source: CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/scanDreq.py @ 680

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/exarch/CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/scanDreq.py@680
Revision 680, 30.8 KB checked in by mjuckes, 4 years ago (diff)

near release

Line 
1from dreqPy import dreq
2import collections, string, os, utils_wb
3import htmlTemplates as tmpl
4import xml, re, uuid
5import xml.dom, xml.dom.minidom
6import sets
7import xlsxwriter
8
9from utils_wb import uniCleanFunc
10from utils_wb import workbook
11
12if os.path.isfile( 'refDefaultP.txt' ):
13  refpix = {}
14  for l in open( 'refDefaultP.txt' ).readlines():
15    bits = string.split( string.strip(l), '\t' )
16    assert len(bits) == 4, 'Bad record found in %s' % 'refDefaultP.txt'
17    refpix[bits[0]] = (bits[1],bits[2], int(bits[3]) )
18else:
19  refpix = None
20
21empty=re.compile('^$')
22
23src1 = '../workbook/trial2_20150831.xml'
24
25dq = dreq.loadDreq(dreqXML=src1)
26inx = dq.inx
27##inx.makeVarRefs()
28ix_rql_uid = {}
29ix_rqvg_uid = {}
30ix_ovar_uid = {}
31ix_gpi_uid = {}
32list_gp_ovar = collections.defaultdict( list )
33xr_var_ovar = collections.defaultdict( list )
34xr_var_gpi = collections.defaultdict( list )
35rql_by_name = collections.defaultdict( list )
36
37def makeVarRefs(uid, var, iref_by_uid):
38    varRefs = {}
39    for thisuid in var.uid.keys():
40      if iref_by_uid.has_key(thisuid):
41        ee1 = collections.defaultdict( list )
42        for k,i in iref_by_uid[thisuid]:
43          thisi = uid[i]
44          sect = thisi._h.label
45          if sect == 'groupItem':
46            ee1[sect].append( '%s.%s' % (thisi.mip, thisi.group) )
47          elif sect == 'ovar':
48            ee1[sect].append( thisi.mipTable )
49          elif sect == 'revisedTabItem':
50            ee1[sect].append( '%s.%s' % (thisi.mip, thisi.table) )
51        varRefs[thisuid] = ee1
52    return varRefs
53
54varRefs = makeVarRefs( inx.uid, inx.var, inx.iref_by_uid)
55
56class addUnits(object):
57  def __init__(self,dq,wbi='units/units.xlsx'):
58    eqs = [('N m-1', 'kg s-2', 'J m-2'), ('Pa', 'N m-2', 'kg m-1 s-2'), ('cm-1','km-1','m-1')     ]
59    eqss = ['N m-1','Pa','m-1','m','s','1','m s-2','m2','m3' ]
60
61    wb = workbook( wbi )
62    sh = wb.book.sheet_by_name('units')
63    self.repl = {}
64    self.uu = {}
65    for j in range(1,sh.nrows):
66      r = sh.row(j)
67      if len(r) > 5 and r[5].value != u'':
68        self.repl[ r[0].value ] = r[5].value
69      else:
70        self.uu[r[0].value] = [x.value for x in r]
71
72    for k in self.repl:
73      if self.repl[k] not in self.uu:
74        print 'Bad replacement found: %s --> %s' % (k,self.repl[k])
75
76    for i in dq.coll['var'].items:
77      if i.units in self.repl:
78        u = self.repl[i.units]
79      else:
80        u = i.units
81      u = string.strip(u)
82      if str(u) == '1.0':
83        u = '1'
84      if u not in self.uu:
85        print 'UNITS NOT FOUND: %s (%s)' % (u,i.label)
86
87  def uid(self,u0):
88    if u0 in self.repl:
89      u = self.repl[u0]
90    else:
91      u = u0
92    if u in self.uu:
93      return self.uu[u][7]
94    else:
95      return None
96
97
98class updates(object):
99  delToks = sets.Set( ['inc','omit'] )
100  def __init__(self,fndup,fnmult,idir='rev1'):
101    assert os.path.isdir( idir ), 'Directory %s not found' % idir
102    self.fdup = '%s/%s' % (idir,fndup)
103    self.fmult = '%s/%s' % (idir,fnmult)
104    for p in [self.fdup,self.fmult]:
105      assert os.path.isfile( p ), 'File %s not found' % p
106    self.repl = {}
107    self.upd = {}
108    self.twins = []
109    self.ddel = {}
110    self.cmvrepl = {}
111
112  def writeCmvUpd( self, inx, fnrp='CMVreplace.csv'):
113    oo = open( fnrp, 'w' )
114    for k in self.cmvrepl.keys():
115      if inx.iref_by_uid.has_key(k):
116        kn = self.cmvrepl[k]
117        for tag,ki  in inx.iref_by_uid[k]:
118           vu = [ inx.uid.has_key(kk) for kk in [k,kn,ki] ]
119           if all( vu ):
120             oo.write( '%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n' % (k,kn,tag,ki, inx.uid[k].label,  inx.uid[kn].label, inx.uid[ki].label) )
121           else:
122             print 'ERROR.088.0003: Bad index in replace info: %s .. %s .. %s' % ( str([k,kn,ki]), str(vu), tag )
123      else:
124        print 'ERROR.088.0004: Bad index in replace info: %s' %  k
125    oo.close()
126
127  def writeVarUpd(self, inx, fnrp='uuidreplace.csv', fnrm='uuidremove.csv', fnup='uuidupdate.csv'):
128    oo = open( fnrp, 'w' )
129    oo2 = open( fnrm, 'w' )
130    for k in self.repl.keys():
131      if inx.iref_by_uid.has_key(k):
132        kn = self.repl[k]
133        for tag,ki  in inx.iref_by_uid[k]:
134           vu = [ inx.uid.has_key(kk) for kk in [k,kn,ki] ]
135           if all( vu ):
136             oo.write( '%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n' % (k,kn,tag,ki, inx.uid[k].label,  inx.uid[kn].label, inx.uid[ki].label) )
137           else:
138             print 'ERROR.088.0001: Bad index in replace info: %s .. %s .. %s' % ( str([k,kn,ki]), str(vu), tag )
139      else:
140        oo2.write( k + '\n' )
141    oo.close()
142    oo2.close()
143    oo = open( fnup, 'w' )
144    for k in self.upd.keys():
145        ee = self.upd[k]
146        oo.write( string.join( [k,ee['provNote'],string.join(ee['tags']),ee['label'], ee['title'] ], '\t') + '\n' )
147    oo.close()
148
149  def scandup(self):
150    ii = open( self.fdup ).readlines()
151    nn = (len(ii)-1)/2
152    for i in range(nn):
153      l1 = string.split( ii[i*2+1], '\t' )
154      l2 = string.split( ii[i*2+2], '\t' )
155      xx = l1[8:10]
156      yy = l2[8:10]
157      if xx[1] == '' and yy[1] == xx[0]:
158        ths = 0
159        assert not self.repl.has_key( yy[0] ), 'duplicate replacement request for %s' % yy[0]
160        self.repl[ yy[0] ] = yy[1] 
161      elif yy[1] == '' and xx[1] == yy[0]:
162        ths = 1
163        assert not self.repl.has_key( xx[0] ), 'duplicate replacement request for %s' % xx[0]
164        self.repl[ xx[0] ] = xx[1] 
165      elif l1[10] == 'twin' and  l2[10] == 'twin':
166        ths = 2
167        self.twins.append( l1[8] )
168        self.twins.append( l2[8] )
169      elif l1[10] in self.delToks and l2[10] in self.delToks:
170        ths = 3
171        self.ddel[ l1[8] ] = (l1[10],l1[11])
172        self.ddel[ l2[8] ] = (l2[10],l2[11])
173      elif xx[1] == '' and yy[1] == "":
174        print 'WARN.087.00001: uncorrected duplication ..... %s ' %  str( l1[:5] )
175      else:
176        ths = -1
177        print 'ERROR.xxx.0001: Match failed'
178        print l1
179        print l2
180        assert False
181
182  def scancmvdup(self):
183    wb = workbook( 'csv2/CMORvar.xls' )
184    sht = wb.book.sheet_by_name( 'Sheet1' )
185    for i in range(sht.nrows):
186      rr = sht.row(i)
187      if len(rr) == 21 and str( rr[20].value ) != '':
188        kn = rr[20].value
189        ko = rr[18].value
190        vn = rr[0].value
191        self.cmvrepl[ ko ] = kn
192        print '%s: replace %s with %s' % (vn,ko,kn)
193
194  def scanmult(self):
195    ii = open( self.fmult ).readlines()
196    nn = (len(ii)-1)/3
197    for i in range(nn):
198      l1 = string.split( ii[i*3+1], '\t' )
199      l2 = string.split( ii[i*3+2], '\t' )
200      l3 = string.split( ii[i*3+3], '\t' )
201      yy = [l1[9],l2[9],l3[9]]
202      xx = [l1[8],l2[8],l3[8]]
203      zz = (l1,l2,l3)
204      for j in range(3):
205        if yy[j] != '':
206          assert yy[j] in xx, 'Invalid replacement option, %s' % yy[j]
207          assert  not self.repl.has_key( xx[j] ), 'duplicate replacement request for %s' % xx[j]
208          self.repl[ xx[j] ] = yy[j]
209        elif zz[j][10] == 'twin':
210          self.twins.append( zz[j][8] )
211        elif zz[j][11] == 'update':
212          tags = map( string.strip, string.split( zz[j][13], ',' ) )
213          self.upd[ xx[j] ] = { 'provNote':zz[j][12], 'tags':tags, 'label':zz[j][0], 'title':zz[j][1] }
214
215###
216### varDup and varMult created in first parse ----- then editted to select options
217### 2nd pass through then generates the replace and remove options -- taking into account cross references
218### the results of the 2nd pass go back to ../workbook to generate a new set of inputs.
219###
220up = updates('varDup.csv', 'varMult.csv', idir='rev2')
221up.scandup()
222up.scancmvdup()
223up.scanmult()
224
225urep = False
226urep = True
227if urep:
228  up.writeVarUpd( inx, fnrp='uuidreplace.csv', fnrm='uuidremove.csv', fnup='uuidupdate.csv')
229  up.writeCmvUpd( inx, fnrp='CMVreplace.csv')
230  ##oo = open( 'uuidreplace.csv', 'w' )
231  ##oo2 = open( 'uuidremove.csv', 'w' )
232  ##for k in up.repl.keys():
233    ##if inx.iref_by_uid.has_key(k):
234      ##kn = up.repl[k]
235      ##for tag,ki  in inx.iref_by_uid[k]:
236         ##vu = [ inx.uid.has_key(kk) for kk in [k,kn,ki] ]
237         ##if all( vu ):
238           ##oo.write( '%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n' % (k,kn,tag,ki, inx.uid[k].label,  inx.uid[kn].label, inx.uid[ki].label) )
239         ##else:
240           ##print 'ERROR.088.0001: Bad index in replace info: %s .. %s .. %s' % ( str([k,kn,ki]), str(vu), tag )
241    ##else:
242      ##oo2.write( k + '\n' )
243  ##oo.close()
244  ##oo2.close()
245  ##oo = open( 'uuidupdate.csv', 'w' )
246  ##for k in up.upd.keys():
247      ##ee = up.upd[k]
248      ##oo.write( string.join( [k,ee['provNote'],string.join(ee['tags']),ee['label'], ee['title'] ], '\t') + '\n' )
249  ##oo.close()
250else:
251  oo2 = open( 'uuidremove2.csv', 'w' )
252  for i in dq.coll['var'].items:
253    if not inx.iref_by_uid.has_key(i.uid):
254      oo2.write( string.join( [i.uid,i.label,i.title,i.prov,i.description], '\t') + '\n' )
255  oo2.close()
256
257### check back references.
258nbr = 0
259lbr = []
260for k in inx.iref_by_uid.keys():
261  if not inx.uid.has_key(k):
262   nbr += 1
263   lbr.append(k)
264print 'Missing references: ', nbr
265### can now apply mappings, create updated records and write to new xml?
266
267for i in dq.coll['requestLink'].items:
268   rql_by_name[i.label].append( i.uid )
269   ix_rql_uid[i.uid] = i
270
271for i in dq.coll['requestVarGroup'].items:
272   ix_rqvg_uid[i.uid] = i
273
274
275if dq.coll.has_key( 'revisedTabItem' ):
276  thisk = 'revisedTabItem'
277else:
278  thisk = 'requestVar'
279oo = open( 'uuidinsert.csv', 'w' )
280for i in dq.coll[thisk].items:
281  if i.uid == '__new__':
282    if inx.var.label.has_key( i.label ):
283      if len( inx.var.label[i.label] ) == 1:
284        v = inx.uid[ inx.var.label[i.label][0] ]
285        oo.write( string.join( ['unique',i.label,v.label,v.uid,v.prov,i.mip], '\t' ) + '\n' )
286      else:
287        oo.write( string.join( ['ambiguous',i.label,i.mip,str(len(inx.var.label[i.label] ) ) ], '\t' ) + '\n' )
288oo.close()
289   
290oo = open( 'varMult.csv', 'w' )
291oo2 = open( 'varDup.csv', 'w' )
292oo3 = open( 'varStar.csv', 'w' )
293hs = ['label','title','sn','units','description','prov','procnote','procComment','uid']
294oo.write( string.join(hs, '\t' ) + '\n' )
295oo2.write( string.join(hs, '\t' ) + '\n' )
296oo3.write( string.join(hs, '\t' ) + '\n' )
297ks = inx.var.label.keys()
298ks.sort()
299emptySet = sets.Set( ['','unset'] )
300def entryEq(a,b):
301  return a == b or (a in emptySet and b in emptySet)
302
303deferredRecs = []
304for k in ks:
305  if len(inx.var.label[k]) == 2:
306    v1 = inx.var.uid[inx.var.label[k][0]]
307    v2 = inx.var.uid[inx.var.label[k][1]]
308    cc = map( lambda x: entryEq( v1.__dict__[x], v2.__dict__[x]), ['title','sn','units','description']  )
309    if all(cc):
310### where duplicates are identical , collect and output at end of file.
311      pv1 = string.find( v1.__dict__['prov'], 'OMIP.' ) != -1
312      pv2 = string.find( v2.__dict__['prov'], 'OMIP.' ) != -1
313      if pv2:
314        vp = v2
315        vo = v1
316      else:
317        if not pv1:
318          print 'WARN.088.00002: no preference: %s, %s, %s' % (v1.__dict__['label'],v1.__dict__['prov'],v2.__dict__['prov'])
319        vp = v1
320        vo = v2
321      deferredRecs.append( string.join(map( lambda x: vo.__dict__[x], hs) + [vp.uid,'identical'], '\t' ) + '\n' )
322      deferredRecs.append( string.join(map( lambda x: vp.__dict__[x], hs) + ['',''], '\t' ) + '\n' )
323    else:
324      oo2.write( string.join(map( lambda x: v1.__dict__[x], hs) + ['',''], '\t' ) + '\n' )
325      oo2.write( string.join(map( lambda x: v2.__dict__[x], hs) + ['',''], '\t' ) + '\n' )
326     
327  elif len(inx.var.label[k]) > 1:
328    for i in inx.var.label[k]:
329      oo.write( string.join(map( lambda x: inx.var.uid[i].__dict__[x], hs), '\t' ) + '\n' )
330
331  if k[-2:] == '--':
332    for i in (inx.var.label[k] + inx.var.label[k[:-2]]):
333      oo3.write( string.join(map( lambda x: inx.var.uid[i].__dict__[x], hs), '\t' ) + '\n' )
334
335## output auto-filled records for identical duplicates at end of varDup file.
336for r in deferredRecs:
337  oo2.write( r )
338oo.close()
339oo2.close()
340oo3.close()
341
342
343
344vns = inx.var.label.keys()
345vns.sort()
346for v in vns:
347  if len( inx.var.label[v] ) > 1:
348     print 'INFO.001.0001:',v, string.join( map( lambda x: inx.var.uid[x].sn, inx.var.label[v] ), ';' )
349
350nok = 0
351nerr = 0
352if dq.coll.has_key( 'ovar' ):
353  thisk = 'ovar'
354else:
355  thisk = 'CMORvar'
356for i in dq.coll[thisk].items:
357   vid = i.vid
358   ix_ovar_uid[i.uid] = i
359   xr_var_ovar[vid].append( i.uid )
360   if not inx.var.uid.has_key(vid):
361     print 'missing key:',i.label, i.prov, vid
362     nerr += 1
363   else:
364     nok += 1
365
366class rqHtml(object):
367
368  def __init__(self,odir='./htmlSc/'):
369    self.odir = odir
370    if not os.path.isdir(odir):
371      os.mkdir(odir)
372
373  def mkRqlHtml(self,name):
374     ## [u'comment', u'uid', u'tab', u'title', u'label', u'grid', 'defaults', u'objective', u'mip', 'globalDefault', u'gridreq']
375    if len( rql_by_name[name] ) == 1:
376      self.mkRqlHtml01(rql_by_name[name][0], name )
377    else:
378      self.mkRqlHtmlGp(name)
379
380  def mkRqlHtmlGp(self,name):
381    ee = {}
382    ee['title'] = 'CMIP Request Link %s (with multiple definitions)' % name
383    self.pageName = 'rql__%s.html' % name
384    al =[]
385    for i in range( len( rql_by_name[name] ) ):
386      this = ix_rql_uid[rql_by_name[name][i]]
387      al.append( tmpl.item % {'item':'<a href="rql__%s__%s.html">[%s]</a>: %s' % (name,i,i,this.title) } )
388    ee['items'] = string.join(al, '\n' )
389    ee['introduction'] = ''
390    ee['htmlBody'] = tmpl.indexWrapper % ee
391    ee['htmlHead'] = '''<title>%(title)s</title>''' % ee
392    self.pageHtml = tmpl.pageWrapper % ee
393    self.write()
394    for i in range( len( rql_by_name[name] ) ):
395      self.mkRqlHtml01(rql_by_name[name][i],i)
396
397  def mkRqlHtml01(self,id, tag):
398    this = ix_rql_uid[id]
399    ee = {}
400    if this.label == tag:
401      ee['title'] = 'CMIP Request Link %s' % tag
402      self.pageName = 'rql__%s.html' % tag
403    else:
404      ee['title'] = 'CMIP Request Link %s[%s]' % (this.label,tag)
405      self.pageName = 'rql__%s__%s.html' % (this.label,tag)
406    atts = this.__dict__.keys()
407    atts.sort()
408    al =[]
409    for a in atts:
410      if a not in ['defaults','globalDefault']:
411        al.append( tmpl.item % {'item':'<b>%s</b>: %s' % (a,this.__dict__.get(a,'-- Not Set --')) } )
412    ee['items'] = string.join(al, '\n' )
413    ee['introduction'] = ''
414    ee['htmlBody'] = tmpl.indexWrapper % ee
415    ee['htmlHead'] = '''<title>%(title)s</title>''' % ee
416    self.pageHtml = tmpl.pageWrapper % ee
417    self.write()
418     
419  def mkVarHtml(self,name):
420    if len( inx.var.label[name] ) == 1:
421      self.mkVarHtml01(inx.var.label[name][0], name )
422    else:
423      self.mkVarHtmlGp(name)
424
425  def mkVarHtmlGp(self,name):
426    ee = {}
427    ee['title'] = 'CMIP Variable %s (with multiple definitions)' % name
428    self.pageName = 'var__%s.html' % name
429    al =[]
430    for i in range( len( inx.var.label[name] ) ):
431      this = inx.var.uid[inx.var.label[name][i]]
432      al.append( tmpl.item % {'item':'<a href="var__%s__%s.html">[%s]</a>: %s' % (name,i,i,this.title) } )
433    ee['items'] = string.join(al, '\n' )
434    ee['introduction'] = ''
435    ee['htmlBody'] = tmpl.indexWrapper % ee
436    ee['htmlHead'] = '''<title>%(title)s</title>''' % ee
437    self.pageHtml = tmpl.pageWrapper % ee
438    self.write()
439    ##print 'Multi var: %s' % name
440    for i in range( len( inx.var.label[name] ) ):
441      self.mkVarHtml01(inx.var.label[name][i],i)
442
443  def mkVarHtml01(self,id, tag):
444    this = inx.var.uid[id]
445    ee = {}
446    if this.label == tag:
447      ee['title'] = 'CMIP Variable %s' % tag
448      self.pageName = 'var__%s.html' % tag
449    else:
450      ee['title'] = 'CMIP Variable %s[%s]' % (this.label,tag)
451      self.pageName = 'var__%s__%s.html' % (this.label,tag)
452    atts = this.__dict__.keys()
453    atts.sort()
454    al =[]
455    for a in atts:
456      if a not in ['defaults','globalDefault']:
457        al.append( tmpl.item % {'item':'<b>%s</b>: %s' % (a,this.__dict__.get(a,'-- Not Set --')) } )
458
459    if inx.iref_by_uid.has_key(this.uid):
460      assert varRefs.has_key(this.uid), 'Problem with collected references'
461      ee1 = varRefs[this.uid]
462      ks = ee1.keys()
463      ks.sort()
464      for k in ks:
465        al.append( tmpl.item % {'item':'<b>%s</b>: %s' % (k,string.join(ee1[k])) } )
466    ee['items'] = string.join(al, '\n' )
467    ee['introduction'] = ''
468    ee['htmlBody'] = tmpl.indexWrapper % ee
469    ee['htmlHead'] = '''<title>%(title)s</title>''' % ee
470    self.pageHtml = tmpl.pageWrapper % ee
471    self.write()
472
473  def varHtml(self):
474    for k in inx.var.label.keys():
475      self.mkVarHtml(k)
476 
477  def rqlHtml(self):
478    for k in rql_by_name.keys():
479      self.mkRqlHtml(k)
480 
481  def write(self):
482    oo = open( '%s/%s' % (self.odir,self.pageName), 'w' )
483    oo.write( self.pageHtml )
484    oo.close()
485
486   
487vh = rqHtml()
488vh.varHtml()
489vh.rqlHtml()
490
491if nerr == 0:
492  print 'CHECK 001: %s records checked, no missing references' % nok
493
494
495shps = {'': 64, 'XYZKT': 13, '4-element vector': 2, 'XYT': 476, '2D vector field ': 2, 'KZT': 4, '2D vector field': 2, 'XYZ': 27, 'XYZT': 204, '2D': 83, 'scalar': 14, 'XY': 88, '?': 21, '2D ': 1, 'XYKT': 3, 'YZT': 16, 'ZST1': 15, 'XKT': 2, 'BasinYT': 1}
496vshpchkMap = {'':'', u'all model levels above 400hPa':'alevStrat', u'all':'Xlev', 3.0:'plev3', '4.0':'plev4', \
497            36.0:'plev36', u'soil levels':'sdepth', \
498            1.0:'sfc?', \
499           16.0:'plev16', 7.0:'plev7', 40.0:'plev40', u'all*':'Xlev', 14.0:'plev14', u'Model levels or 27Plevs':'alev|plev27', \
500           u'17 (or 23 )':'plev17|plev23', u'17 (or 23)':'plev17|plev23', \
501           27.0:'plev27', 17.0:'plev17', u'17 (or23)':'plev17|plev23', 8.0:'plev8', u'all model levels':'alev', 5.0:'plev5'}
502ks = vshpchkMap.keys()
503for k in ks:
504  if type(k) == type(0.):
505     vshpchkMap[str(k)] = vshpchkMap[k]
506
507tsmap = { 'mean':[u'daily mean', u'time mean', u'time: day',
508                u'Cumulative annual fraction', u'Time mean', u'weighted time mean', u'time: mean', u'mean', u'Mean'],
509          '__unknown__':['','dummyAt'],
510          'point':[ u'Instantaneous (end of year)', u'point', u'Synoptic', u'instantaneous', u'time: point', u'synoptic'] }
511tsmap2 = {}
512for k in tsmap.keys():
513  for i in tsmap[k]:
514    tsmap2[i] = k
515
516if dq.coll.has_key( 'groupItem' ):
517  ee = collections.defaultdict( int )
518  for i in dq.coll['groupItem'].items:
519    tst = tsmap2[ i.tstyle ]
520    dd = ''
521    if 'X' in i.shape:
522      dd += 'latitude '
523    if 'Y' in i.shape:
524      dd += 'longitude '
525    if 'Z' in i.shape:
526      if i.levels == '':
527        print 'ERROR.001.0001: no levels specified', i.label, i.title
528      else:
529        zdim = vshpchkMap[i.levels]
530        dd +=  zdim
531  ## print '%s::%s::%s|%s' % (i.shape, i.levels, i.tstyle, dd)
532  for i in dq.coll['groupItem'].items:
533     list_gp_ovar[i.gpid].append( i.uid )
534
535  nok = 0
536  nerr = 0
537  for i in dq.coll['groupItem'].items:
538     vid = i.vid
539     ix_gpi_uid[i.uid] = i
540     xr_var_gpi[vid].append( i.uid )
541     if not inx.var.uid.has_key(vid):
542       nerr += 1
543     else:
544       nok += 1
545  ##print 'groupItem to var crossref: nok = %s, nerr = %s' % (nok, nerr)
546
547
548class tcmp(object):
549  def __init__(self):
550    pass
551  def cmp(self,x,y):
552    return cmp(x.title,y.title)
553
554def atRepr(l,x,optional=False):
555  if x != None:
556    if optional:
557      v = l.__dict__.get(x, '' )
558    else:
559      v = l.__dict__[x]
560  else:
561    v = l
562  if v == '__unset__':
563    return ''
564  elif type(v) == type([]):
565    return string.join([str(i) for i in v])
566  else:
567    return v
568
569class xlsx(object):
570  def __init__(self,fn):
571    self.wb = xlsxwriter.Workbook(fn)
572
573  def newSheet(self,name):
574    self.worksheet = self.wb.add_worksheet(name=name)
575    return self.worksheet
576
577  def close(self):
578    self.wb.close()
579 
580def dumpxlsx( fn, key, atl):
581  wb = xlsx( fn )
582  sht = wb.newSheet( key )
583  j = 0
584  for i in range(len(atl)):
585     sht.write( j,i, atl[i] )
586  ll = dq.coll[key].items[:]
587  ll.sort( tcmp().cmp )
588  for l in ll:
589    uid = atRepr(l,'uid')
590    j+=1
591    i=0
592    for x in atl:
593       sht.write( j,i, atRepr(l,x) )
594       i+=1
595    if key == 'var' and refpix != None:
596      if uid in refpix:
597        p = refpix[uid][2]
598      else:
599        p = 201
600      sht.write( j,i, p )
601  wb.close()
602     
603def dumpcsv( fn, key, atl, optionalSet='' ):
604  oo = open(fn, 'w' )
605  ll = dq.coll[key].items[:]
606  ll.sort( tcmp().cmp )
607  oo.write( string.join( atl, '\t' ) + '\n' )
608  for l in ll:
609    try:
610      oo.write( string.join( map( lambda x: str(atRepr(l,x,x in optionalSet)), atl), '\t' ) + '\n' )
611    except:
612      print 'SEVERE.090.0001: print %s' % str(atl)
613      print l
614      print key
615      raise
616  oo.close()
617
618def atlSort( ll ):
619  oo = []
620  l1 = ['label','title']
621  l2 = ['uid','defaults','globalDefault']
622  for i in l1:
623    if i in ll:
624      oo.append(i)
625  ll.sort()
626  for i in ll:
627    if i not in l1 + l2:
628      oo.append(i)
629  if 'uid' in ll:
630    oo.append( 'uid' )
631  return oo
632
633for k in dq.coll.keys():
634  if len( dq.coll[k].items ) > 0:
635    expl = dq.coll[k].items[0]
636    atl = atlSort( expl.__dict__.keys() )
637    atl1 = [a for a in atl if a != 'parent' and a[0] != '_']
638    ###print k, atl1
639    optionalSet = set( [a for a in atl1 if not expl.__class__.__dict__[a].required] )
640    dumpcsv( 'csv2/%s.csv' % k, k, atl1, optionalSet=optionalSet )
641    if k == 'var':
642       dumpxlsx( 'csv2/var.xlsx', k, atl1 )
643 
644class annotate(object):
645  def __init__(self,src,dreq):
646    assert os.path.isfile( src), '%s not found' % src
647    self.doc = xml.dom.minidom.parse( src  )
648    self.dreq = dreq
649    self.removedUids = {}
650
651  def iniVar(self,dq):
652    a = addUnits(dq)
653    this = self.doc.getElementsByTagName('var')[0]
654    dil = this.getElementsByTagName('item')
655    self.vid = {}
656    for item in dil:
657      uid = item.getAttribute( 'uid' ) 
658      title = item.getAttribute( 'title' ) 
659      label = item.getAttribute( 'label' ) 
660      self.vid[uid] = (label,title)
661      units = item.getAttribute( 'units' ) 
662      u2 = a.uid( units )
663      if u2 != None:
664        item.setAttribute( 'unid', u2 )
665      else:
666        print 'Units not recognised: %s (%s)' % (units,label)
667     
668  def strTtl(self,dq):
669    this = self.doc.getElementsByTagName('structure')[0]
670    dil = this.getElementsByTagName('item')
671   
672   
673    filterStr = True
674    for item in dil:
675      uid = item.getAttribute( 'uid' ) 
676      lab = item.getAttribute( 'label' ) 
677      if len( dq.inx.iref_by_uid[uid] ) == 0 and filterStr:
678         print 'UNUSED STRUCTURE: %s, %s' % (lab,uid)
679         this.removeChild( item )
680         self.removedUids[uid] = 'structure: %s' % lab
681      else:
682        tmid = item.getAttribute( 'tmid' ) 
683        spid = item.getAttribute( 'spid' ) 
684        o = item.getAttribute( 'odims' ) 
685        c = item.getAttribute( 'coords' ) 
686        s = dq.inx.uid[spid]
687        title = '%s, %s [%s]' % (dq.inx.uid[tmid].title, s.title, s.label) 
688        if string.strip( c ) != '' or string.strip( o ) != '':
689          title += ' {%s:%s}' % (o,c)
690        print 'STRUCT: ',title,o,c
691        item.setAttribute( 'title', title )
692   
693
694  def rvgCheck(self,dq):
695    """Remove request variable groups which have no requestLink"""
696    this = self.doc.getElementsByTagName('requestVarGroup')[0]
697    dil = this.getElementsByTagName('item')
698    nn = 0
699    for item in dil:
700        uid = item.getAttribute( 'uid' ) 
701        if ('requestLink' not in dq.inx.iref_by_sect[uid].a) and ('tableSection' not in dq.inx.iref_by_sect[uid].a):
702          if item.getAttribute( 'label' ) in ['aermonthly']:
703             print 'WARN.0010: overriding variable group pruning: ',item.getAttribute( 'label' )
704          else:
705            self.removedUids[ uid ] = 'requestVarGroup:  %s' % item.getAttribute( 'label' )
706            this.removeChild(item)
707            nn+=1
708    print 'WARN.Unused variable groups removed: %s' % nn
709    this = self.doc.getElementsByTagName('requestVar')[0]
710    dil = this.getElementsByTagName('item')
711    nn = 0
712    s1 = {i.uid for i in dq.coll['requestVarGroup'].items if i.uid not in self.removedUids}
713    for item in dil:
714        uid = item.getAttribute( 'uid' ) 
715        vid = item.getAttribute( 'vid' )
716        vgid = item.getAttribute( 'vgid' )
717        if vgid not in s1:
718          this.removeChild(item)
719          self.removedUids[ uid ] = 'requestVar:  %s' % item.getAttribute( 'label' )
720          nn+=1
721    print 'Unused request variables removed: %s' % nn
722       
723
724  def cmvCheck(self,dq):
725    this = self.doc.getElementsByTagName('CMORvar')[0]
726    dil = this.getElementsByTagName('item')
727    kk = 0
728    kka = 0
729    for item in dil:
730      title = item.getAttribute( 'title' ) 
731      if title[:6] == '__from':
732        kka += 1
733        vid = item.getAttribute( 'vid' ) 
734        if vid in self.vid:
735          title2 = self.vid[vid][1]
736          item.setAttribute( 'title', title2 )
737          kk += 1
738    print ('CMOR Var titles reset: %s [%s]' % (kk,kka))
739   
740  def mipProv(self,dq):
741    s1 = re.compile( '\[([a-zA-Z0-9]*)\]' )
742    cc = collections.defaultdict(list)
743    dd = collections.defaultdict(int)
744    for i in dq.coll['var'].items:
745      cc[i.prov].append( i.label )
746
747    ee = {}
748    for i in sorted( cc.keys() ):
749      if i[:9] == 'CMIP6 end':
750        m = s1.findall( i )
751        assert len( m ) == 1, 'FAILED TO PARSE: %s' % i
752        this = m[0]
753      else:
754        i5 = i.find( 'CMIP5' ) != -1
755        io = i.find( 'OMIP' ) != -1
756        icx = i.find( 'CORDEX' ) != -1
757        ip = i.find( 'PMIP' ) != -1
758        icc = i.find( 'CCMI' ) != -1
759        isp = i.find( 'SPECS' ) != -1
760        icf = i.find( 'CFMIP' ) != -1
761        iac = i.find( 'AerChemMIP' ) != -1
762        if i5 and io:
763          print 'WARNING .. unclear provenance: ',i,cc[i]
764          this = 'CMIP5/OMIP'
765        elif i5:
766          this = 'CMIP5'
767        elif io:
768          this = 'OMIP'
769        elif icx:
770          this = 'CORDEX'
771        elif ip:
772          this = 'PMIP'
773        elif icc:
774          this = 'CCMI'
775        elif isp:
776          this = 'SPECS'
777        elif icf:
778          this = 'CFMIP'
779        elif iac:
780          this = 'AerChemMIP'
781        else:
782          print 'WARNING .. unclear provenance [2]: ',i,cc[i]
783          this = 'unknown'
784   
785      ee[i] = this
786      dd[this] += len( cc[i] )
787    self.dd = dd
788    self.ee = ee
789    this = self.doc.getElementsByTagName('var')[0]
790    dil = this.getElementsByTagName('item')
791    print 'FIXING var provmip attribute, %s items' % len(dil)
792    kk = 0
793    for item in dil:
794      kk += 1
795      p = item.getAttribute( 'prov' ) 
796      assert ee.has_key(p), 'Unmatched key: %s' % p
797      item.setAttribute( 'provmip', ee[p] )
798     
799  def fixCellMethods(self,dq):
800    this = self.doc.getElementsByTagName('structure')[0]
801    dil = this.getElementsByTagName('item')
802    cmrep = collections.defaultdict( set )
803    cmc = collections.defaultdict( int )
804    nrep = 0
805    for item in dil:
806      cm = item.getAttribute( 'cell_methods' ) 
807      if string.find( cm, "area: where" ) != -1:
808        cm1 = string.replace( cm, "area: where", "area: mean where" )
809        item.setAttribute( 'cell_methods', cm1 ) 
810        cmrep[cm].add(cm1)
811        cmc[cm1] += 1
812        nrep += 1
813      elif string.find( cm, "time:mean" ) != -1:
814        cm1 = string.replace( cm, "time:mean", "time: mean" )
815        item.setAttribute( 'cell_methods', cm1 ) 
816        cmrep[cm].add(cm1)
817        cmc[cm1] += 1
818        nrep += 1
819      elif string.find( cm, "weighted b " ) != -1:
820        cm1 = string.replace( cm, "weighted b ", "weighted by " )
821        item.setAttribute( 'cell_methods', cm1 ) 
822        cmrep[cm].add(cm1)
823        cmc[cm1] += 1
824        nrep += 1
825    print ('FIXED CELL METHODS .. %s' % nrep )
826    for k in cmc:
827      print ('%s: %s' % (k,cmc[k]) )
828
829
830  def sectionCopy(self,dq):
831    this = self.doc.getElementsByTagName('CMORvar')[0]
832    thisRqv = self.doc.getElementsByTagName('requestVar')[0]
833    xx = [i for i in dq.coll['requestVarGroup'].items if i.label == 'OMIP-Omon']
834    assert len(xx) == 1, 'OMIP-Omon request variable group not found'
835    omipOmonUid = xx[0].uid
836    dil = this.getElementsByTagName('item')
837    for item in dil:
838      mipt = item.getAttribute( 'mipTable' ) 
839      prov = item.getAttribute( 'prov' ) 
840      provn = item.getAttribute( 'provNote' ) 
841      if mipt == 'Oyr' and prov[:12] == "CMIP6 [OMIP]" and provn == 'bgc':
842        rowix = int( item.getAttribute( 'rowIndex' ) )
843        if rowix < 65:
844          var = item.getAttribute( 'label' )
845          new = item.cloneNode(True)
846          new.setAttribute( 'defaultPriority', '2' )
847          new.setAttribute( 'mipTable', 'Omon' )
848          new.setAttribute( 'prov', 'Copy from Oyr' )
849          new.setAttribute( 'provNote', 'sdq.001' )
850          vid =  str( uuid.uuid1() ) 
851          new.setAttribute( 'uid', vid )
852          this.appendChild( new )
853##
854## create request var
855##
856          new2 = self.doc.createElement( 'item' )
857          uid =  str( uuid.uuid1() ) 
858          new2.setAttribute( 'uid', uid )
859          new2.setAttribute( 'priority', '2' )
860          new2.setAttribute( 'vid', vid )
861          new2.setAttribute( 'vgid', omipOmonUid )
862          new2.setAttribute( 'mip', 'OMIP' )
863          new2.setAttribute( 'table', 'OMIP-Omon' )
864
865          if omipOmonUid not in dq.inx.uid:
866            print 'ERROR.005.0001: vgid %s not found' % omipOmonUid
867         
868          thisRqv.appendChild(new2)
869
870  def missingRefs(self,mrefs,dq,clear=True):
871    this = self.doc.getElementsByTagName('remarks')[0]
872    if clear:
873      dil = this.getElementsByTagName('item')
874      for d in dil:
875        this.removeChild(d)
876    for k in mrefs.keys():
877      if len(  mrefs[k] ) == 1:
878        tid = mrefs[k][0][2]
879        tattr = mrefs[k][0][1]
880        tn = None
881      else:
882        tid = None
883        ee = collections.defaultdict(int)
884        tn = str( len( mrefs[k] ) )
885        for t in mrefs[k]:
886          s = self.dreq.inx.uid[t[2]]._h.label
887          ee['%s.%s' % (s,t[1])] += 1
888        if len( ee.keys() ) == 1:
889          tattr = ee.keys()[0]
890        else:
891          tattr = '__multiple__'
892      if tid == None or (tid not in self.removedUids):
893        item = self.doc.createElement( 'item' )
894        item.setAttribute( 'uid', k ) 
895        item.setAttribute( 'tattr', tattr ) 
896        if tn != None:
897          item.setAttribute( 'techNote', tn ) 
898        if tid != None:
899          item.setAttribute( 'tid', tid ) 
900          if tid not in dq.inx.uid:
901            print 'ERROR.005.0002: tid %s not found' % tid
902        item.setAttribute( 'class', 'missingLink' ) 
903        item.setAttribute( 'description', 'Missing links detected and marked for fixing' ) 
904        item.setAttribute( 'prov', 'scanDreq.py:annotate' ) 
905        this.appendChild( item )
906 
907    txt = self.doc.toprettyxml(indent='\t', newl='\n', encoding=None)
908    oo = open( 'out/annotated_20150731_i1.xml', 'w' )
909    lines = string.split( txt, '\n' )
910    for line in lines:
911      l = utils_wb.uniCleanFunc( string.strip(line) )
912      if empty.match(l):
913        continue
914      else:
915        oo.write(l + '\n')
916    oo.close()
917
918def anno():
919  oo = open( 'var1.csv', 'w' )
920  ks = ['label','title','sn','units','description','prov','procnote','procComment','uid']
921  ks2 = [ 'ovar','groupItem','revisedTabItem']
922  oo.write( string.join(ks + ks2, '\t' ) + '\n' )
923  for i in dq.coll['var'].items:
924     if i.label[-2:] != '--':
925       ee1 = varRefs.get( i.uid, {} )
926       r2 = map( lambda x: string.join( atRepr( ee1.get(x, [] ), None ) ), ks2 )
927       oo.write( string.join(map( lambda x: atRepr(i,x), ks) + r2, '\t' ) + '\n' )
928  oo.close()
929
930  an = annotate( dq.c.vsamp, dq )
931  ###an.sectionCopy(dq)
932  an.iniVar( dq )
933  an.fixCellMethods(dq)
934  an.mipProv(dq)
935  an.cmvCheck(dq)
936  an.rvgCheck(dq)
937  an.strTtl(dq)
938  for k in an.removedUids:
939    print 'WARN.REMOVED: %s: %s' % (k,an.removedUids[k])
940  an.missingRefs( dq.inx.missingIds, dq )
941
942if __name__ == '__main__':
943  anno()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.