Changeset 3515 for nappy


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25/02/08 18:03:55 (11 years ago)
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ckilburn
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Annotation column

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nappy/trunk/nappy
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  • nappy/trunk/nappy/na_file/na_file.py

    r3510 r3515  
    202202        Assumes we are at the right point in the file. 
    203203        """ 
    204         self.header.write("%s\n" % self.NV) 
    205         self.header.write((("%s" + self.delimiter) * (self.NV - 1) + "%s\n") % tuple(self.VSCAL)) 
    206         self.header.write((("%s" + self.delimiter) * (self.NV - 1) + "%s\n") % tuple(self.VMISS)) 
    207         self.header.write("%s\n" * self.NV % tuple(self.VNAME)) 
     204        annotation = getAnnotation("NV", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     205        self.header.write("%s%d\n" % (annotation, self.NV)) 
     206        annotation = getAnnotation("VSCAL", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     207        self.header.write((annotation + ("%s" + self.delimiter) * (self.NV - 1) + "%s\n") % tuple(self.VSCAL)) 
     208        annotation = getAnnotation("VMISS", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     209        self.header.write((annotation + ("%s" + self.delimiter) * (self.NV - 1) + "%s\n") % tuple(self.VMISS)) 
     210        annotation = getAnnotation("VNAME", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     211        self.header.write((annotation + "%s\n") * self.NV % tuple(self.VNAME)) 
    208212 
    209213    def _readAuxVariablesHeaderSection(self): 
     
    223227        Assumes we are at the right point in the file. 
    224228        """ 
    225         self.header.write("%s\n" % self.NAUXV) 
     229        annotation = getAnnotation("NAUXV", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     230        self.header.write("%s%d\n" % (annotation, self.NAUXV)) 
    226231        if self.NAUXV > 0: 
    227             self.header.write((("%s" + self.delimiter) * (self.NAUXV - 1) + "%s\n")  % tuple(self.ASCAL)) 
    228             self.header.write((("%s" + self.delimiter) * (self.NAUXV - 1) + "%s\n")  % tuple(self.AMISS)) 
    229             self.header.write("%s\n" * self.NAUXV % tuple(self.ANAME))                  #08/11/04 selatham 
     232            annotation = getAnnotation("ASCAL", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     233            self.header.write((annotation + ("%s" + self.delimiter) * (self.NAUXV - 1) + "%s\n")  % tuple(self.ASCAL)) 
     234            annotation = getAnnotation("AMISS", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     235            self.header.write((annotation + ("%s" + self.delimiter) * (self.NAUXV - 1) + "%s\n")  % tuple(self.AMISS)) 
     236            annotation = getAnnotation("ANAME", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     237            self.header.write((annotation + "%s\n") * self.NAUXV % tuple(self.ANAME)) 
    230238 
    231239    def _readCharAuxVariablesHeaderSection(self): 
     
    261269        Assumes we are at the right point in the file. 
    262270        """ 
    263         self.header.write("%s\n" % self.NSCOML) 
    264         self.header.write("%s\n" * self.NSCOML % tuple(self.SCOM)) 
    265         self.header.write("%s\n" % self.NNCOML) 
    266         self.header.write("%s\n" * self.NNCOML % tuple(self.NCOM)) 
     271        annotation = getAnnotation("NSCOML", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     272        self.header.write(annotation + "%d\n" % self.NSCOML) 
     273        annotation = getAnnotation("SCOM", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     274        self.header.write((annotation + "%s\n") * self.NSCOML % tuple(self.SCOM)) 
     275        annotation = getAnnotation("NNCOML", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     276        self.header.write(annotation + "%d\n" % self.NNCOML) 
     277        annotation = getAnnotation("NCOM", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     278        self.header.write((annotation + "%s\n") * self.NNCOML % tuple(self.NCOM)) 
    267279 
    268280    def _fixHeaderLength(self): 
     
    275287        lines = self.header.readlines() 
    276288        headlength = len(lines) 
    277         lines[0] = "%d%s%d\n" % (headlength, self.delimiter, self.FFI) 
     289        annotation = getAnnotation("NLHEAD_FFI", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     290        lines[0] = "%s%d%s%d\n" % (annotation, headlength, self.delimiter, self.FFI) 
    278291        self.header = StringIO.StringIO("".join(lines)) 
    279292        self.header.seek(0)  
  • nappy/trunk/nappy/na_file/na_file_1001.py

    r3463 r3515  
    1616import nappy.utils.text_parser 
    1717import nappy.na_file.na_file 
     18import nappy.utils.common_utils 
     19getAnnotation = nappy.utils.common_utils.getAnnotation 
     20 
    1821 
    1922class NAFile1001(nappy.na_file.na_file.NAFile): 
     
    3841        """         
    3942        self._writeCommonHeader() 
    40         self.header.write(("%s" * self.NIV + "\n") % tuple(self.DX)) 
    41         self.header.write("%s\n" * self.NIV % tuple(self.XNAME)) 
     43        annotation = getAnnotation("DX", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     44        self.header.write((annotation + "%s" * self.NIV + "\n") % tuple(self.DX)) 
     45        annotation = getAnnotation("XNAME", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     46        self.header.write((annotation + "%s\n") * self.NIV % tuple(self.XNAME)) 
    4247        self._writeVariablesHeaderSection() 
    4348        self._writeComments() 
     
    8186        """ 
    8287        for m in range(len(self.X)): 
    83             var_string = self.format % self.X[m] 
     88 
     89            if self.annotation: var_string = self.delimiter 
     90            else: var_string = ''  
     91            var_string = var_string + (self.format % self.X[m]) 
    8492 
    8593            for n in range(self.NV): 
  • nappy/trunk/nappy/na_file/na_file_1010.py

    r3485 r3515  
    1818import nappy.utils.text_parser 
    1919import nappy.na_file.na_file_1001 
     20import nappy.utils.common_utils 
     21getAnnotation = nappy.utils.common_utils.getAnnotation 
    2022 
    2123class NAFile1010(nappy.na_file.na_file.NAFile): 
     
    4143        """                                                                                      
    4244        self._writeCommonHeader()                                                
    43         self.header.write(("%s " * self.NIV + "\n") % tuple(self.DX))                    
    44         self.header.write("%s\n" * self.NIV % tuple(self.XNAME))                         
     45        annotation = getAnnotation("DX", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     46        self.header.write((annotation + "%s " * self.NIV + "\n") % tuple(self.DX))               
     47        annotation = getAnnotation("XNAME", self.annotation, delimiter = self.delimiter) 
     48        self.header.write((annotation + "%s\n") * self.NIV % tuple(self.XNAME))                  
    4549        self._writeVariablesHeaderSection()                                      
    4650        self._writeAuxVariablesHeaderSection()                                   
  • nappy/trunk/nappy/na_file/na_file_1020.py

    r3476 r3515  
    4040        self._readComments() 
    4141   
     42    def writeHeader(self):                                                                               
     43        """                                                                                                      
     44        Writes FFI-specifc header section.                                               
     45        """                                                                                              
     46        self._writeCommonHeader()                                                                
     47        self.header.write(("%s " * self.NIV + "\n") % tuple(self.DX))                                    
     48        self.header.write(("%s\n") %self.NVPM)                                                   
     49        self.header.write("%s\n" * self.NIV % tuple(self.XNAME))                                         
     50        self._writeVariablesHeaderSection()                                              
     51        self._writeAuxVariablesHeaderSection()                                                   
     52        self._writeComments()                                                            
     53        self._fixHeaderLength() 
     54        self.file.write(self.header.read()) 
     55 
    4256    def _readData2(self, datalines, ivar_count): 
    4357        """ 
     
    6781        self._normalized_X = True 
    6882 
    69     def writeHeader(self):                                                                               
    70         """                                                                                                      
    71         Writes FFI-specifc header section.                                               
    72         """                                                                                              
    73         self._writeCommonHeader()                                                                
    74         self.header.write(("%s " * self.NIV + "\n") % tuple(self.DX))                                    
    75         self.header.write(("%s\n") %self.NVPM)                                                   
    76         self.header.write("%s\n" * self.NIV % tuple(self.XNAME))                                         
    77         self._writeVariablesHeaderSection()                                              
    78         self._writeAuxVariablesHeaderSection()                                                   
    79         self._writeComments()                                                            
    80         self._fixHeaderLength() 
    81         self.file.write(self.header.read()) 
    82  
    8383    def writeData(self):                                                                                 
    8484         """                                                                                                     
  • nappy/trunk/nappy/unit_tests/ck_test.py

    r3465 r3515  
    1010import nappy.na_file.na_file 
    1111 
    12 infile = os.path.join(base_dir, "data_files", "1001.na") 
    13 outfile = os.path.join(base_dir, "test_outputs", "test_1001.na") 
     12infile = os.path.join(base_dir, "data_files", "1010.na") 
     13outfile = os.path.join(base_dir, "test_outputs", "test_1010.na") 
    1414print "Opening the infile" 
    1515fin = nappy.openNAFile(infile) 
  • nappy/trunk/nappy/utils/common_utils.py

    r3510 r3515  
    140140            "DATE_RDATE" : "Starting data of data and file creation date", 
    141141            "DX" : "Interval between coordinate variable values (zero if not used)", 
    142             "XNAME(1)" : "Name of first coordinate variable [i.e. axis] (with units)", 
    143             "XNAME(2)" : "Name of second coordinate variable [i.e. axis] (with units)", 
     142            "XNAME" : "Name of coordinate variable [i.e. axis] (with units)", 
    144143            "NV" : "Number of variables at each point (i.e. defined against both axes)", 
    145144            "VSCAL" : "Scaling factors for each variable", 
    146145            "VMISS" : "Missing values for each variable", 
    147             "VNAME(1)" : "Name of variable 1 (with units)", 
    148             "VNAME(2)" : "Name of variable 1 (with units)", 
     146            "VNAME" : "Name of variable (with units)", 
    149147            "NAUXV" : "Number of auxiliary variables (variables defined with one value)", 
    150148            "ASCAL" : "Scale factors for each auxiliary variable", 
    151149            "AMISS" : "Missing values for each auxiliary variable", 
    152             "ANAME(1)" : "Name of auxiliary variable 1 [long name in square brackets] (with units)", 
    153             "ANAME(2)" : "Name of auxiliary variable 2 [long name in square brackets] (with units)", 
     150            "ANAME" : "Name of auxiliary variable [long name in square brackets] (with units)", 
    154151            "NSCOML" : "Number of lines of special comments", 
    155             "SCOM(1)" : "Special comments line 1", 
    156             "SCOM(2)" : "Special comments line 2", 
     152            "SCOM" : "Special comments line", 
    157153            "NNCOML" : "Number of lines of normal comments", 
    158             "NCOM(1)" : "Normal comments line 1", 
    159             "NCOM(2)" : "Normal comments line 2" 
     154            "NCOM" : "Normal comments line", 
    160155            } 
    161156 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.