source: CMIP6dreqbuild/trunk/srcMisc/sx2.py @ 701

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/exarch/CMIP6dreqbuild/trunk/srcMisc/sx2.py@756
Revision 701, 44.1 KB checked in by mjuckes, 4 years ago (diff)

cleaned

Line 
1
2##
3# still missing map from new groups to old table variables.
4## need a key lookup by variable in each table.
5##
6
7import collections, string, hashlib, uuid, os, sys
8import shelve
9import dreqSX as sx
10import dreq_utils
11import utils_wb
12
13from dreq_utils import labcoerce
14odir = 'sh20150827'
15
16vdate = '20150907'
17vdate = '20160309'
18if not os.path.isdir( odir ):
19  os.mkdir( odir )
20
21class uid1(object):
22  def __init__(self, uid=None):
23    if uid == None:
24      self.uid = str( uuid.uuid1() )
25    else:
26      self.uid = uid
27
28uidgen = collections.defaultdict( uid1 )
29
30sh1 = shelve.open( '%s/cmip5Groups' % odir, 'n' )
31##
32## list of CMIP5 tables which have groups
33##
34cmip5GroupsIx = set()
35##
36## dictionary, specifying group for each variable in table
37##
38cmip5GroupsIVAR = collections.defaultdict( dict )
39for k in sx.cmip5so.sop.keys():
40  sh1[k] = sx.cmip5so.sop[k][:]
41  cmip5GroupsIx.add( string.split( k, '_' )[0] )
42  for v in sx.cmip5so.sop[k]:
43    cmip5GroupsIVAR[ string.split( k, '_' )[0] ][v] = k
44  if sx.cmip5so.omipInsert and k in sx.cmip5so.sxp:
45    for v in sx.cmip5so.sxp[k]:
46      cmip5GroupsIVAR[ string.split( k, '_' )[0] ][v] = k
47sh1.close()
48#### 'uuid', 'mip', 'label','title','ref','refNote'
49####  i, "CMIP6",  key, ...., "CMIP5", ''
50cmip5tbs = []
51cmip5tbs0 = set()
52cmip5gps = []
53cmip5gplk = {}
54for k in sx.cmip5so.so.keys():
55  u = str( uuid.uuid1() )
56  cmip5gplk[k] = u
57  cmip5tbs0.add( k )
58  cmip5tbs.append( [u,"CMIP6",k,"CMIP6 CMOR Table: %s" % k, "CMIP5", "CMIP5 MIP Table: %s" % k] )
59
60for k in ['aermonthly','aerhourly','aerfixed','aerdaily','aerannual']:
61  u = str( uuid.uuid1() )
62  cmip5gplk[k] = u
63  cmip5tbs0.add( k )
64  cmip5tbs.append( [u,"AerChemMIP",k,"CMIP6 CMOR Table: %s" % k, "CMIP6 [AerChemMIP]", "MIP Table: %s" % k] )
65
66for k in sx.cmip5so.sop.keys():
67  u = str( uuid.uuid1() )
68  cmip5gplk[k] = u
69  t,s = string.split( k, '_' )
70  assert sx.cmip5so.so.has_key(t), 'Table for group %s not found' % k
71  u2 = cmip5gplk[t]
72  cmip5gps.append( [u,u2,"CMIP6",k,"CMIP6 Variable Group: %s" % k, "CMIP5", "CMIP5 MIP Table section: %s" % k] )
73  u3 = str( uuid.uuid1() )
74### section link .... variables in sections are linked to a section which carries a link to the group.
75### request links can refer to a section or a group .....
76
77cmip5vgr = ['Omon','fx','Oyr','Oclim','Omon_3d','Omon_oth','Amon','Lmon','LImon','OImon','aero_3d','aero_oth','cfDay_2d','cfDay_3d','cfMon_3dstd','cfMon_3dmod','cfMon_2dmod','cfMon_sim','day_oth','day_ss','cfOff','cfSites','6hrLev','6hrPlev','3hr','cf3hr_grid','cf3hr_sim']
78ccmivgrdict = {'fixed':'fx','annual':'yr','monthly':'mon','daily':'day','hourly':'hr'}
79specsvgr =  ['fx','mon','day','6hr']
80
81ee_nv1 = collections.defaultdict( list )
82ee_var_nv1 = collections.defaultdict( list )
83ee_tabs = collections.defaultdict( list )
84ee_grps = collections.defaultdict( list )
85ee_usedVars = collections.defaultdict( list )
86
87kmap = { 'cfday':'cfDay', 'Limon':'LImon', 'CMIP5_Llmon':'CMIP5_LImon', 'CMIP5 day':'CMIP5_day', 'NEW':'new', 'New':'new', \
88         'CCMI monthly mean 3d':'CCMI1_monthly', \
89         'CCMI Daily zonal mean 2d':'CCMI1_daily', \
90         'CCMI monthly mean zonal mean 2d':'CCMI1_monthly', \
91         'PMIP-LImon':'PMIP_LImon', 'CMIP5 Amon':'CMIP5_Amon', 'CCMI monthly':'CCMI1_monthly', 'PMIP-OImon':'PMIP_OImon'}
92
93##
94## sx.eenv: from dreq_consol_tables_nv_shelve_v ... which is from dreq_consol_tables.py
95for k in sx.eenv.keys():
96  mip = string.strip(sx.eenv[k][1])
97  var = string.strip(sx.eenv[k][5])
98  uid = sx.eenv[k][-1]
99  ee_nv1[uid].append( k )
100  ee_var_nv1[var].append( k )
101  assert uid == k, 'mismatch in uid in record %s' % k
102
103def tabref1( ti ):
104  if ti == 'new BUT':
105    return 'CMIP5_Lmon'
106  elif ti == 'new':
107    return 'new'
108  else:
109    return ti
110
111for k in sx.ee0.keys():
112  r = sx.ee0[k]
113  mip = r[10]
114  assert mip == r[-3],'Double check failed'
115  tab = r[2]
116  grp = r[0]
117  thistab = tabref1(tab)
118  ##ee_tabs[tab].append(k)
119  ee_tabs[thistab].append(k)
120  if grp == 'icesheetmon':
121    ee_grps['LImonant'].append(k)
122    ee_grps['LImongre'].append(k)
123  elif grp == 'icesheetyear':
124    ee_grps['LIyrant'].append(k)
125    ee_grps['LIyrgre'].append(k)
126  else:
127    ee_grps[grp].append(k)
128
129import sys
130
131kf = []
132kfn = []
133kfxx = []
134kfgp = []
135knf = []
136kmapmap = {}
137for k in ee_tabs.keys():
138  k1 = kmap.get( k,k)
139  if string.find( k1, ' ' ) != -1:
140    k2 = string.split(k1)[0]
141  else:
142    k2 = k
143
144  k2 = kmap.get( k2,k2)
145
146  if k2 in ['new','']:
147     kfn.append(k)
148     kmapmap[k] = 'new'
149  elif sx.ee_miptables_old.has_key(k2):
150     kf.append(k)
151     kmapmap[k] = k2
152  elif ee_grps.has_key(k2):
153     kfgp.append(k)
154     kmapmap[k] = k2
155  else:
156    if sx.ee_miptables_old.has_key('CMIP5_%s' % k2 ):
157      kfxx.append(k)
158      kmapmap[k] = 'CMIP5_%s' % k2
159    else:
160      knf.append(k)
161
162thisd = {}
163print 'Missing groups'
164for k in knf:
165  thise = collections.defaultdict( int )
166  for k2 in ee_tabs[k]:
167    thise[sx.ee0[k2][12-2]] += 1
168  keys = thise.keys()
169  keys.sort()
170  thisd[k] = keys[:]
171  print 'ERROR.020.0001: Missing Group: %s :: %s' % (k, keys)
172   
173### look for new variables in variable groups.
174class d1(object):
175  def __init__(self):
176    self.d = collections.defaultdict( list )
177    self.onItemNotFound = 'error'
178
179  def keys(self):
180    return self.d.keys()
181
182  def __setitem__(self,k,v):
183    self.d[k].append(v)
184
185  def __itemNotFound__(self,k):
186    if self.onItemNotFound == 'error':
187      raise  KeyError( 'Key %s not found in dictionary keys' % k)
188   
189  def __getitem__(self,k):
190    if self.d.has_key(k):
191      return self.d[k]
192    else:
193      return self.__itemNotFound__(k)
194
195## look up table, giving uuid from old mip tables for each mip, var combination.
196mvlookup = collections.defaultdict( d1 )
197mvlookup2 = collections.defaultdict( list )
198
199ee_unusedVars = []
200nok = 0
201nn = 0
202ee0_null = collections.defaultdict( list )
203ee0_xref = collections.defaultdict( list )
204ee0_xref_old = collections.defaultdict( list )
205for t in sx.ee_miptables_old.keys():
206  for u in sx.ee_miptables_old[t]:
207    v1 = sx.ee_mip[u][15]
208    v2 = sx.ee_mip[u][21]
209    if v2 != '':
210      vid = v2
211    else:
212      vid = v1
213    mvlookup[t].d[vid].append( u )
214
215for u in sx.eeold.keys():
216  pr = sx.eeold[u][6].split(',')
217  if all( [x.find('SPECS') for x in pr] ):
218    pass
219  else:
220    mvlookup2[sx.eeold[u][1]].append(  u )
221
222##for k in kfn:
223  ##for u in ee_tabs[k]:
224
225
226## ee0_xref values are values of ee_var_nv1
227for u in sx.ee0.keys():
228    var = string.strip(sx.ee0[u][1])
229    tab =  kmapmap.get(tabref1(sx.ee0[u][2]), None )
230    if ee_var_nv1.has_key(var):
231      nok += 1
232      ee_usedVars[var].append( u )
233## reference to kex in eenv
234      ee0_xref[u] += ((0,ee_var_nv1[var] ),)
235    elif ee_var_nv1.has_key(var + "**"):
236      nok += 1
237      ee_usedVars[var].append( u )
238      ee0_xref[u] += ((0,ee_var_nv1[var + "**"] ),)
239    else:
240      ok = False
241      if mvlookup.has_key(tab):
242        if mvlookup[tab].d.has_key( var ):
243          ul = mvlookup[tab].d[var]
244          if len(ul) > 1:
245            print 'ERROR.001.011: variable %s has multiple entries %s' % (var,tab)
246          ee0_xref[u] += ((1,[ul[0],]),)
247          ok = True
248        else:
249          emsg = '.001.010: variable %s not found in %s' % (var,tab)
250      else:
251          emsg = '.001.012: [%s] table not found: %s' % (var,tab)
252
253      if not ok:
254        if mvlookup2.has_key( var ):
255          if len( mvlookup2[var] ) == 1:
256             ee0_xref[u] += ((2,[mvlookup2[var][0],]),)
257             ok = True
258             print 'WARN' + emsg + ' [alternative found]'
259          else:
260            print 'ERROR' + emsg
261
262      if not ok:
263        print 'ERROR.090.077000:',tab,sx.ee0[u]
264        ee0_xref[u] += ((-1,['__var_not_found_012__',]),)
265 
266        if ( len(sx.ee0[u][1]) > 0 and sx.ee0[u][1][0] == '#' ) or ( len(sx.ee0[u][0]) > 0 and sx.ee0[u][0][0] == '#' ):
267          ee0_null[u].append( '# comment' )
268        elif ( len(sx.ee0[u][0]) > 5 and sx.ee0[u][0][:4] == 'PMIP' ) and ( sx.ee0[u][1] in ['','*'] ):
269          ee0_null[u].append( 'PMIP bulk copy' )
270        elif len(sx.ee0[u][1]) == 0 and  len(sx.ee0[u][2]) == 0:
271          ee0_null[u].append( 'comment' )
272        else:
273          nn += 1
274          ee_unusedVars.append((u,var))
275   
276print nn, nok
277nok = 0
278nn = 0
279thise1 = []
280uclear = {}
281### run through CMIP5 variables which are modified, re-used etc in new CMIP6 groups.
282### 43 not found .... as above .....
283for k in kf + kfxx:
284  k2 = kmapmap[k]
285  for u in ee_tabs[k]:
286    var = string.strip(sx.ee0[u][1] )
287    if not var in sx.ee_miptables_vars_old[k2]:
288       print 'ERROR.0001.002: variables in sx.ee0 [new groups] not found: ',k,var,sx.ee0[u]
289       nn += 1
290    else:
291       ee_usedVars[var].append( u )
292
293    ok = False
294    if sx.ee_ovars_old.has_key('%s.%s' % (k2,var)):
295      uclear[u] = sx.ee_ovars_old['%s.%s' % (k2,var)]
296      ok = True
297    elif sx.ee_ovars_old.has_key('%s.%s**' % (k2,var)):
298      uclear[u] = sx.ee_ovars_old['%s.%s**' % (k2,var)]
299      ok = True
300    elif len(string.split( k, ' ')) > 1:
301      bits = string.split( k, ' ')
302      v1 = string.strip(bits[1])[1:-1]
303      if sx.ee_ovars_old.has_key('%s.%s' % (k2,v1)):
304        uclear[u] = sx.ee_ovars_old['%s.%s' % (k2,v1)]
305        ok = True
306     
307    if not ok:
308      thise1.append((u,k2,var))
309       ##ee0_xref_old[u]
310
311ee_mv0 = {}
312ee_mv1 = {}
313ee_mv2 = {}
314ee_mv3 = {}
315for k in sx.eeold.keys():
316  k1 = sx.eeold[k][7]
317  assert k1[:3] == 'mv.', 'Key not in correct syntax: %s' % k1
318  ee_mv0[k1] = k
319  k2 = sx.eeold[k][8]
320  if k2 != "":
321    if k2 in ["*omit",'null','Depricated']:
322      if k2 in ["*omit",'Depricated']:
323        ee_mv3[ k1 ] = k2
324    else:
325      starflag = False
326      if k2[0] == '*':
327        k2 = k2[1:]
328        starflag = True
329      assert k2[:3] == 'mv.', 'target key not in correct syntax: %s' % k2
330      if starflag:
331        ee_mv2[k1] = k2
332      else:
333        ee_mv1[k1] = k2
334
335for k in ee_mv1.keys():
336  assert ee_mv0.has_key(k), 'key cross-ref not found: %s' % k
337
338ll_ov = []
339for k in ee_mv0.keys():
340  if not (ee_mv3.has_key(k) or ee_mv1.has_key(k)):
341    ll_ov.append( ee_mv0[k] )
342print 'Number of old variables: %s [%s]' % (len(ll_ov), len(ee_mv0.keys()) )
343print len(sx.eenv.keys())
344print "Number of new variables: %s" % ( len(sx.eenv.keys()) )
345##
346## extract variable name, units, standard name, long name, comment
347nt_vrecix = collections.namedtuple( 'vrecix', ['v','u','s','l','c'] )
348vrecix_new = nt_vrecix._make( (5,9,6,10,11) )
349vrecix_old = nt_vrecix._make( (1,5,3,2,4) )
350
351nnf = 0
352nnm = 0
353nno = 0
354for k in sx.ee_mip.keys():
355   t = map( lambda x: sx.ee_mip[k][x], [15,10,8,1,17] )
356   h = hashlib.md5(string.join(t) ).hexdigest()
357   if not sx.ee_xref_bck.has_key(k):
358     r1 = sx.ee_mip[k][1]
359     if r1 in ['','29'] or r1[:23] == 'Reference to literature' or r1[:15] == '(copied from 3D':
360       print 'WARN.002.0010: dud record',sx.ee_mip[k], sx.ee_mip[k][-2][:4] 
361     else:
362       print 'ERROR.002.0010: missing back reference',sx.ee_mip[k], sx.ee_mip[k][-2][:4] 
363       nnf += 1
364   elif len(sx.ee_xref_bck[k]) > 1:
365     nnm += 1
366     print 'ERROR.0001.001: #######', sx.ee_mip[k]
367     for k2 in sx.ee_xref_bck[k]:
368       print sx.eeold[k2]
369
370print '#### Number of missing back references: %s (%s)' % (nnf,nno)
371   
372
373class dopenxx(object):
374  def __init__(self):
375    self.fn = 'xx_%s' % str( uuid.uuid1() )
376    self.oo = open('%s/%s' % (self.odir,self.fn), 'w' )
377  def write(self,x):
378    self.oo.write(x)
379  def close(self,rename=None):
380    self.oo.close()
381    if rename != None:
382      os.rename( '%s/%s' % (self.odir,self.fn), '%s/%s' % (self.odir,rename) )
383
384class dopen(object):
385  def __init__(self,odir='./'):
386    if not os.path.isdir(odir):
387      os.mkdir(odir)
388    self.odir = odir
389    self.a = collections.defaultdict( self.ClassFact() )
390  def close(self,k,rename=None):
391    if self.a.has_key(k):
392      self.a[k].close(rename=rename)
393      self.a.__delitem__(k)
394
395  def ClassFact(self):
396     class dopenyy(dopenxx):
397       """Inherits all methods from dreqItemBase"""
398
399     dopenyy.odir = self.odir
400     return dopenyy
401print 'INFO 001 ##################',nnf, nnm
402
403##sh = shelve.open( 'shelve_vars' )
404sh = shelve.open( '%s/cmipVars' % odir, 'n' )
405sh['__info__'] = { 'label':'cmipVars', 'title':'CMIP variables', 'prov':'sx.eenv and sx.eeold' }
406sh['__cols__'] = ['label','title','sn','units','description','procnote','procComment','prov','priority0','realm0']
407
408ee = {}
409for k in sx.eenv.keys():
410  this = nt_vrecix._make( map( lambda x: sx.eenv[k][x], vrecix_new ) )
411  ##sh[k] = { 'label':this.v, 'title':this.l, 'sn':this.s, 'units':this.u, 'description':this.c, 'procnote':'', 'procComment':'','prov':'CMIP6 endorsement' }
412  prov = 'CMIP6 endorsement [%s]' % sx.eenv[k][1]
413  sh[k] = [ this.v, this.l, this.s, this.u, this.c, '', '',prov, sx.eenv[k][0], sx.eenv[k][8] ]
414  ee[this.u] = k
415  if this.u == 'atmos':
416     print 'ERROR: bad units',k, sx.eenv[k]
417print '################################### var units #################'
418print ee.keys()
419print '##########################################################'
420
421nk = 0
422for k in ll_ov:
423  this = nt_vrecix._make( map( lambda x: sx.eeold[k][x], vrecix_old ) )
424  ##sh[k] = { 'label':this.v, 'title':this.l, 'sn':this.s, 'units':this.u, 'description':this.c, 'procnote':'', 'procComment':'','prov':sx.eeold[k][6]}
425  if this.v in sx.cmip5ByVar.keys():
426    s = set()
427    for t in sx.cmip5ByVar[this.v]:
428      s.add( sx.cmip5so.so[t].a[this.v][18] )
429
430    s = list(s)
431    rlm0 = string.join( s )
432  elif this.v in sx.eenvo:
433    rlm0 = sx.eenvo[this.v][0][8]
434    print 'INFO.llll: using eenvo .....',this.v
435  else:
436    rlm0 = '__na__'
437     
438  sh[k] = [ this.v, this.l, this.s, this.u, this.c, '', '',sx.eeold[k][6], 101, rlm0 ]
439  nk += 1
440
441print len( sx.eenv.keys() ) + len(ll_ov), len( sh.keys() ),  len( sx.eenv.keys() )
442sh.close()
443 
444###
445###  shelve contains 1682 variables, of which 561 are new.
446###
447   
448### have lost somewhere the var/cmor var distinction. E.g. hfibthermds/hfibthermds2d  --- 2 CMOR variable names with a single output variable name.
449### But this will not be in the physical variable -- so should come in the output variable record.
450
451class c1(object):
452  def __init__(self):
453    self.d = collections.defaultdict( int )
454class c2(object):
455  def __init__(self):
456    self.d = collections.defaultdict( list )
457ee = collections.defaultdict( int )
458ff = collections.defaultdict( c1 )
459#count different shapes:
460blk = collections.defaultdict( c2 )
461for k in sx.ee0.keys():
462  ee[sx.ee0[k][5]] += 1
463  ff[sx.ee0[k][5]].d[sx.ee0[k][10]] += 1
464  blk[sx.ee0[k][5]].d[sx.ee0[k][10]].append(k)
465keys = ee.keys()
466keys.sort()
467print keys
468#######################################
469eeo = collections.defaultdict( int )
470ffo = collections.defaultdict( c1 )
471#count different shapes:
472hdims = [ 'latitude','longitude']
473vdims = [ 'alevel','alevhalf', 'olevel', 'rho', 'alt40', 'location', 'plev','alev1', 'plev3', 'plev7', 'plev8', 'plevs', 'sdepth']
474
475catdims = ['site', 'basin', 'oline', 'dbze', 'scatratio', 'sza5', 'tau', 'vegtype', 'vgidx']
476tdims = ['time','time1','time2']
477
478knowndims = hdims + vdims + catdims + tdims
479
480nsmap = {'':'MISC...', u'XYZKT':'lon.lat.ATMOS.other.time', u'XKT':'PMIP....', u'4-element vector':'..transsi.time', u'KZT':'RFMIP...', u'2D vector field':'lon.lat..sithick.time', u'XYZ':'lon.lat.olevel..time', u'XYZT':'lon.lat.ATMOS..time', u'2D':'SIMIP ... (xYT?)', u'scalar':'?...', u'XY':'FAFMIP, ISMIP6....', u'YZT':'MISC....', u'XYKT':'lon.lat..other.time', u'XYT':'lon.lat...time', u'ZST1':'..alevel.site.time', u'?':'PMIP', u'BasinYT':'.lat..basin.time'}
481## XYZ: this occurs only in FAFMIP
482## XYZT:  {'C4MIP': 80, 'PMIP': 10, 'RFMIP': 3, 'CFMIP': 19, 'LS3MIP': 8, 'GeoMIP': 1, 'HighResMIP': 82}
483##   need to follow up on what is vertical.  # of levels is captured in most cases.
484##   PMIP: email sent -- 29th June : some ocean, some atmos
485##   LS3MIP: soil or snow layers,
486## RFMIP: all levels.
487## XYZKT: CFMIP  -- K has various forms.
488## XKT: PMIP  -- salt transport -- should be lat-basin-time?
489## blank:  {'LUMIP': 40, 'PMIP': 11, 'RFMIP': 4, 'HighResMIP': 11, 'FAFMIP': 3, 'DynVar': 10}
490#-----  RFMIP: scalar .... email sent -- these ar OfflineRad varibles.
491#-----  LUMIP: XYT
492#-----  PMIP: occurs in bulk copy requests .....
493#-----  HighResMip: occurs in comment lines
494#-----  FAFMIP: occurs in comment lines
495#-----  DynVar: probably XYZT -- need to check whether on model or pressure levels.
496## YZT: 'DAMIP': 4, 'VolMIP': 2, 'HighResMIP': 10, 'SolarMIP': 4
497# ----  DAMIP: zonal mean, 17 or 23 levels (pressure) ..
498# ----  VolMIP: zonal mean, all levels
499# ----  HighResMIP: zonal mean, 36 levels
500# ----  SolarMIP: zonal mean, 17 or 23 levels.  (withdrawn and merged with DAMIP ....).
501## scalar: 'ISMIP6': 8, 'SIMIP': 6
502##  --> to KT, with K set to icesheet/hemisphere
503## ----- SIMIP: time (monthly)
504## '?': PMIP, for variables specified in C4MIP.
505##
506
507ed = collections.defaultdict( c1 )
508for k in sx.ee_mip.keys():
509  dl = sx.ee_mip[k][-1]
510  if dl == 's|c|a|l|a|r':
511     dl = 'scalar'
512  dd = string.split( dl, '|' )
513  for d in dd[:-1]:
514   
515    ed[d].d[dd.index(d)] += 1
516  ed[dd[-1]].d['f'] += 1
517  eeo[sx.ee_mip[k][-1]] += 1
518  ffo[sx.ee_mip[k][-1]].d[sx.ee_mip[k][-2]] += 1
519keys = eeo.keys()
520keys.sort()
521
522nkn = []
523for k in ed.keys():
524  if k not in knowndims:
525    nkn.append(k)
526nkn.sort()
527
528presetlinks = {}
529shlnks = shelve.open( '%s/requestLinks_tmp' % odir, 'r' )
530for k in shlnks.keys():
531  if k[0] != '_':
532    if shlnks[k][9] > -1:
533      print 'INFO.aaa.00001: Priority reset ',shlnks[k]
534      presetlinks[ '%s.%s' % (shlnks[k][1],shlnks[k][2]) ] = shlnks[k][9]
535##
536## read in provisional request groups --- based on request scoping sheet
537##
538shrvg = shelve.open( '%s/requestVarGroup_tmp' % odir, 'r' )
539eervg = collections.defaultdict( list )
540##
541## construct look-up by label
542##
543for k in shrvg.keys():
544  if k[0] != '_':
545    ##assert not eervg.has_key( shrvg[k][2] ), 'Duplicate rvg: %s' % shrvg[k][2]
546    eervg[shrvg[k][2]].append( k )
547     
548
549sh = shelve.open( 'dreq_consol_tables_reviewed_b_v%s' % vdate, 'r' )
550revTabIds = set( sh.keys()[:] )
551sh.close()
552
553## parse 1
554ee0_p1 = {}
555ee0_gp = collections.defaultdict( d1 )
556st1 = set()
557for k in sx.ee0.keys():
558  r = list(sx.ee0[k][:] )
559  if r[1] != '' and r[1][0] != '#':
560    if ee0_xref.has_key(k):
561      r1 = ee0_xref[k]
562      assert len(r1) == 1, 'FATAL:001.0001: unexpected duplicate cross ref, %s   %s %s' % (k,str(r1),str(r) )
563      assert len(r1[0][1]) == 1, 'FATAL:001.0002: unexpected duplicate cross ref, %s   %s %s' % (k,str(r1),str(r) )
564      r += [r1[0][0],r1[0][1][0]]
565    else:
566      r += [-1,'__none__']
567    ee0_p1[k] = r[:]
568    ee0_gp[r[0]][r[10]] = k
569    st1.add( r[10] )
570    if r[0] == '':
571       print '################'
572       print r
573
574##assert 'CFMIP' in st1, 'FAILED sanity check 1 ... CFMIP not in st1 %s' % str(st1)
575assert len( list(st1) ) < 40, 'FAILED sanity check 2 ... too many items in st1 [should be list of MIPs] %s' % len(list(st1))
576print '###################   groups referenced from new groups sheets'
577print ee0_gp.keys()
578k1 = ee0_gp.keys()
579k1.sort()
580kmapk1 = {}
581for k in k1:
582  assert len(ee0_gp[k].keys()) in  [0,1], 'Multiple references to %s [%s]' % (k,str( ee0_gp[k].keys() ) ) 
583  for k2 in ee0_gp[k].keys():
584    if eervg.has_key( '%s.%s' % (k2,k) ):
585      kmapk1[k] = ('%s.%s' % (k2,k),'newGp')
586    else:
587      kmapk1[k] = ('%s.%s' % (k2,k),'unresolved')
588
589gpids = []
590for k in kmapk1.keys():
591  gpids.append(kmapk1[k][0])
592kmapk2 = {}
593
594mmmm = [('C_OceanT1', 'C_Ocean_T1'), ('C_OceanT2', 'C_Ocean_T2'), ('3hr_extreme','3hr_extr'), ('Amon_extreme','Amon_ext'), \
595        ('Amon_convection','Amon_conv'), ('L3hr','L_3hr'), ('LEday','L_day'), ('DYNVAR_day','DYVR_daily') ]
596mmmm = [('C_OceanT1', 'C_Ocean_T1'), ('C_OceanT2', 'C_Ocean_T2'), ('3hr_extreme','3hr_extr'), ('Amon_extreme','Amon_ext'), \
597        ('Amon_convection','Amon_conv'), ('L3hr','L_3hr'), ('DYNVAR_day','DYVR_daily') ]
598kmap000 = {}
599for t in mmmm:
600  kmap000[t[0]] = t[1]
601
602##
603## check links from variable output specs to group.
604## need to identify what is meant by group labels in "Request Scoping" -- now in eervg.keys()
605##
606## 29th July: loosing some links for groups of revised table items ....
607##
608## these are the reviewed cmip5 standard output tables.
609##
610tabuuidrefs = collections.defaultdict( int )
611
612###
613### get some tables for looking up links from shelve
614###
615shbx = dreq_utils.parseShb(vdate,sx,cmip5gplk)
616
617gpids = gpids + shbx.revisedTabKeysff
618ks = eervg.keys()
619ks.sort()
620for k0 in ks:
621  a,b = string.split(k0,'.')
622  print 'k0:: ',a,b
623  if kmap000.has_key(b):
624    k = '%s.%s' % (a,kmap000[b])
625  else:
626    k = k0
627  ok = False
628  if b[:5] == 'CCMI1':
629    b1,b2 = string.split(b, '_' )
630    if ccmivgrdict.has_key( b2):
631      ok = True
632      kmapk2[k0] = ('CCMI',b2)
633  elif b[:5] == 'SPECS':
634    b1,b2 = string.split(b, '_' )
635    if b2 in specsvgr:
636      ok = True
637      kmapk2[k0] = ('SPECS',b2)
638    elif b2 == 'Amon':
639      kmapk2[k0] = ('SPECS','mon')
640      ok = True
641  if not ok:
642    if k in gpids:
643    ## print 'OK1: ',k
644      kmapk2[k0] = ('new',k)
645      ok = True
646    elif a in ['LUMIP','LS3MIP']:
647      tk = 'C4MIP.%s' % kmap000.get(b,b)
648      if tk in gpids:
649        kmapk2[k0] = ('new',tk)
650        ok = True
651    elif a in ['VolMIP','DAMIP']:
652      tk = 'DynVar.%s' % kmap000.get(b,b)
653      if tk in gpids:
654        kmapk2[k0] = ('new',tk)
655        ok = True
656    ##elif a in ['HighResMIP'] and b in subgroups:
657        ##kmapk2[k0] = ('CMIP5',tk)
658        ##ok = True
659  if not ok:
660## revTabIds has table names, revGpIds has group names
661    if k in revTabIds or k in shbx.revGpIds:
662      if k in shbx.revGpIds:
663         print 'OK2: ',k
664      kmapk2[k0] = ('CMIP5Rev',k)
665    else:
666      if b in cmip5vgr:
667        kmapk2[k0] = ('CMIP5',b)
668      elif b in cmip5tbs0:
669        kmapk2[k0] = ('CMIP5',b)
670      else:
671        print 'WARN.080.09001: nomap for ',b,k
672        kmapk2[k0] = ('nomap',k)
673   
674print '###############################################################'
675print '###############################################################'
676##
677## following list currently contains separate entries for group references from different MIPs --- want to have a single one
678## here, and multiple references to it ...
679##
680rvgref2 = collections.defaultdict( list )
681lookup1a = collections.defaultdict( d1 )
682lookup1b = {}
683lookup1 = collections.defaultdict( d1 )
684lookup2 = collections.defaultdict( d1 )
685import sx2_extra as sx2e
686rvguids = set()
687#### prepare for requestVarGroup ###########
688## C4MIP-OceanT2        C4MIP: C4MIP-OceanT2    C4MIP   new     C4MIP.C_Ocean_T2
689## label title mip ref refNote
690
691####
692#### reconfigure to uuid, mip, label (no "."), title, class, refNote
693#### for "ttt==new", use sx2e.ngmap( kkk ) to give labels, keep kkk as refNote, ttt --> class
694###
695### lookup1: constructed from requestVarGroup list
696### lookip1[<project>][<table>] = uid
697### e.g. lookup1['CMIP5']['Oyr'] = ['f729b7e4-3e99-11e6-b9b2-5404a60d96b5']
698###      lookup1['new']['FAFMIP.fafOyr'] = ['f7f40742-3e99-11e6-b9b2-5404a60d96b5']
699### uid is key in cmip5tbs or generated new ....
700### lookup1a: similar, uid is from shrvg.
701### shrvg = shelve.open( '%s/requestVarGroup_tmp' % odir, 'r' ), generated by dreq_consol_dreq
702
703for k in shrvg.keys():
704  if k[0] != '_':
705    id0 = shrvg[k][2]
706    ttt,kkk = kmapk2[id0]
707    lookup1a[ttt].d[kkk].append(k)
708    if ttt == 'new':
709      rvgref2[kkk].append( shrvg[k][0] )
710
711for k in lookup1a.keys():
712  for k2 in lookup1a[k].d.keys():
713    id0 = lookup1a[k].d[k2][0]
714    id =  str( uuid.uuid1() )
715    lookup1[k].d[k2].append( id)
716    lookup1b[id0] = id
717
718###
719## add cmip5tbs to lookup, so that these will be picked up in links from "rqeuestLinks"
720for g in cmip5tbs:
721  ####cmip5tbs.append( [u,"CMIP6",k,"CMIP6 CMOR Table: %s" % k, "CMIP5", "CMIP5 MIP Table: %s" % k] )
722  k = g[2]
723  u = g[0]
724  lookup1['CMIP5'].d[k] = [u,]
725 
726### shlnks carries the "request scoping rows" ###
727ndup = 0
728for k in shlnks.keys():
729  thistr = False
730  if k[0] != '_':
731    if shlnks[k][9] > -1:
732      print 'INFO.aaa.00001: Priority reset ',shlnks[k]
733    if shlnks[k][2][-4:] == '_oth':
734      thistr = True
735    k1 = '%s.%s' % (shlnks[k][1],shlnks[k][2])
736    if thistr:
737      print k1
738    assert kmapk2.has_key(k1), 'Key missing  %s, %s' % (k,k1)
739     
740    ttt,kkk = kmapk2[k1]
741    id = lookup1[ttt].d[kkk][0]
742    if thistr:
743         print 'INFO.aaa.00002: ', ttt,kkk,id
744    if id == k:
745      print '***DUPLICATE:',k,k1, ttt, kkk, lookup1[ttt].d[kkk]
746      ndup += 1
747
748
749##
750## problem is trying to ensure that groups are properly referenced.
751## naming etc problematic here.
752##
753assert ndup==0, ndup
754tmp = collections.defaultdict( list )
755for k in lookup1.keys():
756  for k2 in lookup1[k].d.keys():
757    assert len( lookup1[k].d[k2] ) == 1, 'Ambiguous lookup1: %s, %s: %s' % (k,k2,str( lookup1[k].d[k2] ) )
758    id = lookup1[k].d[k2][0]
759    if k2 in presetlinks:
760      print 'INFO.aaa.00200: preset refound,', k2
761
762    for idi in lookup1a[k].d[k2]:
763      print 'INFO.bbb.0001: ',k,shrvg[idi]
764      id0 = shrvg[idi][2]
765      mip = shrvg[idi][1]
766      ttt,kkk = kmapk2[id0]
767      cls = k
768      assert  cls == k, 'Mismatch in lookup1'
769      refNote = k2
770      kl = 0
771      lab = '__unset__'
772
773      if cls == 'new':
774        if kkk in shbx.revisedTabKeys:
775          lab = kkk
776          cls = 'rev'
777          lab = string.replace( kkk, '.', '-' )
778          kl = 1
779        else:
780          if not sx2e.ngmap.has_key(kkk):
781            print 'ERROR.002.0001: key %s not found' % kkk
782          else:
783            lab = sx2e.ngmap[kkk]
784            kl = 2
785      elif cls == 'CMIP5':
786        lab = string.replace( k2, '_', '-' )
787        kl = 3
788      elif cls in ['CMIP5Rev','rev']:
789        lab = string.replace( k2, '.', '-' )
790        kl = 4
791      elif cls == 'nomap':
792        lab = string.replace( k2, '.', '-' )
793        kl = 5
794        lab = string.replace( lab, '_', '-' )
795        print 'INFO.nomap.00001: ',cls,k2,lab
796      else:
797        lab = '%s-%s' % (mip,k2)
798        kl = 6
799      if sx2e.r1.match( lab ) == None:
800        print 'NON_COMPLIANT label', lab,k2, cls
801
802      rec, sup = ([id,mip,lab,'%s: %s' % (mip,lab), cls, refNote],[ttt,kkk])
803
804      if string.find( string.join( rec ), '__unset__' ) != -1:
805         print 'INFO.ppp.00003: ',rec, sup, lab,k2, cls, kl
806
807      if refNote == 'C4MIP.Lmon':
808        print 'WARN.051.00001: ',rec,sup, lab,k2, cls, kl
809
810##['6a7ed72e-98d7-11e5-9c3a-ac72891c3257', 'LUMIP', u'C4MIP-Lmon', u'LUMIP: C4MIP-Lmon', 'rev', u'C4MIP.Lmon'] ['new', u'C4MIP.Lmon'] C4MIP-Lmon C4MIP.Lmon rev 1
811      print 'INFO.bbb.0002: ',id,rec,sup
812##
813## create a set of requestVarGroup records ... to be reviewed below for duplicates ....
814##
815      tmp[id].append(  (rec, sup) )
816
817sh = shelve.open( '%s/requestVarGroup' % odir, 'n' )
818sh['__info__'] = { 'label':'requestVarGroup', 'title':'Identify variable groups' }
819sh['__cols__'] = [ 'uuid', 'mip', 'label','title','ref','refNote']
820sss = collections.defaultdict( list )
821for id in tmp.keys():
822  dosh = False
823  trc = '>'
824  if len(tmp[id]) == 1:
825    rec,sup = tmp[id][0]
826    dosh = True
827    tr = 1
828  else:
829    s = {tuple(sup) for rec,sup in tmp[id]}
830    if len(s) == 1:
831      rec,sup = tmp[id][0]
832      dosh = True
833      tr=2
834    else:
835      tr=3
836      print 'ERROR.070.0020: ambiguous variable groups '
837      for l in tmp[id]: 
838        print l
839
840  if sup[0] not in ['new','CMIP5Rev']:
841      ttt, kkk = sup
842      lab = '%s-%s' % (ttt,kkk)
843      cls, refNote = rec[-2:]
844      rec = [id,ttt,lab,'%s: %s' % (ttt,kkk), cls, refNote]
845      print 'INFO:070.0001: modifying record: %s  --> %s' % (mip,ttt)
846      tr += 0.5
847      trc += 'mod:'
848
849  kc = '%s.%s' % (rec[-2],rec[-1])
850  if rec[-2] == 'CCMI':
851    kc = '%s1.%s' % (rec[-2],rec[-1])
852    print 'WARN.080.08100: adjusting CCMI  to CCMI1: ',rec
853
854  if kc == 'SPECS.6hr':
855     print kc, rec, tr
856  if kc[:4] == 'CCMI':
857     print 'INFO.cccc: ',rec
858  sss[kc].append( id )
859  rvguids.add( rec[0] )
860  uidgen[ kc ] = uid1(uid=rec[0])
861
862  print 'rvg:: ',rec
863  if rec[3] in ['CMIP6 CMOR Table: Oyr',]:
864     print 'INFO.ppp.00001: omitting ',rec
865  else:
866    sh[rec[0]] = rec
867
868a = {k for k in sss.keys() if len(sss[k]) > 1}
869if len(a) > 0:
870  for k in a:
871    print 'SEVERE.090.0001: ',k,sss[k]
872
873     
874## add CMIP5 groups .........
875for g in cmip5tbs:
876  kc = '%s.%s' % (g[-2],g[-1])
877  sss[kc].append( g[0] )
878  rvguids.add( g[0] )
879  if g[3] in ['CMIP6 CMOR Table: Oyr',]:
880     print 'INFO.ppp.00002: omitting ',g
881  else:
882    sh[g[0]] = g[:]
883sh.close()
884
885##############################################
886a = {k for k in sss.keys() if len(sss[k]) > 1}
887if len(a) > 0:
888  for k in a:
889    print 'SEVERE.090.0002: ',k,sss[k]
890##############################################
891
892sh = shelve.open( '%s/requestVarSections' % odir, 'n' )
893sh['__info__'] = { 'label':'requestVarGroup', 'title':'Identify variable groups' }
894sh['__cols__'] = [ 'uuid', 'gpid', 'mip', 'label','title','ref','refNote']
895## add CMIP5 groups .........
896for g in cmip5gps:
897  sh[g[0]] = g[:]
898sh.close()
899########
900######## this does not work .... the variables need to be added to "revTabItems",
901######## with link to variable group associated with the CMIP5 group.
902######## latter should be available through "CMIP5-Omon_3d" etc....:
903##
904
905##
906## links to variables in ee0_xref ...
907##
908err001 = collections.defaultdict( int )
909sh = shelve.open( '%s/groupItems' % odir, 'n' )
910sh['__info__'] =  {'label':'groupItems', 'title':'List of items in new groups', 'description':"New groups" }
911##(u'DYVR_daily', u'utendnogw', '', u'daily', '', '', '', '', '', u'DynVar', 'DynVar', '772da0b6-25b6-11e5-8cf6-ac72891c3257')
912sh['__cols__'] = ['group','var','table','freq','', 'shape', '', '', '','mip','mip?','uuid','rowIndex','new','gpid','vkey','vid']
913for k in ee0_p1.keys():
914    kkk = '%s.%s' % (ee0_p1[k][10],ee0_p1[k][0])
915    ##if not sx2e.ngmap.has_key(kkk):
916    if lookup1['new'].d.has_key(kkk):
917       id = lookup1['new'].d[kkk][0] 
918    elif lookup1['newOrp'].d.has_key(kkk):
919       id = lookup1['newOrp'].d[kkk][0] 
920    else:
921       id = None
922       err001[kkk] += 1
923    r = ee0_p1[k][:]
924    t = ee0_xref[k][0]
925    ##if t[0] == 1:
926      ##r[-2] = 0
927      ##r[-1] = '__see_vid__'
928    if id != None:
929      r[-2] = 1
930      r[-1] = id
931    else:
932      r[-2] = -1
933      r[-1] = '__none__'
934    r += [t[0],t[1][0]]
935    if r[1] == 'mrro':
936      print 'INFO.mrro.0001:', r
937    if r[1] == 'sisnconc':
938      print 'INFO.sisnconc.0001:', r
939    sh[k] = r[:]
940sh.close()
941
942sh = shelve.open( '%s/requestLinks' % odir, 'n' )
943sh['__info__'] = { 'label':'requestLinks', 'title':'Links from variable groups to a request id' }
944sh['__cols__'] = [ 'uid', 'mip', 'tab','objective','grid','gridreq','comment','opt','opar','preset','ref','refNote','refid']
945ndup = 0
946for k in shlnks.keys():
947  if k[0] != '_':
948    k1 = '%s.%s' % (shlnks[k][1],shlnks[k][2])
949    preset = shlnks[k][9]
950    assert kmapk2.has_key(k1), 'Key missing  %s, %s' % (k,k1)
951    if not kmapk2.has_key(k1):
952      #print '###########',shlnks[k]
953      pass
954    else:
955      ttt,kkk = kmapk2[k1]
956
957      if shbx.revisedTabKeysNM.has_key(k1):
958        print 'INFO.010.0010: Replacing link for %s' % k1
959        id = shbx.revisedTabKeysNM[k1]
960      else:
961        id = lookup1[ttt].d[kkk][0]
962
963      if preset > -1:
964        print 'INFO.aaa.00100: ', shlnks[k], kmapk2[k1], id
965      sh[k] = list( shlnks[k] ) + list( kmapk2[k1] ) + [id,]
966      if id not in rvguids:
967        print 'ERROR.080.06005: Request variable group link broken:', sh[k]
968    if sh[k][0] == sh[k][-1]:
969      print 'DUPLICATE LINK:',k,sh[k]
970      ndup += 1
971print 'INFO: Number of duplicates %s (%s)' % (ndup, len(sh.keys()))
972sh.close()
973## link to group items is now via mip + group id, using stuff from kmapk2 ....
974
975dorest = True
976
977class psort(object):
978
979   def __init__(self):
980     pass
981
982   def p(self,z):
983     return tabpri.get(z,9)
984
985   def cmp(self,x,y):
986     return cmp( self.p(x), self.p(y) )
987
988if dorest:
989 tabpri = { 'SPECS':2, 'CMIP5':0, 'CORDEX':3, 'PMIP3':4 }
990
991 gg = {}
992 for k in sx.eeold.keys():
993  if sx.eeold[k][7][:6] == 'mv.005':
994    gg[sx.eeold[k][1]] = k
995###
996### BUT need to get full OMIP records in here ......
997 cmip5GroupCol = collections.defaultdict( list )
998 sh = shelve.open( '%s/refTableItems' % odir, 'n' )
999 sh['__info__'] =  {'label':'refTableItems', 'title':'List of items in reference tables', 'prov':'sx.ee_mip' }
1000 sh['__cols__'] = ['uuid', 'comment', 'deflate_level', 'shuffle', 'ok_max_mean_abs', 'flag_meanings', \
1001                          'type', 'ok_min_mean_abs', 'standard_name', 'deflate', 'long_name', 'valid_min',\
1002                           'cell_methods', 'flag_values', 'cell_measures', 'out_name', 'modeling_realm', 'units',\
1003                           '#cell_methods', 'valid_max', 'positive', 'var', 'mipTable','dimensions','vid','gpid','ssect','priority'] 
1004
1005## added gpid for link to variable group .... not clear at this point how OMIP to be dealt with here.
1006## for sections, perhaps need new section linking sections to groups ....
1007
1008 vdefex = {}
1009 rwixkkk = 0
1010 for k in sx.ee_mip.keys():
1011  gpid = '__group_unknown__'
1012  rwix = 0
1013  mipt = sx.ee_mip[k][22]
1014  if shbx.tabuuid.has_key( mipt ):
1015    gpid = shbx.tabuuid[mipt]
1016  p = 0
1017  ssect = ''
1018  if mipt[:4] in { "CMIP", "CCMI", "SPEC", "CORD"}:
1019    m,t = string.split( mipt, '_' )
1020# output name
1021    v0 = sx.ee_mip[k][15]
1022# variable name
1023    v1 = sx.ee_mip[k][21]
1024    if type(v0) == type( 'y' ) and v0 not in ['', ' ']:
1025      v1 = v0
1026
1027    if v1 == 'rtmt':
1028      print 'xxyyyy',v1,sx.ee_mip[k]
1029    if v1 == 'clisccp':
1030      print 'INFO.clisccp.0001:', sx.ee_mip[k]
1031
1032    trc = []
1033    if m == "CMIP5":
1034      assert cmip5gplk.has_key(t), 'ERROR.009.0010: CMIP5 table link not found for %s' % mipt
1035      gpid = cmip5gplk[t]
1036      assert sx.cmip5so.so.has_key(t), 'Key %s not found in cmip5.so keys' % t
1037      if not sx.cmip5so.so[t].a.has_key(v1):
1038        if t in sx.cmip5so.sx and v1 in sx.cmip5so.sx[t].a:
1039          print 'ERROR.030.0001xx: Variable %s not found in cmip5so %s' % (v1,t)
1040        else:
1041          print 'ERROR.030.0001: Variable %s not found in cmip5so %s' % (v1,t)
1042        p = 0
1043        trc.append( 'p0' )
1044      else:
1045        p = sx.cmip5so.so[t].a[v1][0]
1046        trc.append( 'pp' )
1047        rwix = sx.cmip5so.so[t].a[v1][23]
1048        si = sx.cmip5so.so[t].a[v1][24]
1049        try:
1050          rwix = rwix + 200*si
1051        except:
1052          print sx.cmip5so.so[t].a[v1], len(sx.cmip5so.so[t].a[v1])
1053          raise
1054
1055## the "Oyr" group is for import, not needed in request
1056      if t in cmip5GroupsIx and t not in ['Oyr','Amon']:
1057        trc.append( 'ix' )
1058      ##assert cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v1) or cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v0), '%s not found in table %s' % (v1,t)
1059        if not (cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v1) or cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v0) ):
1060           print 'ERROR.080.0020: %s not found in table %s' % (v1,t)
1061        else:
1062          if cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v1):
1063            trc.append( '1' )
1064            gp = cmip5GroupsIVAR[t][v1]
1065          else:
1066            gp = cmip5GroupsIVAR[t][v0]
1067            trc.append( '0' )
1068##
1069## collect variables in each group, along with key and priority, to create "revTabItems"
1070##
1071          cmip5GroupCol[ gp ].append( (v1,k,p) )
1072    else:
1073       thisk = '%s.%s' % (m,t)
1074       if thisk in shbx.tabuuid:
1075         gpid = shbx.tabuuid[thisk]
1076       else:
1077         gpid = uidgen[thisk].uid
1078       
1079  elif mipt[:5] == "OMIP.":
1080####
1081#### this would be the place to create "OMIP.Omon_3d" and "OMIP.Omon_oth"
1082####
1083#### also need to generate "OMIP.Oyr_3dtr" ....
1084####
1085#### some information added to tabsectbyvar in dreq_utils
1086####
1087#### might be cleaner in framework/scanDreq ...
1088####
1089####
1090    m,t = string.split( mipt, '.' )
1091# output name
1092    v0 = sx.ee_mip[k][15]
1093# variable name
1094    v1 = sx.ee_mip[k][21]
1095    if v0[:3] == "dms" or v1[:3] == "dms":
1096      print 'INFO.dms.0001: ',sx.ee_mip[k]
1097    if type(v0) == type( 'y' ) and v0 not in ['', ' ']:
1098      v1 = v0
1099
1100## check to see if sections are defined.
1101    if shbx.tabsectbyvar.has_key(m):
1102      tv = '%s.%s' % (t,v1)
1103      if shbx.tabsectbyvar[m].has_key(tv):
1104        gpid = shbx.tabsectuuid[m][ '%s.%s' % (t,shbx.tabsectbyvar[m][tv][2]) ]
1105        rwix = shbx.tabsectbyvar[m][tv][3]
1106        ssect = shbx.tabsectbyvar[m][tv][2]
1107        p = shbx.tabsectbyvar[m][tv][1]
1108        rwixkkk += 1
1109
1110    if gpid == '__group_unknown__':
1111      print 'ERROR.040.0010: OMIP group not found %s, %s, %s' % (mipt,v0,) 
1112  elif gpid == '__group_unknown__':
1113    print 'ERROR:040.0011: failed to set gpid: ',sx.ee_mip[k]
1114  omit = False
1115  if not sx.ee_xref_bck.has_key( k ):
1116    r1 = sx.ee_mip[k][1]
1117    if r1 in ['','29'] or r1[:23] == 'Reference to literature' or r1[:15] == '(copied from 3D':
1118       print 'WARN.002.0003: dud record',sx.ee_mip[k], sx.ee_mip[k][-2][:4] 
1119       omit = True
1120    elif sx.ee_mip[k][-2][:4] == 'OMIP':
1121       print 'ERROR.002.0004: no back references %s' % str(sx.ee_mip[k])
1122    else:
1123      print 'ERROR.002.0003: no back references %s' % str(sx.ee_mip[k])
1124    kl = ['__none__',]
1125    vnam0 = ''
1126  else:
1127    kl = sx.ee_xref_bck[ k ]
1128    if len(kl) != 1:
1129      print 'ERROR.002.0001: multiple back references %s' % str(kl)
1130      #print sx.ee_mip[k]
1131    kv = kl[0]
1132    r = sx.eeold[kv]
1133    vnam0 = r[1]
1134    if vnam0[-4:] == "Clim":
1135      print 'error in xref back .... ',r
1136    kit = 0
1137    itl = []
1138    while r[8] not in [ '','null','Depricated'] and r[8][0] != '*':
1139      itl.append(r)
1140      if ee_mv0.has_key(r[8]):
1141        kv = ee_mv0[ r[8] ]
1142        r0 = r[:]
1143        r = sx.eeold[kv]
1144        if r[1] != vnam0:
1145          print 'WARN: CHANGE ',vnam0,kv,r,r0
1146      else:
1147        print 'ERROR.002.0002: ambiguous back reference: %s' % str(r)
1148      kit += 1
1149      assert kit < 5, 'Too many iterations: %s,\n%s' % (str(r),str(itl))
1150      if kit > 1:
1151        print 'WARNING.002.0001: chained reference: %s' % str(r)
1152    kl = [kv,]
1153  ##print 'INFO.999.00005: ',omit, rec
1154
1155  if not omit:
1156## count refs, for use in determining where to create group records ....
1157    tabuuidrefs[gpid] += 1
1158    if r[1] != vnam0:
1159      print 'INFO.0001.001: name change:',r,vnam0
1160    vdefex[k] = list(r) + [vnam0,] 
1161    if len( sx.ee_mip[k][:] ) != 24:
1162      print 'ERROR.015.0002: Bad record length %s: %s' % (k,sx.ee_mip[k])
1163
1164    rec = sx.ee_mip[k][:]  + [kl[0],gpid,rwix,p]
1165    if rec[21] == u'bsi' or rec[15] == u'bsi':
1166      print 'INFO.999.00001: ',[rec[i] for i in [15,21,22,25]]
1167    if v1 == 'clisccp':
1168      print 'INFO.clisccp.0002:', rec
1169    sh[k] = sx.ee_mip[k][:]  + [kl[0],gpid,rwix,ssect,p] 
1170    if kl[0] in sx.eeold and sx.eeold[kl[0]][1] == 'ch4Clim':
1171      print 'INFO.ch4Clim.0001: ',sh[k]
1172    if gpid not in rvguids:
1173        print 'ERROR.080.06006: Request variable group link broken:', sh[k]
1174 sh.close()
1175
1176 sha = shelve.open( 'dreq_consol_tables_reviewed_a_v%s' % vdate )
1177 shb = shelve.open( 'dreq_consol_tables_reviewed_b_v%s' % vdate )
1178 keys = shb.keys()
1179 keys.sort()
1180 k0 = []
1181 for k in shbx.revisedTabKeysff:
1182   bb = string.split(k, '.' )
1183   if len(bb) == 2:
1184     k0.append( tuple(bb) )
1185
1186 sh = shelve.open( '%s/revTabItems' % odir, 'n' )
1187 sh['__info__'] =  {'label':'revTabItems', 'title':'List of items in revised tables', 'description':"uuid (col 3) references an item in 'refTableItems'", 'prov':'from dreq_consol_tables_reviewed_b_v%s, cross-referenced with sx.ee_miptables_old' % vdate }
1188 sh['__cols__'] = ['var','table','mip','uuid','priority']
1189####
1190 dop = dopen('check3')
1191 kr = 0
1192 krn = 0
1193
1194 for m,t in k0:
1195  vars = shb[ '%s.%s' % (m,t) ]
1196  print 'INFO.003.0001: ',m,t, sorted( vars.keys() )[:3]
1197  ee = {}
1198  ff = {}
1199##
1200## inclusion of CFMIP here was an error ....
1201  if m in ["OMIP",'CFMIPx']:
1202    rk = '%s.%s' % (m,t)
1203  else:
1204    rk = 'CMIP5_%s' % t
1205
1206  if not sx.ee_miptables_old.has_key(rk):
1207     print 'ERROR.003.0002: key %s not found ' % rk
1208  else:
1209    for u in sx.ee_miptables_old[rk]:
1210      ee[ sx.ee_mip[u][21] ] = u
1211      if vdefex.has_key(u):
1212        if vdefex[u][1] != sx.ee_mip[u][21]:
1213          ff[vdefex[u][1]] = u
1214      ##if sx.ee_xref_bck.has_key(u):
1215
1216    for v0 in vars.keys():
1217      v = string.strip( v0 )
1218      r = sha['records'][vars[v0][0]]
1219      if not ee.has_key(v):
1220        if ff.has_key(v):
1221          print 'INFO ... rename found',v
1222          thisu = ff[v]
1223        elif v[:7] == 'include':
1224          thisu = '__inc__'
1225        else:
1226          thisu = None
1227          if sx.ee_byvar.has_key( v ):
1228             tabs = map( lambda x: sx.ee_mip[x][-2], sx.ee_byvar[v] )
1229             tbs = map( lambda x: string.split(x, '_' )[-1], tabs )
1230             cls = map( lambda x: string.split(x, '_' )[0], tabs )
1231             if t in tbs:
1232               cl0 = []
1233               for k in range(len(tbs)):
1234                 if tbs[k] == t:
1235                    cl0.append( cls[k] )
1236
1237               cl0.sort( psort().cmp )
1238               ix = tabs.index( '%s_%s' % (cl0[0],t) )
1239               print 'WARN.003.0001 var not found -- alternative table used [%s]: %s (%s, %s)' % (cl0[0],v,m,t)
1240               thisu = sx.ee_byvar[v][ix]
1241               
1242             ##print map( lambda x: sx.ee_mip[x][-2], sx.ee_byvar[v] )
1243          elif m in ['OMIP','CFMIP'] and gg.has_key(v):
1244            print 'INFO.003.00010: new %s var found: %s' % (m,v)
1245            thisu = '__new.%s__' % m
1246            krn += 1
1247            id =  str( uuid.uuid1() )
1248            dop.a[ '%s3' % string.lower( m ) ].write( string.join( [id,] + map(lambda x: r[x],[4,0,5,2,7]) + ['%s_%s' % (m,t),'mv.006.%4.4i' % krn], '\t' ) + '\n' )
1249         
1250          if thisu == None:
1251            print 'ERROR.003.0001 var not found: %s (%s, %s)' % (v,m,t)
1252            thisu = "__var_not_found__"
1253
1254          if m == 'OMIP':
1255            kr += 1
1256            sr =  map(str,r)
1257            dop.a['omip'].write( string.join( map(str,r), '\t' ) + '\n' )
1258            dop.a['omip2'].write( string.join( map(lambda x: str(r[x]),[4,0,5,2,7]) + ['%s_%s' % (m,t),'mv.005.%4.4i' % kr], '\t' ) + '\n' )
1259         
1260      else:
1261        thisu = ee[v]
1262      kv = str( uuid.uuid1() )
1263      if t == 'day_oth':
1264        print 'xxxxxx', v,t,m,r
1265      if v == 'clic':
1266        print 'INFO.clic.00002: ',v,t,m,thisu,v0,vars[v0]
1267      if v == 'tdps':
1268        print 'INFO.tdps.00002: ',v,t,m,thisu,v0,vars[v0]
1269      sh[kv] = [v,t,m,thisu,vars[v0][1]]
1270
1271        ### cmip5GroupCol[ gp ].append( (v1,k,p) )
1272 gpextra = []
1273 for gp in cmip5GroupCol.keys():
1274   for v,k,p in cmip5GroupCol[gp]:
1275     kv = str( uuid.uuid1() )
1276     rec = [v,gp,'CMIP5',k,int(p)]
1277     if gp == 'day_oth':
1278        print 'xxxxyy', rec, gp
1279     gpextra.append(rec)
1280     sh[kv] = rec[:]
1281 dop.close('omip',rename='omip.csv')
1282 dop.close('omip2',rename='omip2.csv')
1283 dop.close('omip3',rename='omip3.csv')
1284 sh.close()
1285
1286 sh = shelve.open( '%s/requestVarGroup' % odir )
1287## add OMIP (+ ....?)
1288 nomip = 0
1289 donomip = False
1290 if donomip:
1291  for k in shbx.tabuuid.keys():
1292   if k[0] != '_':
1293  ####cmip5tbs.append( [u,"CMIP6",k,"CMIP6 CMOR Table: %s" % k, "CMIP5", "CMIP5 MIP Table: %s" % k] )
1294     if tabuuidrefs[shbx.tabuuid[k]]  > 0:
1295        mip,tab = string.split( k, '.' )
1296        u = shbx.tabuuid[k]
1297        if mip in {u'OMIP', 'OMIP'}:
1298          lab = '%s-%s' % (mip,tab)
1299        else:
1300          lab = tab
1301        sh[u] = [u,mip,lab,"CMOR Table variant: %s" % k, "CMIP5Rev", k ]
1302####'OMIP', u'OMIP-fx', u'OMIP: OMIP-fx', 'CMIP5Rev', u'OMIP.fx'
1303        print 'INFO: ADDING GROUP: %s' % str(sh[u])
1304        nomip += 1
1305 sh.close()
1306 print nomip
1307
1308
1309 ##wb = utils_wb.workbook( 'CMIP6DataRequest_ConsolidatedExperiments_20151028.xls' )
1310 wb = utils_wb.workbook( 'CMIP6DataRequest_ConsolidatedExperiments_20160714.xls' )
1311 sht = wb.book.sheet_by_name( 'Experiments' )
1312 p = dreq_utils.prconsolexpt()
1313 p.parse(sht)
1314
1315## info about the deck to fill in.
1316 wb2 = utils_wb.workbook( 'CMIP6DataRequest_deckInfo.xls' )
1317 sht2 = wb2.book.sheet_by_name( 'Experiments' )
1318
1319## appends records to "p.records"
1320 p.parse(sht2)
1321
1322 sh = shelve.open( '%s/experiments' % odir, 'n' )
1323 sh['__info__'] = { 'label':'experiments', 'title':'Experiments', 'prov':'ConsolidatedExperiments' }
1324 sh['__cols__'] = ['uuid','egid','label','description','mip','mcfg','tier','nstart','starty','endy','yps','ensz','ntot','comment']
1325 ##['label','group','mip','description','modelClass','tier','nstart','starty','endy','yps','ensz','ntot','comment']
1326 eegg = {}
1327 eetm = collections.defaultdict( set )
1328 eent = collections.defaultdict( int )
1329 elabs = {}
1330 for r in p.records:
1331   u = str( uuid.uuid1() )
1332   gp = r[1]
1333   if not eegg.has_key(gp):
1334     eegg[gp] = str( uuid.uuid1() )
1335 
1336   if type( r[5] ) == type( 1 ):
1337     eetm[gp].add( r[5] )
1338   else:
1339     eetm[gp].add( r[5][-1] )
1340   try:
1341     eent[gp] += r[11]
1342   except:
1343     print 'SEVERE: failed to increment eent[%s]' % gp
1344     print r
1345     raise
1346     print 'SEVERE: failed to increment eent[%s]: % .... %:: %' % (gp,eent[gp],r[11],str(r))
1347   label = labcoerce( r[0], nodash=False )
1348   assert label not in elabs, 'Duplicate experiment label: %s\n%s\n%s' % (label,str(r),str(sh[elabs[label]]))
1349   elabs[label] = u
1350   oo = [u,eegg[gp],label]
1351   for j in [3,2,4,5,6,7,8,9,10,11,12]:
1352     oo.append( r[j] )
1353   sh[u] = oo[:]
1354 sh.close()
1355
1356 sh = shelve.open( '%s/exptGroups' % odir, 'n' )
1357 sh['__info__'] = { 'label':'exptGroups', 'title':'Experiment groups', 'prov':'ConsolidatedExperiments' }
1358 sh['__cols__'] = ['uuid','label','tiermin','ntot']
1359 for k in eegg.keys():
1360   if not eegg.has_key(gp):
1361     eegg[gp] = str( uuid.uuid1() )
1362 
1363   lab = labcoerce(k,nodash=True)
1364   oo = [eegg[k],lab,min(eetm[k]),eent[k]]
1365   sh[oo[0]] = oo[:]
1366 sh.close()
1367
1368print uidgen.keys()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.