source: TI07-MOLES/trunk/DIF/XQuery/DIF2MOLES.xquery @ 2008

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/ndg/TI07-MOLES/trunk/DIF/XQuery/DIF2MOLES.xquery@2008
Revision 2008, 13.1 KB checked in by ko23, 14 years ago (diff)

Updated XQueries (DIF/DC) B->D part 1

Line 
1(: Version for one DIF per dgMetadata instance :)
2(: Note algoritm for creating non-pre-existing organisations :)
3(: dgPersons are not created as one can't tell automatically which are people and which are orgs, and orgs are simpler :) 
4
5declare default element namespace 'http://ndg.nerc.ac.uk/moles';
6declare namespace dif='http://gcmd.gsfc.nasa.gov/Aboutus/xml/dif/';
7declare namespace xsi='http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance';
8declare namespace f='http://ndg.nerc.ac.uk/moles/localfunctions';
9
10declare variable $input_collection as xs:string {'TargetCollection'};
11
12declare variable $unknown_vocab_id as xs:string {'http://vocab.ndg.nerc.ac.uk/null'};
13
14declare variable $bodc_parameter_discovery_vocab as xs:string {'http://vocab.ndg.nerc.ac.uk/P021'};
15
16declare variable $cf_standard_names as xs:string {'http://www.cgd.ucar.edu/cms/eaton/cf-metadata/standard_name.html'};
17
18(: declare variable $gcmd_science_valids as xs:string {'http://gcmd.gsfc.nasa.gov/Resources/valids/gcmd_parameters.html'}; :)
19declare variable $gcmd_science_valids as xs:string {'http://vocab.ndg.nerc.ac.uk/P041'};
20declare variable $gcmd_project_valids as xs:string {'http://gcmd.gsfc.nasa.gov/Resources/valids/projects.html'};
21declare variable $gcmd_location_valids as xs:string {'http://gcmd.gsfc.nasa.gov/Resources/valids/locations.html'};
22declare variable $gcmd_paleotemporal_valids as xs:string {'http://gcmd.gsfc.nasa.gov/Resources/valids/paleotemporal.html'};
23declare variable $gcmd_iso_topic_list as xs:string {'http://gcmd.gsfc.nasa.gov/Resources/valids/iso_topic_list.html'};
24
25(: declare variable $iso_topic_list as xs:string {'http://www.isotc211.org/2005/resources/Codelist/gmxCodelists.xml#MD_TopicCategoryCode'}; :)
26declare variable $iso_topic_list as xs:string {'http://vocab.ndg.nerc.ac.uk/P051'};
27
28declare variable $ndg_data_provider_vocab as xs:string {'http://vocab.ndg.nerc.ac.uk/N010'};
29
30declare variable $input_repository as xs:string {'Input_Repository_Code'};
31declare variable $input_repository_local as xs:string {'Input_Repository_LocalID'};
32declare variable $input_entry_id as xs:string {'Input_Entry_ID'};
33declare variable $output_local_id as xs:string {'Output_LocalID'};
34
35declare function f:fix-coord($e as element()) as element()
36(: Parse a non-decimal co-ordinate element,  parse to see if it's possible to convert to
37    a decimal co-ordinate, and do so, else return the rubbish provided :)
38{
39if ($e castable as xs:decimal) then 
40        $e
41else
42        let $value := substring(data($e), 1, string-length($e)-1)
43        let $point := lower-case(data($e))
44        return
45        if ($value  castable as xs:decimal) then 
46                if (ends-with($point, 'n')) then
47                        element {name($e)} {$value}
48                else if (ends-with($point, 's')) then
49                        element {name($e)} {concat('-', $value)}
50                else if (ends-with($point, 'e')) then
51                        element {name($e)} {$value}
52                else if (ends-with($point, 'w')) then
53                        element {name($e)} {concat('-', $value)}
54                else $e
55        else  $e
56} ;
57
58for $DIF in collection($input_collection)/dif:DIF[dif:Entry_ID=$input_entry_id]
59return
60element dgMetadata {
61        element dgMetadataRecord {
62                element dgMetadataID {
63                        element schemeIdentifier {'NDG-B0'},
64                        element repositoryIdentifier {$input_repository},
65                        if ($output_local_id != 'Output_LocalID') then
66                                element localIdentifier {$output_local_id}
67                        else
68                                element localIdentifier {string($DIF/dif:Entry_ID)}
69                },
70                element dgMetadataDescription {
71                        element metadataDescriptionID {
72                                element schemeIdentifier {'NDG-B0'},
73                                element repositoryIdentifier {$input_repository},
74                                element localIdentifier {concat('generated_desc-', string($DIF/dif:Entry_ID))}
75                        },
76                        element metadataDescriptionLastUpdated {current-date()}                 ,
77                        element abstract {
78                                element abstractText {string($DIF/dif:Summary)}
79                        }
80                },
81                element name {string($DIF/dif:Entry_Title)},
82                element abbreviation {string($DIF/dif:Entry_Title)},
83                element dgDataEntity {
84                        element dgDataSetType {''},
85                        element dgDataSummary {
86                                for $parameter in $DIF/dif:Parameters
87                                return
88                                        element dgParameterSummary {
89                                                element dgParameterValue {
90                                                        element dgValueDataParameter {
91                                                                element Value {''},
92                                                                element dgStandardUnit {
93                                                                        element dgValidTerm {'dummy'},
94                                                                        element dgValidTermID {
95                                                                                element ParentListID {$unknown_vocab_id},
96                                                                                element TermID {escape-uri('dummy unit', true())}
97                                                                        }
98                                                                }
99                                                        }
100                                                },
101                                                element dgStdParameterMeasured {
102                                                        element dgValidTerm {
103                                                                concat (string($parameter/dif:Category), ' > ', string($parameter/dif:Topic), ' > ', string($parameter/dif:Term)),
104                                                                if (exists($parameter/dif:Variable)) then
105                                                                        concat(' > ', string($parameter/dif:Variable))
106                                                                else (),
107                                                                if (exists($parameter/dif:Detailed_Variable)) then
108                                                                        concat(' > ', string($parameter/dif:Detailed_Variable))
109                                                                else ()
110                                                        },
111                                                                element dgValidTermID {
112                                                                        element ParentListID {$gcmd_science_valids},
113                                                                        element TermID {escape-uri($parameter/dif:Category, true())}
114                                                                }
115                                                },
116                                                element ParameterName {
117                                                        concat (string($parameter/dif:Category), ' > ', string($parameter/dif:Topic), ' > ', string($parameter/dif:Term)),
118                                                        if (exists($parameter/dif:Variable)) then
119                                                                concat(' > ', string($parameter/dif:Variable))
120                                                        else (),
121                                                        if (exists($parameter/dif:Detailed_Variable)) then
122                                                                concat(' > ', string($parameter/dif:Detailed_Variable))
123                                                        else ()
124                                                },
125                                                element ParameterAbbreviation {
126                                                        concat (string($parameter/dif:Category), ' > ', string($parameter/dif:Topic), ' > ', string($parameter/dif:Term)),
127                                                        if (exists($parameter/dif:Variable)) then
128                                                                concat(' > ', string($parameter/dif:Variable))
129                                                        else (),
130                                                        if (exists($parameter/dif:Detailed_Variable)) then
131                                                                concat(' > ', string($parameter/dif:Detailed_Variable))
132                                                        else ()
133                                                }
134                                        },
135                                if (exists($DIF/dif:Spatial_Coverage) or exists($DIF/dif:Paleo_Temporal_Coverage) or exists($DIF/dif:Location) or exists($DIF/dif:Temporal_Coverage)) then
136                                        element dgDataCoverage {
137                                                if (exists($DIF/dif:Spatial_Coverage)  or exists($DIF/dif:Location))  then
138                                                        element dgSpatialCoverage {
139                                                                for $boundingbox in $DIF/dif:Spatial_Coverage[exists(dif:Northernmost_Latitude)
140                                                                                                                and exists(dif:Southernmost_Latitude)
141                                                                                                                and exists(dif:Easternmost_Longitude)
142                                                                                                                and exists(dif:Westernmost_Longitude)]
143                                                                return
144                                                                        element BoundingBox {
145                                                                                element LimitNorth {data(f:fix-coord($boundingbox/dif:Northernmost_Latitude))},
146                                                                                element LimitSouth {data(f:fix-coord($boundingbox/dif:Southernmost_Latitude))},
147                                                                                element LimitWest {data(f:fix-coord($boundingbox/dif:Westernmost_Longitude))},
148                                                                                element LimitEast {data(f:fix-coord($boundingbox/dif:Easternmost_Longitude))}
149                                                                        },
150                                                                for $location in $DIF/dif:Location
151                                                                return
152                                                                        element dgArea {
153                                                                                element dgValidTerm {string($location)},
154                                                                                element dgValidTermID {
155                                                                                        element ParentListID {$gcmd_location_valids},
156                                                                                        element TermID {escape-uri($location, true())}
157                                                                                }
158                                                                        }
159                                                        }
160                                                else (),
161                                                if (exists($DIF/dif:Temporal_Coverage/dif:Start_Date) or exists($DIF/dif:Paleo_Temporal_Coverage/dif:Paleo_Start_Date) or exists($DIF/dif:Chronostratigraphic_Unit)) then
162                                                        element dgTemporalCoverage {
163                                                                for $temporalcoverage in $DIF/dif:Temporal_Coverage[exists(dif:Start_Date)]
164                                                                return
165                                                                        element DateRange {
166                                                                                element DateRangeStart {string($temporalcoverage/dif:Start_Date)},
167                                                                                element DateRangeEnd {string($temporalcoverage/dif:Stop_Date)}
168                                                                        },
169                                                                for $paleotemporalcoverage in $DIF/dif:Paleo_Temporal_Coverage[exists(dif:Paleo_Start_Date)]
170                                                                return
171                                                                        element DateRange {
172                                                                                element DateRangeStart {string($paleotemporalcoverage/dif:Paleo_Start_Date)},
173                                                                                element DateRangeEnd {string($paleotemporalcoverage/dif:Paleo_Stop_Date)}
174                                                                        },
175                                                                for $chronostratigraphic in $DIF/dif:Chronostratigraphic_Unit
176                                                                return
177                                                                        element dgChronostratigraphicTerm {
178                                                                                element dgValidTerm {string($chronostratigraphic)},
179                                                                                element dgValidTermID {
180                                                                                        element ParentListID {$gcmd_paleotemporal_valids},
181                                                                                        element TermID {escape-uri($chronostratigraphic, true())}
182                                                                                }
183                                                                        }
184                                                        }
185                                                else ()
186                                        }
187                                else ()
188                        },
189                        element dgDataRoles {
190                                if (exists($DIF/dif:Data_Set_Citation/dif:Dataset_Creator)) then
191                                        element dgDataCreator {
192                                                element dgMetadataID {
193                                                        element schemeIdentifier {'NDG-B0'},
194                                                        element repositoryIdentifier {$input_repository},
195                                                        element localIdentifier {concat('generated_creator-', string($DIF/dif:Entry_ID), '-', data($DIF/dif:Entry_ID))}
196                                                },
197                                                element roleName {'Data Creator'},
198                                                element abbreviation {'Creator'},
199                                                for $creatorID in $DIF/dif:Data_Set_Citation/dif:Dataset_Creator
200                                                return
201                                                element dgRoleHolder {
202                                                        element dgOrganisationID {
203                                                                element schemeIdentifier {'NDG-B0'},
204                                                                element repositoryIdentifier {$input_repository},
205                                                                element localIdentifier  {escape-uri(concat('generated_orgcit-', string($creatorID), '-', data($DIF/dif:Entry_ID)), true())}
206                                                        },
207                                                element startDate {current-date()}
208                                                }
209                                        }
210                                else if (exists($DIF/dif:Originating_Center)) then
211                                        element dgDataCreator {
212                                                element dgMetadataID {
213                                                        element schemeIdentifier {'NDG-B0'},
214                                                        element repositoryIdentifier {$input_repository},
215                                                        element localIdentifier {concat('generated_creator-', string($DIF/dif:Entry_ID))}
216                                                },
217                                                element roleName {'Data Creator'},
218                                                element abbreviation {'Creator'},
219                                                for $creatorID in $DIF/dif:Originating_Center
220                                                return
221                                                element dgRoleHolder {
222                                                        element dgOrganisationID {
223                                                                element schemeIdentifier {'NDG-B0'},
224                                                                element repositoryIdentifier {$input_repository},
225                                                                element localIdentifier  {escape-uri(concat('generated_orgcit-', string($creatorID)), true())}
226                                                        },
227                                                element startDate {current-date()}
228                                                }
229                                        }
230                                else (),
231                                element dgDataCurator {
232                                        element dgMetadataID {
233                                                element schemeIdentifier {'NDG-B0'},
234                                                element repositoryIdentifier {$input_repository},
235                                                element localIdentifier {concat('generated_curator-', string($DIF/dif:Entry_ID))}
236                                        },
237                                        element roleName {'Data Curator'},
238                                        element abbreviation {'Curator'},
239                                        element dgRoleHolder {
240                                                element dgOrganisationID {
241                                                        element schemeIdentifier {'NDG-B0'},
242                                                        element repositoryIdentifier {$input_repository},
243                                                        element localIdentifier {$input_repository_local}
244                                                },
245                                        element startDate {current-date()}
246                                        }
247                                }
248                        }
249                },
250                element dgStructuredKeyword {
251                        element dgValidTerm {'d2b converted record'},
252                        element dgValidTermID {
253                                element ParentListID {$unknown_vocab_id},
254                                element TermID {'d2b'}
255                        }
256                },
257                for $structuredKeywords in $DIF/dif:Keywords
258                return
259                        element dgStructuredKeyword {
260                                element dgValidTerm {$structuredKeywords},
261                                element dgValidTermID {
262                                        element ParentListID {$unknown_vocab_id},
263                                        element TermID {escape-uri($structuredKeywords, true())}
264                                }
265                        },
266                for $structuredKeywords in $DIF/dif:ISO_Topic_Category
267                return
268                        element dgStructuredKeyword {
269                                element dgValidTerm {string($structuredKeywords)},
270                                element dgValidTermID {
271                                        element ParentListID {$gcmd_iso_topic_list},
272                                        element TermID {escape-uri($structuredKeywords, true())}
273                                }
274                        },
275                if (exists($DIF/dif:DIF_Creation_Date) or exists($DIF/dif:Last_DIF_Revision_Date)) then
276                        element dgMetadataProvenance {
277                                if (exists($DIF/dif:DIF_Creation_Date)) then
278                                        element RecordCreation {
279                                                element CreatedDate {
280                                                        if (string($DIF/dif:DIF_Creation_Date) castable as xs:date) then
281                                                                string($DIF/dif:DIF_Creation_Date) cast as xs:date
282                                                        else (current-date())
283                                                },
284                                        element CreatedBy {$input_repository}
285                                        }
286                                else
287                                        element RecordCreation {
288                                                element CreatedDate {current-date()},
289                                                element CreatedBy {'MOLES Import'}
290                                        },
291                                if (exists($DIF/dif:Last_DIF_Revision_Date)) then
292                                        element RecordUpdate {
293                                                element UpdateDate {
294                                                        if (string($DIF/dif:Last_DIF_Revision_Date) castable as xs:dateTime) then
295                                                                string($DIF/dif:Last_DIF_Revision_Date) cast as xs:dateTime
296                                                        else (current-dateTime())
297                                                },
298                                                element UpdatedBy {$input_repository}
299                                        }
300                                else ()
301                        }
302                else ()
303        } (: </dgMetadataRecord>:),
304        for $creator in distinct-values($DIF/(dif:Data_Set_Citation/dif:Dataset_Creator | dif:Originating_Center))
305        return
306                element dgOrganisation {
307                        element dgMetadataID {
308                                element schemeIdentifier {'NDG-B0'},
309                                element repositoryIdentifier {$input_repository},
310                                element localIdentifier {escape-uri(concat('generated_orgcit-', string($creator), '-', data($DIF/dif:Entry_ID), '-', data($DIF/dif:Entry_ID)), true())}
311                        },
312                        element name {string($creator)},
313                        element abbreviation {string($creator)},
314                        element contactDetails {''}
315                }
316} (:    </dgMetadata> :)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.