source: CMIP6dreqbuild/trunk/srcMisc/sx2.py @ 547

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/exarch/CMIP6dreqbuild/trunk/srcMisc/sx2.py@547
Revision 547, 41.3 KB checked in by mjuckes, 5 years ago (diff)

updates to xlst etc

Line 
1
2##
3## still missing map from new groups to old table variables.
4## need a key lookup by variable in each table.
5##
6
7import collections, string, hashlib, uuid, os, sys
8import shelve
9import dreqSX as sx
10import dreq_utils
11import utils_wb
12from sets import Set
13odir = 'sh20150827'
14
15vdate = '20150907'
16if not os.path.isdir( odir ):
17  os.mkdir( odir )
18
19class uid1(object):
20  def __init__(self, uid=None):
21    if uid == None:
22      self.uid = str( uuid.uuid1() )
23    else:
24      self.uid = uid
25
26uidgen = collections.defaultdict( uid1 )
27
28def labcoerce(s):
29  s = string.replace(s, '.', '' )
30  s = string.replace(s, '+', '' )
31  s = string.replace(s, '/', ' ' )
32  s = string.replace(s, '--', '-' )
33  if string.find(s, '-' ) != -1:
34    s = string.replace(s, '-', ' ' )
35  if string.find(s, ' ' ) != -1:
36    s = string.replace( string.capwords( s ), ' ', '' )
37  return s
38
39sh1 = shelve.open( '%s/cmip5Groups' % odir, 'n' )
40##
41## list of CMIP5 tables which have groups
42##
43cmip5GroupsIx = set()
44##
45## dictionary, specifying group for each variable in table
46##
47cmip5GroupsIVAR = collections.defaultdict( dict )
48for k in sx.cmip5so.sop.keys():
49  sh1[k] = sx.cmip5so.sop[k][:]
50  cmip5GroupsIx.add( string.split( k, '_' )[0] )
51  for v in sx.cmip5so.sop[k]:
52    cmip5GroupsIVAR[ string.split( k, '_' )[0] ][v] = k
53sh1.close()
54#### 'uuid', 'mip', 'label','title','ref','refNote'
55####  i, "CMIP6",  key, ...., "CMIP5", ''
56cmip5tbs = []
57cmip5tbs0 = set()
58cmip5gps = []
59cmip5gplk = {}
60for k in sx.cmip5so.so.keys():
61  u = str( uuid.uuid1() )
62  cmip5gplk[k] = u
63  cmip5tbs0.add( k )
64  cmip5tbs.append( [u,"CMIP6",k,"CMIP6 CMOR Table: %s" % k, "CMIP5", "CMIP5 MIP Table: %s" % k] )
65
66for k in sx.cmip5so.sop.keys():
67  u = str( uuid.uuid1() )
68  cmip5gplk[k] = u
69  t,s = string.split( k, '_' )
70  assert sx.cmip5so.so.has_key(t), 'Table for group %s not found' % k
71  u2 = cmip5gplk[t]
72  cmip5gps.append( [u,u2,"CMIP6",k,"CMIP6 Variable Group: %s" % k, "CMIP5", "CMIP5 MIP Table section: %s" % k] )
73  u3 = str( uuid.uuid1() )
74### section link .... variables in sections are linked to a section which carries a link to the group.
75### request links can refer to a section or a group .....
76
77cmip5vgr = ['Omon','fx','Oyr','Oclim','Omon_3d','Omon_oth','Amon','Lmon','LImon','OImon','aero_3d','aero_oth','cfDay_2d','cfDay_3d','cfMon_3dstd','cfMon_3dmod','cfMon_2dmod','cfMon_sim','day_oth','day_ss','cfOff','cfSites','6hrLev','6hrPlev','3hr','cf3hr_grid','cf3hr_sim']
78ccmivgrdict = {'fixed':'fx','annual':'yr','monthly':'mon','daily':'day','hourly':'hr'}
79specsvgr =  ['fx','mon','day','6hr']
80
81ee_nv1 = collections.defaultdict( list )
82ee_var_nv1 = collections.defaultdict( list )
83ee_tabs = collections.defaultdict( list )
84ee_grps = collections.defaultdict( list )
85ee_usedVars = collections.defaultdict( list )
86
87kmap = { 'cfday':'cfDay', 'Limon':'LImon', 'CMIP5_Llmon':'CMIP5_LImon', 'CMIP5 day':'CMIP5_day', 'NEW':'new', 'New':'new', \
88         'CCMI monthly mean 3d':'CCMI1_monthly', \
89         'CCMI Daily zonal mean 2d':'CCMI1_daily', \
90         'CCMI monthly mean zonal mean 2d':'CCMI1_monthly', \
91         'PMIP-LImon':'PMIP_LImon', 'CMIP5 Amon':'CMIP5_Amon', 'CCMI monthly':'CCMI1_monthly', 'PMIP-OImon':'PMIP_OImon'}
92
93for k in sx.eenv.keys():
94  mip = string.strip(sx.eenv[k][1])
95  var = string.strip(sx.eenv[k][5])
96  uid = sx.eenv[k][-1]
97  ee_nv1[uid].append( k )
98  ee_var_nv1[var].append( k )
99  assert uid == k, 'mismatch in uid in record %s' % k
100
101def tabref1( ti ):
102  if ti == 'new BUT':
103    return 'CMIP5_Lmon'
104  elif ti == 'new':
105    return 'new'
106  else:
107    return ti
108
109for k in sx.ee0.keys():
110  r = sx.ee0[k]
111  mip = r[10]
112  assert mip == r[-3],'Double check failed'
113  tab = r[2]
114  grp = r[0]
115  thistab = tabref1(tab)
116  ##ee_tabs[tab].append(k)
117  ee_tabs[thistab].append(k)
118  ee_grps[grp].append(k)
119
120
121import sys
122
123kf = []
124kfn = []
125kfxx = []
126kfgp = []
127knf = []
128kmapmap = {}
129for k in ee_tabs.keys():
130  k1 = kmap.get( k,k)
131  if string.find( k1, ' ' ) != -1:
132    k2 = string.split(k1)[0]
133  else:
134    k2 = k
135
136  k2 = kmap.get( k2,k2)
137
138  if k2 in ['new','']:
139     kfn.append(k)
140     kmapmap[k] = 'new'
141  elif sx.ee_miptables_old.has_key(k2):
142     kf.append(k)
143     kmapmap[k] = k2
144  elif ee_grps.has_key(k2):
145     kfgp.append(k)
146     kmapmap[k] = k2
147  else:
148    if sx.ee_miptables_old.has_key('CMIP5_%s' % k2 ):
149      kfxx.append(k)
150      kmapmap[k] = 'CMIP5_%s' % k2
151    else:
152      knf.append(k)
153
154thisd = {}
155print 'Missing groups'
156for k in knf:
157  thise = collections.defaultdict( int )
158  for k2 in ee_tabs[k]:
159    thise[sx.ee0[k2][12-2]] += 1
160  keys = thise.keys()
161  keys.sort()
162  thisd[k] = keys[:]
163  print 'ERROR.020.0001: Missing Group: %s :: %s' % (k, keys)
164   
165### look for new variables in variable groups.
166class d1(object):
167  def __init__(self):
168    self.d = collections.defaultdict( list )
169    self.onItemNotFound = 'error'
170
171  def keys(self):
172    return self.d.keys()
173
174  def __setitem__(self,k,v):
175    self.d[k].append(v)
176
177  def __itemNotFound__(self,k):
178    if self.onItemNotFound == 'error':
179      raise  KeyError( 'Key %s not found in dictionary keys' % k)
180   
181  def __getitem__(self,k):
182    if self.d.has_key(k):
183      return self.d[k]
184    else:
185      return self.__itemNotFound__(k)
186
187## look up table, giving uuid from old mip tables for each mip, var combination.
188mvlookup = collections.defaultdict( d1 )
189mvlookup2 = collections.defaultdict( list )
190
191ee_unusedVars = []
192nok = 0
193nn = 0
194ee0_null = collections.defaultdict( list )
195ee0_xref = collections.defaultdict( list )
196ee0_xref_old = collections.defaultdict( list )
197for t in sx.ee_miptables_old.keys():
198  for u in sx.ee_miptables_old[t]:
199    v1 = sx.ee_mip[u][15]
200    v2 = sx.ee_mip[u][21]
201    if v2 != '':
202      vid = v2
203    else:
204      vid = v1
205    mvlookup[t].d[vid].append( u )
206
207for u in sx.eeold.keys():
208  mvlookup2[sx.eeold[u][1]].append(  u )
209
210##for k in kfn:
211  ##for u in ee_tabs[k]:
212
213
214## ee0_xref values are values of ee_var_nv1
215for u in sx.ee0.keys():
216    var = string.strip(sx.ee0[u][1])
217    tab =  kmapmap.get(tabref1(sx.ee0[u][2]), None )
218    if ee_var_nv1.has_key(var):
219      nok += 1
220      ee_usedVars[var].append( u )
221## reference to kex in eenv
222      ee0_xref[u] += ((0,ee_var_nv1[var] ),)
223    elif ee_var_nv1.has_key(var + "**"):
224      nok += 1
225      ee_usedVars[var].append( u )
226      ee0_xref[u] += ((0,ee_var_nv1[var + "**"] ),)
227    else:
228      ok = False
229      if mvlookup.has_key(tab):
230        if mvlookup[tab].d.has_key( var ):
231          ul = mvlookup[tab].d[var]
232          if len(ul) > 1:
233            print 'ERROR.001.011: variable %s has multiple entries %s' % (var,tab)
234          ee0_xref[u] += ((1,[ul[0],]),)
235          ok = True
236        else:
237          emsg = '.001.010: variable %s not found in %s' % (var,tab)
238      else:
239          emsg = '.001.012: [%s] table not found: %s' % (var,tab)
240
241      if not ok:
242        if mvlookup2.has_key( var ):
243          if len( mvlookup2[var] ) == 1:
244             ee0_xref[u] += ((2,[mvlookup2[var][0],]),)
245             ok = True
246             print 'WARN' + emsg + ' [alternative found]'
247          else:
248            print 'ERROR' + emsg
249
250      if not ok:
251        print 'ERROR.090.077000:',tab,sx.ee0[u]
252        ee0_xref[u] += ((-1,['__var_not_found_012__',]),)
253 
254        if ( len(sx.ee0[u][1]) > 0 and sx.ee0[u][1][0] == '#' ) or ( len(sx.ee0[u][0]) > 0 and sx.ee0[u][0][0] == '#' ):
255          ee0_null[u].append( '# comment' )
256        elif ( len(sx.ee0[u][0]) > 5 and sx.ee0[u][0][:4] == 'PMIP' ) and ( sx.ee0[u][1] in ['','*'] ):
257          ee0_null[u].append( 'PMIP bulk copy' )
258        elif len(sx.ee0[u][1]) == 0 and  len(sx.ee0[u][2]) == 0:
259          ee0_null[u].append( 'comment' )
260        else:
261          nn += 1
262          ee_unusedVars.append((u,var))
263   
264print nn, nok
265nok = 0
266nn = 0
267thise1 = []
268uclear = {}
269### run through CMIP5 variables which are modified, re-used etc in new CMIP6 groups.
270### 43 not found .... as above .....
271for k in kf + kfxx:
272  k2 = kmapmap[k]
273  for u in ee_tabs[k]:
274    var = string.strip(sx.ee0[u][1] )
275    if not var in sx.ee_miptables_vars_old[k2]:
276       print 'ERROR.0001.002: variables in sx.ee0 [new groups] not found: ',k,var,sx.ee0[u]
277       nn += 1
278    else:
279       ee_usedVars[var].append( u )
280
281    ok = False
282    if sx.ee_ovars_old.has_key('%s.%s' % (k2,var)):
283      uclear[u] = sx.ee_ovars_old['%s.%s' % (k2,var)]
284      ok = True
285    elif sx.ee_ovars_old.has_key('%s.%s**' % (k2,var)):
286      uclear[u] = sx.ee_ovars_old['%s.%s**' % (k2,var)]
287      ok = True
288    elif len(string.split( k, ' ')) > 1:
289      bits = string.split( k, ' ')
290      v1 = string.strip(bits[1])[1:-1]
291      if sx.ee_ovars_old.has_key('%s.%s' % (k2,v1)):
292        uclear[u] = sx.ee_ovars_old['%s.%s' % (k2,v1)]
293        ok = True
294     
295    if not ok:
296      thise1.append((u,k2,var))
297       ##ee0_xref_old[u]
298
299ee_mv0 = {}
300ee_mv1 = {}
301ee_mv2 = {}
302ee_mv3 = {}
303for k in sx.eeold.keys():
304  k1 = sx.eeold[k][7]
305  assert k1[:3] == 'mv.', 'Key not in correct syntax: %s' % k1
306  ee_mv0[k1] = k
307  k2 = sx.eeold[k][8]
308  if k2 != "":
309    if k2 in ["*omit",'null','Depricated']:
310      if k2 in ["*omit",'Depricated']:
311        ee_mv3[ k1 ] = k2
312    else:
313      starflag = False
314      if k2[0] == '*':
315        k2 = k2[1:]
316        starflag = True
317      assert k2[:3] == 'mv.', 'target key not in correct syntax: %s' % k2
318      if starflag:
319        ee_mv2[k1] = k2
320      else:
321        ee_mv1[k1] = k2
322
323for k in ee_mv1.keys():
324  assert ee_mv0.has_key(k), 'key cross-ref not found: %s' % k
325
326ll_ov = []
327for k in ee_mv0.keys():
328  if not (ee_mv3.has_key(k) or ee_mv1.has_key(k)):
329    ll_ov.append( ee_mv0[k] )
330print 'Number of old variables: %s [%s]' % (len(ll_ov), len(ee_mv0.keys()) )
331print len(sx.eenv.keys())
332print "Number of new variables: %s" % ( len(sx.eenv.keys()) )
333##
334## extract variable name, units, standard name, long name, comment
335nt_vrecix = collections.namedtuple( 'vrecix', ['v','u','s','l','c'] )
336vrecix_new = nt_vrecix._make( (5,9,6,10,11) )
337vrecix_old = nt_vrecix._make( (1,5,3,2,4) )
338
339nnf = 0
340nnm = 0
341nno = 0
342for k in sx.ee_mip.keys():
343   t = map( lambda x: sx.ee_mip[k][x], [15,10,8,1,17] )
344   h = hashlib.md5(string.join(t) ).hexdigest()
345   if not sx.ee_xref_bck.has_key(k):
346     r1 = sx.ee_mip[k][1]
347     if r1 in ['','29'] or r1[:23] == 'Reference to literature' or r1[:15] == '(copied from 3D':
348       print 'WARN.002.0010: dud record',sx.ee_mip[k], sx.ee_mip[k][-2][:4] 
349     else:
350       print 'ERROR.002.0010: missing back reference',sx.ee_mip[k], sx.ee_mip[k][-2][:4] 
351       nnf += 1
352   elif len(sx.ee_xref_bck[k]) > 1:
353     nnm += 1
354     print 'ERROR.0001.001: #################################'
355     print sx.ee_mip[k]
356     for k2 in sx.ee_xref_bck[k]:
357       print sx.eeold[k2]
358
359print '#### Number of missing back references: %s (%s)' % (nnf,nno)
360   
361
362class dopenxx(object):
363  def __init__(self):
364    self.fn = 'xx_%s' % str( uuid.uuid1() )
365    self.oo = open('%s/%s' % (self.odir,self.fn), 'w' )
366  def write(self,x):
367    self.oo.write(x)
368  def close(self,rename=None):
369    self.oo.close()
370    if rename != None:
371      os.rename( '%s/%s' % (self.odir,self.fn), '%s/%s' % (self.odir,rename) )
372
373class dopen(object):
374  def __init__(self,odir='./'):
375    if not os.path.isdir(odir):
376      os.mkdir(odir)
377    self.odir = odir
378    self.a = collections.defaultdict( self.ClassFact() )
379  def close(self,k,rename=None):
380    if self.a.has_key(k):
381      self.a[k].close(rename=rename)
382      self.a.__delitem__(k)
383
384  def ClassFact(self):
385     class dopenyy(dopenxx):
386       """Inherits all methods from dreqItemBase"""
387
388     dopenyy.odir = self.odir
389     return dopenyy
390print 'INFO 001 ##################',nnf, nnm
391
392##sh = shelve.open( 'shelve_vars' )
393sh = shelve.open( '%s/cmipVars' % odir, 'n' )
394sh['__info__'] = { 'label':'cmipVars', 'title':'CMIP variables', 'prov':'sx.eenv and sx.eeold' }
395sh['__cols__'] = ['label','title','sn','units','description','procnote','procComment','prov','priority0','realm0']
396
397ee = {}
398for k in sx.eenv.keys():
399  this = nt_vrecix._make( map( lambda x: sx.eenv[k][x], vrecix_new ) )
400  ##sh[k] = { 'label':this.v, 'title':this.l, 'sn':this.s, 'units':this.u, 'description':this.c, 'procnote':'', 'procComment':'','prov':'CMIP6 endorsement' }
401  prov = 'CMIP6 endorsement [%s]' % sx.eenv[k][1]
402  sh[k] = [ this.v, this.l, this.s, this.u, this.c, '', '',prov, sx.eenv[k][0], sx.eenv[k][8] ]
403  ee[this.u] = k
404  if this.u == 'atmos':
405     print 'ERROR: bad units',k, sx.eenv[k]
406print '################################### var units #################'
407print ee.keys()
408print '##########################################################'
409
410nk = 0
411for k in ll_ov:
412  this = nt_vrecix._make( map( lambda x: sx.eeold[k][x], vrecix_old ) )
413  ##sh[k] = { 'label':this.v, 'title':this.l, 'sn':this.s, 'units':this.u, 'description':this.c, 'procnote':'', 'procComment':'','prov':sx.eeold[k][6]}
414  if this.v in sx.cmip5ByVar.keys():
415    s = set()
416    for t in sx.cmip5ByVar[this.v]:
417      s.add( sx.cmip5so.so[t].a[this.v][18] )
418    s = list(s)
419    rlm0 = string.join( s )
420  elif this.v in sx.eenvo:
421    rlm0 = sx.eenvo[this.v][0][8]
422    print 'INFO.llll: using eenvo .....',this.v
423  else:
424    rlm0 = '__na__'
425     
426  sh[k] = [ this.v, this.l, this.s, this.u, this.c, '', '',sx.eeold[k][6], 101, rlm0 ]
427  nk += 1
428
429print len( sx.eenv.keys() ) + len(ll_ov), len( sh.keys() ),  len( sx.eenv.keys() )
430sh.close()
431 
432###
433###  shelve contains 1682 variables, of which 561 are new.
434###
435   
436### have lost somewhere the var/cmor var distinction. E.g. hfibthermds/hfibthermds2d  --- 2 CMOR variable names with a single output variable name.
437### But this will not be in the physical variable -- so should come in the output variable record.
438
439class c1(object):
440  def __init__(self):
441    self.d = collections.defaultdict( int )
442class c2(object):
443  def __init__(self):
444    self.d = collections.defaultdict( list )
445ee = collections.defaultdict( int )
446ff = collections.defaultdict( c1 )
447#count different shapes:
448blk = collections.defaultdict( c2 )
449for k in sx.ee0.keys():
450  ee[sx.ee0[k][5]] += 1
451  ff[sx.ee0[k][5]].d[sx.ee0[k][10]] += 1
452  blk[sx.ee0[k][5]].d[sx.ee0[k][10]].append(k)
453keys = ee.keys()
454keys.sort()
455print keys
456#######################################
457eeo = collections.defaultdict( int )
458ffo = collections.defaultdict( c1 )
459#count different shapes:
460hdims = [ 'latitude','longitude']
461vdims = [ 'alevel','alevhalf', 'olevel', 'rho', 'alt40', 'location', 'plev','alev1', 'plev3', 'plev7', 'plev8', 'plevs', 'sdepth']
462
463catdims = ['site', 'basin', 'oline', 'dbze', 'scatratio', 'sza5', 'tau', 'vegtype', 'vgidx']
464tdims = ['time','time1','time2']
465
466knowndims = hdims + vdims + catdims + tdims
467
468nsmap = {'':'MISC...', u'XYZKT':'lon.lat.ATMOS.other.time', u'XKT':'PMIP....', u'4-element vector':'..transsi.time', u'KZT':'RFMIP...', u'2D vector field':'lon.lat..sithick.time', u'XYZ':'lon.lat.olevel..time', u'XYZT':'lon.lat.ATMOS..time', u'2D':'SIMIP ... (xYT?)', u'scalar':'?...', u'XY':'FAFMIP, ISMIP6....', u'YZT':'MISC....', u'XYKT':'lon.lat..other.time', u'XYT':'lon.lat...time', u'ZST1':'..alevel.site.time', u'?':'PMIP', u'BasinYT':'.lat..basin.time'}
469## XYZ: this occurs only in FAFMIP
470## XYZT:  {'C4MIP': 80, 'PMIP': 10, 'RFMIP': 3, 'CFMIP': 19, 'LS3MIP': 8, 'GeoMIP': 1, 'HighResMIP': 82}
471##   need to follow up on what is vertical.  # of levels is captured in most cases.
472##   PMIP: email sent -- 29th June : some ocean, some atmos
473##   LS3MIP: soil or snow layers,
474## RFMIP: all levels.
475## XYZKT: CFMIP  -- K has various forms.
476## XKT: PMIP  -- salt transport -- should be lat-basin-time?
477## blank:  {'LUMIP': 40, 'PMIP': 11, 'RFMIP': 4, 'HighResMIP': 11, 'FAFMIP': 3, 'DynVar': 10}
478#-----  RFMIP: scalar .... email sent -- these ar OfflineRad varibles.
479#-----  LUMIP: XYT
480#-----  PMIP: occurs in bulk copy requests .....
481#-----  HighResMip: occurs in comment lines
482#-----  FAFMIP: occurs in comment lines
483#-----  DynVar: probably XYZT -- need to check whether on model or pressure levels.
484## YZT: 'DAMIP': 4, 'VolMIP': 2, 'HighResMIP': 10, 'SolarMIP': 4
485# ----  DAMIP: zonal mean, 17 or 23 levels (pressure) ..
486# ----  VolMIP: zonal mean, all levels
487# ----  HighResMIP: zonal mean, 36 levels
488# ----  SolarMIP: zonal mean, 17 or 23 levels.  (withdrawn and merged with DAMIP ....).
489## scalar: 'ISMIP6': 8, 'SIMIP': 6
490##  --> to KT, with K set to icesheet/hemisphere
491## ----- SIMIP: time (monthly)
492## '?': PMIP, for variables specified in C4MIP.
493##
494
495ed = collections.defaultdict( c1 )
496for k in sx.ee_mip.keys():
497  dl = sx.ee_mip[k][-1]
498  if dl == 's|c|a|l|a|r':
499     dl = 'scalar'
500  dd = string.split( dl, '|' )
501  for d in dd[:-1]:
502   
503    ed[d].d[dd.index(d)] += 1
504  ed[dd[-1]].d['f'] += 1
505  eeo[sx.ee_mip[k][-1]] += 1
506  ffo[sx.ee_mip[k][-1]].d[sx.ee_mip[k][-2]] += 1
507keys = eeo.keys()
508keys.sort()
509
510nkn = []
511for k in ed.keys():
512  if k not in knowndims:
513    nkn.append(k)
514nkn.sort()
515
516presetlinks = {}
517shlnks = shelve.open( '%s/requestLinks_tmp' % odir, 'r' )
518for k in shlnks.keys():
519  if k[0] != '_':
520    if shlnks[k][9] > -1:
521      print 'INFO.aaa.00001: Priority reset ',shlnks[k]
522      presetlinks[ '%s.%s' % (shlnks[k][1],shlnks[k][2]) ] = shlnks[k][9]
523##
524## read in provisional request groups --- based on request scoping sheet
525##
526shrvg = shelve.open( '%s/requestVarGroup_tmp' % odir, 'r' )
527eervg = collections.defaultdict( list )
528##
529## construct look-up by label
530##
531for k in shrvg.keys():
532  if k[0] != '_':
533    ##assert not eervg.has_key( shrvg[k][2] ), 'Duplicate rvg: %s' % shrvg[k][2]
534    eervg[shrvg[k][2]].append( k )
535     
536
537sh = shelve.open( 'dreq_consol_tables_reviewed_b_v%s' % vdate, 'r' )
538revTabIds = Set( sh.keys()[:] )
539sh.close()
540
541## parse 1
542ee0_p1 = {}
543ee0_gp = collections.defaultdict( d1 )
544st1 = set()
545for k in sx.ee0.keys():
546  r = list(sx.ee0[k][:] )
547  if r[1] != '' and r[1][0] != '#':
548    if ee0_xref.has_key(k):
549      r1 = ee0_xref[k]
550      assert len(r1) == 1, 'FATAL:001.0001: unexpected duplicate cross ref, %s   %s %s' % (k,str(r1),str(r) )
551      assert len(r1[0][1]) == 1, 'FATAL:001.0002: unexpected duplicate cross ref, %s   %s %s' % (k,str(r1),str(r) )
552      r += [r1[0][0],r1[0][1][0]]
553    else:
554      r += [-1,'__none__']
555    ee0_p1[k] = r[:]
556    ee0_gp[r[0]][r[10]] = k
557    st1.add( r[10] )
558    if r[0] == '':
559       print '################'
560       print r
561
562
563assert 'CFMIP' in st1, 'FAILED sanity check 1 ... CFMIP not in st1 %s' % str(st1)
564assert len( list(st1) ) < 40, 'FAILED sanity check 2 ... too many items in st1 [should be list of MIPs] %s' % len(list(st1))
565print '###################   groups referenced from new groups sheets'
566print ee0_gp.keys()
567k1 = ee0_gp.keys()
568k1.sort()
569kmapk1 = {}
570for k in k1:
571  assert len(ee0_gp[k].keys()) in  [0,1], 'Multiple references to %s' % k
572  for k2 in ee0_gp[k].keys():
573    if eervg.has_key( '%s.%s' % (k2,k) ):
574      kmapk1[k] = ('%s.%s' % (k2,k),'newGp')
575    else:
576      kmapk1[k] = ('%s.%s' % (k2,k),'unresolved')
577
578gpids = []
579for k in kmapk1.keys():
580  gpids.append(kmapk1[k][0])
581kmapk2 = {}
582
583mmmm = [('C_OceanT1', 'C_Ocean_T1'), ('C_OceanT2', 'C_Ocean_T2'), ('3hr_extreme','3hr_extr'), ('Amon_extreme','Amon_ext'), \
584        ('Amon_convection','Amon_conv'), ('L3hr','L_3hr'), ('LEday','L_day'), ('DYNVAR_day','DYVR_daily') ]
585mmmm = [('C_OceanT1', 'C_Ocean_T1'), ('C_OceanT2', 'C_Ocean_T2'), ('3hr_extreme','3hr_extr'), ('Amon_extreme','Amon_ext'), \
586        ('Amon_convection','Amon_conv'), ('L3hr','L_3hr'), ('DYNVAR_day','DYVR_daily') ]
587kmap000 = {}
588for t in mmmm:
589  kmap000[t[0]] = t[1]
590
591##
592## check links from variable output specs to group.
593## need to identify what is meant by group labels in "Request Scoping" -- now in eervg.keys()
594##
595## 29th July: loosing some links for groups of revised table items ....
596##
597## these are the reviewed cmip5 standard output tables.
598##
599tabuuidrefs = collections.defaultdict( int )
600
601###
602### get some tables for looking up links from shelve
603###
604shbx = dreq_utils.parseShb(vdate,sx,cmip5gplk)
605
606
607gpids = gpids + shbx.revisedTabKeysff
608ks = eervg.keys()
609ks.sort()
610for k0 in ks:
611  a,b = string.split(k0,'.')
612  if kmap000.has_key(b):
613    k = '%s.%s' % (a,kmap000[b])
614  else:
615    k = k0
616  ok = False
617  if b[:5] == 'CCMI1':
618    b1,b2 = string.split(b, '_' )
619    if ccmivgrdict.has_key( b2):
620      ok = True
621      kmapk2[k0] = ('CCMI',b2)
622  elif b[:5] == 'SPECS':
623    b1,b2 = string.split(b, '_' )
624    if b2 in specsvgr:
625      ok = True
626      kmapk2[k0] = ('SPECS',b2)
627    elif b2 == 'Amon':
628      kmapk2[k0] = ('SPECS','mon')
629      ok = True
630  if not ok:
631    if k in gpids:
632    ## print 'OK1: ',k
633      kmapk2[k0] = ('new',k)
634      ok = True
635    elif a in ['LUMIP','LS3MIP']:
636      tk = 'C4MIP.%s' % kmap000.get(b,b)
637      if tk in gpids:
638        kmapk2[k0] = ('new',tk)
639        ok = True
640    elif a in ['VolMIP','DAMIP']:
641      tk = 'DynVar.%s' % kmap000.get(b,b)
642      if tk in gpids:
643        kmapk2[k0] = ('new',tk)
644        ok = True
645  if not ok:
646## revTabIds has table names, revGpIds has group names
647    if k in revTabIds or k in shbx.revGpIds:
648      if k in shbx.revGpIds:
649         print 'OK2: ',k
650      kmapk2[k0] = ('CMIP5Rev',k)
651    else:
652      if b in cmip5vgr:
653        kmapk2[k0] = ('CMIP5',b)
654      elif b in cmip5tbs0:
655        kmapk2[k0] = ('CMIP5',b)
656      else:
657        print 'WARN.080.09001: nomap for ',b,k
658        kmapk2[k0] = ('nomap',k)
659   
660print '###############################################################'
661print '###############################################################'
662##
663## following list currently contains separate entries for group references from different MIPs --- want to have a single one
664## here, and multiple references to it ...
665##
666rvgref2 = collections.defaultdict( list )
667lookup1a = collections.defaultdict( d1 )
668lookup1b = {}
669lookup1 = collections.defaultdict( d1 )
670lookup2 = collections.defaultdict( d1 )
671import sx2_extra as sx2e
672rvguids = set()
673#### prepare for requestVarGroup ###########
674## C4MIP-OceanT2        C4MIP: C4MIP-OceanT2    C4MIP   new     C4MIP.C_Ocean_T2
675## label title mip ref refNote
676
677####
678#### reconfigure to uuid, mip, label (no "."), title, class, refNote
679#### for "ttt==new", use sx2e.ngmap( kkk ) to give labels, keep kkk as refNote, ttt --> class
680###
681### lookup1: constructed from requestVarGroup list
682for k in shrvg.keys():
683  if k[0] != '_':
684    id0 = shrvg[k][2]
685    ttt,kkk = kmapk2[id0]
686    lookup1a[ttt].d[kkk].append(k)
687    if ttt == 'new':
688      rvgref2[kkk].append( shrvg[k][0] )
689
690for k in lookup1a.keys():
691  for k2 in lookup1a[k].d.keys():
692    id0 = lookup1a[k].d[k2][0]
693    id =  str( uuid.uuid1() )
694    lookup1[k].d[k2].append( id)
695    lookup1b[id0] = id
696
697###
698## add cmip5tbs to lookup, so that these will be picked up in links from "rqeuestLinks"
699for g in cmip5tbs:
700  ####cmip5tbs.append( [u,"CMIP6",k,"CMIP6 CMOR Table: %s" % k, "CMIP5", "CMIP5 MIP Table: %s" % k] )
701  k = g[2]
702  u = g[0]
703  lookup1['CMIP5'].d[k] = [u,]
704 
705### shlnks carries the "request scoping rows" ###
706ndup = 0
707for k in shlnks.keys():
708  thistr = False
709  if k[0] != '_':
710    if shlnks[k][9] > -1:
711      print 'INFO.aaa.00001: Priority reset ',shlnks[k]
712    if shlnks[k][2][-4:] == '_oth':
713      thistr = True
714    k1 = '%s.%s' % (shlnks[k][1],shlnks[k][2])
715    if thistr:
716      print k1
717    assert kmapk2.has_key(k1), 'Key missing  %s, %s' % (k,k1)
718    if not kmapk2.has_key(k1):
719      pass
720      #print '###########',shlnks[k]
721    else:
722      ttt,kkk = kmapk2[k1]
723      id = lookup1[ttt].d[kkk][0]
724      if thistr:
725         print ttt,kkk,id
726    if id == k:
727      print '***DUPLICATE:',k,k1, ttt, kkk, lookup1[ttt].d[kkk]
728      ndup += 1
729
730assert ndup==0, ndup
731
732tmp = collections.defaultdict( list )
733for k in lookup1.keys():
734  for k2 in lookup1[k].d.keys():
735    if k2 in presetlinks:
736      print 'INFO.aaa.00200: preset refound,', k2
737    for idi in lookup1a[k].d[k2]:
738      id = lookup1[k].d[k2][0]
739    ####idi = lookup1a[k].d[k2][0]
740      id0 = shrvg[idi][2]
741      mip = shrvg[idi][1]
742      ttt,kkk = kmapk2[id0]
743      cls = k
744      assert  cls == k, 'Mismatch in lookup1'
745      refNote = k2
746      kl = 0
747      lab = '__unset__'
748    ##print k2, cls
749      if cls == 'new':
750        if kkk in shbx.revisedTabKeys:
751          lab = kkk
752          cls = 'rev'
753          lab = string.replace( kkk, '.', '-' )
754          kl = 1
755        else:
756          if not sx2e.ngmap.has_key(kkk):
757            print 'ERROR.002.0001: key %s not found' % kkk
758          else:
759            lab = sx2e.ngmap[kkk]
760            kl = 2
761      elif cls == 'CMIP5':
762        lab = string.replace( k2, '_', '-' )
763        kl = 3
764      elif cls in ['CMIP5Rev','rev']:
765        lab = string.replace( k2, '.', '-' )
766        kl = 4
767      elif cls == 'nomap':
768        lab = string.replace( k2, '.', '-' )
769        kl = 5
770        lab = string.replace( lab, '_', '-' )
771      else:
772        lab = '%s-%s' % (mip,k2)
773        kl = 6
774      if sx2e.r1.match( lab ) == None:
775        print 'NON_COMPLIANT label', lab,k2, cls
776      rec, sup = ([id,mip,lab,'%s: %s' % (mip,lab), cls, refNote],[ttt,kkk])
777      if string.find( string.join( rec ), '__unset__' ) != -1:
778         print 'INFO.ppp.00003: ',rec, sup, lab,k2, cls, kl
779      if refNote == 'C4MIP.Lmon':
780        print 'WARN.051.00001: ',rec,sup, lab,k2, cls, kl
781##['6a7ed72e-98d7-11e5-9c3a-ac72891c3257', 'LUMIP', u'C4MIP-Lmon', u'LUMIP: C4MIP-Lmon', 'rev', u'C4MIP.Lmon'] ['new', u'C4MIP.Lmon'] C4MIP-Lmon C4MIP.Lmon rev 1
782      tmp[id].append(  (rec, sup) )
783
784sh = shelve.open( '%s/requestVarGroup' % odir, 'n' )
785sh['__info__'] = { 'label':'requestVarGroup', 'title':'Identify variable groups' }
786sh['__cols__'] = [ 'uuid', 'mip', 'label','title','ref','refNote']
787sss = collections.defaultdict( list )
788for id in tmp.keys():
789  dosh = False
790  trc = '>'
791  if len(tmp[id]) == 1:
792    rec,sup = tmp[id][0]
793    dosh = True
794    tr = 1
795  else:
796    s = {tuple(sup) for rec,sup in tmp[id]}
797    if len(s) == 1:
798      rec,sup = tmp[id][0]
799      dosh = True
800      tr=2
801    else:
802      tr=3
803      print 'ERROR.070.0020: ambiguous variable groups '
804      for l in tmp[id]: 
805        print l
806  if sup[0] not in ['new','CMIP5Rev']:
807      ttt, kkk = sup
808      lab = '%s-%s' % (ttt,kkk)
809      cls, refNote = rec[-2:]
810      rec = [id,ttt,lab,'%s: %s' % (ttt,kkk), cls, refNote]
811      print 'INFO:070.0001: modifying record: %s  --> %s' % (mip,ttt)
812      tr += 0.5
813      trc += 'mod:'
814  kc = '%s.%s' % (rec[-2],rec[-1])
815  if rec[-2] == 'CCMI':
816    kc = '%s1.%s' % (rec[-2],rec[-1])
817    print 'WARN.080.08100: adjusting CCMI  to CCMI1: ',rec
818  if kc == 'SPECS.6hr':
819     print kc, rec, tr
820  if kc[:4] == 'CCMI':
821     print 'INFO.cccc: ',rec
822  sss[kc].append( id )
823  rvguids.add( rec[0] )
824  uidgen[ kc ] = uid1(uid=rec[0])
825
826  if rec[3] in ['CMIP6 CMOR Table: Oyr',]:
827     print 'INFO.ppp.00001: omitting ',rec
828  else:
829    sh[rec[0]] = rec
830
831a = {k for k in sss.keys() if len(sss[k]) > 1}
832if len(a) > 0:
833  for k in a:
834    print 'SEVERE.090.0001: ',k,sss[k]
835
836##
837## appears to have become redundant
838##
839dosi = False
840if dosi:
841  for k in ['seaiceday', 'seaicemon']:
842    id =  str( uuid.uuid1() )
843    mip = 'SIMIP'
844    lab = '%s-%s' % (mip,k)
845    title = '%s: %s' % (mip,k)
846    cls = 'newOrp'
847    refNote = '%s.%s' % (mip,k)
848    rvguids.add( id )
849    sh[id] = [id,mip,lab,title, cls, refNote]
850    lookup1[cls].d[refNote].append(id)
851     
852## add CMIP5 groups .........
853for g in cmip5tbs:
854  kc = '%s.%s' % (g[-2],g[-1])
855  sss[kc].append( g[0] )
856  rvguids.add( g[0] )
857  if g[3] in ['CMIP6 CMOR Table: Oyr',]:
858     print 'INFO.ppp.00002: omitting ',g
859  else:
860    sh[g[0]] = g[:]
861sh.close()
862
863##############################################
864a = {k for k in sss.keys() if len(sss[k]) > 1}
865if len(a) > 0:
866  for k in a:
867    print 'SEVERE.090.0002: ',k,sss[k]
868##############################################
869
870sh = shelve.open( '%s/requestVarSections' % odir, 'n' )
871sh['__info__'] = { 'label':'requestVarGroup', 'title':'Identify variable groups' }
872sh['__cols__'] = [ 'uuid', 'gpid', 'mip', 'label','title','ref','refNote']
873## add CMIP5 groups .........
874for g in cmip5gps:
875  sh[g[0]] = g[:]
876sh.close()
877########
878######## this does not work .... the variables need to be added to "revTabItems", with link to variable group associated with the CMIP5 group.
879######## latter should be available through "CMIP5-Omon_3d" etc....:w
880
881##
882
883err001 = collections.defaultdict( int )
884sh = shelve.open( '%s/groupItems' % odir, 'n' )
885sh['__info__'] =  {'label':'groupItems', 'title':'List of items in new groups', 'description':"New groups" }
886##(u'DYVR_daily', u'utendnogw', '', u'daily', '', '', '', '', '', u'DynVar', 'DynVar', '772da0b6-25b6-11e5-8cf6-ac72891c3257')
887sh['__cols__'] = ['group','var','table','freq','', 'shape', '', '', '','mip','mip?','uuid','rowIndex','new','gpid','vkey','vid']
888for k in ee0_p1.keys():
889    kkk = '%s.%s' % (ee0_p1[k][10],ee0_p1[k][0])
890    ##if not sx2e.ngmap.has_key(kkk):
891    if lookup1['new'].d.has_key(kkk):
892       id = lookup1['new'].d[kkk][0] 
893    elif lookup1['newOrp'].d.has_key(kkk):
894       id = lookup1['newOrp'].d[kkk][0] 
895    else:
896       id = None
897       err001[kkk] += 1
898    r = ee0_p1[k][:]
899    if id != None:
900      r[-2] = 1
901      r[-1] = id
902    else:
903      r[-2] = -1
904      r[-1] = '__none__'
905    t = ee0_xref[k][0]
906    r += [t[0],t[1][0]]
907    sh[k] = r[:]
908sh.close()
909
910sh = shelve.open( '%s/requestLinks' % odir, 'n' )
911sh['__info__'] = { 'label':'requestLinks', 'title':'Links from variable groups to a request id' }
912sh['__cols__'] = [ 'uid', 'mip', 'tab','objective','grid','gridreq','comment','opt','opar','preset','ref','refNote','refid']
913ndup = 0
914for k in shlnks.keys():
915  if k[0] != '_':
916    k1 = '%s.%s' % (shlnks[k][1],shlnks[k][2])
917    preset = shlnks[k][9]
918    assert kmapk2.has_key(k1), 'Key missing  %s, %s' % (k,k1)
919    if not kmapk2.has_key(k1):
920      #print '###########',shlnks[k]
921      pass
922    else:
923      ttt,kkk = kmapk2[k1]
924
925      if shbx.revisedTabKeysNM.has_key(k1):
926        print 'INFO.010.0010: Replacing link for %s' % k1
927        id = shbx.revisedTabKeysNM[k1]
928      else:
929        id = lookup1[ttt].d[kkk][0]
930
931      if preset > -1:
932        print 'INFO.aaa.00100: ', shlnks[k], kmapk2[k1], id
933      sh[k] = list( shlnks[k] ) + list( kmapk2[k1] ) + [id,]
934      if id not in rvguids:
935        print 'ERROR.080.06005: Request variable group link broken:', sh[k]
936    if sh[k][0] == sh[k][-1]:
937      print 'DUPLICATE LINK:',k,sh[k]
938      ndup += 1
939print 'INFO: Number of duplicates %s (%s)' % (ndup, len(sh.keys()))
940sh.close()
941## link to group items is now via mip + group id, using stuff from kmapk2 ....
942
943dorest = True
944
945class psort(object):
946
947   def __init__(self):
948     pass
949
950   def p(self,z):
951     return tabpri.get(z,9)
952
953   def cmp(self,x,y):
954     return cmp( self.p(x), self.p(y) )
955
956if dorest:
957 tabpri = { 'SPECS':2, 'CMIP5':0, 'CORDEX':3, 'PMIP3':4 }
958
959 gg = {}
960 for k in sx.eeold.keys():
961  if sx.eeold[k][7][:6] == 'mv.005':
962    gg[sx.eeold[k][1]] = k
963###
964### BUT need to get full OMIP records in here ......
965 cmip5GroupCol = collections.defaultdict( list )
966 sh = shelve.open( '%s/refTableItems' % odir, 'n' )
967 sh['__info__'] =  {'label':'refTableItems', 'title':'List of items in reference tables', 'prov':'sx.ee_mip' }
968 sh['__cols__'] = ['uuid', 'comment', 'deflate_level', 'shuffle', 'ok_max_mean_abs', 'flag_meanings', \
969                          'type', 'ok_min_mean_abs', 'standard_name', 'deflate', 'long_name', 'valid_min',\
970                           'cell_methods', 'flag_values', 'cell_measures', 'out_name', 'modeling_realm', 'units',\
971                           '#cell_methods', 'valid_max', 'positive', 'var', 'mipTable','dimensions','vid','gpid','ssect','priority'] 
972
973## added gpid for link to variable group .... not clear at this point how OMIP to be dealt with here.
974## for sections, perhaps need new section linking sections to groups ....
975
976 vdefex = {}
977 rwixkkk = 0
978 for k in sx.ee_mip.keys():
979  gpid = '__group_unknown__'
980  rwix = 0
981  mipt = sx.ee_mip[k][22]
982  if shbx.tabuuid.has_key( mipt ):
983    gpid = shbx.tabuuid[mipt]
984  p = 0
985  ssect = ''
986  if mipt[:4] in { "CMIP", "CCMI", "SPEC", "CORD"}:
987    m,t = string.split( mipt, '_' )
988# output name
989    v0 = sx.ee_mip[k][15]
990# variable name
991    v1 = sx.ee_mip[k][21]
992    if type(v0) == type( 'y' ) and v0 not in ['', ' ']:
993      v1 = v0
994
995    if m == "CMIP5":
996      assert cmip5gplk.has_key(t), 'ERROR.009.0010: CMIP5 table link not found for %s' % mipt
997      gpid = cmip5gplk[t]
998      assert sx.cmip5so.so.has_key(t), 'Key %s not found in cmip5.so keys' % t
999      if not sx.cmip5so.so[t].a.has_key(v1):
1000        print 'ERROR.030.0001: Variable %s not found in cmip5so %s' % (v1,t)
1001        p = 0
1002      else:
1003        p = sx.cmip5so.so[t].a[v1][0]
1004        rwix = sx.cmip5so.so[t].a[v1][-2]
1005        si = sx.cmip5so.so[t].a[v1][-1]
1006        rwix = rwix + 200*si
1007
1008## the "Oyr" group is for import, not needed in request
1009      if t in cmip5GroupsIx and t not in ['Oyr','Amon']:
1010      ##assert cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v1) or cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v0), '%s not found in table %s' % (v1,t)
1011        if not (cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v1) or cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v0) ):
1012           print 'ERROR.080.0020: %s not found in table %s' % (v1,t)
1013        else:
1014          if cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v1):
1015            gp = cmip5GroupsIVAR[t][v1]
1016          else:
1017            gp = cmip5GroupsIVAR[t][v0]
1018##
1019## collect variables in each group, along with key and priority, to create "revTabItems"
1020##
1021        cmip5GroupCol[ gp ].append( (v1,k,p) )
1022    else:
1023       thisk = '%s.%s' % (m,t)
1024       if thisk in shbx.tabuuid:
1025         gpid = shbx.tabuuid[thisk]
1026       else:
1027         gpid = uidgen[thisk].uid
1028       
1029  elif mipt[:5] == "OMIP.":
1030####
1031#### this would be the place to create "OMIP.Omon_3d" and "OMIP.Omon_oth"
1032####
1033#### also need to generate "OMIP.Oyr_3dtr" ....
1034####
1035#### some information added to tabsectbyvar in dreq_utils
1036####
1037#### might be cleaner in framework/scanDreq ...
1038####
1039####
1040    m,t = string.split( mipt, '.' )
1041# output name
1042    v0 = sx.ee_mip[k][15]
1043# variable name
1044    v1 = sx.ee_mip[k][21]
1045    if type(v0) == type( 'y' ) and v0 not in ['', ' ']:
1046      v1 = v0
1047## check to see if sections are defined.
1048    if shbx.tabsectbyvar.has_key(m):
1049      tv = '%s.%s' % (t,v1)
1050      if shbx.tabsectbyvar[m].has_key(tv):
1051        gpid = shbx.tabsectuuid[m][ '%s.%s' % (t,shbx.tabsectbyvar[m][tv][2]) ]
1052        rwix = shbx.tabsectbyvar[m][tv][3]
1053        ssect = shbx.tabsectbyvar[m][tv][2]
1054        p = shbx.tabsectbyvar[m][tv][1]
1055        rwixkkk += 1
1056
1057    if gpid == '__group_unknown__':
1058      print 'ERROR.040.0010: OMIP group not found %s, %s, %s' % (mipt,v0,) 
1059  elif gpid == '__group_unknown__':
1060    print 'ERROR:040.0011: failed to set gpid: ',sx.ee_mip[k]
1061  omit = False
1062  if not sx.ee_xref_bck.has_key( k ):
1063    r1 = sx.ee_mip[k][1]
1064    if r1 in ['','29'] or r1[:23] == 'Reference to literature' or r1[:15] == '(copied from 3D':
1065       print 'WARN.002.0003: dud record',sx.ee_mip[k], sx.ee_mip[k][-2][:4] 
1066       omit = True
1067    elif sx.ee_mip[k][-2][:4] == 'OMIP':
1068       print 'ERROR.002.0004: no back references %s' % str(sx.ee_mip[k])
1069    else:
1070      print 'ERROR.002.0003: no back references %s' % str(sx.ee_mip[k])
1071    kl = ['__none__',]
1072    vnam0 = ''
1073  else:
1074    kl = sx.ee_xref_bck[ k ]
1075    if len(kl) != 1:
1076      print 'ERROR.002.0001: multiple back references %s' % str(kl)
1077      #print sx.ee_mip[k]
1078    kv = kl[0]
1079    r = sx.eeold[kv]
1080    vnam0 = r[1]
1081    kit = 0
1082    itl = []
1083    while r[8] not in [ '','null','Depricated'] and r[8][0] != '*':
1084      itl.append(r)
1085      if ee_mv0.has_key(r[8]):
1086        kv = ee_mv0[ r[8] ]
1087        r = sx.eeold[kv]
1088      else:
1089        print 'ERROR.002.0002: ambiguous back reference: %s' % str(r)
1090      kit += 1
1091      assert kit < 5, 'Too many iterations: %s,\n%s' % (str(r),str(itl))
1092      if kit > 1:
1093        print 'WARNING.002.0001: chained reference: %s' % str(r)
1094    kl = [kv,]
1095  if not omit:
1096## count refs, for use in determining where to create group records ....
1097    tabuuidrefs[gpid] += 1
1098    if r[1] != vnam0:
1099      print 'INFO.0001.001: name change:',r,vnam0
1100    vdefex[k] = list(r) + [vnam0,] 
1101    if len( sx.ee_mip[k][:] ) != 24:
1102      print 'ERROR.015.0002: Bad record length %s: %s' % (k,sx.ee_mip[k])
1103    rec = sx.ee_mip[k][:]  + [kl[0],gpid,rwix,p]
1104    if rec[21] == u'bsi' or rec[15] == u'bsi':
1105      print 'INFO.999.00001: ',[rec[i] for i in [15,21,22,25]]
1106    sh[k] = sx.ee_mip[k][:]  + [kl[0],gpid,rwix,ssect,p] 
1107    if gpid not in rvguids:
1108        print 'ERROR.080.06006: Request variable group link broken:', sh[k]
1109 sh.close()
1110
1111 sha = shelve.open( 'dreq_consol_tables_reviewed_a_v%s' % vdate )
1112 shb = shelve.open( 'dreq_consol_tables_reviewed_b_v%s' % vdate )
1113 keys = shb.keys()
1114 keys.sort()
1115 k0 = []
1116 for k in shbx.revisedTabKeysff:
1117   bb = string.split(k, '.' )
1118   if len(bb) == 2:
1119     k0.append( tuple(bb) )
1120
1121 sh = shelve.open( '%s/revTabItems' % odir, 'n' )
1122 sh['__info__'] =  {'label':'revTabItems', 'title':'List of items in revised tables', 'description':"uuid (col 3) references an item in 'refTableItems'", 'prov':'from dreq_consol_tables_reviewed_b_v%s, cross-referenced with sx.ee_miptables_old' % vdate }
1123 sh['__cols__'] = ['var','table','mip','uuid','priority']
1124####
1125 dop = dopen('check3')
1126 kr = 0
1127 krn = 0
1128
1129 for m,t in k0:
1130  vars = shb[ '%s.%s' % (m,t) ]
1131  print 'INFO.003.0001: ',m,t, sorted( vars.keys() )[:3]
1132  ee = {}
1133  ff = {}
1134##
1135## inclusion of CFMIP here was an error ....
1136  if m in ["OMIP",'CFMIPx']:
1137    rk = '%s.%s' % (m,t)
1138  else:
1139    rk = 'CMIP5_%s' % t
1140
1141  if not sx.ee_miptables_old.has_key(rk):
1142     print 'ERROR.003.0002: key %s not found ' % rk
1143  else:
1144    for u in sx.ee_miptables_old[rk]:
1145      ee[ sx.ee_mip[u][21] ] = u
1146      if vdefex.has_key(u):
1147        if vdefex[u][1] != sx.ee_mip[u][21]:
1148          ff[vdefex[u][1]] = u
1149      ##if sx.ee_xref_bck.has_key(u):
1150
1151    for v0 in vars.keys():
1152      v = string.strip( v0 )
1153      r = sha['records'][vars[v0][0]]
1154      if not ee.has_key(v):
1155        if ff.has_key(v):
1156          print 'INFO ... rename found',v
1157          thisu = ff[v]
1158        elif v[:7] == 'include':
1159          thisu = '__inc__'
1160        else:
1161          thisu = None
1162          if sx.ee_byvar.has_key( v ):
1163             tabs = map( lambda x: sx.ee_mip[x][-2], sx.ee_byvar[v] )
1164             tbs = map( lambda x: string.split(x, '_' )[-1], tabs )
1165             cls = map( lambda x: string.split(x, '_' )[0], tabs )
1166             if t in tbs:
1167               cl0 = []
1168               for k in range(len(tbs)):
1169                 if tbs[k] == t:
1170                    cl0.append( cls[k] )
1171
1172               cl0.sort( psort().cmp )
1173               ix = tabs.index( '%s_%s' % (cl0[0],t) )
1174               print 'WARN.003.0001 var not found -- alternative table used [%s]: %s (%s, %s)' % (cl0[0],v,m,t)
1175               thisu = sx.ee_byvar[v][ix]
1176               
1177             ##print map( lambda x: sx.ee_mip[x][-2], sx.ee_byvar[v] )
1178          elif m in ['OMIP','CFMIP'] and gg.has_key(v):
1179            print 'INFO.003.00010: new %s var found: %s' % (m,v)
1180            thisu = '__new.%s__' % m
1181            krn += 1
1182            id =  str( uuid.uuid1() )
1183            dop.a[ '%s3' % string.lower( m ) ].write( string.join( [id,] + map(lambda x: r[x],[4,0,5,2,7]) + ['%s_%s' % (m,t),'mv.006.%4.4i' % krn], '\t' ) + '\n' )
1184         
1185          if thisu == None:
1186            print 'ERROR.003.0001 var not found: %s (%s, %s)' % (v,m,t)
1187            thisu = "__var_not_found__"
1188
1189          if m == 'OMIP':
1190            kr += 1
1191            sr =  map(str,r)
1192            dop.a['omip'].write( string.join( map(str,r), '\t' ) + '\n' )
1193            dop.a['omip2'].write( string.join( map(lambda x: r[x],[4,0,5,2,7]) + ['%s_%s' % (m,t),'mv.005.%4.4i' % kr], '\t' ) + '\n' )
1194         
1195      else:
1196        thisu = ee[v]
1197      kv = str( uuid.uuid1() )
1198      sh[kv] = [v,t,m,thisu,vars[v0][1]]
1199
1200        ### cmip5GroupCol[ gp ].append( (v1,k,p) )
1201 gpextra = []
1202 for gp in cmip5GroupCol.keys():
1203   for v,k,p in cmip5GroupCol[gp]:
1204     kv = str( uuid.uuid1() )
1205     rec = [v,gp,'CMIP5',k,int(p)]
1206     gpextra.append(rec)
1207     sh[kv] = rec[:]
1208 dop.close('omip',rename='omip.csv')
1209 dop.close('omip2',rename='omip2.csv')
1210 dop.close('omip3',rename='omip3.csv')
1211 sh.close()
1212
1213 sh = shelve.open( '%s/requestVarGroup' % odir )
1214## add OMIP (+ ....?)
1215 nomip = 0
1216 for k in shbx.tabuuid.keys():
1217   if k[0] != '_':
1218  ####cmip5tbs.append( [u,"CMIP6",k,"CMIP6 CMOR Table: %s" % k, "CMIP5", "CMIP5 MIP Table: %s" % k] )
1219     if tabuuidrefs[shbx.tabuuid[k]]  > 0:
1220        mip,tab = string.split( k, '.' )
1221        u = shbx.tabuuid[k]
1222        if mip in {u'OMIP', 'OMIP'}:
1223          lab = '%s-%s' % (mip,tab)
1224        else:
1225          lab = tab
1226        sh[u] = [u,mip,lab,"CMOR Table variant: %s" % k, "CMIP5Rev", k ]
1227####'OMIP', u'OMIP-fx', u'OMIP: OMIP-fx', 'CMIP5Rev', u'OMIP.fx'
1228        print 'INFO: ADDING GROUP: %s' % str(sh[u])
1229        nomip += 1
1230 sh.close()
1231 print nomip
1232
1233
1234 ##wb = utils_wb.workbook( 'CMIP6DataRequest_ConsolidatedExperiments_20151028.xls' )
1235 wb = utils_wb.workbook( 'CMIP6DataRequest_ConsolidatedExperiments_20160110.xls' )
1236 sht = wb.book.sheet_by_name( 'Experiments' )
1237 p = dreq_utils.prconsolexpt()
1238 p.parse(sht)
1239
1240## info about the deck to fill in.
1241 wb2 = utils_wb.workbook( 'CMIP6DataRequest_deckInfo.xls' )
1242 sht2 = wb2.book.sheet_by_name( 'Experiments' )
1243
1244## appends records to "p.records"
1245 p.parse(sht2)
1246
1247 sh = shelve.open( '%s/experiments' % odir, 'n' )
1248 sh['__info__'] = { 'label':'experiments', 'title':'Experiments', 'prov':'ConsolidatedExperiments' }
1249 sh['__cols__'] = ['uuid','egid','label','description','mip','mcfg','tier','nstart','starty','endy','yps','ensz','ntot','comment']
1250 ##['label','group','mip','description','modelClass','tier','nstart','starty','endy','yps','ensz','ntot','comment']
1251 eegg = {}
1252 eetm = collections.defaultdict( set )
1253 eent = collections.defaultdict( int )
1254 for r in p.records:
1255   u = str( uuid.uuid1() )
1256   gp = r[1]
1257   if not eegg.has_key(gp):
1258     eegg[gp] = str( uuid.uuid1() )
1259 
1260   if type( r[5] ) == type( 1 ):
1261     eetm[gp].add( r[5] )
1262   else:
1263     eetm[gp].add( r[5][-1] )
1264   eent[gp] += r[11]
1265   label = labcoerce( r[0] )
1266   oo = [u,eegg[gp],label]
1267   for j in [3,2,4,5,6,7,8,9,10,11,12]:
1268     oo.append( r[j] )
1269   sh[u] = oo[:]
1270 sh.close()
1271
1272 sh = shelve.open( '%s/exptGroups' % odir, 'n' )
1273 sh['__info__'] = { 'label':'exptGroups', 'title':'Experiment groups', 'prov':'ConsolidatedExperiments' }
1274 sh['__cols__'] = ['uuid','label','tiermin','ntot']
1275 for k in eegg.keys():
1276   if not eegg.has_key(gp):
1277     eegg[gp] = str( uuid.uuid1() )
1278 
1279   lab = labcoerce(k)
1280   oo = [eegg[k],lab,min(eetm[k]),eent[k]]
1281   sh[oo[0]] = oo[:]
1282 sh.close()
1283
1284print uidgen.keys()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.