Changeset 8054


Ignore:
Timestamp:
10/01/12 17:15:33 (8 years ago)
Author:
mnagni
Message:

Deep refactoring of the DB Connection. Now the there are
1) a PJB concentrating all the migration DB actions and managing their sessions
2) a Middleware doing a similar thing for the Django application

Location:
mauRepo/MolesManager/trunk/src
Files:
3 added
1 deleted
12 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/dataaccess.py

    r8015 r8054  
    44@author: mnagni 
    55''' 
    6 from MolesManager.settings import MOLES3DB 
    76from ea_model.iso_19103_2005_schema_language.basic_types.primitive.date_and_time.date import Date 
    87from ea_model.ceda_moles.ceda_observation.ceda_observation import CEDA_Observation 
    9  
     8from sqlalchemy.orm.util import class_mapper 
    109 
    1110def _buildFilter(key, keyValue): 
    1211    return '%s = \'%s\'' % (key, keyValue) 
    1312 
    14 def _checkSession(session): 
    15     if session is None: 
    16         return MOLES3DB.getSession() 
    17     else: 
    18         return session 
    19  
    20 def doInsert(toStoreInstance, session = None):  
    21     session = _checkSession(session) 
     13def doInsert(toStoreInstance, session): 
    2214    session.add(toStoreInstance) 
    2315    session.commit() 
    2416 
    25 def getCEDA_ObservationById(id, session = None):      
    26     session = _checkSession(session) 
    27     res = session.query(CEDA_Observation).filter(*[_buildFilter('ceda_observation_id', id)]) 
     17def getCEDA_ObservationById(id, session):    
     18    res = session.query(CEDA_Observation) 
    2819    print(res) 
    2920    return res.all() 
    3021 
    31 def getDateById(id, session = None):      
    32     session = _checkSession(session) 
     22def getDateById(id, session):      
    3323    res = session.query(Date).filter(*[_buildFilter('date_id', id)]) 
    3424    print(res) 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/settings.py

    r8042 r8054  
    11# Django settings for MolesManager project. 
    22import os 
    3 from db_manager.dbConnection import DBConnection, DBScript 
     3 
    44 
    55DEBUG = True 
    … …  
    102102    'django.contrib.auth.middleware.AuthenticationMiddleware', 
    103103    'django.contrib.messages.middleware.MessageMiddleware', 
     104    'molesSessionMiddleware.MolesSessionMiddleware', 
    104105) 
    105  
    106106ROOT_URLCONF = 'MolesManager.urls' 
    107107 
    … …  
    162162    } 
    163163} 
     164 
     165#moles3 database connection 
    164166MOLES3 = 'moles3' 
    165 MOLES2 = 'moles2' 
     167MOLES3_DB_CONNECTION = 'postgresql://badc:rotyn217m@neptune.badc.rl.ac.uk:5432/Moles3' 
     168MOLES3_DB_SCRIPT = '/misc/frigid3/humid1/mnagni/workspaces/moles3/MolesManager/src/sqlTables.py' 
    166169 
    167 MOLES3DB_SCRIPT = '/misc/frigid3/humid1/mnagni/workspaces/moles3/MolesManager/src/sqlTables.py' 
    168 MOLES3DB = DBConnection('postgresql://badc:rotyn217m@neptune.badc.rl.ac.uk:5432/Moles3') 
    169 MOLES3DB.initTables(DBScript(MOLES3DB_SCRIPT)) 
     170 
     171#moles2 to moles3 migration database connection 
     172MIGRATION = 'migration' 
     173MIGRATION_DB_CONNECTION = 'postgresql://badc:rotyn217m@neptune.badc.rl.ac.uk:5432/Moles3' 
     174MIGRATION_DB_SCRIPT = '/misc/frigid3/humid1/mnagni/workspaces/moles3/MolesManager/src/libs/migration/db/migrationTables.py' 
     175  

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/static/templates/cedaObservation.html

    r8042 r8054  
    1414 
    1515        <div class="fieldWrapper"> 
    16                 <label for="id_dataLineage">dataLineage</label> {{ coObs.dataLineage 
    17                 }} <label for="id_relatedParty">relatedParty</label> {{ 
    18                 coObs.relatedParty }} 
     16                <label for="id_dataLineage">dataLineage</label> {{ coObs.dataLineage }}  
     17                <label for="id_relatedParty">relatedParty</label> {{ coObs.relatedParty }} 
    1918        </div> 
    2019</form> 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/MolesManager/views/cedaObservationView.py

    r8016 r8054  
    44@author: mnagni 
    55''' 
    6 from MolesManager.dataaccess import getCEDA_ObservationById 
    76from MolesManager.forms.date import createForm 
    87from django.shortcuts import render_to_response 
    98from django.core.context_processors import csrf 
    109from MolesManager.forms.commons import ObjectById 
    11 from ea_model.ceda_moles.ceda_observation.ceda_observation import CEDA_Observation 
     10from ea_model.ceda_metadatamodel.ceda_observation.ceda_observation import CEDA_Observation 
     11from MolesManager.molesSessionMiddleware import MolesSessionMiddleware 
    1212 
    1313 
    … …  
    2828    coObj = co(request.POST or None) 
    2929 
    30     if objectId.is_valid() and coObj.is_valid(): 
    31         return coObj 
    32  
    3330    if objectId.is_valid(): 
    3431        id = objectId.cleaned_data['obj_id'] 
    35         dp = getCEDA_ObservationById(objectId.cleaned_data['obj_id']) 
    36         return createForm(dp[0]) 
     32        dp = MolesSessionMiddleware.search(request, CEDA_Observation, objectId.cleaned_data['obj_id']) 
     33        return createForm(dp) 
    3734    return None 
    3835def coView(request): 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/db_manager/dbConnection.py

    r8014 r8054  
    1414class DBConnection(object): 
    1515     
    16     def __init__(self, dbConnectionString): 
     16    def __init__(self, dbConnectionString, dbInitializer = []): 
    1717        self._dbConnectionString = dbConnectionString 
    18         self._engine = None 
    19         self._metadata = None 
    20         self._Session = None 
    21         self._dbInitializer = [] 
    22  
    23     def initTables(self, dbInitializer): 
    24         if(dbInitializer): 
    25             dbInitializer.initTables(self._getMetadata(), self._getEngine()) 
    26             self._dbInitializer.append(dbInitializer)         
     18        for initalizer in dbInitializer: 
     19            initalizer.initTables(self._metadata, self._engine) 
    2720     
    2821    def getSession(self): 
    29         return (self._getSession())() 
     22        return (self._session)() 
     23 
     24    @property             
     25    def _metadata(self): 
     26        if not self.__dict__.has_key('_metadata'): 
     27            self._metadata = MetaData() 
     28        return self.__dict__['_metadata']  
     29 
     30    @_metadata.setter             
     31    def _metadata(self, value): 
     32        self.__dict__['_metadata'] = value 
    3033     
    31     def _getEngine(self): 
    32         if not self._engine: 
     34    @property             
     35    def _engine(self): 
     36        if not self.__dict__.has_key('_engine'): 
    3337            self._engine = create_engine(self._dbConnectionString, echo=True) 
    34         return self._engine 
    35              
    36     def _getMetadata(self): 
    37         if not self._metadata: 
    38             self._metadata = MetaData() 
    39         return self._metadata  
     38        return self.__dict__['_engine']  
     39 
     40    @_engine.setter             
     41    def _engine(self, value): 
     42        self.__dict__['_engine'] = value     
    4043     
    41     def _getSession(self): 
    42         if not self._Session: 
    43             self._Session = sessionmaker(bind=self._getEngine()) 
    44         return self._Session 
     44    @property             
     45    def _session(self): 
     46        if not self.__dict__.has_key('_session'): 
     47            self._session = sessionmaker(bind=self._engine) 
     48        return self.__dict__['_session']  
     49 
     50    @_session.setter             
     51    def _session(self, value): 
     52        self.__dict__['_session'] = value               
    4553 
    4654 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/commons_db.py

    r8014 r8054  
    44@author: mnagni 
    55''' 
     6from sqlalchemy import MetaData, create_engine 
     7from sqlalchemy.orm import sessionmaker, scoped_session 
     8class DbManagerCollection(object): 
     9    """ 
     10        Represents a collection of DbManagers. The key of the dictionary passed as argument to the constructor  
     11        will be used to retrieve a specific db instance.          
     12    """ 
     13    def __init__(self, dbManagers = {}):  
     14        self._dbManagers = dbManagers 
     15         
     16    def createSession(self, name): 
     17        if self._dbManagers.has_key(name): 
     18            return self._dbManagers[name].createDbSession() 
     19 
     20class DbManager(object): 
     21    """ 
     22        Represents a database instance managed by an SQLAlchemy engine.         
     23    """ 
     24    def __init__(self, connection, script): 
     25        """ 
     26          :param connection: the URL used to open a connection to the database 
     27          :param script: a python module defining the classes mapping         
     28        """ 
     29        self._connection = connection 
     30        self._script = script 
     31        self._engine = create_engine(self._connection, echo=True) 
     32        if (self._script): 
     33            self._metadata = MetaData()  
     34            execfile(self._script, {'metadata': self._metadata, 'engine': self._engine}) 
     35        self._session = scoped_session(sessionmaker(bind=self._engine))     
     36  
     37    def createDbSession(self): 
     38        """ 
     39           Returns a brand new Session 
     40        """ 
     41        return self._session() 
     42 
     43    def closeDbSession(self, dbSession): 
     44        """ 
     45          Commits and closes the given session instance 
     46          :param dbSession: a Session instance 
     47        """ 
     48        try: 
     49            dbSession.commit() 
     50            dbSession.close() 
     51        except: 
     52            dbSession.rollback() 
     53            dbSession.close() 
     54            raise             
    655 
    756def doInsertOrUpdate(items, session, update = True): 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/client.py

    r8044 r8054  
    44@author: mnagni 
    55''' 
    6 from libs.migration.db.dbConnection import MOLES3DB, \ 
    7     getObservationCollectionMigrationOrderByDate, _buildFilter 
    8 from libs.migration.processor.dataEntity import DataEntityProcessor 
    96from libs.migration.processor.loadResources import LoadResources 
    10 from ea_model.moles3_4.utilities.mo_responsiblepartyinfo import MO_ResponsiblePartyInfo 
    11 from ea_model.moles3_4.utilities.mo_rolevalue import MO_RoleValue 
    12 from ea_model.upcomingiso.ci_party import CI_Party 
    13 from libs.commons_db import doInsertOrUpdate 
     7from libs.migration.pjb import PJB 
     8from libs.migration.processor.migrationProcess import MigrationProcess 
    149 
    1510''' 
    … …  
    1813 
    1914 
    20 session = MOLES3DB.getSession() 
     15             
     16         
     17 
     18 
    2119 
    2220''' 
    … …  
    5048''' 
    5149 
    52  
    53 lr = LoadResources(session) 
     50pjb = PJB() 
     51lr = LoadResources(pjb) 
    5452lr.process() 
    5553 
    56 sorted_data_ents = getObservationCollectionMigrationOrderByDate(session) 
    57 exs = [] 
    58 #loops over the sorted data entities 
    59 for de in sorted_data_ents:     
    60     de_path = '%s/%s' % (de.exist_path, de.data_ent_name) 
    61     dep = DataEntityProcessor(de_path, session) 
    62     exs.append(dep.process())     
    63     #session.commit() 
    64 print exs     
     54mp = MigrationProcess(pjb) 
     55mp.process() 
    6556 
    6657 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/db/dbConnection.py

    r8042 r8054  
    1313from ea_model.ceda_metadatamodel.ceda_observation.ceda_observation import CEDA_Observation 
    1414 
     15''' 
    1516SITE_ROOT = '/misc/frigid3/humid1/mnagni/workspaces/moles3/MolesManager/src' 
    1617 
    … …  
    1819MigrationDB_SCRIPT = SITE_ROOT + '/libs/migration/db/migrationTables.py' 
    1920 
    20 _MOLES3DB = DBConnection('postgresql://badc:rotyn217m@neptune.badc.rl.ac.uk:5432/Moles3') 
    21 _MOLES3DB.initTables(DBScript(MOLES3DB_SCRIPT)) 
    22 _MOLES3DB.initTables(DBScript(MigrationDB_SCRIPT)) 
     21initializer = [] 
     22initializer.append(DBScript(MOLES3DB_SCRIPT)) 
     23initializer.append(DBScript(MigrationDB_SCRIPT)) 
     24_MOLES3DB = DBConnection('postgresql://badc:rotyn217m@neptune.badc.rl.ac.uk:5432/Moles3', initializer) 
    2325MOLES3DB = _MOLES3DB 
     26''' 
    2427 
    2528 
    … …  
    3639    return session.query(ObservationMigration).filter(*[_buildFilter('depl_name', deplName)]).first()             
    3740 
    38 def getObservationCollectionMigrationOrderByDate(session): 
    39     data_ents = getAllObjects(ObservationCollectionMigration, session) 
    40     return data_ents.order_by(asc("data_ent_creation"))     
     41    
    4142         
    4243     

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/processor/commons.py

    r8016 r8054  
    1111from xml.etree.ElementTree import XML 
    1212import time, datetime 
    13 from libs.migration.db.classes import ObservationMigration 
    1413from ea_model.upcomingiso.ci_organisation import CI_Organisation 
    1514 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/processor/dataEntity.py

    r8044 r8054  
    99from libs.migration.processor.commons import getResource, findDeploymentsInDE,\ 
    1010    getResourceRefs, getDocument, getXMLDocument 
    11 from libs.migration.db.dbConnection import getObservationMigrationByName 
     11from libs.migration.pjb import PJB 
    1212 
    1313class DataEntityProcessor(object): 
    … …  
    2020    '''     
    2121     
    22     def __init__(self, de_path, session): 
     22    def __init__(self, de_path, migrationProcess): 
    2323        ''' 
    2424            Initializes the class 
    … …  
    2727        '''           
    2828        self._de_path = de_path 
    29         self.session = session 
     29        self._migrationProcess = migrationProcess 
     30        self._migrationSession = migrationProcess._migrationSession 
     31        self._molesSession = migrationProcess._molesSession 
    3032        self.resource = None 
    3133        self._depls = 0         
    … …  
    9092        for deplName in self._depls: 
    9193            #retrieve the deployment's path 
    92             deplObj = getObservationMigrationByName(deplName + '.atom', self.session)             
     94            deplObj = PJB.getObservationMigrationByName(deplName + '.atom', self._migrationSession)             
    9395            if deplObj is None: 
    9496                print "cannot find deployment %s for resource %s" % (deplName, self._de_path) 
    … …  
    98100                #Processes the deployment 
    99101                depl.process() 
    100                 self.session.commit()                 
     102                self._migrationProcess.commitAll()                 
    101103            except NoDataLineage as ex: 
    102                 self.session.rollback() 
     104                self._migrationProcess.rollbackAll() 
    103105                exs.append(ex) 
    104106                print ex 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/processor/deployment.py

    r8044 r8054  
    1212from libs.migration.exception.exceptions import NoDataLineage 
    1313from ea_model.ceda_metadatamodel.ceda_observation.ceda_observation import CEDA_Observation 
     14from libs.migration.pjb import PJB 
    1415 
    1516class DeploymentProcessor(object): 
    … …  
    3435        self._deplObj = deplObj 
    3536        self._deProcessor = deProcessor 
     37 
     38        self._migrationSession = deProcessor._migrationSession 
     39        self._molesSession = deProcessor._molesSession 
    3640 
    3741    def _existsCEDAasPublisher(self): 
    … …  
    154158        self._deployment = getXMLDocument(self._de_path) 
    155159        self._ceda_observation = None 
    156         isUpdate = True 
     160         
     161        add = False 
    157162        #Exists already an associated CEDA_Observation associated to this deployment? 
    158163        if self._deplObj is not None and self._deplObj.obs_id is not None: 
    159             self._ceda_observation = findCEDAObservationByDeplID(self._deplObj.obs_id, self._deProcessor.session) 
     164            self._ceda_observation = PJB.search(CEDA_Observation, self._deplObj.obs_id, self._migrationSession) 
    160165 
    161166        #If does not exist creates a new one             
    162167        if self._ceda_observation is None: 
    163             isUpdate = False 
     168            add = True 
    164169            self._ceda_observation = CEDA_Observation() 
    165170            self._ceda_observation.relatedParty = [] 
    … …  
    167172        #fills/update the CEDA_Observation                         
    168173        self._processObj(self._ceda_observation) 
    169         #insert/update the CEDA_Observation 
    170         doInsertOrUpdate([self._ceda_observation], self._deProcessor.session, isUpdate) 
    171         self._deProcessor.session.commit() 
     174         
     175        if add: 
     176            PJB.addCEDA_Observation(self._ceda_observation, self._molesSession) 
     177        self._molesSession.commit() 
    172178        self._deplObj.obs_id = self._ceda_observation.id 
    173         doInsertOrUpdate([self._deplObj], self._deProcessor.session, True) 
    174         self._deProcessor.session.commit() 
     179         
     180        if add: 
     181            PJB.addObservationMigration(self._deplObj, self._migrationSession) 
    175182        return self._ceda_observation 
    176183 

  • mauRepo/MolesManager/trunk/src/libs/migration/processor/loadResources.py

    r8016 r8054  
    55''' 
    66from libs.migration.processor.commons import docStatus, base, getCollectionRefs,\ 
    7     getResource, findMolesCreationDate, findID, stringToTimestamp,\ 
     7    findMolesCreationDate, findID, stringToTimestamp,\ 
    88    getResourceRefs, getXMLDocument 
    9 from libs.migration.db.classes import ObservationCollectionMigration,\ 
    10     ObservationMigration 
    119from libs.migration.exception.exceptions import NoCreationDate 
    12 from libs.commons_db import getObjectId, doInsertOrUpdate 
     10from libs.migration.db.classes import ObservationMigration,\ 
     11    ObservationCollectionMigration 
     12from libs.migration.pjb import PJB     
    1313 
    1414class LoadResources(object): 
    1515     
    16     def __init__(self, session): 
    17         self._session = session 
     16    def __init__(self, pjb): 
     17        self._migrationSession = PJB.getNewMigrationSession() 
     18        self._molesSession = PJB.getNewMolesSession() 
    1819             
    1920    def _loadDataEntities(self, base): 
    … …  
    5657                print (resourceSource) 
    5758 
    58                                   
    59             isUpdate = True 
    60             coll = getObjectId(ObservationMigration, deID, self._session) 
     59            add = False 
     60            coll = PJB.search(ObservationMigration, deID, self._migrationSession) 
    6161            if coll is None:                 
    6262                coll = ObservationMigration() 
    6363                coll.depl_id = deID 
    64                 isUpdate = False 
     64                add = True 
     65                 
    6566             
    6667            coll.depl_name = deName 
    6768            coll.depl_creation = stringToTimestamp(deCreationDate)  
    68             coll.exist_path = baseOwner             
    69             doInsertOrUpdate([coll], self._session, isUpdate) 
    70             self._session.commit()             
     69            coll.exist_path = baseOwner 
     70             
     71            if add: 
     72                PJB.addObservationMigration(coll, self._migrationSession) 
     73                 
     74            self._migrationSession.commit() 
    7175             
    7276    def _loadDataEntityOwner(self, base, owner): 
    … …  
    9195 
    9296                       
    93             isUpdate = True 
    94             coll = getObjectId(ObservationCollectionMigration, deID, self._session) 
     97            add = False 
     98            coll = PJB.search(ObservationCollectionMigration, deID, self._migrationSession) 
    9599            if coll is None:                 
    96100                coll = ObservationCollectionMigration() 
    97101                coll.data_ent_id = deID 
    98                 isUpdate = False 
     102                add = True 
    99103             
    100104            coll.data_ent_name = deName             
    101105            coll.data_ent_creation = stringToTimestamp(deCreationDate)  
    102             coll.exist_path = baseOwner             
    103             doInsertOrUpdate([coll], self._session, isUpdate) 
    104             self._session.commit() 
     106            coll.exist_path = baseOwner 
     107            if add: 
     108                PJB.addObservationCollectionMigration(coll, self._migrationSession) 
     109            self._migrationSession.commit() 
    105110             
    106111    def process(self): 
    … …  
    111116            baseStatus = '%s/%s' % (base, status) 
    112117            self._loadDataEntities(baseStatus)             
    113             self._loadDeployments(baseStatus)                         
     118            self._loadDeployments(baseStatus) 
     119        self._migrationSession.close() 
     120        self._molesSession.close()                              
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.