Changeset 7762 for mauRepo/xml2owl


Ignore:
Timestamp:
02/12/10 14:50:28 (9 years ago)
Author:
mnagni
Message:

Some fixes about parsing

Location:
mauRepo/xml2owl/trunk
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • mauRepo/xml2owl/trunk/protege.properties

    r7757 r7762  
    11#Protege Properties 
    2 #Wed Dec 01 09:36:12 GMT 2010 
     2#Thu Dec 02 13:45:26 GMT 2010 
     3history.projects.reopen=file\:/home/users/mnagni/workspace/ESGGateway/metafor/examples/newspaper/newspaper.pprj,file\:/home/users/mnagni/workspace/ESGGateway/metafor/examples/pizza/pizza.owl.pprj 
    34SwitchableClassDefinitionType=edu.stanford.smi.protegex.owl.ui.cls.LogicClassDefinitionWidgetType 
    4 history.projects.reopen=file\:/home/users/mnagni/workspace/ESGGateway/metafor/examples/newspaper/newspaper.pprj,file\:/home/users/mnagni/workspace/ESGGateway/metafor/examples/pizza/pizza.owl.pprj 

  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/main/java/ndg/ontology/OntIngester.java

    r7757 r7762  
    141141        } 
    142142 
    143         private <T> void ingest(final Iterator<T> ops, XQExpression xqe) throws XPathExpressionException, XQException { 
     143        private <T> void ingest(final Iterator<T> ops, final XQExpression xqe) throws XPathExpressionException { 
    144144                while (ops.hasNext()) { 
    145145                        T obj = ops.next(); 
    … …  
    151151                                } else if (obj instanceof AddTripleLiteral) { 
    152152                                        process((AddTripleLiteral) obj, xqe); 
     153                                }                                        
     154                        } catch (StatementSupportException e) { 
     155                                if (LOGGER.isErrorEnabled()) { 
     156                                        LOGGER.error("Error! But continuing to loop. Detailed error follows ", e);                                       
    153157                                } 
    154                                          
    155                         } catch (StatementSupportException e) { 
    156                                 LOGGER.error("Error! But continuing to loop. Detailed error follows ", e); 
     158                        } catch (XQException e) { 
     159                                if (LOGGER.isErrorEnabled()) { 
     160                                        LOGGER.error("Error! But continuing to loop. Detailed error follows ", e);                                       
     161                                } 
     162                        } catch (Exception e) { 
     163                                if (LOGGER.isErrorEnabled()) { 
     164                                        LOGGER.error("Error! But continuing to loop. Detailed error follows ", e);                                       
     165                                } 
    157166                        } 
    158167                } 
    … …  
    172181                        } 
    173182 
    174                         statementSupport.addLabel(sbjClass, values[0], values[1]); 
     183                        statementSupport.addLabel(sbjClass, values[0].trim(), values[1].trim()); 
    175184                } 
    176185 
    … …  
    190199                                continue; 
    191200                        }                                
    192                         statementSupport.addLabel(sbjClass, values[0], values[1]); 
     201                        statementSupport.addLabel(sbjClass, values[0].trim(), values[1].trim()); 
    193202                } 
    194203 
    … …  
    229238                                        continue; 
    230239                                }                                        
    231                                 sbjURI = values[0]; 
    232                                 objURI = values[1]; 
     240                                sbjURI = values[0].trim(); 
     241                                objURI = values[1].trim(); 
    233242                                predURI = ontPredicate; 
    234243                        } 
    … …  
    255264                        } 
    256265                                 
    257                         statementSupport.addProperty(sbjClass, values[0], ontPredicate, objClass, values[1]); 
     266                        statementSupport.addProperty(sbjClass, values[0].trim(), ontPredicate, objClass, values[1].trim()); 
    258267                } 
    259268 

  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/main/java/ndg/ontology/parser/support/ProtegeeOntSupport.java

    r7757 r7762  
    3636                if (individualURI == null) { 
    3737                        throw new IndividualException("individualURI null"); 
    38                 }        
     38                } 
     39                 
     40                String indURI = individualURI.replaceAll("\\s", "_"); 
    3941                 
    4042                OWLNamedClass clazz = getClass(classURI); 
    … …  
    4244                        throw new IndividualException("Class(" + classURI + ") does not exists!"); 
    4345                }        
    44                 OWLIndividual individual = model.getOWLIndividual(individualURI); 
    45                 if (individual == null) { 
    46                         individual = clazz.createOWLIndividual(individualURI); 
     46                OWLIndividual individual = model.getOWLIndividual(indURI); 
     47                if (individual == null || !individual.hasRDFType(clazz)) { 
     48                        individual = clazz.createOWLIndividual(indURI); 
    4749                } 
    4850                 
    4951                if (individual == null) { 
    50                         throw new IndividualException("Cannot create Individual(" + classURI + ":" + individualURI + ")"); 
     52                        throw new IndividualException("Cannot create Individual(" + classURI + ":" + indURI + ")"); 
    5153                }        
    5254                 
    5355                if (LOGGER.isDebugEnabled()) { 
    54                         LOGGER.debug("Created Individual(" + classURI + ":" + individualURI + ")"); 
     56                        LOGGER.debug("Created Individual(" + classURI + ":" + indURI + ")"); 
    5557                }        
    5658                return individual; 

  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/test/resources/2.1E.FutureTimeSlice_Ensemble.xml

    r7757 r7762  
    88        --> 
    99 
    10         <rationale> To explore the degree to which future climate states depend on the initial climate state (from 'A Summary of the CMIP5 Experiment Design' by Karl Taylor et al. 2008)</rationale> 
    11         <why></why> 
     10        <rationale>2030 time-slice ensemble. Explore the degree to which future climate states depend on the initial climate state. </rationale> 
     11        <description>Additional expt. 2.1 runs but with different initial conditions imposed on the atmosphere, sea-ice and ocean and possibly also the land). Yield an ensemble of size ≥3.  
     12                The changes in climatological SSTs and sea-ice used in prescribing the SST and sea-ice in these extended time-slice runs should,  
     13                when available, be taken from more than one pair of coupled atmosphere/ocean model runs.</description> 
     14         
    1215         
    1316        <!-- Initial Conditions --> 
     17        <numericalRequirement xsi:type="InitialCondition"> 
     18        <id xsi:type="Identifier">ic.001</id> 
     19        <name xsi:type="Identifier">2.1.ic</name> 
     20        <description>A description of initial condition for the control run </description> 
     21    </numericalRequirement> 
     22     
    1423        <numericalRequirement xsi:type="InitialCondition" > 
     24                <id xsi:type="Identifier">ic.017</id> 
     25                <name xsi:type="Identifier">2.1E.ic.atmos</name> 
    1526                <description>Different Initial Conditions imposed on atmosphere to that of experiment 2.1</description> 
    16                 <id xsi:type="Identifier">2.1E.ic.atmos</id> 
    1727        </numericalRequirement> 
    1828        <numericalRequirement xsi:type="InitialCondition" > 
     29                <id xsi:type="Identifier">ic.018</id> 
     30                <name xsi:type="Identifier">2.1E.ic.ocean</name> 
    1931                <description>Different Initial Conditions imposed on ocean to that of experiment 2.1</description> 
    20                 <id xsi:type="Identifier">2.1E.ic.ocean</id> 
    2132        </numericalRequirement> 
    2233        <numericalRequirement xsi:type="InitialCondition" > 
     34                <id xsi:type="Identifier">ic.019</id> 
     35                <name xsi:type="Identifier">2.1E.ic.seaice</name> 
    2336                <description>Different Initial Conditions imposed on sea-ice to that of experiment 2.1</description> 
    24                 <id xsi:type="Identifier">2.1E.ic.seaice</id> 
    2537        </numericalRequirement> 
    2638        <numericalRequirement xsi:type="InitialCondition" > 
     39                <id xsi:type="Identifier">ic.020</id> 
     40                <name xsi:type="Identifier">2.1E.ic.land</name> 
    2741                <description>Different Initial Conditions imposed on land surface to that of experiment 2.1</description> 
    28                 <id xsi:type="Identifier">2.1E.ic.land</id> 
    2942        </numericalRequirement> 
    3043         
    3144        <!-- Boundary/Forcing Conditions --> 
    3245        <numericalRequirement xsi:type="BoundaryCondition"> 
    33       <description>Prescribed SST anomolies (relative to exp 3.3)  based on either (a) climatology difference between years 2026-2035 (from expt 4.1) and years 1979-2008 (from expt 3.2), OR (b) climatology difference between years 2026-2035 (from expt 1.2) and years 1979-2008 (from expt 1.1)</description> 
    34       <id xsi:type="Identifier">2.1.bc.sst</id> 
    35     </numericalRequirement> 
    36         <numericalRequirement xsi:type="BoundaryCondition"> 
    37       <description>Prescribed Sea Ice concentration anomolies (relative to exp 3.3)  based on either (a) climatology difference between years 2026-2035 (from expt 4.1) and years 1979-2008 (from expt 3.2), OR (b) climatology difference between years 2026-2035 (from expt 1.2) and years 1979-2008 (from expt 1.1)</description> 
    38       <id xsi:type="Identifier">2.1.bc.seaice</id> 
    39     </numericalRequirement> 
    40         <numericalRequirement xsi:type="BoundaryCondition"> 
    41           <description> For future dates, the RCP4.5 scenario should be used</description> 
    42           <id xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp4.5</id> 
     46                <id xsi:type="Identifier">bc.062</id> 
     47                <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.sst</name> 
     48                <description>Prescribed SST anomolies (relative to exp 3.3)  based on either (a) climatology difference between years 2026-2035 (from expt 4.1) and years 1979-2008 (from expt 3.2), OR (b) climatology difference between years 2026-2035 (from expt 1.2) and years 1979-2008 (from expt 1.1)</description> 
    4349        </numericalRequirement> 
    4450         
     51        <numericalRequirement xsi:type="BoundaryCondition"> 
     52                <id xsi:type="Identifier">bc.063</id> 
     53                <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.sst</name> 
     54                <description>Prescribed Sea Ice concentration anomolies (relative to exp 3.3)  based on either (a) climatology difference between years 2026-2035 (from expt 4.1) and years 1979-2008 (from expt 3.2), OR (b) climatology difference between years 2026-2035 (from expt 1.2) and years 1979-2008 (from expt 1.1)</description> 
     55        </numericalRequirement> 
     56         
     57        <numericalRequirement xsi:type="BoundaryCondition">              
     58                <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_wmg</name> 
     59                <description>Imposed changing concentrations or emissions of RCP4.5 well mixed gases including CO2</description> 
     60                <requirementOption> 
     61                        <id xsi:type="Identifier">bc.025</id> 
     62                        <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_wmg_conc</name> 
     63                        <description>Concentrations</description> 
     64                </requirementOption>             
     65                <requirementOption> 
     66                        <id xsi:type="Identifier">bc.029</id> 
     67                        <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_wmg_em</name> 
     68                        <description>Emissions</description> 
     69                </requirementOption> 
     70        </numericalRequirement> 
     71         
     72        <numericalRequirement xsi:type="BoundaryCondition"> 
     73                <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_sls</name> 
     74                <description>Imposed changing concentrations or emissions of RCP4.5 short lived gas species </description> 
     75                <requirementOption> 
     76                        <id xsi:type="Identifier">bc.026</id> 
     77                        <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_sls_conc</name> 
     78                        <description>Concentrations</description> 
     79                </requirementOption> 
     80                <requirementOption> 
     81                        <id xsi:type="Identifier">bc.030</id>                    
     82                        <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_sls_em</name> 
     83                        <description>Emissions</description> 
     84                </requirementOption> 
     85        </numericalRequirement> 
     86         
     87        <numericalRequirement xsi:type="BoundaryCondition"> 
     88                <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_aer</name> 
     89                <description>Imposed changing concentrations or emissions of RCP4.5 aerosols</description> 
     90                <requirementOption> 
     91                        <id xsi:type="Identifier">bc.027</id> 
     92                        <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_aer_conc</name> 
     93                        <description>Concentrations</description> 
     94                </requirementOption> 
     95                <requirementOption> 
     96                        <id xsi:type="Identifier">bc.031</id>                    
     97                        <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_aer_em</name> 
     98                        <description>Emissions</description> 
     99                </requirementOption> 
     100        </numericalRequirement> 
     101         
     102        <numericalRequirement xsi:type="BoundaryCondition"> 
     103                <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_aer_pre</name> 
     104                <description>Imposed changing concentrations or emissions of RCP4.5 aerosol precursors</description> 
     105                <requirementOption> 
     106                        <id xsi:type="Identifier">bc.028</id> 
     107                        <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_aer_pre_conc</name> 
     108                        <description>Concentrations</description> 
     109                </requirementOption> 
     110                <requirementOption> 
     111                        <id xsi:type="Identifier">bc.032</id>                    
     112                        <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_aer_pre_em</name> 
     113                        <description>Emissions</description> 
     114                </requirementOption> 
     115        </numericalRequirement>   
     116         
     117        <numericalRequirement xsi:type="BoundaryCondition"> 
     118                <id xsi:type="Identifier">bc.033</id> 
     119                <name xsi:type="Identifier">2.1E.bc.rcp45_LU</name> 
     120                <description>Imposed changing RCP4.5 land use</description> 
     121        </numericalRequirement> 
     122         
     123         
    45124        <shortName> 
    46                 CMIP5_NumReq_2.1E 
     125                2.1E SST-2030 
    47126        </shortName> 
    48127    <longName>  
    49                 CMIP5 Tier 2 Time-slice experiment 2.1E - Future "time-slice" experiment ensemble 
     128                2030 time-slice - Ensemble 
    50129        </longName> 
    51130      
    52131    <calendar> 
    53                 <daily-360> 
    54                         <range> 
    55                                 <closedDateRange></closedDateRange> 
    56                         </range> 
    57                 </daily-360> 
     132        <realCalendar></realCalendar> 
    58133        </calendar> 
    59         <requiredDuration xsi:type="ClosedDateRange"> 
     134        <numericalRequirement xsi:type="SpatioTemporalConstraint"><name xsi:type="Identifier">2.1E.stc.2026_10yr</name><id xsi:type="Identifier">stc.023</id><description>Begin in 2026 and run for 10 years </description><requiredDuration xsi:type="ClosedDateRange"> 
    60135                <startDate> 2026-01-01T00:00:00Z</startDate> 
    61136                <endDate> 2036-01-01T00:00:00Z </endDate> 
    62         </requiredDuration> 
     137                <length units="years">10</length> 
     138        </requiredDuration></numericalRequirement> 
    63139        <author> 
    64140                <gmd:CI_ResponsibleParty> 
    … …  
    92168        </author> 
    93169        <documentID xsi:type="Identifier"> 
    94                 3.1_pi-control 
    95170        </documentID> 
    96171        <creationDate> 

  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/test/resources/experimentIngestConfig.xml

    r7757 r7762  
    148148        </ndg:addTripleLiteral>  
    149149         
     150        <ndg:addTripleLiteral> 
     151                <ndg:ontSubject> 
     152                        http://www.earthsystemgrid.org/esg.owl#Experiment 
     153                </ndg:ontSubject> 
     154                <ndg:ontPredicate uri="http://www.earthsystemgrid.org/esg.owl#hasExperimentNumber"/>             
     155                <ndg:xquery> 
     156                        <![CDATA[ 
     157                                declare default element namespace "http://www.metaforclimate.eu/cim/1.1"; 
     158                                declare namespace xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"; 
     159                                for $sn in //numericalExperiment 
     160                                return 
     161                                                concat(substring-before($sn/documentID, '_'), ";;", substring-before($sn/documentID, '_')) 
     162             ]]>             
     163                </ndg:xquery>            
     164        </ndg:addTripleLiteral>  
     165         
    150166        <!-- NUMERICAL_EXPERIMENT.triple --> 
    151167        <ndg:addTriple> 

  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/test/resources/ingesterConfig.xml

    r7732 r7762  
    211211                        <![CDATA[ 
    212212                declare default element namespace "http://www.metaforclimate.eu/schema/cim/1.5"; 
    213                 for $sn in //CIMRecord/simulationRun/conformance/reference/name 
     213                for $sn in //CIMRecord/simulationRun//conformance/requirement/reference/name 
    214214                        return 
    215215                                concat($sn, ";;", $sn) 

  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/test/resources/sample_cmip5qn_100930_mark.xml

    r7732 r7762  
    1467614676        <longName>Machine IBM Power 6 and compiler Other</longName> 
    1467714677        <machine> 
    14678           <machineName>IBM Power 6</machineName> 
     14678          <machineName>IBM_Power_6</machineName> 
    1467914679          <machineSystem>Parallel</machineSystem> 
    1468014680          <machineOperatingSystem value="AIX"/> 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.