source: CMIP6dreqbuild/trunk/srcMisc/sx2.py @ 508

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/exarch/CMIP6dreqbuild/trunk/srcMisc/sx2.py@508
Revision 508, 40.8 KB checked in by mjuckes, 5 years ago (diff)

corrections

Line 
1
2##
3## still missing map from new groups to old table variables.
4## need a key lookup by variable in each table.
5##
6
7import collections, string, hashlib, uuid, os, sys
8import shelve
9import dreqSX as sx
10import dreq_utils
11import utils_wb
12from sets import Set
13odir = 'sh20150827'
14
15vdate = '20150907'
16if not os.path.isdir( odir ):
17  os.mkdir( odir )
18
19class uid1(object):
20  def __init__(self, uid=None):
21    if uid == None:
22      self.uid = str( uuid.uuid1() )
23    else:
24      self.uid = uid
25
26uidgen = collections.defaultdict( uid1 )
27
28def labcoerce(s):
29  s = string.replace(s, '.', '' )
30  s = string.replace(s, '+', '' )
31  s = string.replace(s, '/', ' ' )
32  s = string.replace(s, '--', '-' )
33  if string.find(s, '-' ) != -1:
34    s = string.replace(s, '-', ' ' )
35  if string.find(s, ' ' ) != -1:
36    s = string.replace( string.capwords( s ), ' ', '' )
37  return s
38
39sh1 = shelve.open( '%s/cmip5Groups' % odir, 'n' )
40##
41## list of CMIP5 tables which have groups
42##
43cmip5GroupsIx = set()
44##
45## dictionary, specifying group for each variable in table
46##
47cmip5GroupsIVAR = collections.defaultdict( dict )
48for k in sx.cmip5so.sop.keys():
49  sh1[k] = sx.cmip5so.sop[k][:]
50  cmip5GroupsIx.add( string.split( k, '_' )[0] )
51  for v in sx.cmip5so.sop[k]:
52    cmip5GroupsIVAR[ string.split( k, '_' )[0] ][v] = k
53sh1.close()
54#### 'uuid', 'mip', 'label','title','ref','refNote'
55####  i, "CMIP6",  key, ...., "CMIP5", ''
56cmip5tbs = []
57cmip5tbs0 = set()
58cmip5gps = []
59cmip5gplk = {}
60for k in sx.cmip5so.so.keys():
61  u = str( uuid.uuid1() )
62  cmip5gplk[k] = u
63  cmip5tbs0.add( k )
64  cmip5tbs.append( [u,"CMIP6",k,"CMIP6 CMOR Table: %s" % k, "CMIP5", "CMIP5 MIP Table: %s" % k] )
65
66for k in sx.cmip5so.sop.keys():
67  u = str( uuid.uuid1() )
68  cmip5gplk[k] = u
69  t,s = string.split( k, '_' )
70  assert sx.cmip5so.so.has_key(t), 'Table for group %s not found' % k
71  u2 = cmip5gplk[t]
72  cmip5gps.append( [u,u2,"CMIP6",k,"CMIP6 Variable Group: %s" % k, "CMIP5", "CMIP5 MIP Table section: %s" % k] )
73  u3 = str( uuid.uuid1() )
74### section link .... variables in sections are linked to a section which carries a link to the group.
75### request links can refer to a section or a group .....
76
77cmip5vgr = ['Omon','fx','Oyr','Oclim','Omon_3d','Omon_oth','Amon','Lmon','LImon','OImon','aero_3d','aero_oth','cfDay_2d','cfDay_3d','cfMon_3dstd','cfMon_3dmod','cfMon_2dmod','cfMon_sim','day_oth','day_ss','cfOff','cfSites','6hrLev','6hrPlev','3hr','cf3hr_grid','cf3hr_sim']
78ccmivgrdict = {'fixed':'fx','annual':'yr','monthly':'mon','daily':'day','hourly':'hr'}
79specsvgr =  ['fx','mon','day','6hr']
80
81ee_nv1 = collections.defaultdict( list )
82ee_var_nv1 = collections.defaultdict( list )
83ee_tabs = collections.defaultdict( list )
84ee_grps = collections.defaultdict( list )
85ee_usedVars = collections.defaultdict( list )
86
87kmap = { 'cfday':'cfDay', 'Limon':'LImon', 'CMIP5_Llmon':'CMIP5_LImon', 'CMIP5 day':'CMIP5_day', 'NEW':'new', 'New':'new', \
88         'CCMI monthly mean 3d':'CCMI1_monthly', \
89         'CCMI Daily zonal mean 2d':'CCMI1_daily', \
90         'CCMI monthly mean zonal mean 2d':'CCMI1_monthly', \
91         'PMIP-LImon':'PMIP_LImon', 'CMIP5 Amon':'CMIP5_Amon', 'CCMI monthly':'CCMI1_monthly', 'PMIP-OImon':'PMIP_OImon'}
92
93for k in sx.eenv.keys():
94  mip = string.strip(sx.eenv[k][1])
95  var = string.strip(sx.eenv[k][5])
96  uid = sx.eenv[k][-1]
97  ee_nv1[uid].append( k )
98  ee_var_nv1[var].append( k )
99  assert uid == k, 'mismatch in uid in record %s' % k
100
101def tabref1( ti ):
102  if ti == 'new BUT':
103    return 'CMIP5_Lmon'
104  elif ti == 'new':
105    return 'new'
106  else:
107    return ti
108
109for k in sx.ee0.keys():
110  r = sx.ee0[k]
111  mip = r[10]
112  assert mip == r[-3],'Double check failed'
113  tab = r[2]
114  grp = r[0]
115  thistab = tabref1(tab)
116  ##ee_tabs[tab].append(k)
117  ee_tabs[thistab].append(k)
118  ee_grps[grp].append(k)
119
120
121import sys
122
123kf = []
124kfn = []
125kfxx = []
126kfgp = []
127knf = []
128kmapmap = {}
129for k in ee_tabs.keys():
130  k1 = kmap.get( k,k)
131  if string.find( k1, ' ' ) != -1:
132    k2 = string.split(k1)[0]
133  else:
134    k2 = k
135
136  k2 = kmap.get( k2,k2)
137
138  if k2 in ['new','']:
139     kfn.append(k)
140     kmapmap[k] = 'new'
141  elif sx.ee_miptables_old.has_key(k2):
142     kf.append(k)
143     kmapmap[k] = k2
144  elif ee_grps.has_key(k2):
145     kfgp.append(k)
146     kmapmap[k] = k2
147  else:
148    if sx.ee_miptables_old.has_key('CMIP5_%s' % k2 ):
149      kfxx.append(k)
150      kmapmap[k] = 'CMIP5_%s' % k2
151    else:
152      knf.append(k)
153
154thisd = {}
155print 'Missing groups'
156for k in knf:
157  thise = collections.defaultdict( int )
158  for k2 in ee_tabs[k]:
159    thise[sx.ee0[k2][12-2]] += 1
160  keys = thise.keys()
161  keys.sort()
162  thisd[k] = keys[:]
163  print 'ERROR.020.0001: Missing Group: %s :: %s' % (k, keys)
164   
165### look for new variables in variable groups.
166class d1(object):
167  def __init__(self):
168    self.d = collections.defaultdict( list )
169    self.onItemNotFound = 'error'
170
171  def keys(self):
172    return self.d.keys()
173
174  def __setitem__(self,k,v):
175    self.d[k].append(v)
176
177  def __itemNotFound__(self,k):
178    if self.onItemNotFound == 'error':
179      raise  KeyError( 'Key %s not found in dictionary keys' % k)
180   
181  def __getitem__(self,k):
182    if self.d.has_key(k):
183      return self.d[k]
184    else:
185      return self.__itemNotFound__(k)
186
187## look up table, giving uuid from old mip tables for each mip, var combination.
188mvlookup = collections.defaultdict( d1 )
189mvlookup2 = collections.defaultdict( list )
190
191ee_unusedVars = []
192nok = 0
193nn = 0
194ee0_null = collections.defaultdict( list )
195ee0_xref = collections.defaultdict( list )
196ee0_xref_old = collections.defaultdict( list )
197for t in sx.ee_miptables_old.keys():
198  for u in sx.ee_miptables_old[t]:
199    v1 = sx.ee_mip[u][15]
200    v2 = sx.ee_mip[u][21]
201    if v2 != '':
202      vid = v2
203    else:
204      vid = v1
205    mvlookup[t].d[vid].append( u )
206
207for u in sx.eeold.keys():
208  mvlookup2[sx.eeold[u][1]].append(  u )
209
210##for k in kfn:
211  ##for u in ee_tabs[k]:
212
213
214## ee0_xref values are values of ee_var_nv1
215for u in sx.ee0.keys():
216    var = string.strip(sx.ee0[u][1])
217    tab =  kmapmap.get(tabref1(sx.ee0[u][2]), None )
218    if ee_var_nv1.has_key(var):
219      nok += 1
220      ee_usedVars[var].append( u )
221## reference to kex in eenv
222      ee0_xref[u] += ((0,ee_var_nv1[var] ),)
223    elif ee_var_nv1.has_key(var + "**"):
224      nok += 1
225      ee_usedVars[var].append( u )
226      ee0_xref[u] += ((0,ee_var_nv1[var + "**"] ),)
227    else:
228      ok = False
229      if mvlookup.has_key(tab):
230        if mvlookup[tab].d.has_key( var ):
231          ul = mvlookup[tab].d[var]
232          if len(ul) > 1:
233            print 'ERROR.001.011: variable %s has multiple entries %s' % (var,tab)
234          ee0_xref[u] += ((1,[ul[0],]),)
235          ok = True
236        else:
237          emsg = '.001.010: variable %s not found in %s' % (var,tab)
238      else:
239          emsg = '.001.012: [%s] table not found: %s' % (var,tab)
240
241      if not ok:
242        if mvlookup2.has_key( var ):
243          if len( mvlookup2[var] ) == 1:
244             ee0_xref[u] += ((2,[mvlookup2[var][0],]),)
245             ok = True
246             print 'WARN' + emsg + ' [alternative found]'
247          else:
248            print 'ERROR' + emsg
249
250      if not ok:
251        print 'ERROR.090.077000:',tab,sx.ee0[u]
252        ee0_xref[u] += ((-1,['__var_not_found_012__',]),)
253 
254        if ( len(sx.ee0[u][1]) > 0 and sx.ee0[u][1][0] == '#' ) or ( len(sx.ee0[u][0]) > 0 and sx.ee0[u][0][0] == '#' ):
255          ee0_null[u].append( '# comment' )
256        elif ( len(sx.ee0[u][0]) > 5 and sx.ee0[u][0][:4] == 'PMIP' ) and ( sx.ee0[u][1] in ['','*'] ):
257          ee0_null[u].append( 'PMIP bulk copy' )
258        elif len(sx.ee0[u][1]) == 0 and  len(sx.ee0[u][2]) == 0:
259          ee0_null[u].append( 'comment' )
260        else:
261          nn += 1
262          ee_unusedVars.append((u,var))
263   
264print nn, nok
265nok = 0
266nn = 0
267thise1 = []
268uclear = {}
269### run through CMIP5 variables which are modified, re-used etc in new CMIP6 groups.
270### 43 not found .... as above .....
271for k in kf + kfxx:
272  k2 = kmapmap[k]
273  for u in ee_tabs[k]:
274    var = string.strip(sx.ee0[u][1] )
275    if not var in sx.ee_miptables_vars_old[k2]:
276       print 'ERROR.0001.002: variables in sx.ee0 [new groups] not found: ',k,var,sx.ee0[u]
277       nn += 1
278    else:
279       ee_usedVars[var].append( u )
280
281    ok = False
282    if sx.ee_ovars_old.has_key('%s.%s' % (k2,var)):
283      uclear[u] = sx.ee_ovars_old['%s.%s' % (k2,var)]
284      ok = True
285    elif sx.ee_ovars_old.has_key('%s.%s**' % (k2,var)):
286      uclear[u] = sx.ee_ovars_old['%s.%s**' % (k2,var)]
287      ok = True
288    elif len(string.split( k, ' ')) > 1:
289      bits = string.split( k, ' ')
290      v1 = string.strip(bits[1])[1:-1]
291      if sx.ee_ovars_old.has_key('%s.%s' % (k2,v1)):
292        uclear[u] = sx.ee_ovars_old['%s.%s' % (k2,v1)]
293        ok = True
294     
295    if not ok:
296      thise1.append((u,k2,var))
297       ##ee0_xref_old[u]
298
299ee_mv0 = {}
300ee_mv1 = {}
301ee_mv2 = {}
302ee_mv3 = {}
303for k in sx.eeold.keys():
304  k1 = sx.eeold[k][7]
305  assert k1[:3] == 'mv.', 'Key not in correct syntax: %s' % k1
306  ee_mv0[k1] = k
307  k2 = sx.eeold[k][8]
308  if k2 != "":
309    if k2 in ["*omit",'null','Depricated']:
310      if k2 in ["*omit",'Depricated']:
311        ee_mv3[ k1 ] = k2
312    else:
313      starflag = False
314      if k2[0] == '*':
315        k2 = k2[1:]
316        starflag = True
317      assert k2[:3] == 'mv.', 'target key not in correct syntax: %s' % k2
318      if starflag:
319        ee_mv2[k1] = k2
320      else:
321        ee_mv1[k1] = k2
322
323for k in ee_mv1.keys():
324  assert ee_mv0.has_key(k), 'key cross-ref not found: %s' % k
325
326ll_ov = []
327for k in ee_mv0.keys():
328  if not (ee_mv3.has_key(k) or ee_mv1.has_key(k)):
329    ll_ov.append( ee_mv0[k] )
330print 'Number of old variables: %s [%s]' % (len(ll_ov), len(ee_mv0.keys()) )
331print len(sx.eenv.keys())
332print "Number of new variables: %s" % ( len(sx.eenv.keys()) )
333##
334## extract variable name, units, standard name, long name, comment
335nt_vrecix = collections.namedtuple( 'vrecix', ['v','u','s','l','c'] )
336vrecix_new = nt_vrecix._make( (5,9,6,10,11) )
337vrecix_old = nt_vrecix._make( (1,5,3,2,4) )
338
339nnf = 0
340nnm = 0
341nno = 0
342for k in sx.ee_mip.keys():
343   t = map( lambda x: sx.ee_mip[k][x], [15,10,8,1,17] )
344   h = hashlib.md5(string.join(t) ).hexdigest()
345   if not sx.ee_xref_bck.has_key(k):
346     r1 = sx.ee_mip[k][1]
347     if r1 in ['','29'] or r1[:23] == 'Reference to literature' or r1[:15] == '(copied from 3D':
348       print 'WARN.002.0010: dud record',sx.ee_mip[k], sx.ee_mip[k][-2][:4] 
349     else:
350       print 'ERROR.002.0010: missing back reference',sx.ee_mip[k], sx.ee_mip[k][-2][:4] 
351       nnf += 1
352   elif len(sx.ee_xref_bck[k]) > 1:
353     nnm += 1
354     print 'ERROR.0001.001: #################################'
355     print sx.ee_mip[k]
356     for k2 in sx.ee_xref_bck[k]:
357       print sx.eeold[k2]
358
359print '#### Number of missing back references: %s (%s)' % (nnf,nno)
360   
361
362class dopenxx(object):
363  def __init__(self):
364    self.fn = 'xx_%s' % str( uuid.uuid1() )
365    self.oo = open('%s/%s' % (self.odir,self.fn), 'w' )
366  def write(self,x):
367    self.oo.write(x)
368  def close(self,rename=None):
369    self.oo.close()
370    if rename != None:
371      os.rename( '%s/%s' % (self.odir,self.fn), '%s/%s' % (self.odir,rename) )
372
373class dopen(object):
374  def __init__(self,odir='./'):
375    if not os.path.isdir(odir):
376      os.mkdir(odir)
377    self.odir = odir
378    self.a = collections.defaultdict( self.ClassFact() )
379  def close(self,k,rename=None):
380    if self.a.has_key(k):
381      self.a[k].close(rename=rename)
382      self.a.__delitem__(k)
383
384  def ClassFact(self):
385     class dopenyy(dopenxx):
386       """Inherits all methods from dreqItemBase"""
387
388     dopenyy.odir = self.odir
389     return dopenyy
390print 'INFO 001 ##################',nnf, nnm
391
392##sh = shelve.open( 'shelve_vars' )
393sh = shelve.open( '%s/cmipVars' % odir, 'n' )
394sh['__info__'] = { 'label':'cmipVars', 'title':'CMIP variables', 'prov':'sx.eenv and sx.eeold' }
395sh['__cols__'] = ['label','title','sn','units','description','procnote','procComment','prov','priority0']
396
397ee = {}
398for k in sx.eenv.keys():
399  this = nt_vrecix._make( map( lambda x: sx.eenv[k][x], vrecix_new ) )
400  ##sh[k] = { 'label':this.v, 'title':this.l, 'sn':this.s, 'units':this.u, 'description':this.c, 'procnote':'', 'procComment':'','prov':'CMIP6 endorsement' }
401  prov = 'CMIP6 endorsement [%s]' % sx.eenv[k][1]
402  sh[k] = [ this.v, this.l, this.s, this.u, this.c, '', '',prov, sx.eenv[k][0] ]
403  ee[this.u] = k
404  if this.u == 'atmos':
405     print 'ERROR: bad units',k, sx.eenv[k]
406print '################################### var units #################'
407print ee.keys()
408print '##########################################################'
409
410nk = 0
411for k in ll_ov:
412  this = nt_vrecix._make( map( lambda x: sx.eeold[k][x], vrecix_old ) )
413  ##sh[k] = { 'label':this.v, 'title':this.l, 'sn':this.s, 'units':this.u, 'description':this.c, 'procnote':'', 'procComment':'','prov':sx.eeold[k][6]}
414  sh[k] = [ this.v, this.l, this.s, this.u, this.c, '', '',sx.eeold[k][6], 101 ]
415  nk += 1
416
417print len( sx.eenv.keys() ) + len(ll_ov), len( sh.keys() ),  len( sx.eenv.keys() )
418sh.close()
419 
420###
421###  shelve contains 1682 variables, of which 561 are new.
422###
423   
424### have lost somewhere the var/cmor var distinction. E.g. hfibthermds/hfibthermds2d  --- 2 CMOR variable names with a single output variable name.
425### But this will not be in the physical variable -- so should come in the output variable record.
426
427class c1(object):
428  def __init__(self):
429    self.d = collections.defaultdict( int )
430class c2(object):
431  def __init__(self):
432    self.d = collections.defaultdict( list )
433ee = collections.defaultdict( int )
434ff = collections.defaultdict( c1 )
435#count different shapes:
436blk = collections.defaultdict( c2 )
437for k in sx.ee0.keys():
438  ee[sx.ee0[k][5]] += 1
439  ff[sx.ee0[k][5]].d[sx.ee0[k][10]] += 1
440  blk[sx.ee0[k][5]].d[sx.ee0[k][10]].append(k)
441keys = ee.keys()
442keys.sort()
443print keys
444#######################################
445eeo = collections.defaultdict( int )
446ffo = collections.defaultdict( c1 )
447#count different shapes:
448hdims = [ 'latitude','longitude']
449vdims = [ 'alevel','alevhalf', 'olevel', 'rho', 'alt40', 'location', 'plev','alev1', 'plev3', 'plev7', 'plev8', 'plevs', 'sdepth']
450
451catdims = ['site', 'basin', 'oline', 'dbze', 'scatratio', 'sza5', 'tau', 'vegtype', 'vgidx']
452tdims = ['time','time1','time2']
453
454knowndims = hdims + vdims + catdims + tdims
455
456nsmap = {'':'MISC...', u'XYZKT':'lon.lat.ATMOS.other.time', u'XKT':'PMIP....', u'4-element vector':'..transsi.time', u'KZT':'RFMIP...', u'2D vector field':'lon.lat..sithick.time', u'XYZ':'lon.lat.olevel..time', u'XYZT':'lon.lat.ATMOS..time', u'2D':'SIMIP ... (xYT?)', u'scalar':'?...', u'XY':'FAFMIP, ISMIP6....', u'YZT':'MISC....', u'XYKT':'lon.lat..other.time', u'XYT':'lon.lat...time', u'ZST1':'..alevel.site.time', u'?':'PMIP', u'BasinYT':'.lat..basin.time'}
457## XYZ: this occurs only in FAFMIP
458## XYZT:  {'C4MIP': 80, 'PMIP': 10, 'RFMIP': 3, 'CFMIP': 19, 'LS3MIP': 8, 'GeoMIP': 1, 'HighResMIP': 82}
459##   need to follow up on what is vertical.  # of levels is captured in most cases.
460##   PMIP: email sent -- 29th June : some ocean, some atmos
461##   LS3MIP: soil or snow layers,
462## RFMIP: all levels.
463## XYZKT: CFMIP  -- K has various forms.
464## XKT: PMIP  -- salt transport -- should be lat-basin-time?
465## blank:  {'LUMIP': 40, 'PMIP': 11, 'RFMIP': 4, 'HighResMIP': 11, 'FAFMIP': 3, 'DynVar': 10}
466#-----  RFMIP: scalar .... email sent -- these ar OfflineRad varibles.
467#-----  LUMIP: XYT
468#-----  PMIP: occurs in bulk copy requests .....
469#-----  HighResMip: occurs in comment lines
470#-----  FAFMIP: occurs in comment lines
471#-----  DynVar: probably XYZT -- need to check whether on model or pressure levels.
472## YZT: 'DAMIP': 4, 'VolMIP': 2, 'HighResMIP': 10, 'SolarMIP': 4
473# ----  DAMIP: zonal mean, 17 or 23 levels (pressure) ..
474# ----  VolMIP: zonal mean, all levels
475# ----  HighResMIP: zonal mean, 36 levels
476# ----  SolarMIP: zonal mean, 17 or 23 levels.  (withdrawn and merged with DAMIP ....).
477## scalar: 'ISMIP6': 8, 'SIMIP': 6
478##  --> to KT, with K set to icesheet/hemisphere
479## ----- SIMIP: time (monthly)
480## '?': PMIP, for variables specified in C4MIP.
481##
482
483ed = collections.defaultdict( c1 )
484for k in sx.ee_mip.keys():
485  dl = sx.ee_mip[k][-1]
486  if dl == 's|c|a|l|a|r':
487     dl = 'scalar'
488  dd = string.split( dl, '|' )
489  for d in dd[:-1]:
490   
491    ed[d].d[dd.index(d)] += 1
492  ed[dd[-1]].d['f'] += 1
493  eeo[sx.ee_mip[k][-1]] += 1
494  ffo[sx.ee_mip[k][-1]].d[sx.ee_mip[k][-2]] += 1
495keys = eeo.keys()
496keys.sort()
497
498nkn = []
499for k in ed.keys():
500  if k not in knowndims:
501    nkn.append(k)
502nkn.sort()
503
504presetlinks = {}
505shlnks = shelve.open( '%s/requestLinks_tmp' % odir, 'r' )
506for k in shlnks.keys():
507  if k[0] != '_':
508    if shlnks[k][9] > -1:
509      print 'INFO.aaa.00001: Priority reset ',shlnks[k]
510      presetlinks[ '%s.%s' % (shlnks[k][1],shlnks[k][2]) ] = shlnks[k][9]
511##
512## read in provisional request groups --- based on request scoping sheet
513##
514shrvg = shelve.open( '%s/requestVarGroup_tmp' % odir, 'r' )
515eervg = collections.defaultdict( list )
516##
517## construct look-up by label
518##
519for k in shrvg.keys():
520  if k[0] != '_':
521    ##assert not eervg.has_key( shrvg[k][2] ), 'Duplicate rvg: %s' % shrvg[k][2]
522    eervg[shrvg[k][2]].append( k )
523     
524
525sh = shelve.open( 'dreq_consol_tables_reviewed_b_v%s' % vdate, 'r' )
526revTabIds = Set( sh.keys()[:] )
527sh.close()
528
529## parse 1
530ee0_p1 = {}
531ee0_gp = collections.defaultdict( d1 )
532st1 = set()
533for k in sx.ee0.keys():
534  r = list(sx.ee0[k][:] )
535  if r[1] != '' and r[1][0] != '#':
536    if ee0_xref.has_key(k):
537      r1 = ee0_xref[k]
538      assert len(r1) == 1, 'FATAL:001.0001: unexpected duplicate cross ref, %s   %s %s' % (k,str(r1),str(r) )
539      assert len(r1[0][1]) == 1, 'FATAL:001.0002: unexpected duplicate cross ref, %s   %s %s' % (k,str(r1),str(r) )
540      r += [r1[0][0],r1[0][1][0]]
541    else:
542      r += [-1,'__none__']
543    ee0_p1[k] = r[:]
544    ee0_gp[r[0]][r[10]] = k
545    st1.add( r[10] )
546    if r[0] == '':
547       print '################'
548       print r
549
550
551assert 'CFMIP' in st1, 'FAILED sanity check 1 ... CFMIP not in st1 %s' % str(st1)
552assert len( list(st1) ) < 40, 'FAILED sanity check 2 ... too many items in st1 [should be list of MIPs] %s' % len(list(st1))
553print '###################   groups referenced from new groups sheets'
554print ee0_gp.keys()
555k1 = ee0_gp.keys()
556k1.sort()
557kmapk1 = {}
558for k in k1:
559  assert len(ee0_gp[k].keys()) in  [0,1], 'Multiple references to %s' % k
560  for k2 in ee0_gp[k].keys():
561    if eervg.has_key( '%s.%s' % (k2,k) ):
562      kmapk1[k] = ('%s.%s' % (k2,k),'newGp')
563    else:
564      kmapk1[k] = ('%s.%s' % (k2,k),'unresolved')
565
566gpids = []
567for k in kmapk1.keys():
568  gpids.append(kmapk1[k][0])
569kmapk2 = {}
570
571mmmm = [('C_OceanT1', 'C_Ocean_T1'), ('C_OceanT2', 'C_Ocean_T2'), ('3hr_extreme','3hr_extr'), ('Amon_extreme','Amon_ext'), \
572        ('Amon_convection','Amon_conv'), ('L3hr','L_3hr'), ('LEday','L_day'), ('DYNVAR_day','DYVR_daily') ]
573mmmm = [('C_OceanT1', 'C_Ocean_T1'), ('C_OceanT2', 'C_Ocean_T2'), ('3hr_extreme','3hr_extr'), ('Amon_extreme','Amon_ext'), \
574        ('Amon_convection','Amon_conv'), ('L3hr','L_3hr'), ('DYNVAR_day','DYVR_daily') ]
575kmap000 = {}
576for t in mmmm:
577  kmap000[t[0]] = t[1]
578
579##
580## check links from variable output specs to group.
581## need to identify what is meant by group labels in "Request Scoping" -- now in eervg.keys()
582##
583## 29th July: loosing some links for groups of revised table items ....
584##
585## these are the reviewed cmip5 standard output tables.
586##
587tabuuidrefs = collections.defaultdict( int )
588
589###
590### get some tables for looking up links from shelve
591###
592shbx = dreq_utils.parseShb(vdate,sx,cmip5gplk)
593
594
595gpids = gpids + shbx.revisedTabKeysff
596ks = eervg.keys()
597ks.sort()
598for k0 in ks:
599  a,b = string.split(k0,'.')
600  if kmap000.has_key(b):
601    k = '%s.%s' % (a,kmap000[b])
602  else:
603    k = k0
604  ok = False
605  if b[:5] == 'CCMI1':
606    b1,b2 = string.split(b, '_' )
607    if ccmivgrdict.has_key( b2):
608      ok = True
609      kmapk2[k0] = ('CCMI',b2)
610  elif b[:5] == 'SPECS':
611    b1,b2 = string.split(b, '_' )
612    if b2 in specsvgr:
613      ok = True
614      kmapk2[k0] = ('SPECS',b2)
615    elif b2 == 'Amon':
616      kmapk2[k0] = ('SPECS','mon')
617      ok = True
618  if not ok:
619    if k in gpids:
620    ## print 'OK1: ',k
621      kmapk2[k0] = ('new',k)
622      ok = True
623    elif a in ['LUMIP','LS3MIP']:
624      tk = 'C4MIP.%s' % kmap000.get(b,b)
625      if tk in gpids:
626        kmapk2[k0] = ('new',tk)
627        ok = True
628    elif a in ['VolMIP','DAMIP']:
629      tk = 'DynVar.%s' % kmap000.get(b,b)
630      if tk in gpids:
631        kmapk2[k0] = ('new',tk)
632        ok = True
633  if not ok:
634## revTabIds has table names, revGpIds has group names
635    if k in revTabIds or k in shbx.revGpIds:
636      if k in shbx.revGpIds:
637         print 'OK2: ',k
638      kmapk2[k0] = ('CMIP5Rev',k)
639    else:
640      if b in cmip5vgr:
641        kmapk2[k0] = ('CMIP5',b)
642      elif b in cmip5tbs0:
643        kmapk2[k0] = ('CMIP5',b)
644      else:
645        print 'WARN.080.09001: nomap for ',b,k
646        kmapk2[k0] = ('nomap',k)
647   
648print '###############################################################'
649print '###############################################################'
650##
651## following list currently contains separate entries for group references from different MIPs --- want to have a single one
652## here, and multiple references to it ...
653##
654rvgref2 = collections.defaultdict( list )
655lookup1a = collections.defaultdict( d1 )
656lookup1b = {}
657lookup1 = collections.defaultdict( d1 )
658lookup2 = collections.defaultdict( d1 )
659import sx2_extra as sx2e
660rvguids = set()
661#### prepare for requestVarGroup ###########
662## C4MIP-OceanT2        C4MIP: C4MIP-OceanT2    C4MIP   new     C4MIP.C_Ocean_T2
663## label title mip ref refNote
664
665####
666#### reconfigure to uuid, mip, label (no "."), title, class, refNote
667#### for "ttt==new", use sx2e.ngmap( kkk ) to give labels, keep kkk as refNote, ttt --> class
668###
669### lookup1: constructed from requestVarGroup list
670for k in shrvg.keys():
671  if k[0] != '_':
672    id0 = shrvg[k][2]
673    ttt,kkk = kmapk2[id0]
674    lookup1a[ttt].d[kkk].append(k)
675    if ttt == 'new':
676      rvgref2[kkk].append( shrvg[k][0] )
677
678for k in lookup1a.keys():
679  for k2 in lookup1a[k].d.keys():
680    id0 = lookup1a[k].d[k2][0]
681    id =  str( uuid.uuid1() )
682    lookup1[k].d[k2].append( id)
683    lookup1b[id0] = id
684
685###
686## add cmip5tbs to lookup, so that these will be picked up in links from "rqeuestLinks"
687for g in cmip5tbs:
688  ####cmip5tbs.append( [u,"CMIP6",k,"CMIP6 CMOR Table: %s" % k, "CMIP5", "CMIP5 MIP Table: %s" % k] )
689  k = g[2]
690  u = g[0]
691  lookup1['CMIP5'].d[k] = [u,]
692 
693### shlnks carries the "request scoping rows" ###
694ndup = 0
695for k in shlnks.keys():
696  thistr = False
697  if k[0] != '_':
698    if shlnks[k][9] > -1:
699      print 'INFO.aaa.00001: Priority reset ',shlnks[k]
700    if shlnks[k][2][-4:] == '_oth':
701      thistr = True
702    k1 = '%s.%s' % (shlnks[k][1],shlnks[k][2])
703    if thistr:
704      print k1
705    assert kmapk2.has_key(k1), 'Key missing  %s, %s' % (k,k1)
706    if not kmapk2.has_key(k1):
707      pass
708      #print '###########',shlnks[k]
709    else:
710      ttt,kkk = kmapk2[k1]
711      id = lookup1[ttt].d[kkk][0]
712      if thistr:
713         print ttt,kkk,id
714    if id == k:
715      print '***DUPLICATE:',k,k1, ttt, kkk, lookup1[ttt].d[kkk]
716      ndup += 1
717
718assert ndup==0, ndup
719
720tmp = collections.defaultdict( list )
721for k in lookup1.keys():
722  for k2 in lookup1[k].d.keys():
723    if k2 in presetlinks:
724      print 'INFO.aaa.00200: preset refound,', k2
725    for idi in lookup1a[k].d[k2]:
726      id = lookup1[k].d[k2][0]
727    ####idi = lookup1a[k].d[k2][0]
728      id0 = shrvg[idi][2]
729      mip = shrvg[idi][1]
730      ttt,kkk = kmapk2[id0]
731      cls = k
732      assert  cls == k, 'Mismatch in lookup1'
733      refNote = k2
734      kl = 0
735      lab = '__unset__'
736    ##print k2, cls
737      if cls == 'new':
738        if kkk in shbx.revisedTabKeys:
739          lab = kkk
740          cls = 'rev'
741          lab = string.replace( kkk, '.', '-' )
742          kl = 1
743        else:
744          if not sx2e.ngmap.has_key(kkk):
745            print 'ERROR.002.0001: key %s not found' % kkk
746          else:
747            lab = sx2e.ngmap[kkk]
748            kl = 2
749      elif cls == 'CMIP5':
750        lab = string.replace( k2, '_', '-' )
751        kl = 3
752      elif cls in ['CMIP5Rev','rev']:
753        lab = string.replace( k2, '.', '-' )
754        kl = 4
755      elif cls == 'nomap':
756        lab = string.replace( k2, '.', '-' )
757        kl = 5
758        lab = string.replace( lab, '_', '-' )
759      else:
760        lab = '%s-%s' % (mip,k2)
761        kl = 6
762      if sx2e.r1.match( lab ) == None:
763        print 'NON_COMPLIANT label', lab,k2, cls
764      rec, sup = ([id,mip,lab,'%s: %s' % (mip,lab), cls, refNote],[ttt,kkk])
765      if string.find( string.join( rec ), '__unset__' ) != -1:
766         print 'INFO.ppp.00003: ',rec, sup, lab,k2, cls, kl
767      if refNote == 'C4MIP.Lmon':
768        print 'WARN.051.00001: ',rec,sup, lab,k2, cls, kl
769##['6a7ed72e-98d7-11e5-9c3a-ac72891c3257', 'LUMIP', u'C4MIP-Lmon', u'LUMIP: C4MIP-Lmon', 'rev', u'C4MIP.Lmon'] ['new', u'C4MIP.Lmon'] C4MIP-Lmon C4MIP.Lmon rev 1
770      tmp[id].append(  (rec, sup) )
771
772sh = shelve.open( '%s/requestVarGroup' % odir, 'n' )
773sh['__info__'] = { 'label':'requestVarGroup', 'title':'Identify variable groups' }
774sh['__cols__'] = [ 'uuid', 'mip', 'label','title','ref','refNote']
775sss = collections.defaultdict( list )
776for id in tmp.keys():
777  dosh = False
778  trc = '>'
779  if len(tmp[id]) == 1:
780    rec,sup = tmp[id][0]
781    dosh = True
782    tr = 1
783  else:
784    s = {tuple(sup) for rec,sup in tmp[id]}
785    if len(s) == 1:
786      rec,sup = tmp[id][0]
787      dosh = True
788      tr=2
789    else:
790      tr=3
791      print 'ERROR.070.0020: ambiguous variable groups '
792      for l in tmp[id]: 
793        print l
794  if sup[0] not in ['new','CMIP5Rev']:
795      ttt, kkk = sup
796      lab = '%s-%s' % (ttt,kkk)
797      cls, refNote = rec[-2:]
798      rec = [id,ttt,lab,'%s: %s' % (ttt,kkk), cls, refNote]
799      print 'INFO:070.0001: modifying record: %s  --> %s' % (mip,ttt)
800      tr += 0.5
801      trc += 'mod:'
802  kc = '%s.%s' % (rec[-2],rec[-1])
803  if rec[-2] == 'CCMI':
804    kc = '%s1.%s' % (rec[-2],rec[-1])
805    print 'WARN.080.08100: adjusting CCMI  to CCMI1: ',rec
806  if kc == 'SPECS.6hr':
807     print kc, rec, tr
808  if kc[:4] == 'CCMI':
809     print 'INFO.cccc: ',rec
810  sss[kc].append( id )
811  rvguids.add( rec[0] )
812  uidgen[ kc ] = uid1(uid=rec[0])
813
814  if rec[3] in ['CMIP6 CMOR Table: Oyr',]:
815     print 'INFO.ppp.00001: omitting ',rec
816  else:
817    sh[rec[0]] = rec
818
819a = {k for k in sss.keys() if len(sss[k]) > 1}
820if len(a) > 0:
821  for k in a:
822    print 'SEVERE.090.0001: ',k,sss[k]
823
824##
825## appears to have become redundant
826##
827dosi = False
828if dosi:
829  for k in ['seaiceday', 'seaicemon']:
830    id =  str( uuid.uuid1() )
831    mip = 'SIMIP'
832    lab = '%s-%s' % (mip,k)
833    title = '%s: %s' % (mip,k)
834    cls = 'newOrp'
835    refNote = '%s.%s' % (mip,k)
836    rvguids.add( id )
837    sh[id] = [id,mip,lab,title, cls, refNote]
838    lookup1[cls].d[refNote].append(id)
839     
840## add CMIP5 groups .........
841for g in cmip5tbs:
842  kc = '%s.%s' % (g[-2],g[-1])
843  sss[kc].append( g[0] )
844  rvguids.add( g[0] )
845  if g[3] in ['CMIP6 CMOR Table: Oyr',]:
846     print 'INFO.ppp.00002: omitting ',g
847  else:
848    sh[g[0]] = g[:]
849sh.close()
850
851##############################################
852a = {k for k in sss.keys() if len(sss[k]) > 1}
853if len(a) > 0:
854  for k in a:
855    print 'SEVERE.090.0002: ',k,sss[k]
856##############################################
857
858sh = shelve.open( '%s/requestVarSections' % odir, 'n' )
859sh['__info__'] = { 'label':'requestVarGroup', 'title':'Identify variable groups' }
860sh['__cols__'] = [ 'uuid', 'gpid', 'mip', 'label','title','ref','refNote']
861## add CMIP5 groups .........
862for g in cmip5gps:
863  sh[g[0]] = g[:]
864sh.close()
865########
866######## this does not work .... the variables need to be added to "revTabItems", with link to variable group associated with the CMIP5 group.
867######## latter should be available through "CMIP5-Omon_3d" etc....:w
868
869##
870
871err001 = collections.defaultdict( int )
872sh = shelve.open( '%s/groupItems' % odir, 'n' )
873sh['__info__'] =  {'label':'groupItems', 'title':'List of items in new groups', 'description':"New groups" }
874##(u'DYVR_daily', u'utendnogw', '', u'daily', '', '', '', '', '', u'DynVar', 'DynVar', '772da0b6-25b6-11e5-8cf6-ac72891c3257')
875sh['__cols__'] = ['group','var','table','freq','', 'shape', '', '', '','mip','mip?','uuid','rowIndex','new','gpid','vkey','vid']
876for k in ee0_p1.keys():
877    kkk = '%s.%s' % (ee0_p1[k][10],ee0_p1[k][0])
878    ##if not sx2e.ngmap.has_key(kkk):
879    if lookup1['new'].d.has_key(kkk):
880       id = lookup1['new'].d[kkk][0] 
881    elif lookup1['newOrp'].d.has_key(kkk):
882       id = lookup1['newOrp'].d[kkk][0] 
883    else:
884       id = None
885       err001[kkk] += 1
886    r = ee0_p1[k][:]
887    if id != None:
888      r[-2] = 1
889      r[-1] = id
890    else:
891      r[-2] = -1
892      r[-1] = '__none__'
893    t = ee0_xref[k][0]
894    r += [t[0],t[1][0]]
895    sh[k] = r[:]
896sh.close()
897
898sh = shelve.open( '%s/requestLinks' % odir, 'n' )
899sh['__info__'] = { 'label':'requestLinks', 'title':'Links from variable groups to a request id' }
900sh['__cols__'] = [ 'uid', 'mip', 'tab','objective','grid','gridreq','comment','opt','opar','preset','ref','refNote','refid']
901ndup = 0
902for k in shlnks.keys():
903  if k[0] != '_':
904    k1 = '%s.%s' % (shlnks[k][1],shlnks[k][2])
905    preset = shlnks[k][9]
906    assert kmapk2.has_key(k1), 'Key missing  %s, %s' % (k,k1)
907    if not kmapk2.has_key(k1):
908      #print '###########',shlnks[k]
909      pass
910    else:
911      ttt,kkk = kmapk2[k1]
912
913      if shbx.revisedTabKeysNM.has_key(k1):
914        print 'INFO.010.0010: Replacing link for %s' % k1
915        id = shbx.revisedTabKeysNM[k1]
916      else:
917        id = lookup1[ttt].d[kkk][0]
918
919      if preset > -1:
920        print 'INFO.aaa.00100: ', shlnks[k], kmapk2[k1], id
921      sh[k] = list( shlnks[k] ) + list( kmapk2[k1] ) + [id,]
922      if id not in rvguids:
923        print 'ERROR.080.06005: Request variable group link broken:', sh[k]
924    if sh[k][0] == sh[k][-1]:
925      print 'DUPLICATE LINK:',k,sh[k]
926      ndup += 1
927print 'INFO: Number of duplicates %s (%s)' % (ndup, len(sh.keys()))
928sh.close()
929## link to group items is now via mip + group id, using stuff from kmapk2 ....
930
931dorest = True
932
933class psort(object):
934
935   def __init__(self):
936     pass
937
938   def p(self,z):
939     return tabpri.get(z,9)
940
941   def cmp(self,x,y):
942     return cmp( self.p(x), self.p(y) )
943
944if dorest:
945 tabpri = { 'SPECS':2, 'CMIP5':0, 'CORDEX':3, 'PMIP3':4 }
946
947 gg = {}
948 for k in sx.eeold.keys():
949  if sx.eeold[k][7][:6] == 'mv.005':
950    gg[sx.eeold[k][1]] = k
951###
952### BUT need to get full OMIP records in here ......
953 cmip5GroupCol = collections.defaultdict( list )
954 sh = shelve.open( '%s/refTableItems' % odir, 'n' )
955 sh['__info__'] =  {'label':'refTableItems', 'title':'List of items in reference tables', 'prov':'sx.ee_mip' }
956 sh['__cols__'] = ['uuid', 'comment', 'deflate_level', 'shuffle', 'ok_max_mean_abs', 'flag_meanings', \
957                          'type', 'ok_min_mean_abs', 'standard_name', 'deflate', 'long_name', 'valid_min',\
958                           'cell_methods', 'flag_values', 'cell_measures', 'out_name', 'modeling_realm', 'units',\
959                           '#cell_methods', 'valid_max', 'positive', 'var', 'mipTable','dimensions','vid','gpid','ssect','priority'] 
960
961## added gpid for link to variable group .... not clear at this point how OMIP to be dealt with here.
962## for sections, perhaps need new section linking sections to groups ....
963
964 vdefex = {}
965 rwixkkk = 0
966 for k in sx.ee_mip.keys():
967  gpid = '__group_unknown__'
968  rwix = 0
969  mipt = sx.ee_mip[k][22]
970  if shbx.tabuuid.has_key( mipt ):
971    gpid = shbx.tabuuid[mipt]
972  p = 0
973  ssect = ''
974  if mipt[:4] in { "CMIP", "CCMI", "SPEC", "CORD"}:
975    m,t = string.split( mipt, '_' )
976# output name
977    v0 = sx.ee_mip[k][15]
978# variable name
979    v1 = sx.ee_mip[k][21]
980    if type(v0) == type( 'y' ) and v0 not in ['', ' ']:
981      v1 = v0
982
983    if m == "CMIP5":
984      assert cmip5gplk.has_key(t), 'ERROR.009.0010: CMIP5 table link not found for %s' % mipt
985      gpid = cmip5gplk[t]
986      assert sx.cmip5so.so.has_key(t), 'Key %s not found in cmip5.so keys' % t
987      if not sx.cmip5so.so[t].a.has_key(v1):
988        print 'ERROR.030.0001: Variable %s not found in cmip5so %s' % (v1,t)
989        p = 0
990      else:
991        p = sx.cmip5so.so[t].a[v1][0]
992        rwix = sx.cmip5so.so[t].a[v1][-2]
993        si = sx.cmip5so.so[t].a[v1][-1]
994        rwix = rwix + 200*si
995
996## the "Oyr" group is for import, not needed in request
997      if t in cmip5GroupsIx and t not in ['Oyr','Amon']:
998      ##assert cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v1) or cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v0), '%s not found in table %s' % (v1,t)
999        if not (cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v1) or cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v0) ):
1000           print 'ERROR.080.0020: %s not found in table %s' % (v1,t)
1001        else:
1002          if cmip5GroupsIVAR[t].has_key(v1):
1003            gp = cmip5GroupsIVAR[t][v1]
1004          else:
1005            gp = cmip5GroupsIVAR[t][v0]
1006##
1007## collect variables in each group, along with key and priority, to create "revTabItems"
1008##
1009        cmip5GroupCol[ gp ].append( (v1,k,p) )
1010    else:
1011       thisk = '%s.%s' % (m,t)
1012       if thisk in shbx.tabuuid:
1013         gpid = shbx.tabuuid[thisk]
1014       else:
1015         gpid = uidgen[thisk].uid
1016       
1017  elif mipt[:5] == "OMIP.":
1018####
1019#### this would be the place to create "OMIP.Omon_3d" and "OMIP.Omon_oth"
1020####
1021#### also need to generate "OMIP.Oyr_3dtr" ....
1022####
1023#### some information added to tabsectbyvar in dreq_utils
1024####
1025#### might be cleaner in framework/scanDreq ...
1026####
1027####
1028    m,t = string.split( mipt, '.' )
1029# output name
1030    v0 = sx.ee_mip[k][15]
1031# variable name
1032    v1 = sx.ee_mip[k][21]
1033    if type(v0) == type( 'y' ) and v0 not in ['', ' ']:
1034      v1 = v0
1035## check to see if sections are defined.
1036    if shbx.tabsectbyvar.has_key(m):
1037      tv = '%s.%s' % (t,v1)
1038      if shbx.tabsectbyvar[m].has_key(tv):
1039        gpid = shbx.tabsectuuid[m][ '%s.%s' % (t,shbx.tabsectbyvar[m][tv][2]) ]
1040        rwix = shbx.tabsectbyvar[m][tv][3]
1041        ssect = shbx.tabsectbyvar[m][tv][2]
1042        p = shbx.tabsectbyvar[m][tv][1]
1043        rwixkkk += 1
1044
1045    if gpid == '__group_unknown__':
1046      print 'ERROR.040.0010: OMIP group not found %s, %s, %s' % (mipt,v0,) 
1047  elif gpid == '__group_unknown__':
1048    print 'ERROR:040.0011: failed to set gpid: ',sx.ee_mip[k]
1049  omit = False
1050  if not sx.ee_xref_bck.has_key( k ):
1051    r1 = sx.ee_mip[k][1]
1052    if r1 in ['','29'] or r1[:23] == 'Reference to literature' or r1[:15] == '(copied from 3D':
1053       print 'WARN.002.0003: dud record',sx.ee_mip[k], sx.ee_mip[k][-2][:4] 
1054       omit = True
1055    elif sx.ee_mip[k][-2][:4] == 'OMIP':
1056       print 'ERROR.002.0004: no back references %s' % str(sx.ee_mip[k])
1057    else:
1058      print 'ERROR.002.0003: no back references %s' % str(sx.ee_mip[k])
1059    kl = ['__none__',]
1060    vnam0 = ''
1061  else:
1062    kl = sx.ee_xref_bck[ k ]
1063    if len(kl) != 1:
1064      print 'ERROR.002.0001: multiple back references %s' % str(kl)
1065      #print sx.ee_mip[k]
1066    kv = kl[0]
1067    r = sx.eeold[kv]
1068    vnam0 = r[1]
1069    kit = 0
1070    itl = []
1071    while r[8] not in [ '','null','Depricated'] and r[8][0] != '*':
1072      itl.append(r)
1073      if ee_mv0.has_key(r[8]):
1074        kv = ee_mv0[ r[8] ]
1075        r = sx.eeold[kv]
1076      else:
1077        print 'ERROR.002.0002: ambiguous back reference: %s' % str(r)
1078      kit += 1
1079      assert kit < 5, 'Too many iterations: %s,\n%s' % (str(r),str(itl))
1080      if kit > 1:
1081        print 'WARNING.002.0001: chained reference: %s' % str(r)
1082    kl = [kv,]
1083  if not omit:
1084## count refs, for use in determining where to create group records ....
1085    tabuuidrefs[gpid] += 1
1086    if r[1] != vnam0:
1087      print 'INFO.0001.001: name change:',r,vnam0
1088    vdefex[k] = list(r) + [vnam0,] 
1089    if len( sx.ee_mip[k][:] ) != 24:
1090      print 'ERROR.015.0002: Bad record length %s: %s' % (k,sx.ee_mip[k])
1091    rec = sx.ee_mip[k][:]  + [kl[0],gpid,rwix,p]
1092    if rec[21] == u'bsi' or rec[15] == u'bsi':
1093      print 'INFO.999.00001: ',[rec[i] for i in [15,21,22,25]]
1094    sh[k] = sx.ee_mip[k][:]  + [kl[0],gpid,rwix,ssect,p] 
1095    if gpid not in rvguids:
1096        print 'ERROR.080.06006: Request variable group link broken:', sh[k]
1097 sh.close()
1098
1099 sha = shelve.open( 'dreq_consol_tables_reviewed_a_v%s' % vdate )
1100 shb = shelve.open( 'dreq_consol_tables_reviewed_b_v%s' % vdate )
1101 keys = shb.keys()
1102 keys.sort()
1103 k0 = []
1104 for k in shbx.revisedTabKeysff:
1105   bb = string.split(k, '.' )
1106   if len(bb) == 2:
1107     k0.append( tuple(bb) )
1108
1109 sh = shelve.open( '%s/revTabItems' % odir, 'n' )
1110 sh['__info__'] =  {'label':'revTabItems', 'title':'List of items in revised tables', 'description':"uuid (col 3) references an item in 'refTableItems'", 'prov':'from dreq_consol_tables_reviewed_b_v%s, cross-referenced with sx.ee_miptables_old' % vdate }
1111 sh['__cols__'] = ['var','table','mip','uuid','priority']
1112####
1113 dop = dopen('check3')
1114 kr = 0
1115 krn = 0
1116
1117 for m,t in k0:
1118  vars = shb[ '%s.%s' % (m,t) ]
1119  print 'INFO.003.0001: ',m,t, sorted( vars.keys() )[:3]
1120  ee = {}
1121  ff = {}
1122##
1123## inclusion of CFMIP here was an error ....
1124  if m in ["OMIP",'CFMIPx']:
1125    rk = '%s.%s' % (m,t)
1126  else:
1127    rk = 'CMIP5_%s' % t
1128
1129  if not sx.ee_miptables_old.has_key(rk):
1130     print 'ERROR.003.0002: key %s not found ' % rk
1131  else:
1132    for u in sx.ee_miptables_old[rk]:
1133      ee[ sx.ee_mip[u][21] ] = u
1134      if vdefex.has_key(u):
1135        if vdefex[u][1] != sx.ee_mip[u][21]:
1136          ff[vdefex[u][1]] = u
1137      ##if sx.ee_xref_bck.has_key(u):
1138
1139    for v0 in vars.keys():
1140      v = string.strip( v0 )
1141      r = sha['records'][vars[v0][0]]
1142      if not ee.has_key(v):
1143        if ff.has_key(v):
1144          print 'INFO ... rename found',v
1145          thisu = ff[v]
1146        elif v[:7] == 'include':
1147          thisu = '__inc__'
1148        else:
1149          thisu = None
1150          if sx.ee_byvar.has_key( v ):
1151             tabs = map( lambda x: sx.ee_mip[x][-2], sx.ee_byvar[v] )
1152             tbs = map( lambda x: string.split(x, '_' )[-1], tabs )
1153             cls = map( lambda x: string.split(x, '_' )[0], tabs )
1154             if t in tbs:
1155               cl0 = []
1156               for k in range(len(tbs)):
1157                 if tbs[k] == t:
1158                    cl0.append( cls[k] )
1159
1160               cl0.sort( psort().cmp )
1161               ix = tabs.index( '%s_%s' % (cl0[0],t) )
1162               print 'WARN.003.0001 var not found -- alternative table used [%s]: %s (%s, %s)' % (cl0[0],v,m,t)
1163               thisu = sx.ee_byvar[v][ix]
1164               
1165             ##print map( lambda x: sx.ee_mip[x][-2], sx.ee_byvar[v] )
1166          elif m in ['OMIP','CFMIP'] and gg.has_key(v):
1167            print 'INFO.003.00010: new %s var found: %s' % (m,v)
1168            thisu = '__new.%s__' % m
1169            krn += 1
1170            id =  str( uuid.uuid1() )
1171            dop.a[ '%s3' % string.lower( m ) ].write( string.join( [id,] + map(lambda x: r[x],[4,0,5,2,7]) + ['%s_%s' % (m,t),'mv.006.%4.4i' % krn], '\t' ) + '\n' )
1172         
1173          if thisu == None:
1174            print 'ERROR.003.0001 var not found: %s (%s, %s)' % (v,m,t)
1175            thisu = "__var_not_found__"
1176
1177          if m == 'OMIP':
1178            kr += 1
1179            sr =  map(str,r)
1180            dop.a['omip'].write( string.join( map(str,r), '\t' ) + '\n' )
1181            dop.a['omip2'].write( string.join( map(lambda x: r[x],[4,0,5,2,7]) + ['%s_%s' % (m,t),'mv.005.%4.4i' % kr], '\t' ) + '\n' )
1182         
1183      else:
1184        thisu = ee[v]
1185      kv = str( uuid.uuid1() )
1186      sh[kv] = [v,t,m,thisu,vars[v0][1]]
1187
1188        ### cmip5GroupCol[ gp ].append( (v1,k,p) )
1189 gpextra = []
1190 for gp in cmip5GroupCol.keys():
1191   for v,k,p in cmip5GroupCol[gp]:
1192     kv = str( uuid.uuid1() )
1193     rec = [v,gp,'CMIP5',k,int(p)]
1194     gpextra.append(rec)
1195     sh[kv] = rec[:]
1196 dop.close('omip',rename='omip.csv')
1197 dop.close('omip2',rename='omip2.csv')
1198 dop.close('omip3',rename='omip3.csv')
1199 sh.close()
1200
1201 sh = shelve.open( '%s/requestVarGroup' % odir )
1202## add OMIP (+ ....?)
1203 nomip = 0
1204 for k in shbx.tabuuid.keys():
1205   if k[0] != '_':
1206  ####cmip5tbs.append( [u,"CMIP6",k,"CMIP6 CMOR Table: %s" % k, "CMIP5", "CMIP5 MIP Table: %s" % k] )
1207     if tabuuidrefs[shbx.tabuuid[k]]  > 0:
1208        mip,tab = string.split( k, '.' )
1209        u = shbx.tabuuid[k]
1210        if mip in {u'OMIP', 'OMIP'}:
1211          lab = '%s-%s' % (mip,tab)
1212        else:
1213          lab = tab
1214        sh[u] = [u,mip,lab,"CMOR Table variant: %s" % k, "CMIP5Rev", k ]
1215####'OMIP', u'OMIP-fx', u'OMIP: OMIP-fx', 'CMIP5Rev', u'OMIP.fx'
1216        print 'INFO: ADDING GROUP: %s' % str(sh[u])
1217        nomip += 1
1218 sh.close()
1219 print nomip
1220
1221
1222 wb = utils_wb.workbook( 'CMIP6DataRequest_ConsolidatedExperiments_20151028.xls' )
1223 sht = wb.book.sheet_by_name( 'Experiments' )
1224 p = dreq_utils.prconsolexpt()
1225 p.parse(sht)
1226
1227## info about the deck to fill in.
1228 wb2 = utils_wb.workbook( 'CMIP6DataRequest_deckInfo.xls' )
1229 sht2 = wb2.book.sheet_by_name( 'Experiments' )
1230
1231## appends records to "p.records"
1232 p.parse(sht2)
1233
1234 sh = shelve.open( '%s/experiments' % odir, 'n' )
1235 sh['__info__'] = { 'label':'experiments', 'title':'Experiments', 'prov':'ConsolidatedExperiments' }
1236 sh['__cols__'] = ['uuid','egid','label','description','mip','mcfg','tier','nstart','starty','endy','yps','ensz','ntot','comment']
1237 ##['label','group','mip','description','modelClass','tier','nstart','starty','endy','yps','ensz','ntot','comment']
1238 eegg = {}
1239 eetm = collections.defaultdict( set )
1240 eent = collections.defaultdict( int )
1241 for r in p.records:
1242   u = str( uuid.uuid1() )
1243   gp = r[1]
1244   if not eegg.has_key(gp):
1245     eegg[gp] = str( uuid.uuid1() )
1246 
1247   eetm[gp].add( r[5] )
1248   eent[gp] += r[11]
1249   label = labcoerce( r[0] )
1250   oo = [u,eegg[gp],label]
1251   for j in [3,2,4,5,6,7,8,9,10,11,12]:
1252     oo.append( r[j] )
1253   sh[u] = oo[:]
1254 sh.close()
1255
1256 sh = shelve.open( '%s/exptGroups' % odir, 'n' )
1257 sh['__info__'] = { 'label':'exptGroups', 'title':'Experiment groups', 'prov':'ConsolidatedExperiments' }
1258 sh['__cols__'] = ['uuid','label','tiermin','ntot']
1259 for k in eegg.keys():
1260   if not eegg.has_key(gp):
1261     eegg[gp] = str( uuid.uuid1() )
1262 
1263   lab = labcoerce(k)
1264   oo = [eegg[k],lab,min(eetm[k]),eent[k]]
1265   sh[oo[0]] = oo[:]
1266 sh.close()
1267
1268print uidgen.keys()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.