Changeset 902 for CMIP6dreqbuild


Ignore:
Timestamp:
13/12/16 09:57:21 (3 years ago)
Author:
mjuckes
Message:

cleaned examples and import structure

Location:
CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework
Files:
1 added
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/Makefile

    r792 r902  
    6666        cp dreqPy/utilP2/*.py /data/tmp/svn3/exarch/CMIP6dreq/trunk/dreqPy/utilP2/ 
    6767        cp dreqPy/dreqCmdl.py dreqPy/makeTables.py dreqPy/vrev.py dreqPy/fgrid.py dreqPy/overviewTabs.py dreqPy/volsum.py dreqPy/__init__.py dreqPy/simpleCheck.py /data/tmp/svn3/exarch/CMIP6dreq/trunk/dreqPy 
    68         cp dreqPy/misc_utils.py dreqPy/rvgExtraTable.py /data/tmp/svn3/exarch/CMIP6dreq/trunk/dreqPy 
     68        cp dreqPy/misc_utils.py dreqPy/table_utils.py dreqPy/rvgExtraTable.py /data/tmp/svn3/exarch/CMIP6dreq/trunk/dreqPy 
    6969        cp vocabDemo.py /data/tmp/svn3/exarch/CMIP6dreq/trunk/dreqPy     
    7070        cp compare.py /data/tmp/svn3/exarch/CMIP6dreq/trunk/     

  • CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/dreqPy/examples/ex202.py

    r736 r902  
    1010      sys.exit(0) 
    1111  else: 
    12     print  ('Specified directoty does not exist' ) 
     12    print  ('Specified directory does not exist' ) 
    1313    sys.exit(0) 
    1414else: 
    … …  
    1818sc = scope.dreqQuery() 
    1919p=1 
    20 sc.xlsByMipExpt('DCPP',None,p,odir='xls') 
     20sc.volByMip2('DCPP',p, makeTabs=True) 

  • CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/dreqPy/makeTables.py

    r895 r902  
    88  import rvgExtraTable 
    99  import volsum 
     10  import table_utils 
    1011except: 
    1112  import dreqPy.volsum as volsum 
    … …  
    1314  import dreqPy.vrev as vrev 
    1415  import dreqPy.misc_utils as misc_utils 
     16  import dreqPy.table_utils as table_utils 
    1517  import dreqPy.rvgExtraTable as rvgExtraTable 
    16  
    1718 
    1819def realmFlt( ss ): 
    … …  
    3435      return -1 
    3536 
    36 if sys.version_info >= (2,7): 
    37   from functools import cmp_to_key 
    38   oldpython = False 
    39 else: 
    40   oldpython = True 
    41  
    42 try: 
    43     import xlsxwriter 
    44 except: 
    45     print ('No xlsxwrite: will not make tables ...') 
    46  
    47 ##NT_txtopts = collections.namedtuple( 'txtopts', ['mode'] ) 
    48  
    4937setMlab = misc_utils.setMlab 
    50 def setMlab_xx( m ): 
    51       if type(m) == type(''): 
    52         if m == '_all_': 
    53           mlab = 'TOTAL' 
    54         else: 
    55           mlab = m 
    56       else: 
    57         ll = sorted( list(m) ) 
    58         if len(ll) == 1: 
    59           mlab = list(m)[0] 
    60         else: 
    61           mlab='.'.join( [ x[:2].lower() for x in m ] ) 
    62       return mlab 
    63  
    64 class xlsx(object): 
    65   def __init__(self,fn,xls=True,txt=False,txtOpts=None): 
    66     self.xls=xls 
    67     self.txt=txt 
    68     self.txtOpts = txtOpts 
    69     self.mcfgNote = 'Reference Volume (1 deg. atmosphere, 0.5 deg. ocean)' 
    70     if xls: 
    71       self.wb = xlsxwriter.Workbook('%s.xlsx' % fn) 
    72       self.hdr_cell_format = self.wb.add_format({'text_wrap': True, 'font_size': 14, 'font_color':'#0000ff', 'bold':1, 'fg_color':'#aaaacc'}) 
    73       self.hdr_cell_format.set_text_wrap() 
    74       self.sect_cell_format = self.wb.add_format({'text_wrap': True, 'font_size': 14, 'font_color':'#0000ff', 'bold':1, 'fg_color':'#ccccbb'}) 
    75       self.sect_cell_format.set_text_wrap() 
    76       self.cell_format = self.wb.add_format({'text_wrap': True, 'font_size': 11}) 
    77       self.cell_format.set_text_wrap() 
    78  
    79     if txt: 
    80       self.oo = open( '%s.csv' % fn, 'w' ) 
    81  
    82   def header(self,tableNotes,collected): 
    83     if self.xls: 
    84       sht = self.newSheet( 'Notes' ) 
    85       sht.write( 0,0, '', self.hdr_cell_format ) 
    86       sht.write( 0,1, 'Notes on tables', self.hdr_cell_format ) 
    87       ri = 0 
    88       sht.set_column(0,0,30) 
    89       sht.set_column(1,1,60) 
    90       self.sht = sht 
    91       for t in tableNotes: 
    92         ri += 1 
    93         for i in range(2): 
    94           sht.write( ri,i, t[i], self.cell_format ) 
    95  
    96       if collected != None: 
    97         ri += 2 
    98         sht.write( ri, 0, 'Table', self.sect_cell_format ) 
    99         sht.write( ri, 1, self.mcfgNote, self.sect_cell_format ) 
    100         ttl = 0. 
    101         for k in sorted( collected.keys() ): 
    102           ri += 1 
    103           sht.write( ri, 0, k ) 
    104           sht.write( ri, 1, vfmt( collected[k]*2. ) ) 
    105           ttl += collected[k] 
    106  
    107         ri += 1 
    108         sht.write( ri, 0, 'TOTAL' ) 
    109         sht.write( ri, 1, vfmt( ttl*2. ) ) 
    110  
    111     if self.txt: 
    112       self.oo.write( '\t'.join( ['Notes','','Notes on tables']) + '\n' ) 
    113       for t in tableNotes: 
    114         self.oo.write( '\t'.join( ['Notes',] + list(t)) + '\n' ) 
    115  
    116       if collected != None: 
    117         self.oo.write( '\t'.join( ['Notes','Table','Reference Volume (1 deg. atmosphere, 0.5 deg. ocean)']) + '\n') 
    118         for k in sorted( collected.keys() ): 
    119           self.oo.write( '\t'.join( ['Notes',k,vfmt( collected[k]*2. )]) + '\n' ) 
    120  
    121   def cmvtabrec(self,j,t,orec): 
    122      if self.xls: 
    123         for i in range(len(orec)): 
    124            if str( type(orec[i]) ) == "<class 'dreq.dreqItem_CoreAttributes'>": 
    125              self.sht.write( j,i, '', self.cell_format ) 
    126            else: 
    127              ##print i, orec[i], type( orec[i] ) 
    128              self.sht.write( j,i, orec[i], self.cell_format ) 
    129  
    130      if self.txt: 
    131         self.oo.write( '\t'.join( [t,] + orec) + '\n' ) 
    132  
    133   def varrec(self,j,orec): 
    134      if self.xls: 
    135         for i in range(len(orec)): 
    136            self.sht.write( j,i, orec[i], self.cell_format ) 
    137  
    138      if self.txt: 
    139         self.oo.write( '\t'.join( orec, '\t') + '\n' ) 
    140  
    141   def var(self): 
    142       if self.xls: 
    143         self.sht = self.newSheet( 'var' ) 
    144       j = 0 
    145       hrec = ['Long name', 'units', 'description', 'Variable Name', 'CF Standard Name' ] 
    146       if self.xls: 
    147           self.sht.set_column(1,1,40) 
    148           self.sht.set_column(1,2,30) 
    149           self.sht.set_column(1,3,60) 
    150           self.sht.set_column(1,4,40) 
    151           self.sht.set_column(1,5,40) 
    152  
    153       if self.xls: 
    154         for i in range(len(hrec)): 
    155           self.sht.write( j,i, hrec[i], self.hdr_cell_format ) 
    156  
    157       if self.txt: 
    158         for i in range(len(hrec)): 
    159           self.oo.write( hrec[i] + '\t' ) 
    160         self.oo.write( '\n' ) 
    161  
    162   def cmvtab(self,t,addMips,mode='c',tslice=False,byFreqRealm=False): 
    163       if self.xls: 
    164         self.sht = self.newSheet( t ) 
    165       j = 0 
    166       ncga = 'NetCDF Global Attribute' 
    167       if mode == 'c': 
    168         hrec = ['Priority','Long name', 'units', 'description', 'comment', 'Variable Name', 'CF Standard Name', 'cell_methods', 'positive', 'type', 'dimensions', 'CMOR Name', 'modeling_realm', 'frequency', 'cell_measures', 'prov', 'provNote','rowIndex','UID','vid','stid','Structure Title','valid_min', 'valid_max', 'ok_min_mean_abs', 'ok_max_mean_abs'] 
    169         hcmt = ['Default priority (generally overridden by settings in "requestVar" record)',ncga,'','','Name of variable in file','','','CMOR directive','','','CMOR name, unique within table','','','','','','','','','','CMOR variable identifier','MIP variable identifier','Structure identifier','','','','',''] 
    170         if self.xls: 
    171           self.sht.set_column(1,1,40) 
    172           self.sht.set_column(1,3,50) 
    173           self.sht.set_column(1,4,30) 
    174           self.sht.set_column(1,5,50) 
    175           self.sht.set_column(1,6,30) 
    176           self.sht.set_column(1,9,40) 
    177           self.sht.set_column(1,18,40) 
    178           self.sht.set_column(1,19,40) 
    179       else: 
    180         hrec = ['','Long name', 'units', 'description', '', 'Variable Name', 'CF Standard Name', '','', 'cell_methods', 'valid_min', 'valid_max', 'ok_min_mean_abs', 'ok_max_mean_abs', 'positive', 'type', 'dimensions', 'CMOR name', 'modeling_realm', 'frequency', 'cell_measures', 'flag_values', 'flag_meanings', 'prov', 'provNote','rowIndex','UID'] 
    181       if addMips: 
    182         hrec.append( 'MIPs (requesting)' ) 
    183         hrec.append( 'MIPs (by experiment)' ) 
    184  
    185       if byFreqRealm: 
    186         hrec = ['Table',] + hrec 
    187         hcmt = ['CMOR table',] + hcmt 
    188       if tslice: 
    189           hrec += ['Number of Years','Slice Type','Years'] 
    190           hcmt += ['','',''] 
    191  
    192       if self.xls: 
    193         for i in range(len(hrec)): 
    194           self.sht.write( j,i, hrec[i], self.hdr_cell_format ) 
    195           if hcmt[i] != '': 
    196             self.sht.write_comment( j,i,hcmt[i]) 
    197  
    198       if self.txt: 
    199         self.oo.write( 'MIP table\t' ) 
    200         for i in range(len(hrec)): 
    201           self.oo.write( hrec[i] + '\t' ) 
    202         self.oo.write( '\n' ) 
    203         self.oo.write( t + '\t' ) 
    204         for i in range(len(hrec)): 
    205           if hcmt[i] != '': 
    206             self.oo.write( hcmt[i] + '\t') 
    207           else: 
    208             self.oo.write( '\t') 
    209         self.oo.write( '\n' ) 
    210  
    211   def newSheet(self,name): 
    212     self.worksheet = self.wb.add_worksheet(name=name) 
    213     return self.worksheet 
    214  
    215   def close(self): 
    216     if self.xls: 
    217       self.wb.close() 
    218     if self.txt: 
    219       self.oo.close() 
    220  
    221 def vfmt( x ): 
    222             if x < 1.e9: 
    223               s = '%sM' % int( x*1.e-6 ) 
    224             elif x < 1.e12: 
    225               s = '%sG' % int( x*1.e-9 ) 
    226             elif x < 1.e13: 
    227               s = '%3.1fT' % ( x*1.e-12 ) 
    228             elif x < 1.e15: 
    229               s = '%3iT' % int( x*1.e-12 ) 
    230             elif x < 1.e18: 
    231               s = '%3iP' % int( x*1.e-15 ) 
    232             else: 
    233               s = '{:,.2f}'.format( x*1.e-9 ) 
    234             return s 
    23538 
    23639#priority       long name       units   comment         questions & notes       output variable name    standard name   unconfirmed or proposed standard name   unformatted units       cell_methods    valid min       valid max       mean absolute min       mean absolute max       positive        type    CMOR dimensions CMOR variable name      realm   frequency       cell_measures   flag_values     flag_meanings 
    … …  
    26568     
    26669    return cmp( 0,0 ) 
    267  
    268 def cmpAnnex( x, y ): 
    269   ax = len(x) > 2 and x[:2] == 'em' 
    270   ay = len(y) > 2 and y[:2] == 'em' 
    271   bx = len(x) > 5 and x[:5] in ['CMIP5','CORDE','SPECS'] 
    272   by = len(y) > 5 and y[:5] in ['CMIP5','CORDE','SPECS'] 
    273   if ax  == ay and bx == by: 
    274     return cmp(x,y) 
    275   elif ax: 
    276     if by: 
    277       return cmp(0,1) 
    278     else: 
    279       return cmp(1,0) 
    280   elif ay: 
    281     if bx: 
    282       return cmp(1,0) 
    283     else: 
    284       return cmp(0,1) 
    285   elif bx: 
    286       return cmp(1,0) 
    287   else: 
    288     return cmp(0,1) 
    289  
    290 if not oldpython: 
    291   kAnnex = cmp_to_key( cmpAnnex ) 
    292   kCmpdn = cmp_to_key( cmpdn(['sn','label']).cmp ) 
    293   kCmpdnPrl = cmp_to_key( cmpdn(['prov','rowIndex','label']).cmp ) 
    29470 
    29571import re 
    … …  
    30783    oo.close() 
    30884       
    309 class makeTab(object): 
    310   def __init__(self, dq, subset=None, mcfgNote=None, dest='tables/test', skipped=set(), collected=None,xls=True,txt=False,txtOpts=None,byFreqRealm=False, tslice=None): 
    311     """txtOpts: gives option to list MIP variables instead of CMOR variables""" 
    312     if subset != None: 
    313       cmv = [x for x in dq.coll['CMORvar'].items if x.uid in subset] 
    314     else: 
    315       cmv = dq.coll['CMORvar'].items 
    316     self.byFreqRealm=byFreqRealm 
    317  
    318     ixt = collections.defaultdict(list) 
    319     if not byFreqRealm: 
    320       for i in cmv: 
    321         ixt[i.mipTable].append( i.uid ) 
    322     else: 
    323       for i in cmv: 
    324         ixt['%s.%s' % (i.frequency,realmFlt( i.modeling_realm) )].append( i.uid ) 
    325  
    326     if oldpython: 
    327         tables = sorted( ixt.keys(), cmp=cmpAnnex ) 
    328     else: 
    329         tables = sorted( ixt.keys(), key=kAnnex ) 
    330  
    331     addMips = True 
    332     if addMips: 
    333       c = vrev.checkVar(dq) 
    334     mode = 'c' 
    335     tableNotes = [ 
    336        ('Request Version',str(dq.version)), 
    337        ('MIPs (...)','The last two columns in each row list MIPs associated with each variable. The first column in this pair lists the MIPs which are requesting the variable in one or more experiments. The second column lists the MIPs proposing experiments in which this variable is requested. E.g. If a variable is requested in a DECK experiment by HighResMIP, then HighResMIP appears in the first column and DECK in the second')] 
    338  
    339     wb = xlsx( dest, xls=xls, txt=txt ) 
    340     if mcfgNote != None: 
    341       wb.mcfgNote = mcfgNote 
    342     wb.header( tableNotes, collected) 
    343  
    344     if txtOpts != None and txtOpts.mode == 'var': 
    345       vl =  list( set( [v.vid for v in cmv] )  ) 
    346       vli = [dq.inx.uid[i] for i in vl] 
    347       if oldpython: 
    348         thisvli =  sorted( vli, cmp=cmpdn(['sn','label']).cmp ) 
    349       else: 
    350         thisvli = sorted( vli, key=kCmpdn ) 
    351       wb.var() 
    352        
    353       j = 0 
    354       for v in thisvli: 
    355       ###hrec = ['Long name', 'units', 'description', 'Variable Name', 'CF Standard Name' ] 
    356          orec = [v.title, v.units, v.description, v.label, v.sn] 
    357          j += 1 
    358          wb.varrec( j,orec ) 
    359     else: 
    360       withoo = False 
    361       for t in tables: 
    362         if withoo: 
    363           oo = open( 'tables/test_%s.csv' % t, 'w' ) 
    364         wb.cmvtab(t,addMips,mode='c',tslice=tslice != None,byFreqRealm=byFreqRealm) 
    365  
    366         j = 0 
    367         if oldpython: 
    368           thiscmv =  sorted( [dq.inx.uid[u] for u in ixt[t]], cmp=cmpdn(['prov','rowIndex','label']).cmp ) 
    369         else: 
    370           thiscmv = sorted( [dq.inx.uid[u] for u in ixt[t]], key=kCmpdnPrl ) 
    371  
    372         for v in thiscmv: 
    373           cv = dq.inx.uid[ v.vid ] 
    374           strc = dq.inx.uid[ v.stid ] 
    375           if strc._h.label == 'remarks': 
    376             print ( 'ERROR: structure not found for %s: %s .. %s (%s)' % (v.uid,v.label,v.title,v.mipTable) ) 
    377             ok = False 
    378           else: 
    379             sshp = dq.inx.uid[ strc.spid ] 
    380             tshp = dq.inx.uid[ strc.tmid ] 
    381             ok = all( [i._h.label != 'remarks' for i in [cv,strc,sshp,tshp]] ) 
    382           #[u'shuffle', u'ok_max_mean_abs', u'vid', '_contentInitialised', u'valid_min', u'frequency', u'uid', u'title', u'rowIndex', u'positive', u'stid', u'mipTable', u'label', u'type', u'description', u'deflate_level', u'deflate', u'provNote', u'ok_min_mean_abs', u'modeling_realm', u'prov', u'valid_max'] 
    383  
    384           if not ok: 
    385             if (t,v.label) not in skipped: 
    386               ml = [] 
    387               for i in range(4): 
    388                  ii = [cv,strc,sshp,tshp][i] 
    389                  if ii._h.label == 'remarks': 
    390                    ml.append( ['var','struct','time','spatial'][i] ) 
    391               print ( 'makeTables: skipping %s %s: %s' % (t,v.label,','.join( ml)) ) 
    392               skipped.add( (t,v.label) ) 
    393           else: 
    394             dims = [] 
    395             dims +=  sshp.dimensions.split( '|' ) 
    396             dims +=  tshp.dimensions.split( '|' ) 
    397             dims +=  strc.odims.split( '|' ) 
    398             dims +=  strc.coords.split( '|' ) 
    399             dims = ' '.join( dims ) 
    400             if "qcranges" in dq.inx.iref_by_sect[v.uid].a: 
    401               u = dq.inx.iref_by_sect[v.uid].a['qcranges'][0] 
    402               qc = dq.inx.uid[u] 
    403               ll = [] 
    404               for k in ['valid_min', 'valid_max', 'ok_min_mean_abs', 'ok_max_mean_abs']: 
    405                 if qc.hasattr(k): 
    406                   ll.append( '%s %s' % (qc.__dict__[k],qc.__dict__['%s_status' % k][0]) ) 
    407                 else: 
    408                   ll.append( '' ) 
    409               valid_min, valid_max, ok_min_mean_abs, ok_max_mean_abs = tuple( ll ) 
    410             else: 
    411               valid_min, valid_max, ok_min_mean_abs, ok_max_mean_abs = ('','','','') 
    412                 
    413             if mode == 'c': 
    414               orec = [str(v.defaultPriority),cv.title, cv.units, cv.description, v.description, cv.label, cv.sn, strc.cell_methods, v.positive, v.type, dims, v.label, v.modeling_realm, v.frequency, strc.cell_measures, v.prov,v.provNote,str(v.rowIndex),v.uid,v.vid,v.stid,strc.title, valid_min, valid_max, ok_min_mean_abs, ok_max_mean_abs] 
    415             else: 
    416               orec = ['',cv.title, cv.units, v.description, '', cv.label, cv.sn, '','', strc.cell_methods, valid_min, valid_max, ok_min_mean_abs, ok_max_mean_abs, v.positive, v.type, dims, v.label, v.modeling_realm, v.frequency, strc.cell_measures, strc.flag_values, strc.flag_meanings,v.prov,v.provNote,str(v.rowIndex),cv.uid] 
    417  
    418             if byFreqRealm: 
    419               orec = [v.mipTable,] + orec 
    420  
    421             if addMips: 
    422               thismips = c.chkCmv( v.uid ) 
    423               thismips2 = c.chkCmv( v.uid, byExpt=True ) 
    424               orec.append( ','.join( sorted( list( thismips) ) ) ) 
    425               orec.append( ','.join( sorted( list( thismips2) ) ) ) 
    426  
    427             if tslice != None: 
    428               if v.uid not in tslice: 
    429                 orec += ['All', '',''] 
    430               elif type( tslice[v.uid] ) == type( 0 ): 
    431                 print 'ERROR: unexpected tslice type: %s, %s' % (v.uid, tslice[v.uid] ) 
    432               elif len(  tslice[v.uid] ) == 2: 
    433                 x,priority = tslice[v.uid] 
    434                 orec[0] = priority 
    435               else: 
    436                 tslab,tsmode,a,b,priority = tslice[v.uid] 
    437                 orec[0] = priority 
    438                       
    439                 if tsmode[:4] in ['simp','bran']: 
    440                    nys = b + 1 - a 
    441                    ys = range(a,b+1) 
    442                    orec += [str(nys), '',str(ys)] 
    443                 elif tsmode[:4] in ['YEAR']: 
    444                    nys = a 
    445                    ys = b 
    446                    orec += [str(nys), '',str(ys)] 
    447                 else: 
    448                    orec += ['slice', tslab,''] 
    449                  
    450             if withoo: 
    451               oo.write( '\t'.join(orec ) + '\n' ) 
    452             j+=1 
    453             wb.cmvtabrec( j,t,orec ) 
    454  
    455         if withoo: 
    456           oo.close() 
    457     wb.close() 
    45885 
    45986hdr = """ 
    … …  
    555182    oo.write( ftr ) 
    556183    oo.close() 
    557      
    558  
    559184 
    560185class styles(object): 
    … …  
    670295## very messy ... 
    671296## 
    672      vs = volsum.vsum( sc, odsz, npy, makeTab, tables ) 
     297     vs = volsum.vsum( sc, odsz, npy, table_utils.makeTab, tables ) 
    673298     mlab = setMlab( m ) 
    674299     vs.run( m, 'requestVol_%s_%s_%s' % (mlab,sc.tierMax,pmax), pmax=pmax ) 
    … …  
    676301 
    677302## collected=summed volumes by table for first page. 
    678      makeTab( sc.dq, subset=vs.thiscmvset, dest='%s/%s-%s_%s_%s' % (odir,mlab,mlab2,sc.tierMax,pmax), collected=collector[kkc].a, 
     303     table_utils.makeTab( sc.dq, subset=vs.thiscmvset, dest='%s/%s-%s_%s_%s' % (odir,mlab,mlab2,sc.tierMax,pmax), collected=collector[kkc].a, 
    679304              mcfgNote=sc.mcfgNote, 
    680305              txt=doTxt, xls=doXls, txtOpts=txtOpts ) 
    681  
    682 class tables(object): 
    683   def __init__(self,sc, odir='xls',xls=True,txt=False,txtOpts=None): 
    684       self.sc = sc 
    685       self.dq = sc.dq 
    686       ##self.mips = mips 
    687       self.odir = odir 
    688       self.accReset() 
    689       self.doXls = xls 
    690       self.doTxt = txt 
    691       self.txtOpts = txtOpts 
    692  
    693   def accReset(self): 
    694     self.acc = [0.,collections.defaultdict(int),collections.defaultdict( float ) ] 
    695  
    696   def accAdd(self,x): 
    697     self.acc[0] += x[0] 
    698     for k in x[2]: 
    699        self.acc[2][k] += x[2][k] 
    700  
    701  
    702   def doTable(self,m,l1,m2,pmax,collector,acc=True, mlab=None,exptids=None,cc=None): 
    703       """*acc* allows accumulation of values to be switched off when called in single expt mode""" 
    704        
    705       self.verbose = False 
    706       if mlab == None: 
    707         mlab = setMlab( m ) 
    708  
    709       cc0 = misc_utils.getExptSum( self.dq, mlab, l1 ) 
    710       ks = sorted( list( cc0.keys() ) ) 
    711       if self.verbose: 
    712         print ('Experiment summary: %s %s' % (mlab,', '.join( ['%s: %s' % (k,len(cc0[k])) for k in ks] ) ) ) 
    713  
    714       if m2 in [None, 'TOTAL']: 
    715         x = self.acc 
    716       else: 
    717         x = self.sc.volByExpt( l1, m2, pmax=pmax ) 
    718  
    719 ##self.volByExpt( l1, e, pmax=pmax, cc=cc, retainRedundantRank=retainRedundantRank, intersection=intersection, adsCount=adsCount ) 
    720         v0 = self.sc.volByMip( m, pmax=pmax,  exptid=m2 ) 
    721 #### 
    722         if cc==None: 
    723           cc = collections.defaultdict( int ) 
    724         for e in self.sc.volByE: 
    725           if self.verbose: 
    726              print ('INFO.mlab.... %s: %s: %s' % ( mlab, e, len( self.sc.volByE[e][2] ) ) ) 
    727           for v in self.sc.volByE[e][2]: 
    728              cc[v] += self.sc.volByE[e][2][v] 
    729         xxx = 0 
    730         for v in cc: 
    731           xxx += cc[v] 
    732 #### 
    733         if acc: 
    734           for e in self.sc.volByE: 
    735             self.accAdd(self.sc.volByE[e]) 
    736  
    737       if m2 not in [ None, 'TOTAL']: 
    738           im2 = self.dq.inx.uid[m2] 
    739           ismip = im2._h.label == 'mip' 
    740           mlab2 = im2.label 
    741  
    742           x0 = 0 
    743           for e in self.sc.volByE: 
    744             if exptids == None or e in exptids: 
    745               x = self.sc.volByE[e] 
    746               if x[0] > 0: 
    747                 collector[mlab].a[mlab2] += x[0] 
    748                 x0 += x[0] 
    749       else: 
    750           ismip = False 
    751           mlab2 = 'TOTAL' 
    752           x0 = x[0] 
    753  
    754       if mlab2 == 'TOTAL' and x0 == 0: 
    755         print ( 'no data detected for %s' % mlab ) 
    756  
    757       if x0 > 0: 
    758 # 
    759 # create sum for each table 
    760 # 
    761         xs = 0 
    762         kkc = '_%s_%s' % (mlab,mlab2) 
    763         kkct = '_%s_%s' % (mlab,'TOTAL') 
    764         if m2 in [None, 'TOTAL']: 
    765           x = self.acc 
    766           x2 = set(x[2].keys() ) 
    767           for k in x[2].keys(): 
    768            i = self.dq.inx.uid[k] 
    769            xxx =  x[2][k] 
    770            xs += xxx 
    771         else: 
    772           x2 = set() 
    773           for e in self.sc.volByE: 
    774             if exptids == None or e in exptids: 
    775               x = self.sc.volByE[e] 
    776               x2 = x2.union( set( x[2].keys() ) ) 
    777               for k in x[2].keys(): 
    778                i = self.dq.inx.uid[k] 
    779                xxx =  x[2][k] 
    780                xs += xxx 
    781                if xxx > 0: 
    782                 collector[kkc].a[i.mipTable] += xxx 
    783                 if ismip: 
    784                   collector[kkct].a[i.mipTable] += xxx 
    785  
    786 ## 
    787 ## One user was getting false error message here, with ('%s' % x0) == ('%s' % xs) 
    788 ## 
    789         if abs(x0 -xs) > 1.e-8*( abs(x0) + abs(xs) ): 
    790           print ( 'ERROR.0088: consistency problem %s  %s %s %s' % (m,m2,x0,xs) ) 
    791         if x0 == 0: 
    792           print ( 'Zero size: %s, %s' % (m,m2) ) 
    793           if len( x[2].keys() ) > 0: 
    794              print ( 'ERROR:zero: %s, %s: %s' % (m,m2,str(x[2].keys()) ) ) 
    795  
    796         if acc and m2 not in [ None, 'TOTAL']: 
    797           collector[mlab].a['TOTAL'] += x0 
    798  
    799         dd = collections.defaultdict( list ) 
    800         lll = set() 
    801         for v in x2: 
    802           vi = self.sc.dq.inx.uid[v] 
    803           if vi._h.label != 'remarks': 
    804             f,t,l,tt,d,u = (vi.frequency,vi.mipTable,vi.label,vi.title,vi.description,vi.uid) 
    805             lll.add(u) 
    806             dd[t].append( (f,t,l,tt,d,u) ) 
    807  
    808         if len( dd.keys() ) > 0: 
    809           collector[mlab].dd[mlab2] = dd 
    810           if m2 not in [ None, 'TOTAL']: 
    811             if im2._h.label == 'experiment': 
    812               dothis = self.sc.tierMax >= min( im2.tier ) 
    813 ### 
    814 ### BUT ... there is a treset in the request item .... it may be that some variables are excluded ... 
    815 ###         need the variable list itself ..... 
    816 ### 
    817           makeTab( self.sc.dq, subset=lll, dest='%s/%s-%s_%s_%s' % (self.odir,mlab,mlab2,self.sc.tierMax,pmax), collected=collector[kkc].a, 
    818               mcfgNote=self.sc.mcfgNote, 
    819               txt=self.doTxt, xls=self.doXls, txtOpts=self.txtOpts ) 
    820306 
    821307styls = styles() 
    … …  
    849335  assert os.path.isdir( 'html/u' ), 'Before running this script you need to create "html", "html/index" and "html/u" sub-directories, or edit the call to dq.makeHtml, and refernces to "u" in style lines below' 
    850336  assert os.path.isdir( 'html/index' ), 'Before running this script you need to create "html", "html/index" and "html/u" sub-directories, or edit the call to dq.makeHtml, and refernces to "u" in style lines below' 
    851   assert os.path.isdir( 'tables' ), 'Before running this script you need to create a "tables" sub-directory, or edit the makeTab class' 
     337  assert os.path.isdir( 'tables' ), 'Before running this script you need to create a "tables" sub-directory, or edit the table_utils.makeTab class' 
    852338 
    853339  dq = dreq.loadDreq( htmlStyles=htmlStyle, manifest='out/dreqManifest.txt' ) 
    … …  
    880366  dq.makeHtml( annotations={'var':ht.anno}, ttl0='Data Request [%s]' % dreq.version ) 
    881367  try: 
    882     import xlsxwriter 
    883     mt = makeTab( dq) 
     368    mt = table_utils.makeTab( dq) 
    884369  except: 
    885370    print ('Could not make tables ...') 

  • CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/dreqPy/misc_utils.py

    r885 r902  
    22import logging 
    33import time 
     4 
     5def vfmt( x ): 
     6            if x < 1.e9: 
     7              s = '%sM' % int( x*1.e-6 ) 
     8            elif x < 1.e12: 
     9              s = '%sG' % int( x*1.e-9 ) 
     10            elif x < 1.e13: 
     11              s = '%3.1fT' % ( x*1.e-12 ) 
     12            elif x < 1.e15: 
     13              s = '%3iT' % int( x*1.e-12 ) 
     14            elif x < 1.e18: 
     15              s = '%3iP' % int( x*1.e-15 ) 
     16            else: 
     17              s = '{:,.2f}'.format( x*1.e-9 ) 
     18            return s 
    419 
    520def setMlab( m ): 

  • CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/dreqPy/scope.py

    r895 r902  
    1313if imm == 1: 
    1414  from utilities import cmvFilter, gridOptionSort 
    15   import makeTables 
     15  import misc_utils 
    1616  import fgrid 
    1717  import volsum 
    … …  
    2020  import dreqPy.fgrid as fgrid 
    2121  from dreqPy.utilities import cmvFilter, gridOptionSort  
    22   import dreqPy.makeTables as makeTables 
     22  import dreqPy.misc_utils as misc_utils 
    2323 
    2424import collections, string, operator 
    … …  
    965965    import scope_utils 
    966966    mxls = scope_utils.xlsTabs(self,tiermax=self.tierMax,pmax=pmax,xls=xls, txt=txt, txtOpts=txtOpts,odir=odir) 
    967     mlab = makeTables.setMlab( m ) 
     967    mlab = misc_utils.setMlab( m ) 
    968968    mxls.run( m, mlab=mlab ) 
    969969 
    … …  
    13701370        return l2 
    13711371 
    1372   def volByMip2( self, mip, pmax=2, intersection=False, adsCount=False, exptid=None): 
     1372  def volByMip2( self, mip, pmax=2, intersection=False, adsCount=False, exptid=None,makeTabs=False, odir='xls'): 
    13731373      vs = volsum.vsum( self, odsz, npy ) 
    1374       vs.run( mip, 'dummy', pmax=pmax, doxlsx=False )  
    1375       vs.anal(olab='dummy', doUnique=False, mode='short', makeTabs=False) 
     1374      rqf = 'dummy' 
     1375      vsmode='short' 
     1376      if makeTabs: 
     1377        mlab = misc_utils.setMlab( mip ) 
     1378        rqf = '%s/requestVol_%s_%s_%s' % (odir,mlab,self.tierMax,pmax) 
     1379        vsmode='full' 
     1380      vs.run( mip, rqf, pmax=pmax, doxlsx=makeTabs )  
     1381      vs.anal(olab='dummy', doUnique=False, mode=vsmode, makeTabs=makeTabs) 
    13761382      self.vf = vs.res['vf'].copy() 
    13771383      for f in sorted( vs.res['vf'].keys() ): 
    … …  
    16761682    if 'SF' in self.adict: 
    16771683      self.sc.gridPolicyDefaultNative = True 
    1678       vs = volsum.vsum( self.sc, odsz, npy, makeTab=makeTables.makeTab, tables=makeTables.tables, odir=xlsOdir, tabByFreqRealm=tabByFreqRealm ) 
     1684      vs = volsum.vsum( self.sc, odsz, npy, odir=xlsOdir, tabByFreqRealm=tabByFreqRealm ) 
    16791685      vs.analAll(pmax) 
    16801686 
    16811687      self.sc.gridPolicyDefaultNative = False 
    1682       vs = volsum.vsum( self.sc, odsz, npy, makeTab=makeTables.makeTab, tables=makeTables.tables, odir=xlsOdir, tabByFreqRealm=tabByFreqRealm ) 
     1688      vs = volsum.vsum( self.sc, odsz, npy, odir=xlsOdir, tabByFreqRealm=tabByFreqRealm ) 
    16831689      vs.analAll(pmax) 
    16841690 
    16851691      self.sc.setTierMax( 3 ) 
    1686       vs = volsum.vsum( self.sc, odsz, npy, makeTab=makeTables.makeTab, tables=makeTables.tables, odir=xlsOdir, tabByFreqRealm=tabByFreqRealm ) 
     1692      vs = volsum.vsum( self.sc, odsz, npy, odir=xlsOdir, tabByFreqRealm=tabByFreqRealm ) 
    16871693      vs.analAll(3) 
    16881694      return 
    … …  
    16971703          ok = False 
    16981704          mlg.prnt ( 'NOT FOUND: %s' % i ) 
    1699       mlab = makeTables.setMlab( self.adict['m'] ) 
     1705      mlab = misc_utils.setMlab( self.adict['m'] ) 
    17001706    assert ok,'Available MIPs: %s' % str(self.sc.mips) 
    17011707 
    … …  
    17221728 
    17231729    if 'sf' in self.adict: 
    1724       vs = volsum.vsum( self.sc, odsz, npy, makeTab=makeTables.makeTab, tables=makeTables.tables, odir=xlsOdir, tabByFreqRealm=tabByFreqRealm ) 
     1730      vs = volsum.vsum( self.sc, odsz, npy, odir=xlsOdir, tabByFreqRealm=tabByFreqRealm ) 
    17251731      vs.run( self.adict['m'], '%s/requestVol_%s_%s_%s' % (xlsOdir,mlab,tierMax,pmax), pmax=pmax, doxlsx=makeXls )  
    17261732      totalOnly = False 
    … …  
    17921798 
    17931799    v0 = self.sc.volByMip( self.adict['m'], pmax=pmax, intersection=self.intersection, adsCount=adsCount, exptid=eid ) 
    1794     mlg.prnt ( 'getVolByMip: %s [%s]' % (v0,makeTables.vfmt(v0*2.)) ) 
     1800    mlg.prnt ( 'getVolByMip: %s [%s]' % (v0,misc_utils.vfmt(v0*2.)) ) 
    17951801    cc = collections.defaultdict( int ) 
    17961802    for e in self.sc.volByE: 
    … …  
    18131819 
    18141820      for v in vl[:mx]: 
    1815         mlg.prnt ( '%s.%s: %s' % (self.dq.inx.uid[v].mipTable,self.dq.inx.uid[v].label, makeTables.vfmt( cc[v]*2. ) ) ) 
     1821        mlg.prnt ( '%s.%s: %s' % (self.dq.inx.uid[v].mipTable,self.dq.inx.uid[v].label, misc_utils.vfmt( cc[v]*2. ) ) ) 
    18161822      if mx < len(vl): 
    18171823        mlg.prnt ( '%s variables not listed (use --printLinesMax to print more)' % (len(vl)-mx) ) 

  • CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/dreqPy/volsum.py

    r895 r902  
    66  import dreq 
    77  import misc_utils 
     8  import table_utils 
    89  import overviewTabs 
    910except: 
    1011  import dreqPy.dreq as dreq 
    1112  import dreqPy.misc_utils as misc_utils 
     13  import dreqPy.table_utils as table_utils 
    1214  import dreqPy.overviewTabs as overviewTabs 
    1315 
    … …  
    4446 
    4547class vsum(object): 
    46   def __init__(self,sc,odsz,npy,makeTab=None,tables=None,exptFilter=None, odir='xls', tabByFreqRealm=False): 
     48  def __init__(self,sc,odsz,npy,exptFilter=None, odir='xls', tabByFreqRealm=False): 
    4749    self.tabByFreqRealm = tabByFreqRealm 
    48     self.makeTab = makeTab 
    49     self.mt_tables = tables 
    5050    idir = dreq.DOC_DIR 
    5151    self.sc = sc 
    … …  
    125125          self.uniqueCmv =  {} 
    126126      if html: 
    127         r1 = overviewTabs.r1( self.sc, self.mt_tables, pmax=pmax, vols=( volsmm, volsme, volsmmt,volsue ) ) 
     127        r1 = overviewTabs.r1( self.sc, table_utils.mt_tables, pmax=pmax, vols=( volsmm, volsme, volsmmt,volsue ) ) 
    128128 
    129129  def _analSelectedCmv(self,cmv): 
    … …  
    212212      vm[ee.mip] += vet[(e,t)] 
    213213      ve[e] += vet[(e,t)] 
    214  
    215214## 
    216215## makeTab needs: cc[m]: volume summary, by table,   lm[m]: list of CMOR variables 
    … …  
    227226        ss = ss.union( lm[m] ) 
    228227        if makeTabs: 
    229           self.makeTab(self.sc.dq, subset=lm[m], dest=self.xlsDest('m',olab,m), collected=cc[m]) 
     228          table_utils.makeTab(self.sc.dq, subset=lm[m], dest=self.xlsDest('m',olab,m), collected=cc[m]) 
    230229 
    231230    if olab != None and makeTabs: 
    232         self.makeTab(self.sc.dq, subset=ss, dest=self.xlsDest('m',olab,'TOTAL'), collected=cct) 
     231        table_utils.makeTab(self.sc.dq, subset=ss, dest=self.xlsDest('m',olab,'TOTAL'), collected=cct) 
    233232        if olab != 'TOTAL' and doUnique: 
    234           self.makeTab(self.sc.dq, subset=s_lm, dest=self.xlsDest('m',olab,'Unique'), collected=s_cc) 
     233          table_utils.makeTab(self.sc.dq, subset=s_lm, dest=self.xlsDest('m',olab,'Unique'), collected=s_cc) 
    235234 
    236235    cc = collections.defaultdict( dict ) 
    … …  
    247246            tslice[v] = self.sc.cmvts[v][e] 
    248247        dest = self.xlsDest('e',olab,el) 
    249         self.makeTab(self.sc.dq, subset=lex[e], dest=self.xlsDest('e',olab,el), collected=cc[e],byFreqRealm=self.tabByFreqRealm, tslice=tslice) 
     248        table_utils.makeTab(self.sc.dq, subset=lex[e], dest=self.xlsDest('e',olab,el), collected=cc[e],byFreqRealm=self.tabByFreqRealm, tslice=tslice) 
    250249        ##self.makeTab(self.sc.dq, subset=lex[e], dest=self.xlsDest('e',olab,el), collected=cc[e],byFreqRealm=self.tabByFreqRealm) 
    251250 
    … …  
    256255        if olab != None and makeTabs: 
    257256          el = self.sc.dq.inx.uid[e].label 
    258           self.makeTab(self.sc.dq, subset=s_lex[e], dest=self.xlsDest('u',olab,el), collected=ucc[e]) 
     257          table_utils.makeTab(self.sc.dq, subset=s_lex[e], dest=self.xlsDest('u',olab,el), collected=ucc[e]) 
    259258 
    260259    self.res = { 'vmt':vmt, 'vet':vet, 'vm':vm, 'uve':uve, 've':ve, 'lm':lm, 'lex':lex, 'vu':vu, 'cc':cc, 'cct':cct, 'vf':vf} 
    … …  
    322321    self.mip = mip 
    323322    orecs, crecs = self.csvFreqStrSummary(mip,pmax=pmax) 
    324     print 'csvFreqStrSummary: %s, %s: %s, %s' % (str(mip),pmax,len(orecs),len(crecs)) 
    325323    if not doxlsx: 
    326324      return 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.