source: TI01-discovery/trunk/ingestAutomation/OAIBatch/SpaceTimeIngestFromMOLES.py @ 1821

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/ndg/TI01-discovery/trunk/ingestAutomation/OAIBatch/SpaceTimeIngestFromMOLES.py@1821
Revision 1821, 5.3 KB checked in by selatham, 14 years ago (diff)

error trapping

Line 
1#!/usr/bin/env python
2import cElementTree
3import elementtree.ElementTree as etree
4import molesReadWrite as MRW
5import sys
6import db_funcs
7import os
8
9#connect to db (in separate db functions module)
10connection = db_funcs.db_connect()
11
12def id_exists(Mid):
13        sql = "select id from spatiotemp where id = '"+Mid+"';"
14        cursor = connection.cursor()
15        cursor.execute(sql)
16        if len(cursor.fetchall()) <1:
17            return False
18        else:
19            return True
20
21
22def do_insert(Mid,west,south,east,north,startdate,enddate):
23        sql = "INSERT INTO spatiotemp (id, coordinates, startdate, enddate) VALUES ( '"+Mid+ "', sbox'(("+west+"d , "+south+"d), ("+east+"d , "+north+"d))', '"+startdate+"', '"+enddate+"');"
24        print sql
25        cursor = connection.cursor()
26        cursor.execute(sql)
27        connection.commit()
28
29def do_update(Mid,west,south,east,north,startdate,enddate):
30        sql = "UPDATE spatiotemp SET coordinates = sbox'(("+west+"d , "+south+"d), ("+east+"d , "+north+"d))', startdate='"+startdate+"', enddate= '"+enddate+"' WHERE id='"+Mid+"';"
31        print sql
32        cursor = connection.cursor()
33        cursor.execute(sql)     
34        connection.commit()
35
36def main(indir):
37    if indir == "":
38        sys.exit("USAGE: argument 1 = full path of directory where MOLES records reside")
39    else:
40        print "INFO: moles records are in %s" %indir
41
42#this is a fix to the  ElementTree namespace problem that namespaces are usually represented as ns0, ns1, ns2 etc.
43    etree._namespace_map.update({'http://ndg.nerc.ac.uk/moles': 'moles', 'http://www.w3.org/1999/xlink':'xlink'})
44    numfilesproc = 0
45
46    filenames = os.listdir(indir)
47    for filename in filenames:
48            if filename.find('.xml') != -1:
49                full_filename = indir + "/" + filename
50                dgMeta=MRW.dgMetadata()
51                try:
52                    dgMeta.fromXML(cElementTree.ElementTree(file=full_filename).getroot())
53                except:
54                    print "WARNING: Cannot parse the XML moles document %s. Will not process" %full_filename
55                    continue
56                try:
57                    bbox=dgMeta.dgMetadataRecord.dgDataEntity.dgDataSummary.dgDataCoverage.dgSpatialCoverage.BoundingBox
58                except:
59                    print "INFO: XML moles document %s does not contain a bounding box." %full_filename
60
61                try:
62                    dates=dgMeta.dgMetadataRecord.dgDataEntity.dgDataSummary.dgDataCoverage.dgTemporalCoverage.DateRange
63                except:
64                    print "INFO: XML moles document %s does not contain a bounding box." %full_filename
65
66                coverage= [dates.DateRangeEnd, dates.DateRangeStart, bbox.LimitNorth, bbox.LimitSouth,bbox.LimitEast, bbox.LimitWest]
67                #Mid = dgMeta.dgMetadataRecord.dgMetadataID.repositoryIdentifier+"__"+dgMeta.dgMetadataRecord.dgMetadataID.localIdentifier
68                Mid = filename
69                print coverage, Mid
70                #parse the coordinates somewhat
71                #west
72                west = bbox.LimitWest.strip()
73                if west.endswith('E'):
74                    west=bbox.LimitWest.split('E')[0]
75                elif west.endswith('W'):
76                    if west.startswith('-'):
77                        west = bbox.LimitWest.split('W')[0]
78                    else:
79                        west = "-" +bbox.LimitWest.split('W')[0]
80                try:
81                    float(west)
82                except:
83                    print "ERROR:  Will not process File %s. Contains incorrect West bounding box limit." %full_filename
84                    continue
85                print "West = %s" %west
86                #east
87                east = bbox.LimitEast.strip()
88                if east.endswith('E'):
89                    east=bbox.LimitEast.split('E')[0]
90                elif east.endswith('W'):
91                    if east.startswith('-'):
92                        east = bbox.LimitEast.split('W')[0]
93                    else:
94                        east = "-" +bbox.LimitEast.split('W')[0]
95                try:
96                    float(east)
97                except:
98                    print "ERROR:  Will not process File %s. Contains incorrect East bounding box limit." %full_filename
99                    continue
100                print "East = %s" %east
101                #north
102                north = bbox.LimitNorth.strip()
103                if north.endswith('N'):
104                    north=bbox.LimitNorth.split('N')[0]
105                elif north.endswith('S'):
106                    if north.startswith('-'):
107                        north = bbox.LimitNorth.split('S')[0]
108                    else:
109                        north = "-" +bbox.LimitNorth.split('S')[0]
110                try:
111                    float(north)
112                except:
113                    print "ERROR: Will not process File %s. Contains incorrect North bounding box limit." %full_filename
114                    continue
115                print "North = %s" %north
116                #south
117                south = bbox.LimitSouth.strip()
118                if south.endswith('N'):
119                    south=bbox.LimitSouth.split('N')[0]
120                elif south.endswith('S'):
121                    if south.startswith('-'):
122                        south = bbox.LimitSouth.split('S')[0]
123                    else:
124                        south = "-" +bbox.LimitSouth.split('S')[0]
125                try:
126                    float(south)
127                except:
128                    print "ERROR: Will not process File %s. Contains incorrect North bounding box limit." %full_filename
129                    continue
130                print "North = %s" %south
131
132                if id_exists( Mid ):
133                    print "INFO: doc %s exists, updating\n" %Mid
134                    do_update( Mid, west, south, east, north, dates.DateRangeStart, dates.DateRangeEnd )
135                else:
136                    print "INFO: doc %s does not exist, inserting new record\n" %Mid
137                    do_insert( Mid, west, south, east, north, dates.DateRangeStart, dates.DateRangeEnd )
138
139                numfilesproc += 1
140
141            else:
142                print "WARNING: File %s appears not to be XML. Will not be processed." %filename
143
144    print 'INFO: SpaceTimeIngestFromMOLES.py ran to end. files processed= %s' %(numfilesproc)
145
146if __name__=='__main__':
147    indir=sys.argv[1]
148    main(indir)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.