Changeset 365


Ignore:
Timestamp:
03/08/15 16:36:00 (5 years ago)
Author:
mjuckes
Message:

new distrib

Location:
CMIP6dreq/trunk
Files:
6 added
3 deleted
2 edited
1 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • CMIP6dreq/trunk/docs/vocabFrameworkSchema_01alpha.xsd

    r357 r365  
    11<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1" ?> 
    2 <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"> 
     2<xs:schema 
     3xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"> 
    34<!-- Declarations --> 
    45 
    … …  
    1112</xs:simpleType> 
    1213 
     14<xs:simpleType name="st__labUnique_enum"> 
     15<xs:restriction base="xs:string"> 
     16<xs:enumeration value="Yes"/> 
     17<xs:enumeration value="No"/> 
     18</xs:restriction> 
     19</xs:simpleType> 
     20 
    1321<xs:complexType name="ct__itemAttribute"> 
    1422  <xs:attribute name="label" type="xs:string" use="required"/> 
    1523  <xs:attribute name="title" type="xs:string"/> 
    1624  <xs:attribute name="type" type="xs:string"/> 
     25  <xs:attribute name="class" type="xs:string"/> 
     26  <xs:attribute name="techNote" type="xs:string"/> 
    1727</xs:complexType> 
    1828 
    … …  
    2333  <xs:attribute name="label" type="xs:string" use="required"/> 
    2434  <xs:attribute name="title" type="xs:string"/> 
     35  <xs:attribute name="level" type="xs:integer"/> 
    2536  <xs:attribute name="id" type="xs:string"/> 
     37  <xs:attribute name="maxOccurs" type="xs:integer"/> 
     38  <xs:attribute name="labUnique" type="st__labUnique_enum"/> 
    2639  <xs:attribute name="itemLabelMode" type="st__itemLabelMode_enum"/> 
    2740</xs:complexType> 

  • CMIP6dreq/trunk/src/dreq.py

    r357 r365  
    1 """ Module to read in the data request and make some cross-reference tables to facilitate use. 
    2 ---------------------------------------------------------------------------------------------- 
    3 The data request is stored in a flattened format, which nevertheless requires 7 interlinking sections. 
     1"""This module provides a basic python API to the Data Request. 
     2After ingesting the XML documents (configuration and request) the module generates two python objects: 
     31. A collection of records 
     42. Index 
    45""" 
    5  
    66import xml, string, collections 
    77import xml.dom 
    88import xml.dom.minidom 
     9 
    910class dreqItemBase(object): 
     11       __doc__ = """A base class used in the definition of records. Designed to be used via a class factory which sets "itemLabelMode" and "attributes" before the class is instantiated: attempting to instantiate the class before setting these will trigger an exception.""" 
    1012       def __init__(self,dict=None,xmlMiniDom=None,id='defaultId'): 
    1113         dictMode = dict != None 
    … …  
    1315         assert not( dictMode and mdMode), 'Mode must be either dictionary of minidom: both assigned' 
    1416         assert dictMode or mdMode, 'Mode must be either dictionary of minidom: neither assigned' 
    15          self.defaults = {} 
     17         self.defaults = { } 
    1618         self.globalDefault = '__unset__' 
    1719         if dictMode: 
    … …  
    2123 
    2224       def dictInit( self, dict ): 
     25         __doc__ = """Initialise from a dictionary.""" 
    2326         for a in self.attributes: 
    2427           if dict.has_key(a): 
    … …  
    3538           else: 
    3639             self.__dict__[a] = self.defaults.get( a, self.globalDefault ) 
    37          
    38  
     40 
     41     
    3942class config(object): 
    40  
    41   def __init__(self): 
    42     self.vdef = '../docs/parVocabDefn.xml'  
    43     self.vsamp = '../docs/CMIP6DataRequest_v0_01.xml' 
    44     self.nts = collections.namedtuple( 'sectdef', ['tag','label','title','id','itemLabelMode'] ) 
    45     self.nti = collections.namedtuple( 'itemdef', ['tag','label','title','type'] ) 
    46     self.ntt = collections.namedtuple( 'sect', ['header','attributes'] ) 
    47  
     43  """Read in a vocabulary collection configuration document and a vocabulary document""" 
     44 
     45  def __init__(self, configdoc='out/dreqDefn.xml', thisdoc='../workbook/trial_20150724.xml',silent=True): 
     46    self.silent = silent 
     47    self.vdef = configdoc 
     48    self.vsamp = thisdoc 
     49    self.nts = collections.namedtuple( 'sectdef', ['tag','label','title','id','itemLabelMode','level'] ) 
     50    self.nti = collections.namedtuple( 'itemdef', ['tag','label','title','type','rClass','techNote'] ) 
     51    self.ntt = collections.namedtuple( 'sectinit', ['header','attributes'] ) 
     52    self.ntf = collections.namedtuple( 'sect', ['header','attDefn','items'] ) 
     53 
     54    self.coll = {} 
    4855    doc = xml.dom.minidom.parse( self.vdef  ) 
    4956    self.contentDoc = xml.dom.minidom.parse( self.vsamp ) 
    50 ##<vocab label="institute" title="Institute" id="cmip.drv.001" itemLabelMode="def"> 
    51 ##  <itemAttribute label="label"/> 
    5257    vl = doc.getElementsByTagName( 'table' ) 
    5358    self.slist = [] 
    … …  
    6267      self.slist.append( t ) 
    6368 
     69    self.recordAttributeDefn = tables 
    6470    for k in tables.keys(): 
    6571      vl = self.contentDoc.getElementsByTagName( k ) 
    … …  
    6975        i = v.getAttribute( 'id' ) 
    7076        il = v.getElementsByTagName( 'item' ) 
    71         print k, t, i, len(il) 
     77        self.info( '%s, %s, %s, %s' % ( k, t, i, len(il) ) ) 
     78  
    7279        self.tables[k] = (i,t,len(il)) 
    7380         
    … …  
    7885        l1 = [] 
    7986        l2 = [] 
    80         print '#### %s: %s' % (k,len(vl) ) 
    8187        for v in vl: 
    8288          t = v.getAttribute( 'title' ) 
    8389          i = v.getAttribute( 'id' ) 
    8490          il = v.getElementsByTagName( 'item' ) 
    85           print k, t, i, len(il) 
     91          self.info( '%s, %s, %s, %s' % ( k, t, i, len(il) ) ) 
    8692          l1.append( (i,t,len(il)) ) 
    8793           
    … …  
    9399        self.tables[k] = l1 
    94100        self.tableItems[k] = l2 
     101      self.coll[k] = self.ntf( self.recordAttributeDefn[k].header, self.recordAttributeDefn[k].attributes, self.tableItems[k] ) 
     102  
     103  def info(self,ss): 
     104    if not self.silent: 
     105      print ss 
     106 
     107  def get(self): 
     108    return self.coll 
    95109 
    96110  def itemClassFact(self,itemLabelMode,attributes): 
    … …  
    103117          
    104118  def parsevcfg(self,v): 
     119      """Parse a section definition element, including all the record attributes. The results are returned as a namedtuple of attributes for the section and a dictionary of record attribute specifications.""" 
    105120      l = v.getAttribute( 'label' ) 
    106121      t = v.getAttribute( 'title' ) 
    107122      i = v.getAttribute( 'id' ) 
    108123      ilm = v.getAttribute( 'itemLabelMode' ) 
     124      lev = v.getAttribute( 'level' ) 
    109125      il = v.getElementsByTagName( 'rowAttribute' ) 
    110       vtt = self.nts( v.nodeName, l,t,i,ilm ) 
    111       ll = [] 
     126      vtt = self.nts( v.nodeName, l,t,i,ilm,lev ) 
    112127      idict = {} 
    113128      for i in il: 
    114129        tt = self.parseicfg(i) 
    115130        idict[tt.label] = tt 
    116         ll.append(tt) 
    117131      return self.ntt( vtt, idict ) 
    118132 
    119133  def parseicfg(self,i): 
    120       l = i.getAttribute( 'label' ) 
    121       if i.hasAttribute( 'title' ): 
    122         t = i.getAttribute( 'title' ) 
    123         self.lastTitle = t 
    124       else: 
    125         t = None 
    126       if i.hasAttribute( 'type' ): 
    127         ty = i.getAttribute( 'type' ) 
    128       else: 
    129         ty = "xs:string" 
    130       return self.nti( i.nodeName, l,t,ty ) 
    131  
    132 c = config() 
    133  
     134      """Parse a record attribute specification""" 
     135      defs = {'type':"xs:string"} 
     136      ll = [] 
     137      for k in ['label','title','type','class','techNote']: 
     138        if i.hasAttribute( k ): 
     139          ll.append( i.getAttribute( k ) ) 
     140        else: 
     141          ll.append( defs.get( k, None ) ) 
     142      l, t, ty, cls, tn = ll 
     143      self.lastTitle = t 
     144      return self.nti( i.nodeName, l,t,ty,cls,tn ) 
     145 
     146class container(object): 
     147  """Simple container class, to hold a set of dictionaries of lists.""" 
     148  def __init__(self, atl ): 
     149    self.uuid = {} 
     150    for a in atl: 
     151      self.__dict__[a] =  collections.defaultdict( list ) 
     152 
     153class c1(object): 
     154  def __init__(self): 
     155    self.a = collections.defaultdict( list ) 
    134156class index(object): 
     157  """Create an index of the document. Cross-references are generated from attributes with class 'internalLink'.  
     158This version assumes that each record is identified by an "uuid" attribute and that there is a "var" section.  
     159Invalid internal links are recorded in tme "missingIds" dictionary.  
     160For any record, with identifier u, iref_by_uuid[u] gives a list of the section and identifier of records linking to that record. 
     161""" 
     162 
    135163  def __init__(self, dreq): 
     164    self.silent = True 
    136165    self.uuid = {} 
     166    nativeAtts = ['uuid','iref_by_uuid','iref_by_sect','missingIds'] 
     167    naok = map( lambda x: not dreq.has_key(x), nativeAtts ) 
     168    assert all(naok), 'This version cannot index collections containing sections with names: %s' % str( nativeAtts ) 
    137169    self.var_uuid = {} 
    138170    self.var_by_name = collections.defaultdict( list ) 
    139171    self.var_by_sn = collections.defaultdict( list ) 
    140172    self.iref_by_uuid = collections.defaultdict( list ) 
    141     irefdict = {'ovar':['vid'], 'groupItem':['gpid','vid'], 'requestLink':['refid'], 'requestItem':['rlid'], 'revisedTabItem':['vid']} 
    142     for k in dreq.tableItems.keys(): 
    143         for i in dreq.tableItems[k]: 
     173    irefdict = collections.defaultdict( list ) 
     174    for k in dreq.keys(): 
     175      if dreq[k].attDefn.has_key('sn'): 
     176         self.__dict__[k] =  container( ['label','sn'] ) 
     177      else: 
     178         self.__dict__[k] =  container( ['label'] ) 
     179    ## 
     180    ## collected names of attributes which carry internal links 
     181    ## 
     182      for ka in dreq[k].attDefn.keys(): 
     183        if dreq[k].attDefn[ka].rClass == 'internalLink': 
     184           irefdict[k].append( ka ) 
     185 
     186    for k in dreq.keys(): 
     187        for i in dreq[k].items: 
    144188          self.uuid[i.uuid] = (k,i) 
     189 
     190    self.missingIds = collections.defaultdict( list ) 
     191    self.iref_by_sect = collections.defaultdict( c1 ) 
     192    for k in dreq.keys(): 
    145193        for k2 in irefdict.get( k, [] ): 
    146           for i in dreq.tableItems[k]: 
    147             self.iref_by_uuid[ i.__dict__.get( k2 ) ].append( (k2,i.uuid) )    
    148  
    149     for i in dreq.tableItems['var']: 
    150        self.var_uuid[i.uuid] = i 
    151        self.var_by_name[i.label].append( i.uuid ) 
    152        self.var_by_sn[i.sn].append( i.uuid ) 
    153  
    154   def makeVarRefs(self): 
    155     self.varRefs = {} 
    156     for thisuuid in self.var_uuid.keys(): 
    157       if self.iref_by_uuid.has_key(thisuuid): 
    158         ee1 = collections.defaultdict( list ) 
    159         for k,i in self.iref_by_uuid[thisuuid]: 
    160           sect,thisi = self.uuid[i] 
    161 ### irefdict = {'ovar':['vid'], 'groupItem':['gpid','vid'], 'requestLink':['refid'], 'requestItem':['rlid'], 'revisedTabItem':['vid']} 
    162           if sect == 'groupItem': 
    163             ee1[sect].append( '%s.%s' % (thisi.mip, thisi.group) ) 
    164           elif sect == 'ovar': 
    165             ee1[sect].append( thisi.mipTable ) 
    166           elif sect == 'revisedTabItem': 
    167             ee1[sect].append( '%s.%s' % (thisi.mip, thisi.table) ) 
    168         self.varRefs[thisuuid] = ee1 
    169  
    170 inx = index( c ) 
    171 inx.makeVarRefs() 
     194          n1 = 0 
     195          n2 = 0 
     196          for i in dreq[k].items: 
     197            id2 = i.__dict__.get( k2 ) 
     198            if id2 != '__unset__': 
     199              self.iref_by_uuid[ id2 ].append( (k2,i.uuid) ) 
     200              self.iref_by_sect[ id2 ].a[k2].append( i.uuid ) 
     201              if self.uuid.has_key( id2 ): 
     202                n1 += 1 
     203              else: 
     204                n2 += 1 
     205                self.missingIds[id2].append( (k,k2,i.uuid) ) 
     206          self.info(  'INFO:: %s, %s:  %s (%s)' % (k,k2,n1,n2) ) 
     207 
     208    for k in dreq.keys(): 
     209      for i in dreq[k].items: 
     210        self.__dict__[k].uuid[i.uuid] = i 
     211        self.__dict__[k].label[i.label].append( i.uuid ) 
     212        if dreq[k].attDefn.has_key('sn'): 
     213          self.__dict__[k].sn[i.sn].append( i.uuid ) 
     214 
     215  def info(self,ss): 
     216    if not self.silent: 
     217      print ss 
     218 
     219 
     220class loadDreq(object): 
     221  def __init__(self,dreqXML='../docs/dreq.xml',configdoc='../docs/dreqDefn.xml' ): 
     222    self.c = config( thisdoc=dreqXML, configdoc=configdoc,silent=False) 
     223    self.coll = self.c.get() 
     224    self.inx = index(self.coll) 
     225 
     226if __name__ == '__main__': 
     227  dreq = loadDreq() 
     228 

  • CMIP6dreq/trunk/src/scanDreq.py

    r357 r365  
    1 import dreq, collections, string, os 
     1import dreq, collections, string, os, utils_wb 
    22import htmlTemplates as tmpl 
    3  
    4 from dreq import inx 
    5  
     3import xml, re 
     4import xml.dom, xml.dom.minidom 
     5 
     6from utils_wb import uniCleanFunc 
     7 
     8empty=re.compile('^$') 
     9 
     10dq = dreq.loadDreq() 
     11inx = dq.inx 
     12##inx.makeVarRefs() 
    613ix_rql_uuid = {} 
    714ix_rqvg_uuid = {} 
    … …  
    1320rql_by_name = collections.defaultdict( list ) 
    1421 
     22def makeVarRefs(uuid, var, iref_by_uuid): 
     23    varRefs = {} 
     24    for thisuuid in var.uuid.keys(): 
     25      if iref_by_uuid.has_key(thisuuid): 
     26        ee1 = collections.defaultdict( list ) 
     27        for k,i in iref_by_uuid[thisuuid]: 
     28          sect,thisi = uuid[i] 
     29          if sect == 'groupItem': 
     30            ee1[sect].append( '%s.%s' % (thisi.mip, thisi.group) ) 
     31          elif sect == 'ovar': 
     32            ee1[sect].append( thisi.mipTable ) 
     33          elif sect == 'revisedTabItem': 
     34            ee1[sect].append( '%s.%s' % (thisi.mip, thisi.table) ) 
     35      varRefs[thisuuid] = ee1 
     36    return varRefs 
     37 
     38varRefs = makeVarRefs( inx.uuid, inx.var, inx.iref_by_uuid) 
     39 
     40class updates(object): 
     41  def __init__(self,fndup,fnmult,idir='rev1'): 
     42    assert os.path.isdir( idir ), 'Directory %s not found' % idir 
     43    self.fdup = '%s/%s' % (idir,fndup) 
     44    self.fmult = '%s/%s' % (idir,fnmult) 
     45    for p in [self.fdup,self.fmult]: 
     46      assert os.path.isfile( p ), 'File %s not found' % p 
     47    self.repl = {} 
     48    self.upd = {} 
     49    self.twins = [] 
     50    self.ddel = {} 
     51 
     52  def scandup(self): 
     53    ii = open( self.fdup ).readlines() 
     54    nn = (len(ii)-1)/2 
     55    for i in range(nn): 
     56      l1 = string.split( ii[i*2+1], '\t' ) 
     57      l2 = string.split( ii[i*2+2], '\t' ) 
     58      xx = l1[8:10] 
     59      yy = l2[8:10] 
     60      if xx[1] == '' and yy[1] == xx[0]: 
     61        ths = 0 
     62        assert not self.repl.has_key( yy[0] ), 'duplicate replacement request for %s' % yy[0] 
     63        self.repl[ yy[0] ] = yy[1]  
     64      elif yy[1] == '' and xx[1] == yy[0]: 
     65        ths = 1 
     66        assert not self.repl.has_key( xx[0] ), 'duplicate replacement request for %s' % xx[0] 
     67        self.repl[ xx[0] ] = xx[1]  
     68      elif l1[10] == 'twin' and  l2[10] == 'twin': 
     69        ths = 2 
     70        self.twins.append( l1[8] ) 
     71        self.twins.append( l2[8] ) 
     72      elif l1[10] == 'inc' and  l2[10] == 'inc': 
     73        ths = 3 
     74        self.ddel[ l1[8] ] = 'inc' 
     75        self.ddel[ l2[8] ] = 'inc' 
     76      else: 
     77        ths = -1 
     78        print 'ERROR.xxx.0001: Match failed' 
     79        print l1 
     80        print l2 
     81        assert False 
     82 
     83  def scanmult(self): 
     84    ii = open( self.fmult ).readlines() 
     85    nn = (len(ii)-1)/3 
     86    for i in range(nn): 
     87      l1 = string.split( ii[i*3+1], '\t' ) 
     88      l2 = string.split( ii[i*3+2], '\t' ) 
     89      l3 = string.split( ii[i*3+3], '\t' ) 
     90      yy = [l1[9],l2[9],l3[9]] 
     91      xx = [l1[8],l2[8],l3[8]] 
     92      zz = (l1,l2,l3) 
     93      for j in range(3): 
     94        if yy[j] != '': 
     95          assert yy[j] in xx, 'Invalid replacement option, %s' % yy[j] 
     96          assert  not self.repl.has_key( xx[j] ), 'duplicate replacement request for %s' % xx[j] 
     97          self.repl[ xx[j] ] = yy[j] 
     98        elif zz[j][10] == 'twin': 
     99          self.twins.append( zz[j][8] ) 
     100        elif zz[j][11] == 'update': 
     101          tags = map( string.strip, string.split( zz[j][13], ',' ) ) 
     102          self.upd[ xx[j] ] = { 'provNote':zz[j][12], 'tags':tags, 'label':zz[j][0], 'title':zz[j][1] } 
     103 
     104up = updates('varDup_20150724.csv', 'varMult_20150725.csv') 
     105##up.scandup() 
     106up.scanmult() 
     107 
     108urep = False 
     109urep = True 
     110if urep: 
     111  oo = open( 'uuidreplace.csv', 'w' ) 
     112  oo2 = open( 'uuidremove.csv', 'w' ) 
     113  for k in up.repl.keys(): 
     114    if inx.iref_by_uuid.has_key(k): 
     115      kn = up.repl[k] 
     116      for tag,ki  in inx.iref_by_uuid[k]: 
     117         oo.write( '%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n' % (k,kn,tag,ki, inx.uuid[k][1].label,  inx.uuid[kn][1].label, inx.uuid[ki][1].label) ) 
     118    else: 
     119      oo2.write( k + '\n' ) 
     120  oo.close() 
     121  oo2.close() 
     122  oo = open( 'uuidupdate.csv', 'w' ) 
     123  for k in up.upd.keys(): 
     124      ee = up.upd[k] 
     125      oo.write( string.join( [k,ee['provNote'],string.join(ee['tags']),ee['label'], ee['title'] ], '\t') + '\n' ) 
     126  oo.close() 
     127else: 
     128  oo2 = open( 'uuidremove2.csv', 'w' ) 
     129  for i in dq.coll['var'].items: 
     130    if not inx.iref_by_uuid.has_key(i.uuid): 
     131      oo2.write( string.join( [i.uuid,i.label,i.title,i.prov,i.description], '\t') + '\n' ) 
     132  oo2.close() 
    15133 
    16134### check back references. 
    … …  
    24142### can now apply mappings, create updated records and write to new xml? 
    25143 
    26 for i in dreq.c.tableItems['requestLink']: 
     144for i in dq.coll['requestLink'].items: 
    27145   rql_by_name[i.label].append( i.uuid ) 
    28146   ix_rql_uuid[i.uuid] = i 
    29147 
    30 for i in dreq.c.tableItems['requestVarGroup']: 
     148for i in dq.coll['requestVarGroup'].items: 
    31149   ix_rqvg_uuid[i.uuid] = i 
    32150 
    33151 
    34  
    35152oo = open( 'uuidinsert.csv', 'w' ) 
    36 for i in dreq.c.tableItems['revisedTabItem']: 
     153for i in dq.coll['revisedTabItem'].items: 
    37154  if i.uuid == '__new__': 
    38     if inx.var_by_name.has_key( i.label ): 
    39       if len( inx.var_by_name[i.label] ) == 1: 
    40         v = inx.uuid[ inx.var_by_name[i.label][0] ][1] 
     155    if inx.var.label.has_key( i.label ): 
     156      if len( inx.var.label[i.label] ) == 1: 
     157        v = inx.uuid[ inx.var.label[i.label][0] ][1] 
    41158        oo.write( string.join( ['unique',i.label,v.label,v.uuid,v.prov,i.mip], '\t' ) + '\n' ) 
    42159      else: 
    43         oo.write( string.join( ['ambiguous',i.label,i.mip,str(len(inx.var_by_name[i.label] ) ) ], '\t' ) + '\n' ) 
     160        oo.write( string.join( ['ambiguous',i.label,i.mip,str(len(inx.var.label[i.label] ) ) ], '\t' ) + '\n' ) 
    44161oo.close() 
    45162     
    … …  
    51168oo2.write( string.join(hs, '\t' ) + '\n' ) 
    52169oo3.write( string.join(hs, '\t' ) + '\n' ) 
    53 ks = inx.var_by_name.keys() 
     170ks = inx.var.label.keys() 
    54171ks.sort() 
    55172for k in ks: 
    56   if len(inx.var_by_name[k]) == 2: 
    57     v1 = inx.var_uuid[inx.var_by_name[k][0]] 
    58     v2 = inx.var_uuid[inx.var_by_name[k][1]] 
     173  if len(inx.var.label[k]) == 2: 
     174    v1 = inx.var.uuid[inx.var.label[k][0]] 
     175    v2 = inx.var.uuid[inx.var.label[k][1]] 
    59176    cc = map( lambda x: v1.__dict__[x] == v2.__dict__[x], ['title','sn','units','description']  ) 
    60177    if all(cc): 
    … …  
    64181    oo2.write( string.join(map( lambda x: v2.__dict__[x], hs) + ['',''], '\t' ) + '\n' ) 
    65182       
    66   elif len(inx.var_by_name[k]) > 1: 
    67     for i in inx.var_by_name[k]: 
    68       oo.write( string.join(map( lambda x: inx.var_uuid[i].__dict__[x], hs), '\t' ) + '\n' ) 
     183  elif len(inx.var.label[k]) > 1: 
     184    for i in inx.var.label[k]: 
     185      oo.write( string.join(map( lambda x: inx.var.uuid[i].__dict__[x], hs), '\t' ) + '\n' ) 
    69186 
    70187  if k[-2:] == '--': 
    71     for i in (inx.var_by_name[k] + inx.var_by_name[k[:-2]]): 
    72       oo3.write( string.join(map( lambda x: inx.var_uuid[i].__dict__[x], hs), '\t' ) + '\n' ) 
     188    for i in (inx.var.label[k] + inx.var.label[k[:-2]]): 
     189      oo3.write( string.join(map( lambda x: inx.var.uuid[i].__dict__[x], hs), '\t' ) + '\n' ) 
    73190oo.close() 
    74191oo2.close() 
    … …  
    76193 
    77194 
    78 for i in dreq.c.tableItems['groupItem']: 
     195for i in dq.coll['groupItem'].items: 
    79196   list_gp_ovar[i.gpid].append( i.uuid ) 
     197 
     198vns = inx.var.label.keys() 
     199vns.sort() 
     200for v in vns: 
     201  if len( inx.var.label[v] ) > 1: 
     202     print 'INFO.001.0001:',v, string.join( map( lambda x: inx.var.uuid[x].sn, inx.var.label[v] ), ';' ) 
    80203 
    81204nok = 0 
    82205nerr = 0 
    83 for i in dreq.c.tableItems['ovar']: 
     206for i in dq.coll['ovar'].items: 
    84207   vid = i.vid 
    85208   ix_ovar_uuid[i.uuid] = i 
    86209   xr_var_ovar[vid].append( i.uuid ) 
    87    if not inx.var_uuid.has_key(vid): 
     210   if not inx.var.uuid.has_key(vid): 
    88211     print 'missing key:',i.__dict__ 
    89212     nerr += 1 
    … …  
    93216nok = 0 
    94217nerr = 0 
    95 for i in dreq.c.tableItems['groupItem']: 
     218for i in dq.coll['groupItem'].items: 
    96219   vid = i.vid 
    97220   ix_gpi_uuid[i.uuid] = i 
    98221   xr_var_gpi[vid].append( i.uuid ) 
    99    if not inx.var_uuid.has_key(vid): 
     222   if not inx.var.uuid.has_key(vid): 
    100223     nerr += 1 
    101224   else: 
    102225     nok += 1 
    103 print 'groupItem to var crossref: nok = %s, nerr = %s',nok, nerr 
     226print 'groupItem to var crossref: nok = %s, nerr = %s' % (nok, nerr) 
    104227 
    105228class rqHtml(object): 
    … …  
    157280      
    158281  def mkVarHtml(self,name): 
    159     if len( inx.var_by_name[name] ) == 1: 
    160       self.mkVarHtml01(inx.var_by_name[name][0], name ) 
     282    if len( inx.var.label[name] ) == 1: 
     283      self.mkVarHtml01(inx.var.label[name][0], name ) 
    161284    else: 
    162285      self.mkVarHtmlGp(name) 
    … …  
    167290    self.pageName = 'var__%s.html' % name 
    168291    al =[] 
    169     for i in range( len( inx.var_by_name[name] ) ): 
    170       this = inx.var_uuid[inx.var_by_name[name][i]] 
     292    for i in range( len( inx.var.label[name] ) ): 
     293      this = inx.var.uuid[inx.var.label[name][i]] 
    171294      al.append( tmpl.item % {'item':'<a href="var__%s__%s.html">[%s]</a>: %s' % (name,i,i,this.title) } ) 
    172295    ee['items'] = string.join(al, '\n' ) 
    … …  
    176299    self.pageHtml = tmpl.pageWrapper % ee 
    177300    self.write() 
    178     for i in range( len( inx.var_by_name[name] ) ): 
    179       self.mkVarHtml01(inx.var_by_name[name][i],i) 
     301    ##print 'Multi var: %s' % name 
     302    for i in range( len( inx.var.label[name] ) ): 
     303      self.mkVarHtml01(inx.var.label[name][i],i) 
    180304 
    181305  def mkVarHtml01(self,id, tag): 
    182     this = inx.var_uuid[id] 
     306    this = inx.var.uuid[id] 
    183307    ee = {} 
    184308    if this.label == tag: 
    … …  
    196320 
    197321    if inx.iref_by_uuid.has_key(this.uuid): 
    198       assert inx.varRefs.has_key(this.uuid), 'Problem with collected references' 
    199       ee1 = inx.varRefs[this.uuid] 
     322      assert varRefs.has_key(this.uuid), 'Problem with collected references' 
     323      ee1 = varRefs[this.uuid] 
    200324      ks = ee1.keys() 
    201325      ks.sort() 
    … …  
    210334 
    211335  def varHtml(self): 
    212     for k in inx.var_by_name.keys(): 
     336    for k in inx.var.label.keys(): 
    213337      self.mkVarHtml(k) 
    214338   
    … …  
    232356##for k in xr_var_ovar.keys(): 
    233357  ##if len( xr_var_ovar[k] ) > 1: 
    234      ##print inx.var_uuid[k].label, map( lambda x: ix_ovar_uuid[x].mipTable,  xr_var_ovar[k]  ) 
     358     ##print inx.var.uuid[k].label, map( lambda x: ix_ovar_uuid[x].mipTable,  xr_var_ovar[k]  ) 
    235359 
    236360shps = {'': 64, 'XYZKT': 13, '4-element vector': 2, 'XYT': 476, '2D vector field ': 2, 'KZT': 4, '2D vector field': 2, 'XYZ': 27, 'XYZT': 204, '2D': 83, 'scalar': 14, 'XY': 88, '?': 21, '2D ': 1, 'XYKT': 3, 'YZT': 16, 'ZST1': 15, 'XKT': 2, 'BasinYT': 1} 
    … …  
    257381 
    258382ee = collections.defaultdict( int ) 
    259 for i in dreq.c.tableItems['groupItem']: 
     383for i in dq.coll['groupItem'].items: 
    260384  tst = tsmap2[ i.tstyle ] 
    261385  dd = '' 
    … …  
    278402    return cmp(x.title,y.title) 
    279403 
     404def atRepr(l,x): 
     405  v = l.__dict__[x] 
     406  if v == '__unset__': 
     407    return '' 
     408  else: 
     409    return v 
     410   
    280411def dumpcsv( fn, key, atl ): 
    281412  oo = open(fn, 'w' ) 
    282   ll = dreq.c.tableItems[key][:] 
     413  ll = dq.coll[key].items[:] 
    283414  ll.sort( tcmp().cmp ) 
    284415  oo.write( string.join( atl, '\t' ) + '\n' ) 
    285416  for l in ll: 
    286     oo.write( string.join( map( lambda x: l.__dict__[x], atl), '\t' ) + '\n' ) 
     417    oo.write( string.join( map( lambda x: atRepr(l,x), atl), '\t' ) + '\n' ) 
    287418  oo.close() 
    288419 
    … …  
    302433  return oo 
    303434 
    304 for k in dreq.c.tableItems.keys(): 
    305   expl = dreq.c.tableItems[k][0] 
    306   atl = atlSort( expl.__dict__.keys() ) 
    307   dumpcsv( 'csv2/%s.csv' % k, k, atl ) 
     435for k in dq.coll.keys(): 
     436  if len( dq.coll[k].items ) > 0: 
     437    expl = dq.coll[k].items[0] 
     438    atl = atlSort( expl.__dict__.keys() ) 
     439    print k, atl 
     440    dumpcsv( 'csv2/%s.csv' % k, k, atl ) 
    308441   
    309442oo = open( 'var1.csv', 'w' ) 
    … …  
    311444ks2 = [ 'ovar','groupItem','revisedTabItem'] 
    312445oo.write( string.join(ks + ks2, '\t' ) + '\n' ) 
    313 for i in dreq.c.tableItems['var']: 
     446for i in dq.coll['var'].items: 
    314447   if i.label[-2:] != '--': 
    315      ee1 = inx.varRefs.get( i.uuid, {} ) 
     448     ee1 = varRefs.get( i.uuid, {} ) 
    316449     r2 = map( lambda x: string.join( ee1.get(x, [] ) ), ks2 ) 
    317      inx.var_by_sn[i.sn].append( i.uuid ) 
    318450     oo.write( string.join(map( lambda x: i.__dict__[x], ks) + r2, '\t' ) + '\n' ) 
    319451oo.close() 
     452 
     453class annotate(object): 
     454  def __init__(self,src,dreq): 
     455    assert os.path.isfile( src), '%s not found' % src  
     456    self.doc = xml.dom.minidom.parse( src  ) 
     457    self.dreq = dreq 
     458 
     459  def missingRefs(self,mrefs,clear=True): 
     460    this = self.doc.getElementsByTagName('remarks')[0] 
     461    if clear: 
     462      dil = this.getElementsByTagName('item') 
     463      for d in dil: 
     464        this.removeChild(d) 
     465    for k in mrefs.keys(): 
     466      if len(  mrefs[k] ) == 1: 
     467        tid = mrefs[k][0][2] 
     468        tattr = mrefs[k][0][1] 
     469        tn = None 
     470      else: 
     471        tid = None 
     472        ee = collections.defaultdict(int) 
     473        tn = str( len( mrefs[k] ) ) 
     474        for t in mrefs[k]: 
     475          s = self.dreq.inx.uuid[t[2]][0] 
     476          ee['%s.%s' % (s,t[1])] += 1 
     477        if len( ee.keys() ) == 1: 
     478          tattr = ee.keys()[0] 
     479        else: 
     480          tattr = '__multiple__' 
     481      item = self.doc.createElement( 'item' ) 
     482      item.setAttribute( 'uuid', k )   
     483      item.setAttribute( 'tattr', tattr )   
     484      if tn != None: 
     485        item.setAttribute( 'techNote', tn )   
     486      if tid != None: 
     487        item.setAttribute( 'tid', tid )   
     488      item.setAttribute( 'class', 'missingLink' )   
     489      item.setAttribute( 'description', 'Missing links detected and marked for fixing' )   
     490      item.setAttribute( 'prov', 'scanDreq.py:annotate' )   
     491      this.appendChild( item ) 
     492   
     493    txt = self.doc.toprettyxml(indent='\t', newl='\n', encoding=None) 
     494    oo = open( 'annotated_20150731.xml', 'w' ) 
     495    lines = string.split( txt, '\n' ) 
     496    for line in lines: 
     497      l = utils_wb.uniCleanFunc( string.strip(line) ) 
     498      if empty.match(l): 
     499        continue 
     500      else: 
     501        oo.write(l + '\n') 
     502    oo.close() 
     503 
     504doAnno = True 
     505if doAnno: 
     506  an = annotate( dq.c.vsamp, dq ) 
     507  an.missingRefs( dq.inx.missingIds ) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.