if len(stripped) > 0: 
    67                 Moles3EPB.executeNative(line.strip()) 
     73                Moles3EPB.executeNative(line.strip(), session) 
    6874        session.commit() 
    69         session.close() 
    70         molesDB = None         
     75        session.close()         
    7176         
    7277         

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/tests/moles3epbmothods.py

    r8295 r8323  
    1212from logging import StreamHandler 
    1313from test_utils import createObservationCollection, createObservation, createProject 
    14 from testconfig import TESTMOLES3_DB_CONNECTION 
    1514from ea_model.ceda_metadatamodel.ceda_observationcollection.ceda_observationcollection import CEDA_ObservationCollection 
    1615from ea_model.moles3_4.observationcollection.mo_observationcollection import MO_ObservationCollection 
    … …  
    1918from ea_model.moles3_4.observation.mo_observation import MO_Observation 
    2019from ea_model.moles3_4.utilities.mo_rolevalue import MO_RoleValue 
     20from sqlalchemy.orm import subqueryload_all, subqueryload, joinedload,\ 
     21    joinedload_all, contains_eager 
     22from ea_model.iso_19115_2006_metadata_corrigendum.reference_system_information.md_identifier import MD_Identifier 
     23from sqlalchemy.orm.util import aliased 
    2124 
    2225 
    … …  
    4144        #self.checkExtractProjectObservationCollections() 
    4245        #self.checkExtractObservationCollectionsForObservation() 
    43         self.checkObservationAuthors() 
     46        #self.checkObservationAuthors() 
     47        self.checkSubqueryload() 
     48 
     49    def checkSubqueryload(self): 
     50        eagerloadthese = ['identifier', 'resultTime', 'relatedParty.party'] 
     51        obs_id = 1 
     52        ret = Moles3EPB.searchSelectiveEager(CEDA_Observation, obs_id, eagerloadthese) 
     53        print ret.relatedParty[0].party 
     54 
     55    def _drillData(self, obj, attrs): 
     56        """ 
     57            @param obj: its an instance already living inside an SQLAlchemy session 
     58            @param attrs: a list of attributes owned by the obj parameter. It accepts dot separated attributes as childern of obj attributes.  
     59        """         
     60        for item in attrs: 
     61            attr = item.split('.')[0]             
     62            if isinstance(obj, list): 
     63                for element in obj: 
     64                    self._drillData(element, [item]) 
     65            else: 
     66                if hasattr(obj, attr): 
     67                    nobj = getattr(obj, attr)  
     68                    if len(attr) != len(item): 
     69                        self._drillData(nobj, [item[len(attr) + 1:]]) 
     70 
    4471 
    4572    def checkObservationAuthors(self): 
    … …  
    6289         
    6390        self.logging.info('Stores an new CEDA_ObservationCollection') 
    64         Moles3EPB.addCedaObject(observationCollection, session) 
    65         session.commit() 
     91        Moles3EPB.persistInstance(observationCollection) 
    6692 
    6793        my_identifier = Moles3EPB.extractCollectionIdentifierByTitle('test_title', session)             
    … …  
    79105         
    80106        self.logging.info('Stores an new CEDA_Observation') 
    81         Moles3EPB.addCedaObject(observation, session) 
    82         session.commit() 
     107        Moles3EPB.persistInstance(observation) 
    83108         
    84109        obs = Moles3EPB.extractObservationByTitleKeywords('test_code', session) 
    … …  
    162187    def _create(self, objects, session): 
    163188        for item in objects: 
    164             Moles3EPB.addCedaObject(item, session) 
    165         session.commit() 
     189            Moles3EPB.persistInstance(item) 
    166190 
    167191    def _delete(self, objects, session): 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/tests/moles3epbtests.py

    r8236 r8323  
    4848        #self.checkTM_Instant() 
    4949        #self.checkTM_Position() 
    50         self.checkCI_Responsibility()     
     50        self.checkCI_Responsibility()  
    5151 
    5252    def checkEmptyObservationCollection(self): 
    … …  
    5555         
    5656        self.logging.info('Stores an empty new CEDA_ObservationCollection') 
    57         Moles3EPB.addCedaObject(observationCollection, session) 
     57        Moles3EPB.persistInstance(observationCollection, session) 
    5858        session.commit() 
    5959         
    … …  
    7272         
    7373        self.logging.info('Tries to stores an empty new %s' % (observation.__class__.__name__)) 
    74         Moles3EPB.addCedaObject(observation, session) 
     74        Moles3EPB.persistInstance(observation, session) 
    7575        self.assertRaises(IntegrityError, session.commit) 
    7676        self.logging.info('Catches that Ceda_Observation.dataLineage is missing') 
    … …  
    7979        self.logging.info('Adds the dataLineage and tries to store it again') 
    8080        observation.dataLineage = "aNewDataLineage"         
    81         Moles3EPB.addCedaObject(observation, session)         
     81        Moles3EPB.persistInstance(observation, session)         
    8282        session.commit()         
    8383         
    … …  
    9696         
    9797        self.logging.info('Stores an empty new CEDA_ObservationCollection') 
    98         Moles3EPB.addCedaObject(observationCollection, session) 
     98        Moles3EPB.persistInstance(observationCollection, session) 
    9999        session.commit() 
    100100         
    … …  
    122122         
    123123        self.logging.info('Tries to stores a new %s' % (observation.__class__.__name__)) 
    124         Moles3EPB.addCedaObject(observation, session)         
     124        Moles3EPB.persistInstance(observation, session)         
    125125        session.commit()         
    126126         
    … …  
    141141         
    142142        self.logging.info('Stores an empty new CEDA_ObservationCollection') 
    143         Moles3EPB.addCedaObject(ci_date, session) 
     143        Moles3EPB.persistInstance(ci_date, session) 
    144144        session.commit() 
    145145         
    … …  
    158158         
    159159        self.logging.info('Stores an empty new TM_Position') 
    160         Moles3EPB.addCedaObject(tm_position, session) 
     160        Moles3EPB.persistInstance(tm_position, session) 
    161161        session.commit() 
    162162         
    … …  
    176176 
    177177        self.logging.info('Stores an empty new TM_Instant') 
    178         Moles3EPB.addCedaObject(tm_instant, session) 
     178        Moles3EPB.persistInstance(tm_instant, session) 
    179179        session.commit() 
    180180         
    … …  
    193193     
    194194        self.logging.info('Stores an empty new CEDA_Project') 
    195         Moles3EPB.addCedaObject(project, session) 
     195        Moles3EPB.persistInstance(project, session) 
    196196        session.commit() 
    197197         
    … …  
    211211        responsibility = createCI_Responsibility() 
    212212        self.logging.info('Stores an empty new CEDA_Project') 
    213         Moles3EPB.addCedaObject(responsibility, session) 
     213        Moles3EPB.persistInstance(responsibility, session) 
    214214        session.commit() 
    215215        session.expunge(responsibility) 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/tests/testconfig.py

    r8254 r8323  
    88INFO_DB_CONNECTION = 'postgresql://cedainfo:ler239b@bora.badc.rl.ac.uk:5432/cedainfo' 
    99 
    10 TESTMIGRATION_DB_CONNECTION = 'postgresql://badc:rotyn217m@neptune.badc.rl.ac.uk:5432/ceda_moles3_test' 
    11 TESTMOLES3_DB_CONNECTION = 'postgresql://badc:rotyn217m@neptune.badc.rl.ac.uk:5432/ceda_moles3_test' 
     10#TESTMIGRATION_DB_CONNECTION = 'postgresql://badc:rotyn217m@neptune.badc.rl.ac.uk:5432/ceda_moles3_test' 
     11#TESTMOLES3_DB_CONNECTION = 'postgresql://badc:rotyn217m@neptune.badc.rl.ac.uk:5432/ceda_moles3_test' 
    1212 
    1313from libs.migration.db.migrationTables import doTables as doMigration 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.