source: TI01-discovery/trunk/ingestAutomation/OAIBatch/SpaceTimeIngestFromMOLES.py @ 1809

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/ndg/TI01-discovery/trunk/ingestAutomation/OAIBatch/SpaceTimeIngestFromMOLES.py@1809
Revision 1809, 4.8 KB checked in by selatham, 14 years ago (diff)

namespace declaration problem.

Line 
1#!/usr/bin/env python
2import cElementTree
3import elementtree.ElementTree as etree
4import molesReadWrite as MRW
5import sys
6import db_funcs
7import os
8
9#connect to db (in separate db functions module)
10connection = db_funcs.db_connect()
11
12def id_exists(Mid):
13        sql = "select id from spatiotemp where id = '"+Mid+"';"
14        cursor = connection.cursor()
15        cursor.execute(sql)
16        if len(cursor.fetchall()) <1:
17            return False
18        else:
19            return True
20
21
22def do_insert(Mid,west,south,east,north,startdate,enddate):
23        sql = "INSERT INTO spatiotemp (id, coordinates, startdate, enddate) VALUES ( '"+Mid+ "', sbox'(("+west+"d , "+south+"d), ("+east+"d , "+north+"d))', '"+startdate+"', '"+enddate+"');"
24        print sql
25        cursor = connection.cursor()
26        cursor.execute(sql)
27        connection.commit()
28
29def do_update(Mid,west,south,east,north,startdate,enddate):
30        sql = "UPDATE spatiotemp SET coordinates = sbox'(("+west+"d , "+south+"d), ("+east+"d , "+north+"d))', startdate='"+startdate+"', enddate= '"+enddate+"' WHERE id='"+Mid+"';"
31        print sql
32        cursor = connection.cursor()
33        cursor.execute(sql)     
34        connection.commit()
35
36def main(indir):
37    if indir == "":
38        sys.exit("Usage: argument 1 = full path of directory where MOLES records reside")
39    else:
40        print "INFO: moles records are in %s" %indir
41
42#this is a fix to the  ElementTree namespace problem that namespaces are usually represented as ns0, ns1, ns2 etc.
43    etree._namespace_map.update({'http://ndg.nerc.ac.uk/moles': 'moles', 'http://ndg.nerc.ac.uk/csml' : 'csml', 'http://www.w3.org/1999/xlink':'xlink'})
44    numfilesproc = 0
45
46    filenames = os.listdir(indir)
47    for filename in filenames:
48            if filename.find('.xml') != -1:
49                full_filename = indir + "/" + filename
50                dgMeta=MRW.dgMetadata()
51                dgMeta.fromXML(cElementTree.ElementTree(file=full_filename).getroot())
52                bbox=dgMeta.dgMetadataRecord.dgDataEntity.dgDataSummary.dgDataCoverage.dgSpatialCoverage.BoundingBox
53                dates=dgMeta.dgMetadataRecord.dgDataEntity.dgDataSummary.dgDataCoverage.dgTemporalCoverage.DateRange
54                coverage= [dates.DateRangeEnd, dates.DateRangeStart, bbox.LimitNorth, bbox.LimitSouth,bbox.LimitEast, bbox.LimitWest]
55                #Mid = dgMeta.dgMetadataRecord.dgMetadataID.repositoryIdentifier+"__"+dgMeta.dgMetadataRecord.dgMetadataID.localIdentifier
56                Mid = filename
57                print coverage, Mid
58                #parse the coordinates somewhat
59                #west
60                west = bbox.LimitWest.strip()
61                if west.endswith('E'):
62                    west=bbox.LimitWest.split('E')[0]
63                elif west.endswith('W'):
64                    if west.startswith('-'):
65                        west = bbox.LimitWest.split('W')[0]
66                    else:
67                        west = "-" +bbox.LimitWest.split('W')[0]
68                try:
69                    float(west)
70                except:
71                    print "Error: Will not process File %s. Contains incorrect West bounding box limit." %full_filename
72                    continue
73                print "West = %s" %west
74                #east
75                east = bbox.LimitEast.strip()
76                if east.endswith('E'):
77                    east=bbox.LimitEast.split('E')[0]
78                elif east.endswith('W'):
79                    if east.startswith('-'):
80                        east = bbox.LimitEast.split('W')[0]
81                    else:
82                        east = "-" +bbox.LimitEast.split('W')[0]
83                try:
84                    float(east)
85                except:
86                    print "Error: Will not process File %s. Contains incorrect East bounding box limit." %full_filename
87                    continue
88                print "East = %s" %east
89                #north
90                north = bbox.LimitNorth.strip()
91                if north.endswith('N'):
92                    north=bbox.LimitNorth.split('N')[0]
93                elif north.endswith('S'):
94                    if north.startswith('-'):
95                        north = bbox.LimitNorth.split('S')[0]
96                    else:
97                        north = "-" +bbox.LimitNorth.split('S')[0]
98                try:
99                    float(north)
100                except:
101                    print "Error: Will not process File %s. Contains incorrect North bounding box limit." %full_filename
102                    continue
103                print "North = %s" %north
104                #south
105                south = bbox.LimitSouth.strip()
106                if south.endswith('N'):
107                    south=bbox.LimitSouth.split('N')[0]
108                elif south.endswith('S'):
109                    if south.startswith('-'):
110                        south = bbox.LimitSouth.split('S')[0]
111                    else:
112                        south = "-" +bbox.LimitSouth.split('S')[0]
113                try:
114                    float(south)
115                except:
116                    print "Error: Will not process File %s. Contains incorrect North bounding box limit." %full_filename
117                    continue
118                print "North = %s" %south
119
120                if id_exists( Mid ):
121                        print "doc %s exists, updating\n" %Mid
122                        do_update( Mid, west, south, east, north, dates.DateRangeStart, dates.DateRangeEnd )
123                else:
124                        print "doc %s does not exist, inserting new record\n" %Mid
125                        do_insert( Mid, west, south, east, north, dates.DateRangeStart, dates.DateRangeEnd )
126
127                numfilesproc += 1
128
129
130    print 'SpaceTimeIngestFromMOLES.py ran to end. files processed= %s' %(numfilesproc)
131
132if __name__=='__main__':
133    indir=sys.argv[1]
134    main(indir)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.