Changeset 7757


Ignore:
Timestamp:
01/12/10 15:18:31 (9 years ago)
Author:
mnagni
Message:

Integrated the checkstyle maven plugin and corrected the code as required

Location:
mauRepo/xml2owl/trunk
Files:
4 added
1 deleted
9 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • mauRepo/xml2owl/trunk/pom.xml

    r7732 r7757  
    9494                        <scope>test</scope> 
    9595                </dependency> 
    96                  
     96 
    9797                <dependency> 
    9898                        <groupId>org.openrdf.sesame</groupId> 
     
    100100                        <version>2.3.0</version> 
    101101                        <scope>compile</scope> 
    102                 </dependency>            
     102                </dependency> 
    103103        </dependencies> 
    104104 
     
    116116        </build> 
    117117 
     118        <reporting> 
     119                <plugins> 
     120                        <plugin> 
     121                                <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId> 
     122                                <artifactId>maven-checkstyle-plugin</artifactId> 
     123                                <version>2.6</version> 
     124                        <configuration> 
     125                          <configLocation>${project.basedir}/config/checkstyle.xml</configLocation> 
     126                        </configuration>                                 
     127                        </plugin> 
     128                </plugins> 
     129        </reporting> 
     130 
     131 
    118132        <distributionManagement> 
    119133                <snapshotRepository> 
  • mauRepo/xml2owl/trunk/protege.properties

    r7732 r7757  
    11#Protege Properties 
    2 #Tue Nov 16 15:19:32 GMT 2010 
     2#Wed Dec 01 09:36:12 GMT 2010 
     3SwitchableClassDefinitionType=edu.stanford.smi.protegex.owl.ui.cls.LogicClassDefinitionWidgetType 
    34history.projects.reopen=file\:/home/users/mnagni/workspace/ESGGateway/metafor/examples/newspaper/newspaper.pprj,file\:/home/users/mnagni/workspace/ESGGateway/metafor/examples/pizza/pizza.owl.pprj 
    4 SwitchableClassDefinitionType=edu.stanford.smi.protegex.owl.ui.cls.LogicClassDefinitionWidgetType 
  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/main/java/ndg/ontology/JAXBManager.java

    r7721 r7757  
    2727import ndg.ontology.parser.exception.ResourceNotAvailable; 
    2828 
     29import org.slf4j.Logger; 
     30import org.slf4j.LoggerFactory; 
     31 
    2932/** 
    3033 * Manages marshal and unmarshal for a set of JAXB generated classes. This class 
     
    3942public class JAXBManager { 
    4043 
     44        private static final JAXBManager INSTANCE = new JAXBManager(); 
     45        /** The Constant LOG. */ 
     46        private static final Logger LOGGER = LoggerFactory.getLogger(JAXBManager.class); 
     47         
    4148        /* 
    4249        private final List<URL> urls = new ArrayList<URL>(); 
     
    5360        private Object marshallerLock = new Object(); 
    5461        private Unmarshaller unmarshaller = null; 
    55         private Object unmarshallerLock = new Object(); 
    56          
    57         private static final JAXBManager instance = new JAXBManager();  
    58          
    59         public static JAXBManager getInstance(){ 
    60                 return instance; 
     62        private Object unmarshallerLock = new Object();  
     63 
     64        /** 
     65         * Creates an instance of the JAXBManager. 
     66         **/ 
     67        private JAXBManager() { 
     68                super(); 
     69        } 
     70         
     71        public static JAXBManager getInstance() { 
     72                return INSTANCE; 
    6173        } 
    6274         
     
    7385         *             general JAXB exception 
    7486         **/ 
    75         public void marshall(Object obj, OutputStream os) 
     87        public void marshall(final Object obj, final OutputStream os) 
    7688                        throws ResourceNotAvailable, JAXBException { 
    7789                synchronized (marshallerLock) { 
     
    97109         *             general JAXB exception 
    98110         **/ 
    99         public <T> T unmarshall(InputStream is, Class<T> declaredType) 
     111        public <T> T unmarshall(final InputStream is, final Class<T> declaredType) 
    100112                        throws ResourceNotAvailable, JAXBException { 
    101113                synchronized (unmarshallerLock) { 
     
    109121 
    110122        @SuppressWarnings("unchecked") 
    111         private void init(Class clazz) throws ResourceNotAvailable, JAXBException{ 
    112                 if (clazz == null) 
     123        private void init(final Class clazz) throws ResourceNotAvailable, JAXBException { 
     124                if (clazz == null) { 
    113125                        throw new ResourceNotAvailable("Clazz cannot be null"); 
    114                  
    115                 if (this.loader == null) 
     126                } 
     127                         
     128                 
     129                if (this.loader == null) { 
    116130                        this.loader = clazz.getClassLoader(); 
    117                  
    118                 if (!this.loader.equals(clazz.getClassLoader())) 
     131                } 
     132                         
     133                 
     134                if (!this.loader.equals(clazz.getClassLoader())) { 
    119135                        throw new ResourceNotAvailable("Multiple ClassLoader not supported"); 
     136                } 
     137                         
    120138                 
    121139                if (!knownPackage.contains(clazz.getPackage().getName())) { 
    122                         jc = doJAXBContext_(clazz); 
     140                        jc = doJAXBContext(clazz); 
    123141                        marshaller = jc.createMarshaller(); 
    124142                        unmarshaller = jc.createUnmarshaller(); 
     
    126144                } 
    127145        }        
    128  
    129         /** 
    130          * Creates an instance of the JAXBManager. 
    131          **/ 
    132         private JAXBManager() { 
    133                 super(); 
    134         } 
    135          
    136          
    137         private <T> JAXBElement<?> marshallerHelper(T res) 
     146         
     147        private <T> JAXBElement<?> marshallerHelper(final T res) 
    138148                        throws ResourceNotAvailable { 
    139149                try { 
     
    150160         
    151161        @SuppressWarnings("unchecked") 
    152         private JAXBContext doJAXBContext_(Class clazz) throws ResourceNotAvailable { 
     162        private JAXBContext doJAXBContext(final Class clazz) throws ResourceNotAvailable { 
    153163                // MarshallerHelper 
    154164                StringBuffer sb = new StringBuffer(); 
     
    160170 
    161171                        for (String clazzName : packages) { 
    162                                 if (sb.length() > 0) 
     172                                if (sb.length() > 0) { 
    163173                                        sb.append(":"); 
     174                                } 
     175                                         
    164176                                sb.append(clazzName); 
    165177                        } 
    166178                        return JAXBContext.newInstance(sb.toString(), loader); 
    167                 } catch (Exception e) { 
    168                         throw new ResourceNotAvailable(e); 
    169                 } 
    170         } 
    171  
    172         @SuppressWarnings("unchecked") 
    173         private void loop(Class clazz, Set<String> packages, Set<String> done) { 
     179                } catch (JAXBException e) { 
     180                        throw new ResourceNotAvailable(e); 
     181                } 
     182        } 
     183 
     184        @SuppressWarnings("unchecked") 
     185        private void loop(final Class clazz, final Set<String> packages, final Set<String> done) { 
    174186                Method[] methods = clazz.getDeclaredMethods(); 
    175187                Field[] fields = clazz.getDeclaredFields(); 
    176188 
    177                 try { 
    178                         for (Field field : fields){ 
     189                        for (Field field : fields) { 
    179190                                innerLoop(clazz, extractType(field), packages, done); 
    180191                        } 
     
    183194                                innerLoop(clazz, loopExtractType(item.getGenericReturnType()), packages, done); 
    184195                        } 
    185                 } catch (Exception e) { 
    186                         e.printStackTrace(); 
    187                 } 
    188         } 
    189  
    190         @SuppressWarnings("unchecked") 
    191         private Class extractType(Field field) { 
     196 
     197        } 
     198 
     199        @SuppressWarnings("unchecked") 
     200        private Class extractType(final Field field) { 
    192201                if (field.getType().isAssignableFrom(List.class)) { 
    193202                        Type type = field.getGenericType();              
     
    198207         
    199208        @SuppressWarnings("unchecked") 
    200         private Class loopExtractType(Type type){ 
     209        private Class loopExtractType(final Type type) { 
    201210                Class ret = null; 
    202211                if (type instanceof WildcardType) {  
     
    205214                        ParameterizedType pt = (ParameterizedType) type;  
    206215                        Type[] types = pt.getActualTypeArguments(); 
    207                         for (Type item : types){ 
     216                        for (Type item : types) { 
    208217                                return loopExtractType(item); 
    209218                        } 
    210                 } else if (type instanceof Class){ 
    211                         ret = (Class)type; 
     219                } else if (type instanceof Class) { 
     220                        ret = (Class) type; 
    212221                } 
    213222                return ret; 
     
    215224         
    216225        @SuppressWarnings("unchecked") 
    217         private void innerLoop(Class parent, Class type, Set<String> packages, Set<String> done){ 
    218                  
    219                 if (type.isPrimitive()) 
     226        private void innerLoop(final Class parent, final Class type, final Set<String> packages, final Set<String> done) { 
     227                 
     228                if (type.isPrimitive()) { 
    220229                        return; 
     230                } 
    221231                 
    222232                Package pkgTmp = null; 
     
    230240                } 
    231241                 
    232                 if(pkgTmp == null) 
     242                if (pkgTmp == null) { 
    233243                        return; 
    234                  
    235                 try { 
    236                         pkgName = pkgTmp.getName();      
    237                 } catch (Exception e) { 
    238                         e.printStackTrace(); 
    239                 } 
     244                } 
     245                         
     246                 
     247                pkgName = pkgTmp.getName();      
     248 
    240249                                                 
    241250                if ((pkgName.contains(".sun.")  
    242                                 || pkgName.startsWith("java"))) 
     251                                || pkgName.startsWith("java"))) { 
    243252                        return; 
    244                  
    245                 if (pkgTmp == null) 
    246                         return; 
     253                } 
     254                         
     255                 
     256                if (pkgTmp == null) { 
     257                        return;  
     258                } 
     259                 
    247260 
    248261                if (pkgTmp.getName().equals(parent.getPackage().getName())) { 
     
    254267                 
    255268                if (!packages.contains(pkgTmp.getName())) { 
    256                         try { 
    257                                 objFactory = loader.loadClass(pkgTmp.getName() 
    258                                                 + ".ObjectFactory"); 
     269 
     270                                try { 
     271                                        objFactory = loader.loadClass(pkgTmp.getName() 
     272                                                        + ".ObjectFactory"); 
     273                                } catch (ClassNotFoundException e) { 
     274                                        LOGGER.debug("ObjectFactory does not exist", e); 
     275                                        return; 
     276                                } 
    259277                                if (objFactory != null) { 
    260278                                        packages.add(pkgTmp.getName()); 
    261279                                        knownPackage.add(pkgTmp.getName()); 
    262                                         loop((Class)objFactory, packages, done); 
    263                                 } 
    264                         } catch (Exception e) { 
    265                                 return; 
    266                         } 
    267                 } 
    268         } 
    269  
    270         private <T> Method getCreator(T res) throws ResourceNotAvailable { 
     280                                        loop((Class) objFactory, packages, done); 
     281                                } 
     282                         
     283                } 
     284        } 
     285 
     286        private <T> Method getCreator(final T res) throws ResourceNotAvailable { 
    271287                if (creator.containsKey(res.getClass().getName())) { 
    272288                        return creator.get(res.getClass().getName()); 
     
    276292        } 
    277293 
    278         @SuppressWarnings({ "unchecked"}) 
    279         private <T extends Class> Object getObjectFactory(T res) 
     294        @SuppressWarnings("unchecked") 
     295        private <T extends Class> Object getObjectFactory(final T res) 
    280296                        throws ResourceNotAvailable { 
    281297                String factoryName = res.getPackage().getName() + ".ObjectFactory"; 
     
    287303        } 
    288304 
    289         private <T> Object scanLoaderForObjectFactory(String factoryName) 
     305        private <T> Object scanLoaderForObjectFactory(final String factoryName) 
    290306                        throws ResourceNotAvailable { 
    291307                try { 
    292308                        Object obj = null; 
    293309                        Class<?> clazz = loader.loadClass(factoryName); 
    294                         if (clazz != null) 
     310                        if (clazz != null) { 
    295311                                obj = clazz.newInstance(); 
     312                        }                        
    296313                        objectFactory.put(factoryName, obj); 
    297314                        return obj; 
     
    307324        } 
    308325 
    309         private <T> Method scanLoaderForCreator(T res) throws ResourceNotAvailable { 
     326        private <T> Method scanLoaderForCreator(final T res) throws ResourceNotAvailable { 
    310327                Class<?> clazz; 
    311328                Object obj = null; 
     
    323340                } 
    324341                for (Method item : obj.getClass().getDeclaredMethods()) { 
    325  
    326342                        if (item.getParameterTypes().length == 1) { 
    327343                                if (!item.getParameterTypes()[0].isAssignableFrom(res 
    328                                                 .getClass())) 
     344                                                .getClass())) { 
    329345                                        continue; 
    330  
    331                                 if (!item.getReturnType().isAssignableFrom(JAXBElement.class)) 
     346                                } 
     347                                         
     348 
     349                                if (!item.getReturnType().isAssignableFrom(JAXBElement.class)) { 
    332350                                        continue; 
     351                                } 
     352                                         
    333353                        } else if (item.getParameterTypes().length == 0) { 
    334                                 if (!item.getReturnType().isAssignableFrom(res.getClass())) 
     354                                if (!item.getReturnType().isAssignableFrom(res.getClass())) { 
    335355                                        continue; 
     356                                }                                        
    336357                        } 
    337358 
     
    341362                return ret; 
    342363        } 
    343  
    344         /* 
    345          * public <T> T createInstance(T res) throws ResourceNotAvailable { try { 
    346          * return (T)getCreator(res).invoke(getObjectFactory(res)); } catch 
    347          * (IllegalArgumentException e) { throw new ResourceNotAvailable(e); } catch 
    348          * (IllegalAccessException e) { throw new ResourceNotAvailable(e); } catch 
    349          * (InvocationTargetException e) { throw new ResourceNotAvailable(e); } } 
    350          */      
    351          
    352         /* 
    353          * private JAXBContext doJAXBContext() throws ResourceNotAvailable { 
    354          * Set<String> controller = new HashSet<String>(); // MarshallerHelper 
    355          * StringBuffer sb = new StringBuffer(); try { List<JarFile> jarFiles = new 
    356          * ArrayList<JarFile>(); for (URL url : urls) { jarFiles.add(new JarFile(new 
    357          * File(url.toURI()))); } urlLoader = new URLClassLoader(urls.toArray(new 
    358          * URL[0])); 
    359          *  
    360          * for (JarFile jar : jarFiles) { Enumeration<JarEntry> iter = 
    361          * jar.entries(); JarEntry entry = null; while (iter.hasMoreElements()) { 
    362          * entry = iter.nextElement(); 
    363          *  
    364          * String name = entry.getName(); name = 
    365          * name.substring(name.lastIndexOf('/') + 1, name.length()); if 
    366          * (!name.equals("ObjectFactory.class")) continue; 
    367          *  
    368          * name = entry.getName(); name = name.substring(0, name.length() - 
    369          * "ObjectFactory.class".length() - 1); name = name.replace('/', '.'); // 
    370          * Skips already exists ObjectFactories and the ones related // to the 
    371          * org.apache (probably others could be required) if (controller.add(name)) 
    372          * { for (String factory : factories) { if (name.contains(factory)) { if 
    373          * (sb.length() > 0) sb.append(":"); sb.append(name); } } } } } return 
    374          * JAXBContext.newInstance(sb.toString(), urlLoader); } catch (IOException 
    375          * e) { throw new ResourceNotAvailable(e); } catch (JAXBException e) { throw 
    376          * new ResourceNotAvailable(e); } catch (URISyntaxException e) { throw new 
    377          * ResourceNotAvailable(e); } } 
    378          */      
    379          
    380         /* 
    381         private Class<?>[] extractAllClassesFromJVM() throws IOException { 
    382                 ClassLoader appLoader = ClassLoader.getSystemClassLoader(); 
    383  
    384                 ClassLoader[] loaders = new ClassLoader[] { appLoader, loader }; 
    385                 return ClassScope.getLoadedClasses(loaders); 
    386         } 
    387          */ 
    388  
    389         /** 
    390          * Recursive method used to find all classes in a given directory and 
    391          * subdirs. 
    392          *  
    393          * @param directory 
    394          *            The base directory 
    395          * @param packageName 
    396          *            The package name for classes found inside the base directory 
    397          * @return The classes 
    398          * @throws ClassNotFoundException 
    399          */ 
    400         /* 
    401         private List<Class> findClasses(File directory, String packageName) 
    402                         throws ClassNotFoundException { 
    403                 List<Class> classes = new ArrayList<Class>(); 
    404                 if (!directory.exists()) { 
    405                         return classes; 
    406                 } 
    407                 File[] files = directory.listFiles(); 
    408                 for (File file : files) { 
    409                         if (file.isDirectory()) { 
    410                                 assert !file.getName().contains("."); 
    411                                 classes.addAll(findClasses(file, packageName + "." 
    412                                                 + file.getName())); 
    413                         } else if (file.getName().endsWith(".class")) { 
    414                                 classes.add(Class.forName(packageName 
    415                                                 + '.' 
    416                                                 + file.getName().substring(0, 
    417                                                                 file.getName().length() - 6))); 
    418                         } 
    419                 } 
    420                 return classes; 
    421         } 
    422         */ 
    423          
    424         /** 
    425          * Creates an instance of the JAXBManager. The parameters cannot be both 
    426          * <code>null</code> at the same time. 
    427          *  
    428          * @param urls 
    429          *            a collection of <code>URL</code>s representing the path to the 
    430          *            jar files. If <code>null</code> retrieves the jars in the 
    431          *            classpath 
    432          * @param factories 
    433          *            a collections of the packages names used as filter to accept 
    434          *            the JAXB ObjectFactories 
    435          * @throws ResourceNotAvailable 
    436          *             both the parameters are null or other 
    437          * @throws JAXBException 
    438          *             general JAXB exception 
    439          **/ 
    440         /* 
    441          * public JAXBManager(List<URL> urls, Set<String> factories) throws 
    442          * ResourceNotAvailable, JAXBException { super(); if ((urls == null || 
    443          * urls.size() == 0) && (factories == null || factories.size() == 0)) throw 
    444          * new 
    445          * ResourceNotAvailable("Both the constructor's parameters canno be null"); 
    446          * urls = urls == null ? useClasspath() : urls; this.urls.addAll(urls); 
    447          * this.factories.addAll(factories); jc = doJAXBContext(); marshaller = 
    448          * jc.createMarshaller(); unmarshaller = jc.createUnmarshaller(); } 
    449          */              
    450          
    451         /* 
    452         private static List<URL> useClasspath() { 
    453                 List<URL> urls = new ArrayList<URL>(); 
    454                 final String pathSep = System.getProperty("path.separator"); 
    455                 // System Classpath 
    456                 final String systemList = System.getProperty("java.class.path"); 
    457                 // JBoss SERVER_HOME/lib classpath 
    458                 final String jbossList = System.getProperty("jboss.server.lib.url") 
    459                                 .replace("file:", ""); 
    460  
    461                 final String list = systemList + pathSep + jbossList; 
    462  
    463                 for (final String path : list.split(pathSep)) { 
    464                         final File object = new java.io.File(path); 
    465                         try { 
    466                                 urls.addAll(ls(object)); 
    467                         } catch (MalformedURLException e) { 
    468                                 // TODO Auto-generated catch block 
    469                                 e.printStackTrace(); 
    470                         } 
    471                 } 
    472                 return urls; 
    473         } 
    474         */ 
    475  
    476         /** 
    477          * list recursively 
    478          *  
    479          * @throws MalformedURLException 
    480          */ 
    481         /* 
    482         private static List<URL> ls(File f) throws MalformedURLException { 
    483                 List<URL> urls = new ArrayList<URL>(); 
    484                 if (!f.isDirectory() && f.getName().endsWith(".jar")) { 
    485                         urls.add(new URL("file", null, f.getPath())); 
    486                         System.out.println(f.getName()); 
    487                         return urls; 
    488                 } 
    489  
    490                 File list[] = f.listFiles(); 
    491                 for (File file : list) { 
    492                         if (file.isDirectory()) 
    493                                 ls(file); 
    494                         else { 
    495                                 if (file.getName().endsWith(".jar")) { 
    496                                         urls.add(new URL("file", null, file.getPath())); 
    497                                 } 
    498                         } 
    499                 } 
    500                 return urls; 
    501         } 
    502         */ 
    503364} 
  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/main/java/ndg/ontology/NdgOntParser.java

    r7721 r7757  
    6464        private final XQDataSource xQDataSource; 
    6565         
    66         public NdgOntParser(InputStream ingesterConfig, StatementSupport statementSupport, XQDataSource xQDataSource) { 
     66        public NdgOntParser(final InputStream ingesterConfig, final StatementSupport statementSupport, final XQDataSource xQDataSource) { 
    6767                super(); 
    6868                this.ingesterConfig = ingesterConfig; 
     
    7171        } 
    7272 
    73         public final void ingest(InputStream xmlDoc) throws XPathExpressionException, XQException, ParserConfigurationException, SAXException, IOException, ResourceNotAvailable, JAXBException, OntologyLoadException, StatementSupportException { 
     73        public final void ingest(final InputStream xmlDoc) throws XPathExpressionException, XQException, ParserConfigurationException, SAXException, IOException, ResourceNotAvailable, JAXBException, OntologyLoadException, StatementSupportException { 
    7474                getOntIngester().ingest(dh.parseDocument(xmlDoc)); 
    7575        } 
    7676         
    77         public void dump(OutputStream out) throws StatementSupportException, ResourceNotAvailable, JAXBException, OntologyLoadException{ 
     77        public void dump(final OutputStream out) throws StatementSupportException, ResourceNotAvailable, JAXBException, OntologyLoadException { 
    7878                getOntIngester().dump(out); 
    7979        } 
  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/main/java/ndg/ontology/OntIngester.java

    r7732 r7757  
    11/** 
    2  * BSD Licence 
    3  * Copyright (c) 2009, Science & Technology Facilities Council (STFC) All rights reserved. 
    4  * Redistribution and use in source and binary forms, with or without 
    5  * modification, are permitted provided that the following conditions are 
    6  * met: 
    7  * 
    8  *   - Redistributions of source code must retain the above copyright 
    9  *     notice, this list of conditions and the following disclaimer. 
    10  *   - Redistributions in binary form must reproduce the above 
    11  *     copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer 
    12  *     in the documentation and/or other materials provided with the 
    13  *     distribution. 
    14  *   - Neither the name of the Science & Technology Facilities Council 
    15  *     (STFC) nor the names of its contributors may be used to endorse or 
    16  *     promote products derived from this software without specific prior 
    17  *     written permission. 
    18  * 
    19  * THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS 
    20  * "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT 
    21  * LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR 
    22  * A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT 
    23  * OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, 
    24  * SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT 
    25  * LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, 
    26  * DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY 
    27  * THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT 
    28  * (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE 
    29  * OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE. 
     2 * BSD Licence Copyright (c) 2009, Science & Technology Facilities Council 
     3 * (STFC) All rights reserved. Redistribution and use in source and binary 
     4 * forms, with or without modification, are permitted provided that the 
     5 * following conditions are met: 
     6 *  
     7 * - Redistributions of source code must retain the above copyright notice, this 
     8 * list of conditions and the following disclaimer. - Redistributions in binary 
     9 * form must reproduce the above copyright notice, this list of conditions and 
     10 * the following disclaimer in the documentation and/or other materials provided 
     11 * with the distribution. - Neither the name of the Science & Technology 
     12 * Facilities Council (STFC) nor the names of its contributors may be used to 
     13 * endorse or promote products derived from this software without specific prior 
     14 * written permission. 
     15 *  
     16 * THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS" 
     17 * AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE 
     18 * IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE 
     19 * ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE 
     20 * LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR 
     21 * CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF 
     22 * SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS 
     23 * INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN 
     24 * CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) 
     25 * ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE 
     26 * POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE. 
    3027 *  
    3128 */ 
     
    7471class OntIngester { 
    7572 
     73        /** The Constant LOG. */ 
     74        private static final Logger LOGGER = LoggerFactory.getLogger(OntIngester.class); 
     75         
    7676        private final DocumentHelper dh = new DocumentHelper(); 
    7777        private final JAXBManager manager; 
     
    8080        private final Ingester ing; 
    8181        private XQConnection conn = null; 
    82          
    83     // create the ItemTypes for string and integer 
    84     private XQItemType strType; 
    85     private XQItemType intType; 
    86          
    87     private String SEPARATOR = ";;"; 
    88  
    89         /** The Constant LOG. */ 
    90         private static final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(OntIngester.class);     
    91      
    92         OntIngester(InputStream ingesterConfig, StatementSupport statementSupport, XQDataSource xQDataSource) throws ResourceNotAvailable, JAXBException, OntologyLoadException { 
     82 
     83        // create the ItemTypes for string and integer 
     84        private XQItemType strType; 
     85        private XQItemType intType; 
     86 
     87        private String separator = ";;"; 
     88 
     89        OntIngester(final InputStream ingesterConfig, final StatementSupport statementSupport, 
     90                        final XQDataSource xQDataSource) throws ResourceNotAvailable, JAXBException, OntologyLoadException { 
    9391                manager = JAXBManager.getInstance(); 
    9492                ing = manager.unmarshall(ingesterConfig, Ingester.class); 
     
    9694                this.statementSupport = statementSupport; 
    9795        } 
    98          
    99         public void ingest(Document doc) throws XPathExpressionException, XQException, StatementSupportException { 
    100             XQExpression xqe = getXQConnection().createExpression(); 
    101             try { 
     96 
     97        public void ingest(final Document doc) throws XPathExpressionException, XQException, StatementSupportException { 
     98                XQExpression xqe = getXQConnection().createExpression(); 
     99                try { 
    102100                        preapareParser(xqe); 
    103101                } catch (ParserConfigurationException e) { 
    104                         logger.error(e.getMessage(), e); 
     102                        LOGGER.error(e.getMessage(), e); 
    105103                } catch (SAXException e) { 
    106                         logger.error(e.getMessage(), e); 
     104                        LOGGER.error(e.getMessage(), e); 
    107105                } catch (IOException e) { 
    108                         logger.error(e.getMessage(), e); 
    109                 } 
    110             xqe.bindNode(XQConstants.CONTEXT_ITEM, doc, null); 
     106                        LOGGER.error(e.getMessage(), e); 
     107                } 
     108                xqe.bindNode(XQConstants.CONTEXT_ITEM, doc, null); 
    111109                ingest(ing.getAddTriple().iterator(), xqe); 
    112110                ingest(ing.getAddLabel().iterator(), xqe); 
     
    115113        } 
    116114 
    117         private void preapareParser(XQExpression xqe) throws XQException, ParserConfigurationException, SAXException, IOException{ 
    118                 if(ing.getConfiguration() == null || ing.getConfiguration().getNode() == null || ing.getConfiguration().getNode().size() == 0) 
     115        private void preapareParser(final XQExpression xqe) throws XQException, ParserConfigurationException, SAXException, 
     116                        IOException { 
     117                if (ing.getConfiguration() == null || ing.getConfiguration().getNode() == null 
     118                                || ing.getConfiguration().getNode().size() == 0) { 
    119119                        return; 
    120                  
    121                 if (ing.getConfiguration().getSeparator() != null) 
    122                         SEPARATOR = ing.getConfiguration().getSeparator(); 
    123                  
    124                 for (org.badc.ndg.ontologyingester.Node node : ing.getConfiguration().getNode()){ 
     120                } 
     121                         
     122 
     123                if (ing.getConfiguration().getSeparator() != null) { 
     124                        separator = ing.getConfiguration().getSeparator(); 
     125                } 
     126                         
     127 
     128                for (org.badc.ndg.ontologyingester.Node node : ing.getConfiguration().getNode()) { 
    125129                        QName qname = new QName(node.getExternal()); 
    126130                        try { 
     
    128132                                xqe.bindNode(qname, dh.parseDocument(is), null); 
    129133                        } catch (FileNotFoundException e) { 
    130                                 logger.error("Cannot find configuration file: " + node.getPath()); 
    131                         } 
    132                 } 
    133         } 
    134          
    135         public void dump(OutputStream out) throws StatementSupportException{ 
     134                                LOGGER.error("Cannot find configuration file: " + node.getPath()); 
     135                        } 
     136                } 
     137        } 
     138 
     139        public void dump(final OutputStream out) throws StatementSupportException { 
    136140                statementSupport.dump(out); 
    137141        } 
    138          
    139         private <T> void ingest(Iterator<T> ops, XQExpression xqe) throws XPathExpressionException, XQException { 
     142 
     143        private <T> void ingest(final Iterator<T> ops, XQExpression xqe) throws XPathExpressionException, XQException { 
    140144                while (ops.hasNext()) { 
    141145                        T obj = ops.next(); 
    142146                        try { 
    143                         if (obj instanceof AddLabel) 
    144                                         process((AddLabel)obj, xqe); 
    145                         if (obj instanceof AddTriple) 
    146                                 process((AddTriple)obj, xqe); 
    147                         if (obj instanceof AddTripleLiteral) 
    148                                 process((AddTripleLiteral)obj, xqe); 
     147                                if (obj instanceof AddLabel) { 
     148                                        process((AddLabel) obj, xqe); 
     149                                } else if (obj instanceof AddTriple) { 
     150                                        process((AddTriple) obj, xqe);   
     151                                } else if (obj instanceof AddTripleLiteral) { 
     152                                        process((AddTripleLiteral) obj, xqe); 
     153                                } 
     154                                         
    149155                        } catch (StatementSupportException e) { 
    150                                 logger.error("Error! But continuing to loop. Detailed error follows ", e); 
    151                         }                        
    152                 }                
    153         } 
    154          
    155         private void process(AddLabel item, XQExpression xqe) throws XPathExpressionException, XQException, StatementSupportException{ 
    156                 String sbjClass = item.getOntSubject().trim();           
    157                 XQResultSequence triples = executeXQuery(xqe, item.getXquery()); 
    158                  
    159                 while (triples.next()) { 
    160                         String atVal = triples.getAtomicValue(); 
    161                          
    162                         String[] values = doSplit(atVal); 
    163                         if (values.length != 2) 
    164                                 continue;                        
     156                                LOGGER.error("Error! But continuing to loop. Detailed error follows ", e); 
     157                        } 
     158                } 
     159        } 
     160 
     161        private void process(final AddLabel item, final XQExpression xqe) throws XPathExpressionException, XQException, 
     162                        StatementSupportException { 
     163                String sbjClass = item.getOntSubject().trim(); 
     164                XQResultSequence triples = executeXQuery(xqe, item.getXquery()); 
     165 
     166                while (triples.next()) { 
     167                        String atVal = triples.getAtomicValue().trim(); 
     168 
     169                        String[] values = doSplit(atVal); 
     170                        if (values.length != 2) { 
     171                                continue;                                
     172                        } 
     173 
    165174                        statementSupport.addLabel(sbjClass, values[0], values[1]); 
    166175                } 
    167                  
    168                 triples.close(); 
    169         } 
    170          
    171         private void process(AddComment item, XQExpression xqe) throws XPathExpressionException, XQException, StatementSupportException{ 
    172                 String sbjClass = item.getOntSubject().trim();           
    173                 XQResultSequence triples = executeXQuery(xqe, item.getXquery()); 
    174                  
    175                 while (triples.next()) { 
    176                         String atVal = triples.getAtomicValue(); 
    177                          
    178                         String[] values = doSplit(atVal); 
    179                         if (values.length != 2) 
    180                                 continue;                        
     176 
     177                triples.close(); 
     178        } 
     179 
     180        private void process(final AddComment item, final XQExpression xqe) throws XPathExpressionException, XQException, 
     181                        StatementSupportException { 
     182                String sbjClass = item.getOntSubject().trim(); 
     183                XQResultSequence triples = executeXQuery(xqe, item.getXquery()); 
     184 
     185                while (triples.next()) { 
     186                        String atVal = triples.getAtomicValue().trim(); 
     187 
     188                        String[] values = doSplit(atVal); 
     189                        if (values.length != 2) { 
     190                                continue; 
     191                        }                                
    181192                        statementSupport.addLabel(sbjClass, values[0], values[1]); 
    182193                } 
    183                  
    184                 triples.close(); 
    185         } 
    186          
    187         private void process(AddTripleLiteral item, XQExpression xqe) throws XPathExpressionException, XQException, StatementSupportException{ 
     194 
     195                triples.close(); 
     196        } 
     197 
     198        private void process(final AddTripleLiteral item, final XQExpression xqe) throws XPathExpressionException, 
     199                        XQException, StatementSupportException { 
    188200                String sbjClass = item.getOntSubject().trim(); 
    189201                String ontPredicate = ""; 
    190                 if (item.getOntPredicate() == null) 
     202                if (item.getOntPredicate() == null) { 
    191203                        throw new StatementSupportException("ontPredicate cannot be null!"); 
    192                  
    193                 if (item.getOntPredicate().getUri() != null) 
     204                } 
     205                         
     206                if (item.getOntPredicate().getUri() != null) { 
    194207                        ontPredicate = item.getOntPredicate().getUri().trim(); 
    195                  
    196                          
    197                 XQResultSequence triples = executeXQuery(xqe, item.getXquery()); 
    198                  
    199                 while (triples.next()) { 
    200                         String atVal = triples.getAtomicValue(); 
    201                          
     208                } 
     209                         
     210 
     211                XQResultSequence triples = executeXQuery(xqe, item.getXquery()); 
     212 
     213                while (triples.next()) { 
     214                        String atVal = triples.getAtomicValue().trim(); 
     215 
    202216                        String[] values = doSplit(atVal); 
    203217                        String sbjURI = null; 
     
    205219                        String predURI = null; 
    206220                        if (item.getOntPredicate().isDynamic() != null && item.getOntPredicate().isDynamic()) { 
    207                                 if (values.length != 3) 
     221                                if (values.length != 3) { 
    208222                                        continue; 
     223                                }                                        
    209224                                sbjURI = values[0]; 
    210225                                objURI = values[1]; 
    211226                                predURI = values[2]; 
    212227                        } else { 
    213                                 if (values.length != 2) 
     228                                if (values.length != 2) { 
    214229                                        continue; 
     230                                }                                        
    215231                                sbjURI = values[0]; 
    216232                                objURI = values[1]; 
     
    219235                        statementSupport.addLiteral(sbjClass, sbjURI, predURI, objURI); 
    220236                } 
    221                  
    222                 triples.close(); 
    223         }        
    224          
    225         private void process(AddTriple item, XQExpression xqe) throws XPathExpressionException, XQException, StatementSupportException{ 
     237 
     238                triples.close(); 
     239        } 
     240 
     241        private void process(final AddTriple item, final XQExpression xqe) throws XPathExpressionException, XQException, 
     242                        StatementSupportException { 
    226243                String sbjClass = item.getOntSubject().trim(); 
    227244                String objClass = item.getOntObject().trim(); 
    228245                String ontPredicate = item.getOntPredicate().getUri().trim(); 
    229                  
    230                 XQResultSequence triples = executeXQuery(xqe, item.getXquery()); 
    231                  
    232                 while (triples.next()) { 
    233                         String atVal = triples.getAtomicValue(); 
    234                          
    235                         String[] values = doSplit(atVal); 
    236                         if (values.length != 2) 
     246 
     247                XQResultSequence triples = executeXQuery(xqe, item.getXquery()); 
     248 
     249                while (triples.next()) { 
     250                        String atVal = triples.getAtomicValue().trim(); 
     251 
     252                        String[] values = doSplit(atVal); 
     253                        if (values.length != 2) { 
    237254                                continue; 
    238                          
    239                         statementSupport.addProperty(sbjClass, values[0],  
    240                                         ontPredicate,  
    241                                         objClass, values[1]); 
    242                 } 
    243                  
    244                 triples.close(); 
    245         } 
    246  
    247          
    248         private XQResultSequence executeXQuery(XQExpression xqe, String sbjXQuery) throws XQException { 
    249              return xqe.executeQuery(sbjXQuery); 
    250              //return res.getSequenceAsString(new Properties()); 
    251         } 
    252          
    253         private XQConnection getXQConnection() throws XQException{ 
     255                        } 
     256                                 
     257                        statementSupport.addProperty(sbjClass, values[0], ontPredicate, objClass, values[1]); 
     258                } 
     259 
     260                triples.close(); 
     261        } 
     262 
     263        private XQResultSequence executeXQuery(final XQExpression xqe, final String sbjXQuery) throws XQException { 
     264                return xqe.executeQuery(sbjXQuery); 
     265                // return res.getSequenceAsString(new Properties()); 
     266        } 
     267 
     268        private XQConnection getXQConnection() throws XQException { 
    254269                if (conn == null) { 
    255                      conn = xQDataSource.getConnection(); 
    256                      // create the ItemTypes for string and integer 
    257                      strType = conn.createAtomicType(XQItemType.XQBASETYPE_STRING); 
    258                      intType = conn.createAtomicType(XQItemType.XQBASETYPE_INT); 
     270                        conn = xQDataSource.getConnection(); 
     271                        // create the ItemTypes for string and integer 
     272                        strType = conn.createAtomicType(XQItemType.XQBASETYPE_STRING); 
     273                        intType = conn.createAtomicType(XQItemType.XQBASETYPE_INT); 
    259274                } 
    260275                return conn; 
    261276        } 
    262          
    263          
    264         private Object getNodeValue(XQResultSequence result) throws XQException{ 
     277 
     278        private Object getNodeValue(final XQResultSequence result) throws XQException { 
    265279                XQItemType type = result.getItemType(); 
    266                   
    267             if (type.equals(strType)) 
    268               return result.getAtomicValue(); 
    269             else if (type.equals(intType))  // if it is an integer.. 
    270               return new Integer(result.getInt()); 
    271             return null; 
    272         }  
    273          
    274         private String[] doSplit(String atVal){ 
    275                 if (atVal == null) 
     280 
     281                if (type.equals(strType)) { 
     282                        return result.getAtomicValue(); 
     283                } else if (type.equals(intType)) { 
     284                        // if it is an integer.. 
     285                        return new Integer(result.getInt()); 
     286                } 
     287                return null; 
     288        } 
     289 
     290        private String[] doSplit(final String atVal) { 
     291                if (atVal == null) { 
    276292                        return null; 
    277                 return atVal.split(SEPARATOR);  
     293                } 
     294                return atVal.split(separator); 
    278295        } 
    279296} 
  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/main/java/ndg/ontology/parser/support/JenaOntSupport.java

    r7721 r7757  
    2020 
    2121        /** The Constant LOG. */ 
    22         private static final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(JenaOntSupport.class); 
     22        private static final Logger LOGGER = LoggerFactory.getLogger(JenaOntSupport.class); 
    2323         
    2424        /** The owl model. */ 
    2525        private OntModel model; 
    2626         
    27         public JenaOntSupport(OntModel model) { 
     27        public JenaOntSupport(final OntModel model) { 
    2828                super(); 
    2929                this.model = model; 
     
    3131 
    3232        @Override 
    33         public void addProperty(String subjectClassURI, String subjectIndividualURI, String propertyURI, String objectClassURI, 
    34                         String objectIndividualURI) throws StatementSupportException { 
     33        public void addProperty(final String subjectClassURI,  
     34                        final String subjectIndividualURI,  
     35                        final String propertyURI,  
     36                        final String objectClassURI, 
     37                        final String objectIndividualURI) throws StatementSupportException { 
    3538                try { 
    3639                        Individual subj = createIndividual(subjectClassURI, subjectIndividualURI); 
     
    4447 
    4548        @Override 
    46         public void addComment(String resourceURI, String resourceIndividualURI, String comment) throws StatementSupportException { 
     49        public void addComment(final String resourceURI,  
     50                        final String resourceIndividualURI, final String comment) throws StatementSupportException { 
    4751                Individual resource; 
    4852                try { 
     
    5256                }                
    5357                resource.addComment(model.createLiteral(comment)); 
    54                 if(logger.isDebugEnabled()) 
    55                         logger.debug("Add Comment" + comment + " to Individual(" + resourceURI + ":" + resourceIndividualURI + ")");             
     58                if (LOGGER.isDebugEnabled()) { 
     59                        LOGGER.debug("Add Comment" + comment + " to Individual(" + resourceURI + ":" + resourceIndividualURI + ")"); 
     60                } 
     61                                         
    5662        } 
    5763 
    5864        @Override 
    59         public void addLabel(String resourceURI, String resourceIndividualURI, String label) throws StatementSupportException { 
     65        public void addLabel(final String resourceURI, final String resourceIndividualURI, final String label) throws StatementSupportException { 
    6066                try { 
    6167                        Individual subject = createIndividual(resourceURI, resourceIndividualURI); 
     
    6470                        throw new StatementSupportException(e.getMessage()); 
    6571                }                                
    66                 if(logger.isDebugEnabled()) 
    67                         logger.debug("Add Label" + label + " to Individual(" + resourceURI + ":" + resourceIndividualURI + ")");        } 
     72                if (LOGGER.isDebugEnabled()) { 
     73                        LOGGER.debug("Add Label" + label + " to Individual(" + resourceURI + ":" + resourceIndividualURI + ")"); 
     74                } 
     75        } 
     76                         
    6877 
    6978        @Override 
    70         public void addLiteral(String resourceURI, String resourceIndividualURI, String propertyURI, Object objectValue) throws StatementSupportException { 
     79        public void addLiteral(final String resourceURI, final String resourceIndividualURI,  
     80                        final String propertyURI, final Object objectValue) throws StatementSupportException { 
    7181                try { 
    7282                        Individual subject = createIndividual(resourceURI, resourceIndividualURI); 
    7383                        Property property = getProperty(propertyURI); 
    74                         if (objectValue instanceof RDFNode) 
    75                                 subject.addProperty(property, (RDFNode)objectValue); 
    76                         if (objectValue instanceof String) 
    77                                 subject.addProperty(property, (String)objectValue); 
     84                        if (objectValue instanceof RDFNode) { 
     85                                subject.addProperty(property, (RDFNode) objectValue);    
     86                        } else if (objectValue instanceof String) { 
     87                                subject.addProperty(property, (String) objectValue); 
     88                        }                                
    7889                } catch (IndividualException e) { 
    7990                        throw new StatementSupportException(e.getMessage()); 
    8091                }                                
    81                 if(logger.isDebugEnabled()) 
    82                         logger.debug("Add Literal" + objectValue.toString() + " to Individual(" + resourceURI + ":" + resourceIndividualURI + ")"); 
     92                if (LOGGER.isDebugEnabled()) { 
     93                        LOGGER.debug("Add Literal" + objectValue.toString() + " to Individual(" + resourceURI + ":" + resourceIndividualURI + ")"); 
     94                } 
     95                         
    8396        } 
    8497         
    85         private Individual createIndividual(String classURI, String individualURI) throws IndividualException { 
     98        private Individual createIndividual(final String classURI, final String individualURI) throws IndividualException { 
    8699                if (classURI == null) { 
    87                         if(logger.isWarnEnabled()) 
    88                                 logger.warn("classURI null"); 
     100                        if (LOGGER.isWarnEnabled()) { 
     101                                LOGGER.warn("classURI null"); 
     102                        }                                
    89103                        return null; 
    90104                }                
    91105 
    92106                if (individualURI == null) { 
    93                         if(logger.isWarnEnabled()) 
    94                                         logger.warn("individualURI null");  
     107                        if (LOGGER.isWarnEnabled()) { 
     108                                LOGGER.warn("individualURI null"); 
     109                        }                                 
    95110                        return null;                     
    96111                }                
     
    101116                        individual = clazz.createIndividual(individualURI); 
    102117                } 
    103                 if(logger.isDebugEnabled()) 
    104                         logger.debug("Created Individual(" + classURI + ":" + individualURI + ")"); 
     118                if (LOGGER.isDebugEnabled()) { 
     119                        LOGGER.debug("Created Individual(" + classURI + ":" + individualURI + ")");                      
     120                } 
    105121                return individual; 
    106122        } 
    107123 
    108         private OntClass getClass(String uri) { 
     124        private OntClass getClass(final String uri) { 
    109125                return model.getOntClass(uri); 
    110126        } 
    111127 
    112         private OntProperty getProperty(String propertyURI) {            
     128        private OntProperty getProperty(final String propertyURI) {              
    113129                return model.createOntProperty(propertyURI); 
    114130        } 
    115131 
    116132        @Override 
    117         public void dump(OutputStream out) throws StatementSupportException { 
     133        public void dump(final OutputStream out) throws StatementSupportException { 
    118134                model.write(out); 
    119135        } 
  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/main/java/ndg/ontology/parser/support/ProtegeeOntSupport.java

    r7721 r7757  
    1919 
    2020        /** The Constant LOG. */ 
    21         private static final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(ProtegeeOntSupport.class); 
     21        private static final Logger LOGGER = LoggerFactory.getLogger(ProtegeeOntSupport.class); 
    2222         
    2323        /** The owl model. */ 
    2424        private OWLModel model; 
    2525         
    26         public ProtegeeOntSupport(OWLModel model) { 
     26        public ProtegeeOntSupport(final OWLModel model) { 
    2727                super(); 
    2828                this.model = model; 
    2929        } 
    3030 
    31         private OWLIndividual createIndividual(String classURI, String individualURI) throws IndividualException { 
    32                 if (classURI == null) 
    33                         throw new IndividualException("classURI null");          
     31        private OWLIndividual createIndividual(final String classURI, final String individualURI) throws IndividualException { 
     32                if (classURI == null) { 
     33                        throw new IndividualException("classURI null"); 
     34                }        
    3435 
    35                 if (individualURI == null)  
    36                         throw new IndividualException("individualURI null");  
     36                if (individualURI == null) { 
     37                        throw new IndividualException("individualURI null"); 
     38                }        
    3739                 
    3840                OWLNamedClass clazz = getClass(classURI); 
    39                 if (clazz == null) 
     41                if (clazz == null) { 
    4042                        throw new IndividualException("Class(" + classURI + ") does not exists!"); 
     43                }        
    4144                OWLIndividual individual = model.getOWLIndividual(individualURI); 
    4245                if (individual == null) { 
     
    4447                } 
    4548                 
    46                 if (individual == null) 
     49                if (individual == null) { 
    4750                        throw new IndividualException("Cannot create Individual(" + classURI + ":" + individualURI + ")"); 
     51                }        
    4852                 
    49                 if(logger.isDebugEnabled()) 
    50                         logger.debug("Created Individual(" + classURI + ":" + individualURI + ")");              
     53                if (LOGGER.isDebugEnabled()) { 
     54                        LOGGER.debug("Created Individual(" + classURI + ":" + individualURI + ")"); 
     55                }        
    5156                return individual; 
    5257        } 
    5358 
    54         private OWLNamedClass getClass(String uri) { 
     59        private OWLNamedClass getClass(final String uri) { 
    5560                return model.getOWLNamedClass(uri); 
    5661        } 
    5762 
    58         private RDFProperty getObjectProperty(String propertyURI) throws IndividualException { 
     63        private RDFProperty getObjectProperty(final String propertyURI) throws IndividualException { 
    5964                Object ret = model.getOWLObjectProperty(propertyURI); 
    60                 if (ret == null) 
    61                         throw new IndividualException("Cannot create Property(" + propertyURI + ")");                    
    62                 return (RDFProperty)ret; 
     65                if (ret == null) { 
     66                        throw new IndividualException("Cannot create Property(" + propertyURI + ")"); 
     67                }        
     68                return (RDFProperty) ret; 
    6369        } 
    6470 
    65         private RDFProperty getDatatypeProperty(String propertyURI) throws IndividualException { 
     71        private RDFProperty getDatatypeProperty(final String propertyURI) throws IndividualException { 
    6672                Object ret = model.getOWLDatatypeProperty(propertyURI); 
    67                 if (ret == null) 
    68                         throw new IndividualException("Cannot create Property(" + propertyURI + ")");                    
    69                 return (RDFProperty)ret; 
     73                if (ret == null) { 
     74                        throw new IndividualException("Cannot create Property(" + propertyURI + ")"); 
     75                }        
     76                return (RDFProperty) ret; 
    7077        }        
    7178         
    7279        @Override 
    73         public void addComment(String resourceURI, String resourceIndividualURI, String comment) throws StatementSupportException { 
     80        public void addComment(final String resourceURI, final String resourceIndividualURI, final String comment) throws StatementSupportException { 
    7481                OWLIndividual resource; 
    7582                try { 
     
    7986                } 
    8087                resource.addComment(comment); 
    81                 if(logger.isDebugEnabled()) 
    82                         logger.debug("Add Comment" + comment + " to Individual(" + resourceURI + ":" + resourceIndividualURI + ")"); 
     88                if (LOGGER.isDebugEnabled()) { 
     89                        LOGGER.debug("Add Comment" + comment + " to Individual(" + resourceURI + ":" + resourceIndividualURI + ")"); 
     90                } 
    8391        } 
    8492 
    8593        @Override 
    86         public void addLabel(String resourceURI, String resourceIndividualURI, String label) throws StatementSupportException { 
     94        public void addLabel(final String resourceURI, final  String resourceIndividualURI, final String label) throws StatementSupportException { 
    8795                try { 
    8896                        OWLIndividual subject = createIndividual(resourceURI, resourceIndividualURI); 
     
    9199                        throw new StatementSupportException(e.getMessage()); 
    92100                }                                
    93                 if(logger.isDebugEnabled()) 
    94                         logger.debug("Add Label" + label + " to Individual(" + resourceURI + ":" + resourceIndividualURI + ")"); 
     101                if (LOGGER.isDebugEnabled()) { 
     102                        LOGGER.debug("Add Label" + label + " to Individual(" + resourceURI + ":" + resourceIndividualURI + ")"); 
     103                }        
    95104        } 
    96105 
    97106        @Override 
    98         public <T> void addLiteral(String resourceURI, String resourceIndividualURI, String propertyURI, T objectValue) throws StatementSupportException { 
     107        public <T> void addLiteral(final String resourceURI, final String resourceIndividualURI, final String propertyURI, final T objectValue) throws StatementSupportException { 
    99108                try { 
    100109                        OWLIndividual subject = createIndividual(resourceURI, resourceIndividualURI); 
     
    104113                        throw new StatementSupportException(e.getMessage()); 
    105114                }                                
    106                 if(logger.isDebugEnabled()) 
    107                         logger.debug("Add Literal" + objectValue.toString() + " to Individual(" + resourceURI + ":" + resourceIndividualURI + ")"); 
     115                if (LOGGER.isDebugEnabled()) { 
     116                        LOGGER.debug("Add Literal" + objectValue.toString() + " to Individual(" + resourceURI + ":" + resourceIndividualURI + ")");      
     117                } 
    108118        } 
    109119 
    110120        @Override 
    111         public void addProperty(String subjectClassURI, String subjectIndividualURI, String propertyURI, 
     121        public void addProperty(final String subjectClassURI, final String subjectIndividualURI, final String propertyURI, 
    112122                        String objectClassURI, String objectIndividualURI) throws StatementSupportException { 
    113123                try { 
     
    122132         
    123133        @Override 
    124         public void dump(OutputStream out) throws StatementSupportException { 
     134        public void dump(final OutputStream out) throws StatementSupportException { 
    125135                Jena.dumpRDF(model.getOntModel(), out); 
    126136        } 
  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/main/java/ndg/ontology/parser/support/SesameOntSupport.java

    r7751 r7757  
    1111import org.openrdf.repository.RepositoryConnection; 
    1212import org.openrdf.rio.RDFFormat; 
     13import org.slf4j.Logger; 
     14import org.slf4j.LoggerFactory; 
    1315 
    1416public class SesameOntSupport implements StatementSupport { 
    1517 
     18        /** The Constant LOG. */ 
     19        private static final Logger LOGGER = LoggerFactory.getLogger(SesameOntSupport.class); 
     20         
    1621        private final Repository repository; 
    17          
    18         public SesameOntSupport(Repository repository) { 
     22 
     23        public SesameOntSupport(final Repository repository) { 
    1924                super(); 
    2025                this.repository = repository; 
     
    2227 
    2328        @Override 
    24         public void addComment(String resourceURI, String resourceIndividualURI, String label) 
     29        public void addComment(final String resourceURI, final String resourceIndividualURI, final String label) 
    2530                        throws StatementSupportException { 
    2631                // TODO Auto-generated method stub 
     
    2934 
    3035        @Override 
    31         public void addLabel(String resourceURI, String resourceIndividualURI, String label) 
     36        public void addLabel(final String resourceURI, final String resourceIndividualURI, final String label) 
    3237                        throws StatementSupportException { 
    3338                // TODO Auto-generated method stub 
     
    3641 
    3742        @Override 
    38         public <T> void addLiteral(String subjectClassURI, String subjectIndividualURI, String propertyURI, T objectValue) 
     43        public <T> void addLiteral(final String subjectClassURI, final String subjectIndividualURI, final String propertyURI, T objectValue) 
    3944                        throws StatementSupportException { 
    4045                // TODO Auto-generated method stub 
     
    4348 
    4449        @Override 
    45         public void addProperty(String subjectClassURI, String subjectIndividualURI, String propertyURI, 
    46                         String objectClassURI, String objectIndividualURI) throws StatementSupportException { 
     50        public void addProperty(final String subjectClassURI, final String subjectIndividualURI, final String propertyURI, 
     51                        final String objectClassURI, final String objectIndividualURI) throws StatementSupportException { 
    4752                try { 
    48                            RepositoryConnection con = repository.getConnection(); 
    49                            try { 
    50                               URL url = new URL("http://example.org/example/remote"); 
    51                               con.add(url, url.toString(), RDFFormat.RDFXML); 
    52                            } 
    53                            finally { 
    54                               con.close(); 
    55                            } 
     53                        RepositoryConnection con = repository.getConnection(); 
     54                        try { 
     55                                URL url = new URL("http://example.org/example/remote"); 
     56                                con.add(url, url.toString(), RDFFormat.RDFXML); 
     57                        } finally { 
     58                                con.close(); 
    5659                        } 
    57                         catch (OpenRDFException e) { 
    58                            // handle exception 
    59                         } 
    60                         catch (java.io.IOException e) { 
    61                            // handle io exception 
    62                         } 
     60                } catch (OpenRDFException e) { 
     61                        throw new StatementSupportException(e); 
     62                } catch (java.io.IOException e) { 
     63                        throw new StatementSupportException(e); 
     64                } 
    6365 
    6466        } 
    6567 
    6668        @Override 
    67         public void dump(OutputStream out) throws StatementSupportException { 
     69        public void dump(final OutputStream out) throws StatementSupportException { 
    6870                // TODO Auto-generated method stub 
    6971 
  • mauRepo/xml2owl/trunk/src/test/java/ndg/ontology/parser/TestBindDOM.java

    r7721 r7757  
    11package ndg.ontology.parser; 
    22 
     3import java.io.FileOutputStream; 
    34import java.io.IOException; 
    45import java.io.InputStream; 
     6import java.io.OutputStream; 
    57 
    68import javax.xml.bind.JAXBException; 
     
    4648                //standard loop over the documents 
    4749                InputStream xmlDoc = getSample();  
    48                 ontParser.ingest(xmlDoc); 
    49                 ontParser.dump(System.out); 
     50                ontParser.ingest(xmlDoc);  
     51                OutputStream os = new FileOutputStream("owl.dump"); 
     52                ontParser.dump(os); 
    5053        } 
    5154 
    52         private InputStream getSample(){ 
    53                 String sample = "/sample_cmip5qn_100930_mark.xml"; 
     55        private InputStream getSample() { 
     56                //String sample = "/sample_cmip5qn_100930_mark.xml"; 
     57                String sample = "/2.1E.FutureTimeSlice_Ensemble.xml"; 
    5458                return getClass().getResourceAsStream(sample);   
    5559        } 
    5660         
    57         private StatementSupport getStatementSupport() throws OntologyLoadException{             
    58                 return OntSupportFactory.getInstance(ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI("http://ontologies.ucar.edu/owl/cim.owl")); 
     61        private StatementSupport getStatementSupport() throws OntologyLoadException {            
     62                //return OntSupportFactory.getInstance(ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI("http://ontologies.ucar.edu/owl/cim.owl")); 
     63                return OntSupportFactory.getInstance(ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI("http://ontologies.ucar.edu/owl/esg_data.owl")); 
    5964        } 
    6065         
    61         private InputStream getIngesterConfig(){ 
    62                 return getClass().getResourceAsStream("/ingesterConfig.xml"); 
    63         }        
     66        private InputStream getIngesterConfig() { 
     67                //String sample = "/ingesterConfig.xml"; 
     68                String sample = "/experimentIngestConfig.xml"; 
     69                return getClass().getResourceAsStream(sample); 
     70        } 
    6471} 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.