source: TI02-CSML/trunk/csml/csmllibs/csmldataiface.py @ 2849

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/ndg/TI02-CSML/trunk/csml/csmllibs/csmldataiface.py@2849
Revision 2849, 25.6 KB checked in by domlowe, 12 years ago (diff)

fixing up strange indentation in csmldataiface.py

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Author Date Id Revision
Line 
1#!/usr/bin/env python
2
3#**************************************************************************************
4#csmldataIface.py
5#contains classes for interfacing with various files
6#currently supports cdunif (NetCDF, PP, Grib(untested)) And Nappy (NASAAmes)
7#use by instantiating the factory class: DataInterface
8#v0.00 30th November 2005
9#Dominic Lowe, BADC
10#**************************************************************************************
11
12import pdb
13import cdms 
14import Numeric
15
16try:
17    import nappy 
18except ImportError:
19    pass
20    #print 'could not import NASAAmes interface'
21import string
22import sys
23import csml.csmllibs.csmltime
24# This is required to prevent Numeric arrays being truncated when printed.
25import MA
26MA.set_print_limit(0)
27
28# Generic mathematical expression solver, required by the raw and image
29# interfaces
30import NumericTransform
31
32try:
33    # Part of the PIL. Required for ImageFileInterface:
34    import Image
35except ImportError:
36    print 'could not import Image'
37    pass
38
39try:
40    # Required for RawFileInterface:
41    import struct
42except ImportError:
43    print 'could not import struct'
44    pass
45
46
47class DataInterface(object):
48        #Use DataInterface and setInterfaceType to instantiate the correct
49        #subclass for data
50        def __init__(self):
51                self.iface ='None'
52               
53        def setInterfaceType(self,interfaceType):
54                # function returns approprate data interface
55                #set interfaceType: should correspond to available datainterface subclasses
56                self.iface =interfaceType
57                if self.iface == 'nappy':
58                        return NappyInterface()
59                elif self.iface == 'cdunif':
60                        return cdunifInterface()
61                elif self.iface == 'raw':
62                        return RawFileInterface()
63                elif self.iface == 'image':
64                        return ImageFileInterface()
65               
66               
67        def getUnknownInterfaceType(self, filename):
68                #if the interface type is not known at the time of instantiation, then use
69                #this function to examine the file and return the correct interface (if it exists).
70                fileExtension = str(filename)[-3:]
71                if fileExtension == '.nc':
72                        return cdunifInterface()
73                if fileExtension == 'qxf':
74                        return cdunifInterface()
75                elif fileExtension == '.pp':
76                        return cdunifInterface()
77                elif fileExtension == 'ctl':
78                        return cdunifInterface()
79                elif fileExtension == 'xml':
80                        return cdmlInterface()
81                elif fileExtensions == 'png' or fileExtension == 'gif':
82                        return ImageFileInterface()
83                else:
84                        try:
85                                nappy.readFFI(filename) in [1001,1010,1020,2010,2110,2160,2310,3010,4010]
86                                return NappyInterface()
87                        except:
88                                print "Could not establish file type"
89                                print "See csmldataiface.py"
90                       
91       
92                                                       
93class AbstractDI(object):               
94        #Abstract data interface class
95        #does nothing, but contains templates for methods required for a data interface class
96        #individual interfaces (e.g NappyInterface) should override these methods
97
98        def __init__(self):
99                self.extractType=''
100                self.extractPrefix = ''
101                                       
102        def openFile(self, filename):
103           #opens file, must be overwritten by subclass
104            raise NotImplementedError 
105               
106        def closeFile(self):
107           #closes file, probably needs to be overwritten by subclass
108            try:
109                self.file.close()
110            except:
111                raise NotImplementedError
112         
113        def setAxis(self,axis):
114           #'set' the name of the current axis , must be overwritten by subclass
115           #this may just involve a stub (see NASAAmes interface) or may involve
116           #calling a real set method of the underlying api (see cdunif Interface)
117           raise NotImplementedError 
118                       
119        def getDataForAxis(self):
120            #return all data for axis, must be overwritten by subclass
121           raise NotImplementedError   
122       
123        def setVariable(self,varname):
124             #As for setAxis, 'set' the name of the current axis , must be overwritten by subclass
125             raise NotImplementedError
126       
127        def getDataForVar(self):
128            #return all data for variable, must be overwritten by subclass
129           raise NotImplementedError   
130       
131        def getSubsetOfDataForVar(self,**kwargs):
132            #return subset of data for variable, must be overwritten by subclass
133            raise NotImplementedError
134       
135       
136class NappyInterface(AbstractDI):       
137        # Data Interface for Nappy (NASA Ames Processing in Python)
138   
139        def __init__(self):
140                self.extractType='NASAAmesExtract'
141                self.extractPrefix = '_naextract_'
142                                         
143        def openFile(self, filename):
144                #print 'opening NA file: ' + str(filename)
145                self.file=nappy.openNAFile(filename)
146                #print 'reading data....'
147                #self.file.readData()
148                #print 'nappyopen ' + filename
149
150        def getListOfAxes(self):
151                axes=self.file.XNAME
152                #print 'before units stripped' + str(axes)
153                axes=self.stripunits(axes)
154                #print 'after units stripped' + str(axes)
155                return axes
156
157        def setAxis(self,axis):
158                axes = self.getListOfAxes()
159                self.axisstub=axes.index(axis)
160
161        def getAxisAttribute(self, att):
162                #need to do something here...? maybe
163                attValue=None
164                return attValue
165
166        def getTimeUnits(self):
167                axes = self.getListOfAxes()
168                for axis in axes:
169                        if string.find(string.upper(axis),'SECONDS SINCE') != -1:
170                                #found possible time axis.
171                                if axis[-3:]=='UTC':
172                                    units =string.lower(axis[:-4]) #hack!
173                                    units=units.replace('/','-') #try and clean it up
174                                else:
175                                    units=string.lower(axis)
176                                break
177                        elif string.find(string.upper(axis),'HOURS SINCE') != -1:
178                                #found possible time axis.
179                                units =(str(axis))
180                                break
181                        elif string.find(string.upper(axis),'DAYS SINCE') != -1:
182                                #found possible time axis.
183                                units =(str(axis))
184                                break
185                       
186                #revisit with udunits python library?
187                return units
188
189
190        def getDataForAxis(self):           
191            if self.file.X == None:
192                    #print 'reading data....'
193                    self.file.readData()
194            for x in self.file.X:
195                pass
196                #print type(x)
197           
198           
199            d=Numeric.array(self.file.X)
200           
201            if type(self.file.X[1])==list:
202            #if len(self.file.X) > 0:
203                    data = self.file.X[self.axisstub]
204            else:
205                    data =self.file.X
206            #print data
207            data=Numeric.array(data)
208            return data
209
210        def getSizeOfAxis(self,axis):
211
212                #check this function is okay
213                #is time always the first dimension in NA??
214                axes = self.getListOfAxes()
215                axisPosition=axes.index(axis)
216                #print "axis position" + str( axisPosition)
217                #print "NX" + str(self.file.NX)
218                try :
219                        axisSize=self.file.NX[axisPosition-1]
220                except:
221                        axisSize ='Unknown axis size'
222                return axisSize
223
224        def getListofVariables(self):
225                variableList=self.stripunits(self.file.VNAME)
226                return variableList
227
228        def setVariable(self,varname):
229                vlist=self.getListofVariables()
230                self.varstub=vlist.index(varname)
231
232        def getVariableAxes(self):
233                #hmm, now with Nasa Ames the Axis will be the same for all variables.
234                #so just use the getListOfAxes function again
235                #I think... check this!
236                varAxesList=self.getListOfAxes()
237                return varAxesList
238
239        def getVariableAttribute(self,attName):
240                if attName =='units':
241                        #strip the units (attribute) from the variable
242                        unitslist=self.getUnits(self.file.VNAME)
243                        attribValue = unitslist[self.varstub]
244                        try:
245                                attribValue = unitslist[self.varstub]
246                        except:
247                                attribValue = 'unknown'
248                else:
249                        attribValue = 'unknown'
250                return attribValue
251
252        def getDataForVar(self):
253            #NOTE TO SELF:
254            #Review this function (and in fact all of nasa ames data interface...)
255                if self.file.V == None:
256                        #print 'reading data....'
257                        self.file.readData()
258
259                try:
260                    if type(self.file.V[1])==list:
261                        data = self.file.V[self.varstub]
262                #else:
263                #       data =self.file.X
264                #       print data
265                    return data
266                except:
267                    data = self.file.X
268                   # print data
269                    return data
270
271        def getArraySizeOfVar(self):
272        #iterates through all dimensions in variable to get array size i.e a 3x3x3 array would have a size of 27
273
274                dimlist=self.file.NX
275                varsize =1
276                for item in dimlist:
277                        varsize = varsize * item
278                        #print "VARSISZE" + str(varsize)
279                return varsize
280
281        def getShapeOfVar(self):
282            #this should return a list.
283            varShape = []
284            for item in self.file.NX:
285                varShape.append(item)
286            return varShape
287
288        def getLowLimits(self):
289                lowlims = ""
290                for i in range (0, len(self.file.NX)):
291                        #for now, assume low limit is always of form 1 1 1 ..
292                        lowlims =lowlims + str(1)  +' '
293                return lowlims
294
295        def getHighLimits(self):
296                highlims = ""
297                for i in range (0, len(self.file.NX)):
298                        dimValue = self.file.NX[i]
299                        highlims =highlims  + str(dimValue) +' '
300                return highlims
301
302
303        def stripunits(self,listtostrip):
304                #strips units of measure from list
305                #eg ['Universal time (hours)', 'Altitude (km)', 'Latitude (degrees)', 'Longitude (degrees)']
306                #becomes ['Universal time', 'Altitude', 'Latitude', 'Longitude']
307                cleanlist = []
308                for item in listtostrip:
309                        openbracket=string.find(item,'(')
310                        if openbracket != -1:
311                                #if brackets exist, strip units.
312                                item=item[:openbracket-1]
313                        cleanlist.append(item)
314                return cleanlist
315
316        def getUnits(self,listwithunits):
317                #gets units from list
318                #eg ['Universal time (hours)', 'Altitude (km)', 'Latitude (degrees)', 'Longitude (degrees)']
319                #becomes ['hours', 'km', 'degrees', 'degrees']
320                unitlist=[]
321                for item in listwithunits:
322                        openbracket=string.find(item,'(')
323                        item = item[openbracket+1:-1]
324                        unitlist.append(item)
325                return unitlist
326
327        def getTimes(self):
328                #This function attempts to determine the time axis and read the time data
329                #it may well not manage it.
330                axes = self.getListOfAxes()
331                for axis in axes:
332                        if string.find(string.upper(axis),'TIME') != -1:
333                                #found possible time axis.
334                                self.setAxis(axis)
335                                times=self.getDataForAxis()
336                                break
337                        elif string.find(string.upper(axis),'SECONDS SINCE') != -1:
338                                #found possible time axis.
339                                self.setAxis(axis)
340                                times=self.getDataForAxis()
341                                break
342                        elif string.find(string.upper(axis),'HOURS SINCE') != -1:
343                                #found possible time axis.
344                                self.setAxis(axis)
345                                times=self.getDataForAxis()
346                                break
347                        elif string.find(string.upper(axis),'DAYS SINCE') != -1:
348                                #found possible time axis.
349                                self.setAxis(axis)
350                                times=self.getDataForAxis()
351                                break
352                times=Numeric.array(times)
353                return times
354
355
356
357class cdunifInterface(AbstractDI):
358    #Data Interface for cdunif (netcdf & pp formats & grib (not tested with grib)
359
360    def __init__(self):
361        #these are just temporary values until we can determine whether the
362        #file is netcdf pp or grib
363        self.extractType='cdunifExtract'
364        self.extractPrefix = '_cdunifextract_'
365
366    def openFile(self, filename):
367        self.file=cdms.open(filename)
368
369        #now we have the file name can properly determine extractType/Prefix
370        fileExtension = str(filename)[-3:]
371        if fileExtension == '.nc':
372            self.extractType = 'NetCDFExtract'
373            self.extractPrefix = '_ncextract_'
374        elif fileExtension == '.qxf':
375            self.extractType = 'NetCDFExtract'
376            self.extractPrefix = '_ncextract_'
377        elif fileExtension == '.pp':
378            self.extractType  = 'PPExtract'
379            self.extractPrefix = '_ppextract_'
380        elif fileExtension == 'ctl':
381            self.extractType = 'GRIBExtract'
382            self.extractPrefix = '_gribextract_'
383        elif fileExtension == 'xml': 
384            self.extractType = 'NetCDFExtract'  #okay this isn't true, but ok for testing
385            self.extractPrefix = '_ncextract__' 
386    def getListOfAxes(self):
387        axes=self.file.dimensions.keys()
388        return axes
389
390    def getSizeOfAxis(self,axis):
391        axisSize=self.file.dimensions[axis]
392        return axisSize
393
394    def getListofVariables(self):
395        variableList=self.file.variables.keys()
396
397        # Hack to test if removing climatology_bounds fixes pywms bug
398        if 'climatology_bounds' in variableList:
399            variableList.remove('climatology_bounds')
400
401        return variableList
402
403    def setAxis(self,axis):
404        self.axisobj=self.file.getAxis(axis)
405
406    def getAxisAttribute(self, att):
407        attValue=self.axisobj.attributes[att]
408        return attValue
409   
410    def getTimeUnits(self):
411        #this does the same as getAxisAttribute, but is a separate function as different formats handle time differently.
412        return self.getAxisAttribute('units')
413
414    def getDataForAxis(self):
415        data = self.axisobj.getValue()
416        return data
417
418    def setVariable(self,varname):
419        self.varobj=self.file.variables[varname]
420
421    def getVariableAxes(self):
422        varAxesList=self.varobj.getAxisIds()
423        return varAxesList
424
425    def getVariableAttribute(self,attName):
426        #NEED TO REWRITE THIS!
427        if attName == 'long_name':
428            try:
429                attribValue = self.varobj.long_name
430            except:
431                attribValue='no_long_name_found'
432        elif attName == 'units':
433            try:
434                attribValue = self.varobj.units
435            except:
436                attribValue='no_units_found'
437        elif attName == '_FillValue':
438            try:
439                attribValue=self.varobj._FillValue
440                attribValue=attribValue.toscalar()
441            except:
442                try:
443                    attribValue=self.varobj.missing_value
444                    attribValue=attribValue.toscalar()
445                except:
446                    attribValue = None 
447        return attribValue
448
449    def getDataForVar(self):
450        data = self.varobj.getValue()
451        return data
452   
453    def _fixLongitudeRequest(self, **kwargs):
454        lonkey='longitude'
455        if lonkey in kwargs.keys():   #this test needs to be much more robust...!
456            if  type(kwargs[lonkey]) is tuple:
457                newkws=[]
458                for val in kwargs[lonkey]:
459                    newval=((val + 180) % 360) - 180
460                    newkws.append(newval)
461               
462                 #lon = ((t_lon + 180) % 360) - 180
463                #lonmin=kwargs[lonkey][0] - (kwargs[lonkey][0]/180)*360.0
464                #lonmax=kwargs[lonkey][1] - (kwargs[lonkey][1]/180)*360.0
465               
466                #if newkws[0] > newkws[1]:
467                    #flip=[newkws[1], newkws[0]]
468                    #newkws=flip
469                kwargs[lonkey]=tuple(newkws)
470        return kwargs
471
472    def getSubsetOfDataForVar(self, **kwargs):     
473           
474               
475        #put any slicing indices aside for later and use names   
476        try:
477            upper=kwargs['upper']
478            del kwargs['upper']
479        except:
480            pass
481        try:
482            lower=kwargs['lower']
483            del kwargs['lower']
484        except:
485            pass
486        #kwargs=self._fixLongitudeRequest(**kwargs)
487        #return self.file(self.varobj.id,**kwargs)
488        try:
489            #takes keyword args defining subset eg
490            #subset=getSubsetOfDataForVar(latitude=(0.,10.0), longitude=(90, 100.0))
491            subset=None
492            lonkey='longitude'
493            if lonkey in kwargs.keys():   #this test needs to be much more robust...!
494                if  type(kwargs[lonkey]) is tuple:
495                    if kwargs[lonkey][0] > kwargs[lonkey][1]:
496                        #subsetting greenwich meridian around 0
497                        lonMin = kwargs[lonkey][0]
498                        lonMax =kwargs[lonkey][1]
499                        kwargs[lonkey]=(0.1, lonMax)
500                        subset1=self.file(self.varobj.id,**kwargs)
501                        kwargs[lonkey]=(lonMin,360)
502                        try:
503                            subset2=self.file(self.varobj.id,**kwargs)
504                            longitudeAxis=subset1.getAxisIndex(lonkey)
505                            #concatenate arrays along longitude             
506                            subset = cdms.MV.concatenate([subset2,subset1],axis=longitudeAxis)
507                        except:
508                            subset=subset1
509            if type(subset) is not cdms.tvariable.TransientVariable:
510                subset=self.file(self.varobj.id,**kwargs)
511        except:             
512                return None
513                #try and slice with indices instead
514        return subset
515   
516   
517    def getArraySizeOfVar(self):
518    #iterates through all dimensions in variable to get array size i.e a 3x3x3 array would have a size of 27
519        var = self.varobj
520        size = var.shape
521        varsize = 1
522        for item in size:
523            varsize = item *varsize
524        return varsize
525
526    def getShapeOfVar(self):
527        varShape = []
528        for item in self.varobj.shape:
529            varShape.append(item)
530        return varShape
531
532    def getLowLimits(self):
533        dimNames = self.varobj.getAxisIds()
534        lowlims = ""
535        for i in range (1, len(dimNames)):
536            #for now, assume low limit is always of form 1 1 1 ..
537            lowlims =lowlims + str(1)  +' '
538        return lowlims
539
540    def getHighLimits(self):
541        dimNames = self.varobj.getAxisIds()
542        highlims = ""
543        for i in range (1, len(dimNames)):
544            dimValue = self.file.dimensions[dimNames[i]]
545            highlims =highlims  + str(dimValue) +' '
546        return highlims
547       
548   
549class cdmlInterface(cdunifInterface):
550    #this is more  or less the cdunif interface but a few methods have been overwritten
551    def __init__(self):
552        #this all needs to be revisited in csml v2.
553        self.extractType='cdmlExtract'
554        self.extractPrefix = '_cdmlextract_'
555       
556    def getListOfAxes(self):
557        axes=self.file.axes.keys() 
558        return axes
559
560    def getSizeOfAxis(self,axis):
561        axisSize=self.file.axes[axis].length
562        return axisSize
563
564
565class RawFileInterface(AbstractDI):
566
567   def __init__(self):
568      self.extractType   = 'rawExtract'
569      self.extractPrefix = '_rawextract_'
570 
571 
572   def openFile(self, filename):
573      self.file = open(filename, "rb")
574
575
576   def closeFile(self):
577      self.file.close()
578
579
580   # Read the data from the raw file into a multidimensional Numeric array
581   def readFile(self, **kwargs):
582        # Determine the numeric type:
583        if 'numericType' in kwargs:
584            try:
585                numericTypeCode = {
586                    'uint8':Numeric.UInt8,
587                    'uint16':Numeric.UInt16,
588                    'uint32':Numeric.UInt32,
589                    'int8':Numeric.Int8,
590                    'int16':Numeric.Int16,
591                    'int32':Numeric.Int32,
592                    'float':Numeric.Float32,
593                    'double':Numeric.Float64
594                }[kwargs['numericType']]
595            except KeyError:
596                raise TypeError("Invalid numericType: " + str(kwargs['numericType']))
597        else:
598            raise KeyError("numericType is mandatory.")
599       
600        # Read the file into a numpy array:
601        self.data = Numeric.fromstring(self.file.read(), numericTypeCode)
602        # If necessary, swap the byte order:
603        if 'endianess' in kwargs:
604            if ((kwargs['endianness'] == 'little' and not Numeric.LittleEndian) or (kwargs['endianness'] == 'big' and Numeric.LittleEndian)):
605                self.data = self.data.byteswapped()   
606        # Declare the shape of the array:
607        dimensions = map(int,kwargs['dimensions'])
608        dimensions.reverse()
609        self.data.shape = tuple(dimensions)
610        # If numericTransform or fillValue were provided, store them as
611        # attributes.
612        if 'numericTransform' in kwargs:
613            self.numericTransform = NumericTransform.infixExpression(kwargs['numericTransform'])
614        if 'fillValue' in kwargs:
615            self.fillValue = kwargs['fillValue']
616   
617   # Return the fill value, if set, and transform if necessary:
618   def getFillValue(self):
619      # Both fillValue and numericTransform attributes may or may
620      # not exist...
621      try:
622         return self.numericTransform.solve( n = float(self.fillValue) )
623      except AttributeError:
624         try:
625            return self.fillValue
626         except AttributeError:
627            return None
628
629
630   # This is a just a special case of getSubsetOfDataForVar. To avoid
631   # duplication of code, just subset the entire array. (getSubset.. is
632   # optimised for this case)
633   def getDataForVar(self):
634      return self.getSubsetOfDataForVar(lower = (0,)*len(self.data.shape),
635                                        upper = self.data.shape)
636
637
638   # Subset the n-dimensional file based on array indices. Accepts parameters
639   # in the form of e.g.
640   #
641   # getSubsetOfDataForVar( lower=(0,0), upper=(1,2) )
642   #
643   # Note: The rank of the required subset, must exactly match the
644   # rank of the original data: len(lower) == len(upper) == rank of file
645   #
646   def getSubsetOfDataForVar(self, **kwargs):
647      # Assume subset parameters are passed as: lower=(0,0) upper=(512,512)
648      if 'lower' not in kwargs or 'upper' not in kwargs:
649         # Have not specified any subset parameters that we recognise, so raise
650         # an exception:
651         raise NotImplementedError("Only supports subsetting with lower+upper array indices")
652      elif not len(kwargs['lower']) == len(kwargs['upper']) == len(self.data.shape):
653         # Rank of subset is not the same as rank of full data array. so raise
654         # an exception:
655         raise NotImplementedError("Only supports subsets of same rank as full dataset")
656      elif Numeric.sometrue(Numeric.greater(kwargs['upper'], self.data.shape)):
657         # Requested upper bound of subset is beyond the size of the the full
658         # data array, so raise an exception
659         raise IndexError("Subset out of range")
660      elif Numeric.sometrue(Numeric.less( kwargs['upper'], Numeric.zeros(len(self.data.shape)))):
661         # Requested lower bound of subset is beyond the size of the the full
662         # data array, so raise an exception
663         raise IndexError("Subset out of range")
664      elif Numeric.sometrue(Numeric.less_equal(kwargs['upper'], kwargs['lower'])):
665         # lower bound <= upper_bound for at least one dimension, so raise an
666         # exception
667         raise IndexError("Upper bound less than lower bound")
668      elif tuple(kwargs['lower']) == (0,)*len(self.data.shape) and tuple(kwargs['upper']) == self.data.shape:
669         # Special case of requested subset == entire data file.
670         subset = self.data
671      else:
672         # We are okay to subset.
673
674         # I cant see any nice (and speedy) way of subsetting a Numeric
675         # array of arbitrary rank without the use of eval. By doing it
676         # this way, we can make use of the (possible) acceleration provided
677         # by Numeric/NumPy.
678         slices = []
679         for i in range(len(self.data.shape)):
680            lower = int(kwargs['lower'][i])
681            upper = int(kwargs['upper'][i]) 
682            slices.append(str(lower)+':'+str(upper))
683         subset = eval("self.data["+','.join(slices)+"]")
684
685      # Attempt to perform the numericTransform on the data array, if we get
686      # AttributeError, it most likely means that numericTransform was not
687      # specified, so return the data as-is
688      try:
689         return self.numericTransform.solve( n = subset )
690      except AttributeError:
691         return subset.copy()
692
693
694# Interface for reading data from image files. Requires PIL Image module.
695class ImageFileInterface(RawFileInterface):
696   def __init__(self):
697      self.extractType   = 'imageExtract'
698      self.extractPrefix = '_imageextract_'
699   
700   def image2array(self,im):
701       #Adapted from code by Fredrik Lundh, http://www.pythonware.com
702       #http://effbot.org/zone/pil-numpy.htm
703        if im.mode not in ("L", "F"):
704            raise ValueError, "can only convert single-layer images"
705        if im.mode == "L":
706            a = Numeric.fromstring(im.tostring(), Numeric.UnsignedInt8)
707        else:
708            a = Numeric.fromstring(im.tostring(), Numeric.Float32)
709        a.shape = im.size[1], im.size[0]
710        return a
711
712   def openFile(self, filename):
713      self.file = Image.open(filename)
714
715   def closeFile(self):
716      self.file = None #...Image does not seem to have a close() method.
717
718   def readFile(self, **kwargs):
719      # Convert the image to a Numeric array
720     
721      self.data=self.image2array(self.file)
722      #slower method:
723      #self.data = Numeric.array(self.file.getdata())
724
725      if 'numericTransform' in kwargs:
726         # numericTransform was specified, so compile the expression:
727         self.numericTransform = NumericTransform.infixExpression(kwargs['numericTransform'])
728      if 'fillValue' in kwargs:
729         self.fillValue = kwargs['fillValue']
730
731class HDF5Interface(AbstractDI):
732    #Data Interface for HDF5
733    def __init__(self):
734        self.extractType='hdfExtract'
735        self.extractPrefix='_hdfextract_'
736   
737    def openFile(self, filename):
738        #some code to open the file
739        pass
740
741    def setAxis(self,axis):
742        #some code to set an axis to be queried, may not need to do much, depending on your format
743        pass
744       
745    def getDataForAxis(self):
746        #some code to return the values for an axis
747        return data
748
749    def setVariable(self,varname):
750        #some code to set a variable to be queried, may not need to do much, depending on your format
751        pass
752
753    def getDataForVar(self):
754        #some code to return all values for a variable
755        return data
756
757    def getSubsetOfDataForVar(self, **kwargs):
758        #takes keyword args defining subset eg
759        #subset=getSubsetOfDataForVar(latitude=(0.,10.0), longitude=(90, 100.0), ...)
760        #and returns a subset of data for tha variable
761        return data
762
763    def closeFile(self):
764        #some code to close the file
765        pass
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.