source: CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/ingest/util_checkUpd.py @ 903

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/exarch/CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/ingest/util_checkUpd.py@903
Revision 903, 44.7 KB checked in by mjuckes, 3 years ago (diff)

misc updates

Line 
1##
2## this will check for changes cleanly ... need a better view of what dreq_consol_tables is doing before this can be used.
3##
4
5from xceptions import baseException
6import os, stat, shelve, uuid, collections
7import dreq_cfg
8import dreq_utils
9import util_varGroups
10from utils_wb import workbook, uniCleanFunc
11import utils
12import util_gen
13omitThese = {}
14omitThese['CMIP5'] = ['aero','Omon','Oyr','OImon','cfMon','cfDay','cfSites','cf3hr','cfOff']
15
16targTabs = ['CMIP5_cfOff', 'CMIP5_cfMon', 'CMIP5_6hrPlev', 'CMIP5_day', 'OMIP.Oyr', 'CMIP5_cfSites', 'OMIP.Omon', 'CMIP5_aero', 'CMIP5_LImon', 'CMIP5_Amon', 'CMIP5_Oclim', 'CMIP5_6hrLev', 'CMIP5_Lmon', 'CMIP5_3hr', 'CMIP5_fx', 'CMIP5_cfDay', 'CMIP5_cf3hr', 'OMIP.fx', 'OMIP.day']
17targTabs = ['CFMIP.cfOff', 'CFMIP.cfMon', 'CMIP5_6hrPlev', 'CMIP5_day', 'OMIP.Oyr', 'CFMIP.cfSites', 'OMIP.Omon', 'CMIP5_aero', 'CMIP5_LImon', 'CMIP5_Amon', 'CMIP5_Oclim', 'CMIP5_6hrLev', 'CMIP5_Lmon', 'CMIP5_3hr', 'CMIP5_fx', 'CFMIP.cfDay', 'CFMIP.cf3hr', 'OMIP.fx', 'OMIP.day']
18targTabs = ['CFMIP.cfOff', 'CFMIP.cfMon', 'CMIP5_6hrPlev', 'CMIP5_day', 'OMIP.Oyr', 'CFMIP.cfSites', 'OMIP.Omon', 'CMIP5_aero', 'CMIP5_Amon', 'CMIP5_Oclim', 'CMIP5_6hrLev', 'CMIP5_Lmon', 'CMIP5_3hr', 'CMIP5_fx', 'CFMIP.cfDay', 'CFMIP.cf3hr', 'OMIP.fx', 'OMIP.day', 'OMIP.Odec', 'CMIP5_LImon']
19
20nt__grphd = collections.namedtuple( 'grphd', ['withPriority','thisl', 'iv', 'it','start','tv'] )
21nt__grptbl = collections.namedtuple( 'grptbl', ['grp','var','srcTable','freq','description','shape','levels','timeProc','mask','priority','mip','id'] )
22
23class omipGsScan(object):
24  hphys = ['priority', 'long_name', 'units', 'comment', 'questions & notes', 'output variable name', 'CF standard_name', 'CF standard name AP', 'Standard name status AP', 'Comments AP', 'unconfirmed or proposed standard name', 'unformatted units', 'Units AP', 'cell_methods', 'valid min', 'valid max', 'mean absolute min', 'mean absolute max', 'positive', 'type', 'CMOR dimensions', 'CMOR variable name', 'realm', 'frequency', 'cell_measures', 'flag_values', 'flag_meanings']
25  hphys2 = [u'priority', u'long_name', u'units', u'comment', u'questions & notes', u'output variable name', u'CF standard_name', u'CF standard name AP', u'Standard name status AP', u'Comments AP', u'unformatted units', u'Units AP', u'cell_methods', u'valid min', u'valid max', u'mean absolute min', u'mean absolute max', u'positive', u'type', u'CMOR dimensions', u'CMOR variable name', u'realm', u'frequency', u'cell_measures', u'flag_values', u'flag_meanings']
26  hphys3 = [u'priority', u'long_name', u'units', u'comment', u'questions & notes', u'output variable name', u'CF standard_name', u'CF standard name AP', u'Standard name status AP', u'Comments AP', u'unconfirmed or proposed standard name', u'Units AP', u'unformatted units', u'cell_methods', u'valid min', u'valid max', u'mean absolute min', u'mean absolute max', u'positive', u'type', u'CMOR dimensions', u'CMOR variable name', u'realm', u'frequency', u'cell_measures', u'flag_values', u'flag_meanings']
27
28  hbgc = ['priority', 'long_name', 'units', 'comment', 'questions & notes', 'output variable name', 'CF standard_name', 'CF standard_name resolved', 'CF standard name AP', 'Standard name status AP', 'Comments AP', 'Comments resolved', 'unconfirmed or proposed standard name', 'unformatted units', 'Units AP', 'cell_methods', 'valid min', 'valid max', 'mean absolute min', 'mean absolute max', 'positive', 'type', 'CMOR dimensions', 'Resolved CMOR dimensions', 'CMOR variable name', 'realm', 'frequency', 'cell_measures', 'flag_values', 'flag_meanings']
29  hso = ['priority', 'long name', 'units', 'comment', 'questions & notes', 'output variable name', 'standard name', 'unconfirmed or proposed standard name', 'unformatted units', 'cell_methods', 'valid min', 'valid max', 'mean absolute min', 'mean absolute max', 'positive type', 'CMOR dimensions', 'CMOR variable name', 'realm', 'frequency', 'cell_measures', 'flag_values', 'flag_meanings']
30
31  hbgc2 = [u'priority', u'long_name', u'units', u'comment', u'questions & notes', u'output variable name', u'CF standard_name', u'CF standard name AP', u'Standard name status AP', u'Comments AP', u'Resolution', u'Resolved Comment', u'Resolved CF standard name', u'Unconfirmed or proposed CF standard name', u'unformatted units', u'Units AP', u'cell_methods', u'valid min', u'valid max', u'mean absolute min', u'mean absolute max', u'positive', u'type', u'CMOR dimensions', u'CMOR variable name', u'realm', u'frequency', u'cell_measures', u'flag_values', u'flag_meanings']
32  hbgc3 = [u'priority', u'long_name', u'units', u'comment', u'questions & notes', u'output variable name', u'CF standard_name', u'CF standard name AP', u'Standard name status AP', u'Comments AP', u'Resolution', u'Resolved Comment', u'Resolved CF standard name', 'unconfirmed or proposed standard name', u'unformatted units', u'Units AP', u'cell_methods', u'valid min', u'valid max', u'mean absolute min', u'mean absolute max', u'positive', u'type', u'CMOR dimensions', u'CMOR variable name', u'realm', u'frequency', u'cell_measures', u'flag_values', u'flag_meanings']
33
34  hchem = [u'priority', u'long_name', u'units', u'comment', u'questions & notes', u'output variable name', u'CF standard_name', u'CF standard name AP', u'Standard name status AP', u'Comments AP', 'Unconfirmed or proposed CF standard name', u'unformatted units', u'Units AP', u'cell_methods', u'valid min', u'valid max', u'mean absolute min', u'mean absolute max', u'positive', u'type', u'CMOR dimensions', u'CMOR variable name', u'realm', u'frequency', u'cell_measures', u'flag_values', u'flag_meanings']
35
36
37  hmap = {'unconfirmed or proposed standard name':'Unconfirmed or proposed CF standard name' }
38  hmap = {'Unconfirmed or proposed CF standard name':'unconfirmed or proposed standard name' }
39  hphysx = ['CF standard name AP', 'Standard name status AP', 'Comments AP','Units AP']
40  def __init__(self):
41    self.hdgs = []
42    self.extr = []
43    for x in self.hphys:
44      if x not in self.hphysx:
45        self.hdgs.append( x )
46    self.mode = None
47    self.data = None
48    self.icf = 6
49    self.iu = 8
50
51  def parseh(self,ih0):
52    ih = [self.hmap.get(x,x) for x in ih0]
53    if len(ih) == len(self.hdgs):
54      self.mode, self.data = (0,None)
55      log.info( 'INFO.omip.00010: mode 0: %s' % str(ih) )
56      return (0,None)
57    if all( [ih[x] == '' for x in range(8)] ):
58      return (0,None)
59    if len(ih) != len(self.hso):
60      mf = False
61      for tval in [self.hphys, self.hphys2, self.hphys3, self.hbgc, self.hbgc2, self.hbgc3, self.hchem]:
62        if len(ih) == len(tval) and all( [tval[i] == ih[i] for i in range( len(ih) )] ):
63          ix = []
64          for  x in self.hdgs:
65            if x in ih:
66              ix.append( ih.index(x) )
67            elif x == 'unconfirmed or proposed standard name':
68              print 'WARN.headings.0001: no proposed standadrd name heading in %s' % str(ih)
69              ix.append( None )
70            else:
71              print 'FAILED TO PARSE: ',ih
72              print self.hdgs
73              raise
74          cfrule = [ ih.index(x) for x in ['CF standard name AP','CF standard_name'] ]
75          unrule =  [ ih.index(x) for x in ['Units AP','unformatted units'] ]
76          self.mode, self.data = (1,(ix,cfrule,unrule) )
77          log.info( 'INFO.omip.00011: mode 1: %s' % str(ih) )
78          return (1,(ix,cfrule,unrule) )
79      print 'ERROR: unable to process: ',ih
80      assert False, 'Should not be here'
81    return (0,None)
82
83  def filter(self,ir):
84    assert self.mode != None, 'Not initialised (with parseh)'
85    if self.mode == 0:
86      return ir
87    if self.mode == 1:
88      orec = []
89      for x in self.data[0]:
90        if x == None:
91          orec.append( '' )
92        else:
93          orec.append( ir[x] )
94      ##orec = [ir[x] for x in self.data[0] ]
95      for x in self.data[1]:
96        if ir[x] != '':
97          orec[self.icf] = ir[x]
98          break
99      for x in self.data[2]:
100        if ir[x] != '':
101          orec[self.iu] = ir[x]
102          break
103      return orec
104     
105         
106     
107
108class snChange(object):
109  def __init__(self):
110    fn = 'ingest/standardNameChanges.xls'
111    wb = workbook( fn )
112    s1 = wb.book.sheet_by_name(u'Sheet1')
113    self.map = collections.defaultdict(dict)
114    self.omit = collections.defaultdict(set)
115    self.trigger = collections.defaultdict(dict)
116    self.ng = collections.defaultdict(set)
117    for i in range( s1.nrows ):
118      rr = [x.value.strip() for x in s1.row(i)]
119      tab = rr[0]
120      sn0 = rr[3]
121      var = rr[2]
122      if rr[1] == '':
123        sn1 = rr[4]
124        if sn1 == 'xxx':
125          self.omit[tab].add(sn0)
126        elif sn1[0] == '@':
127          self.trigger[tab][sn0] = sn1[1:]
128        else:
129          self.map[tab][sn0] = rr[4:]
130      else:
131        ng = rr[1]
132        self.ng[(tab,ng)].add(sn0)
133
134    for t in self.trigger:
135      for s in self.trigger[t]:
136        assert (t,self.trigger[t][s]) in self.ng, 'snChange: Inconsistent directives in %s' % fn
137
138
139class maps(object):
140  ttranstem  = {'icesheetmon':'Imon','icesheetyear':'LIyr','icesheetfx':'LIfx'}
141
142logFarm = utils.dreqLog('logs')
143log = logFarm.getLog( 'soUpd' )
144
145def getCmip5Sns():
146    ##fname = '/data/work/documents/CMIP5_standard_output.xls'
147    fname = 'ingest/CMIP5_standard_output.xls'
148    wb = workbook( fname )
149    wb.sns.sort()
150    omit1 = [u'dims', u'general', u'other output',u'CFMIP output',u'Odecxxx']
151    sns = []
152    for s in wb.sns:
153      if s not in omit1:
154        sns.append(s)
155
156    return sns
157
158def rval(x):
159  if x.ctype == 1:
160    return x.value.strip()
161  else:
162    return x.value
163
164def cleanStr(x):
165  if x.ctype == 1:
166    return uniCleanFunc(x.value).strip()
167  else:
168    return str(x.value)
169
170def getRowValues( ll, minLen=0, maxLen=0):
171  oo = []
172  for i in ll:
173    oo.append( i.value )
174  if len(oo) >= minLen:
175    return oo[:minLen]
176  for i in range(minLen+1):
177    if len(oo) == minLen:
178      return oo
179    oo.append( '' )
180  if maxLen > 0:
181    return oo[:maxLen]
182  return oo
183
184class templateStat(object):
185  ibase = '/home/martin/2014/wip/dreq/input'
186  def __init__(self,sdir='inSh'):
187    cfg = dreq_cfg.rqcfg()
188    ##cfg.ff['CMIP5'] = ['/data/work/documents/CMIP5_standard_output.xls']
189    cfg.ff['CMIP5'] = ['CMIP5_standard_output.xls']
190    self.changed = []
191    self.new = []
192
193    k2 = cfg.ff.keys()
194    self.sh = shelve.open( '%s/sh__templateStat' % (sdir) )
195    for k in sorted( cfg.ee.keys() ):
196      self.verify( k,[cfg.ee[k],] )
197    for k in sorted( cfg.ff.keys() ):
198      self.verify( k,cfg.ff[k] )
199    self.sh.close()
200
201  def verify( self, k, fl ):
202    for f in fl:
203      fpath = '%s/%s/%s' % (self.ibase,k,f)
204      if not os.path.isfile( fpath ):
205        self.msg( 'ERROR.001.0001: file not found: %s' % fpath )
206        if fpath in self.sh:
207          self.msg( 'ERROR.001.0002: file lost or moved: %s' % fpath )
208      else:
209        stt = os.stat( fpath )
210        self.ctime = stt[stat.ST_CTIME]
211        self.fsize = stt[stat.ST_SIZE]
212        if fpath in self.sh:
213          fhist = self.sh[fpath]
214          if fhist[-1] != (self.ctime,self.fsize):
215            self.msg( 'INFO.001.0002: CHANGED: %s: %s (%s)' % (fpath,self.ctime,self.fsize) )
216            fhist.append( (self.ctime,self.fsize) )
217            self.sh[fpath] = fhist
218            self.changed.append( (k,fpath,self.ctime,self.fsize) )
219          else:
220            self.msg( 'INFO.001.0001: SAME: %s: %s (%s)' % (fpath,self.ctime,self.fsize) )
221        else:
222          self.msg( 'INFO.001.0003: NEW: %s: %s (%s)' % (fpath,self.ctime,self.fsize) )
223          self.new.append( (k,fpath,self.ctime,self.fsize) )
224          self.sh[fpath] = [(self.ctime,self.fsize)]
225
226  def msg(self, txt ):
227    print txt
228
229class varGroups(object):
230  rq = dreq_cfg.rqcfg()
231  freqmap = {'daily':'day', 'Annual':'yr', 'Timestep':'subhr',  '1day':'day', '1mon':'mon', 
232             'month':'mon', 'year':'yr', 'monthly':'mon', 'Day':'day', '6h':'6hr', 
233             '3 hourly':'3hr', '3 Hourly':'3hr'  }
234
235  def __init__(self):
236
237    omit = ['ALL VARIABLES', 'Objectives','Experiments','Experiment Groups','Request scoping','New variables','__lists__','aerchemmip-changelog']
238    self.cmip5sns = getCmip5Sns()
239    keys = sorted( self.rq.ee.keys() )
240    vdate = '20160309'
241##
242## this file has reference uids ... should be redundant ....
243##
244    vkdir = '/data/tmp/svn3/exarch/CMIP6dreqbuild/trunk/srcMisc'
245    self.vark = dreq_utils.varKeys( '%s/dreq_consol_tables_shelve_v%s' % (vkdir,vdate))
246    ee = {}
247    self.nvd = {}
248    self.idx = 0
249    self.shCols = ['Short name of group', 'Variable short name', 'Table', 'Frequency', 'Description extension (optional)', 'Shape', 'Levels', 'Time mean, point or climatology', 'Mask (optional)', 'Priority', 'MIP','uid','Prev. Var Name']
250##
251## array for information and debugging
252##
253    for mip in keys:
254        self.mip = mip
255        self.actions = collections.defaultdict( int )
256        self.shInfo = {'prov': '%s request template' % mip, 'label': mip, 'title': '%s request'}
257        fn = self.rq.ee[mip]
258        path = '%s%s/%s' % (self.rq.dir0,mip,fn)
259        self.path = path
260        stt = os.stat( path )
261        self.ctime = stt[stat.ST_CTIME]
262        self.fsize = stt[stat.ST_SIZE]
263        wb = workbook( path )
264        ss = []
265        for s in wb.sns:
266          if s not in omit:
267            ss.append(s)
268        self.sh = shelve.open( 'inSh/sh__grp_%s' % mip, 'n' )
269        self.sh['__cols__'] = self.shCols
270        self.sh['__info__'] = self.shInfo
271        self.sh['__src__'] = {'path':path, 'size':self.fsize, 'time':self.ctime}
272        ghr = None
273        for s in ss:
274          if s[:5] != 'CMIP5':
275           sh = wb.book.sheet_by_name( s )
276##
277## parse headers of sheet into named tuple "gh"
278##
279           self.gh = self.parseGrpHead(sh,path,mip,s)
280           assert ghr == None or ghr[:5] == self.gh[:5], 'Multiple sheet structures in single workbook .. NOT SUPPORTED: %s\n%s\n%s' % (path,self.gh,ghr)
281           ghr = self.gh
282           self.scanSheet( sh, self.gh, path, mip, s )
283        ee = {}
284        for k in ['withPriority', 'thisl', 'iv', 'it', 'start']:
285          ee = self.gh.__dict__[k]
286        self.sh['__recStr__'] =  ee
287        self.sh.close()
288
289        self.sh = shelve.open( 'inSh/sh__newVar_%s' % mip, 'n' )
290        self.sh['__cols__'] = ['Short name', 'CF standard_name', 'standard name status', 'Native grid', 'units', 'Long Name', 'description/comments', 'Priority', 'associated observational dataset']
291        if 'New variables' in wb.sns:
292          sh = wb.book.sheet_by_name( 'New variables' )
293          self.scanVars(sh)
294
295        self.sh.close()
296
297        for k in sorted( self.actions.keys() ):
298          print 'ACTIONS [%s]: %s (%s)' % (mip,k,self.actions[k])
299
300  def scanVars( self, sh ):
301     rh = [str(x.value) for x in sh.row(2)]
302     mode = 'nominal'
303
304     lumip_variant = ['Short name', 'CF proposed standard name for variable separated by land use type', 'CF standard_name', 'standard name status', 'Native grid', 'units', 'Long Name', 'description/comments', 'Priority', 'associated observational dataset']
305     if len(rh) >=10 and rh[:10] == lumip_variant:
306       mode = 'lumip'
307     elif len(rh) < 9 or rh[:9] != self.sh['__cols__']:
308        print 'ERROR .. change in column headings %s:\n ********** %s\n +++++++++++ %s' % (self.path,str(rh),str( self.sh['__cols__']) )
309
310     for i in range(3,sh.nrows):
311        r = sh.row(i)
312        if r[0].value == "**end**":
313          break
314
315        v = str(r[0].value)
316        l = r[4].value
317        novar = v == '' and l == ''
318        if not novar:
319          rr = [x.value for x in r]
320          assert v not in self.sh, 'duplicate variable definition %s in %s .. %s' % (v,self.path, str(r))
321          nbl = 0
322          for x in rr:
323            if x != '':
324              nbl += 1
325          if nbl < 3:
326            self.actions['Skipping mainly blank new variable record'] += 1
327          else:
328            if v.find('_') != -1:
329              v = v.replace( '_', '')
330              self.actions['Replacing underscore in new variable name'] += 1
331            if mode == 'lumip':
332              rr = rr[0:1] + rr[2:]
333              self.actions['LUMIP new variable adjustment'] += 1
334            self.sh[v] = rr
335             
336  def scanSheet(self, sh, gh, path, k, s ):
337       """Skips efforts to find a priority which were incorporated into the scan in dreq_consol_tables"""
338       irsh = 5
339       cc = collections.defaultdict( list )
340       for i in range(gh.start,sh.nrows):
341         rowIndex = i
342         thisr = sh.row(i)
343         v0 = str( thisr[0].value ) + '__'
344         if v0[0] != '#':
345           lll = getRowValues( thisr, minLen=gh.thisl, maxLen=gh.thisl )
346           if gh.iv == 0:
347                lll = getRowValues( thisr, minLen=gh.thisl, maxLen=gh.thisl )
348                lll[1] = lll[0]
349                lll[0] = gh.tv
350           else:
351                assert gh.iv == 1, 'gh.iv should be 0 or 1: %s' % gh.iv
352
353           if lll[1] == '*':
354              log.info( 'WARN.copy.00002: copy directive found ... copy not implemented: %s,%s:: %s' % (k,s,str(lll)) )
355           else:
356             if gh.thisl == 9:
357               lll.append( 105 )
358
359             assert len(lll) == 10,'bad record length ....'
360###
361### add mip name and space ...
362###
363             lll += [k,'']
364
365             self.ntr = nt__grptbl._make( lll )
366             if lll[2].find( '(' ) != -1:
367               bb = [x.strip() for x in lll[2].split( '(' )]
368               lll[2] = bb[0]
369               lll[2] = 'new'
370               oldv = bb[1][:-1]
371             else:
372               oldv = ''
373##
374             if lll[0] in ['icesheetmon','icesheetyear','icesheetfx']:
375               otab = lll[0]
376               oshp = lll[5]
377##
378##  reduce doubly specified variables to single
379##
380               if lll[4] == 'Greenland':
381                 self.actions['skip Greenland'] += 1
382                 break
383               if lll[4] == 'Antarctica':
384                 lll[4] = ''
385##
386##  create two copies of all variables
387##
388               for targ in ['ant','gre']:
389                 lll[0] = maps.ttranstem[otab] + targ
390                 ku = self.vark.lookuprec( lll )
391                 lll[11] = ku
392                 lll[5] = oshp + targ
393                 self.saveRec( ku, lll + [oldv,rowIndex,] )
394               self.actions['duplicate ant/gre record'] += 1
395             else:
396               ku = self.vark.lookuprec( lll )
397               lll[11] = ku
398               self.saveRec( ku, lll + [oldv,rowIndex,] )
399
400  def saveRec( self, key, rr ):
401       nbl = 0
402       for x in rr:
403           if x != '':
404             nbl += 1
405##
406## 3 non-blank elements added above ...
407##
408       if nbl < 5:
409         self.actions['skipped mainly blank record %s' % self.gh.tv] += 1
410       else:
411         freq = self.freqmap.get( rr[3], rr[3] )
412         if freq != rr[3]:
413           self.actions['frequency map'] += 1
414           rr[3] = freq
415         if freq == '':
416           self.actions['blank frequency found in table %s' % self.gh.tv] += 1
417         grp = rr[0]
418         tbl = rr[2]
419         if grp == '':
420           print 'ERROR .. blank group: %s.%s:' % (self.mip,self.gh.tv), rr
421         if tbl == '':
422           print 'ERROR .. blank table: %s.%s:' % (self.mip,self.gh.tv), rr
423         if tbl in ['New Variables','NEW']:
424           rr[2] = 'new'
425           self.actions['table map'] += 1
426         var = rr[1]
427         if var.find('_') != -1:
428           rr[1] = var.replace('_','')
429           self.actions['underscore in variable name removed'] += 1
430         self.sh[key] = tuple( rr )
431
432  def parseGrpHead(self,sh,path,k,s):
433    rh1 = ['Short name', 'Standard Name', 'Table', 'Frequency', 'Description extension (optional)', 'Shape', 'Levels', 'Time mean, point or climatology', 'Mask (optional)']
434    rh2 = ['Short name of group', 'Variable short name', 'Table', 'Frequency', 'Description extension (optional)', 'Shape', 'Levels', 'Time mean, point or climatology', 'Mask (optional)']
435
436##
437## initial loop over rows in variable group sheet
438##
439    ll = []
440    for i in range(sh.nrows):
441             thisr = sh.row(i)
442             tv = thisr[0].value
443             if tv[:10] == 'Short name':
444               ll.append(i)
445
446    assert len(ll) in [1,2], 'Could not parse sheet  %s, %s, %s: %s' % (path,k,s,len(ll))
447    withPriority = False
448    hr = sh.row( ll[-1] )
449    if len(ll) == 1:
450             iv = 1
451             it = 0
452             ok = len( hr ) >= 9 and all( map( lambda x: hr[x].value.strip() == rh2[x], range(9) ) )
453             assert ok, '001: Sheet heading not recognised: %s (%s)' % (str(hr),path)
454             if len(hr) > 9 and hr[9].value == u'Priority':
455               withPriority = True
456               thisl = 10
457             else:
458               thisl = 9
459             tv = s
460    else:
461             ok = len( hr ) >= 9 and all( map( lambda x: hr[x].value.strip() == rh1[x], range(9) ) )
462             assert ok, '002: Sheet heading not recognised: %s' % str(hr)
463             iv = 0
464             it = -1
465             tv = sh.row(2)[1].value
466             thisl = 9
467    if tv == '':
468       print 'ERROR: blank group encountered: %s, %s' % (self.mip,s)
469    return nt__grphd( withPriority, thisl, iv, it, ll[-1]+1, tv)
470
471class stdo(object):
472  rq = dreq_cfg.rqcfg()
473
474  def __init__(self,dq=None):
475    self.actions = collections.defaultdict( int )
476##
477##
478## scanning CMIP5 after OMIP and CFMIP allows CMIP5 records to use variable ids from OMIP and CFMIP records,
479## which then enable subsetting done by other mips using CMIP5 tables to be interpreted
480##
481## BUT need to refer to CMIP5 tables from CFMIP
482##
483## need to redo with double pass here ... first for reference and then for mods.
484##
485    mips = ['OMIP','CFMIP','ISMIP6','CMIP5'] + [k for k in self.rq.ff.keys() if k not in ['OMIP','CFMIP','ISMIP6'] ]
486    ##self.rq.ff['CMIP5'] = ['/data/work/documents/CMIP5_standard_output.xls']
487    self.rq.ff['CMIP5'] = ['@ingest/CMIP5_standard_output.xls']
488    self.dq = dq
489
490    self.cmip5Tables = {}
491    self.cmip5TableVars = {}
492    self.refCmvSetup()
493    self.tabInfo = util_gen.tableInfo()
494    self.uidLookup = collections.defaultdict(dict)
495    self.uidLookupSn = collections.defaultdict(dict)
496
497    self.snch = snChange()
498    self.urefcmv = util_varGroups.refCmv()
499
500    for mip in self.refCmv:
501      self.shref = shelve.open( 'inSh/sh__refso_%s' % mip, 'n' )
502      for fn in self.rq.ff[mip]:
503        self.scanFile(mip,fn,refMode=True)
504
505      for snnx in self.uidLookupSn:
506          for t in self.uidLookupSn[ snnx ]:
507            id,v,m = self.uidLookupSn[ snnx ][t]
508            if m == mip:
509              if id not in self.shref:
510                log.info( 'ERROR.lookupsn.0001: %s,%s,%s,%s,%s' % (mip,str(t),id,v,m) )
511               
512      self.shref.close()
513
514    addAerChem = True
515    if addAerChem:
516      self.shref = shelve.open( 'inSh/sh__refso_AerChemMIP', 'n' )
517      self.addAerChem()
518      self.shref.close()
519
520    for mip in mips:
521     for fn in self.rq.ff[mip]:
522       self.scanFile(mip,fn)
523
524    for k in sorted( self.actions.keys() ):
525          print 'ACTIONS: %s (%s)' % (k,self.actions[k])
526
527  def scanFile(self,mip,fn,refMode=False):
528
529## look for names of subsections, for OMIP.
530      if fn in self.rq.fff:
531        self.sss = self.rq.fff[fn]
532      else:
533        self.sss = mip
534
535      self.shInfo = {'prov': '%s standard_output' % mip, 'label': mip, 'title': '%s reviewed CMIP5 tables'}
536      self.shCols = ['priority', 'long name', 'units', 'comment', 'questions & notes', 'output variable name', 'CF Standard name', 'unconfirmed or proposed standard name', 'unformatted units', 'cell_methods', 'valid min', 'valid max', 'mean absolute min', 'mean absolute max', 'positive', 'type', 'CMOR dimensions', 'CMOR variable name', 'realm', 'frequency', 'cell_measures', 'flag_values', 'flag_meanings','empty','pchange','note','table','section','row']
537      self.istnm = self.shCols.index( 'CF Standard name' )
538      self.idims = self.shCols.index( 'CMOR dimensions' )
539
540      if fn[0] == '/':
541        self.fpath = fn
542      if fn[0] == '@':
543        self.fpath = fn[1:]
544      else:
545        self.fpath = '%s%s/%s' % (self.rq.dir0,mip,fn)
546
547      log.info( 'STARTING: %s' % self.fpath ) 
548
549      wb = workbook( self.fpath )
550      if not refMode and mip in self.refCmv:
551        self.sh = shelve.open( 'inSh/sh__so_%s' % mip )
552      else:
553        self.sh = shelve.open( 'inSh/sh__so_%s' % mip, 'n' )
554        self.sh['__cols__'] = self.shCols
555        self.sh['__info__'] = self.shInfo
556      stt = os.stat( self.fpath )
557      self.ctime = stt[stat.ST_CTIME]
558      self.fsize = stt[stat.ST_SIZE]
559      self.sh['__src__'] = {'path':self.fpath, 'size':self.fsize, 'time':self.ctime}
560
561      for sn in wb.sns:
562        if mip == 'OMIP':
563             snn = {'day':'Oday', 'fx':'Ofx'}.get( sn, sn )
564        else:
565             snn = sn
566
567        if sn not in ['general','dims','other output','CFMIP output','Odecxxx','EditsRequired']:
568          omitOn = False
569          if omitOn and mip in omitThese and sn in omitThese[mip]:
570            pass
571          else:
572            if refMode:
573              doThis = snn in self.refCmv[mip]
574            else:
575              doThis = mip not in self.refCmv or snn not in self.refCmv[mip]
576            if doThis:
577              sht = wb.book.sheet_by_name( sn )
578              try:
579                self.scanSheet( sht, mip, snn,sn, refMode)
580              except:
581                print 'Failed to scan sheet %s in file %s [%s]' % (snn, self.fpath, mip )
582                raise
583      self.sh.close()
584
585  def scanSheet(self,sht,mip,snn,sname,refMode):
586      """Scanning CMIP5 style sheets"""
587      log.info( 'INFO.scan.0005: %s.%s' % (mip,sname) )
588      kl = []
589      for k in range(min(40,sht.nrows)):
590        if sht.row(k)[0].value == u'priority':
591          kl.append(k)
592         
593      if len(kl) == 0:
594        kk = 0
595        while len(sht.row(kk)) == 0 or sht.row(kk)[0].ctype not in (2,3):
596          kk += 1
597          assert kk < 40, 'No start found in %s %s %s' % (self.fpath,sname,str(kl))
598      else:
599        kk = kl[0] + 1
600
601      ih = [x.value for x in sht.row( kk-1 )]
602      if mip == 'OMIP':
603        osc =  omipGsScan()
604        isc,tt = osc.parseh( ih )
605      else:
606        isc = 0
607
608      s1 = set()
609      thisTab = []
610      kok = 0
611      for k in range(kk,sht.nrows):
612        ok = True
613        rr  = sht.row(k)
614        rrr = [cleanStr(x) for x in rr]
615        for i in range( len(self.shCols) - len( rr) ):
616          rrr.append( '' )
617        if isc == 1:
618          rrr = osc.filter( rrr )
619        for i in range( 25 - len( rrr) ):
620          rrr.append( '' )
621
622        ll = [x in ['','0.0','42'] for x in rrr]
623        nonblnk = sum( 1 for x in rrr if x not in ['','0.0'] )
624
625        if all( ll[1:6] ) and  all( ll[7:12] ):
626          if not all(ll):
627            log.info( 'INFO.var.0001: %s:%s[%s]: skipping: %s' % (mip,sname,k,str(rrr)) )
628        elif nonblnk < 5:
629            log.info( 'WARN.var.0002: %s:%s[%s]: skipping: %s' % (mip,sname,k,str(rrr)) )
630        else:
631          if rr[17].ctype == 1:
632                  vr = rrr[17]
633          else:
634                  vr = rrr[5]
635          if vr == 'include Amon 2D':
636            log.info( 'WARN.var.0003: %s:%s[%s]: skipping: %s' % (mip,sname,k,str(rrr)) )
637          elif vr == '' and rrr[1][:29] == 'Mole Fraction of Other Radiat':
638            log.info( 'WARN.var.0006: %s:%s[%s]: skipping: %s' % (mip,sname,k,str(rrr)) )
639          else:
640            v1 = rrr[5]
641            rrr[17] = vr
642            if vr == 'CMOR variable name':
643              ok = False
644
645            f1 = v1 in ['','0.0']
646            f2 = vr in ['','0.0']
647            if f1 or f2:
648              log.error( 'ERROR.var.0004: no variable found: [%s.%s] %s' % (mip,sname,str(rrr)) )
649              ok = False
650            v1 = rrr[2]
651            v2 = rrr[8]
652            f1 = v1 in ['','0.0']
653            f2 = v2 in ['','0.0']
654            if f1 and f2:
655              log.error( 'ERROR.var.0005: no units found: [%s.%s] %s' % (mip,sname,str(rrr)) )
656              ok = False
657            elif f1:
658              rrr[2] = v2
659
660            if ok:
661              s1.add( vr )
662              thisTab.append( rrr )
663              kok += 1
664
665      if mip == 'CMIP5':
666          self.cmip5Tables[snn] = tuple( thisTab )
667          self.cmip5TableVars[snn] = list( s1  )
668          toSh = True
669      else:
670          if snn not in self.cmip5Tables:
671             log.info( 'NEW Standard Output sheet name: %s, %s' % (mip,snn) ) 
672             toSh = True
673          elif len(thisTab) == len( self.cmip5Tables[snn] ):
674             nch = 0
675             for k in range(len(thisTab)):
676               if not self.compareMipTabRec( thisTab[k], self.cmip5Tables[snn][k]):
677                 if mip == 'HighResMIP' and snn == 'Omon':
678                    print 'CHANGED RECORD: ',thisTab[k],self.cmip5Tables[snn][k]
679                 nch += 1
680             if nch > 0:
681               log.info( 'MODIFIED Standard Output sheet: %s, %s: records changed: %s (%s)' % (mip,snn,nch,len( self.cmip5Tables[snn] ) ) ) 
682               toSh = True
683             else:
684               toSh = False
685               log.info( 'UNMODIFIED Standard Output sheet skipped: %s, %s' % (mip,snn )  )
686          else:
687             log.info( 'MODIFIED Standard Output sheet: %s, %s: length: %s (%s)' % (mip,snn,len(thisTab),len( self.cmip5Tables[snn] ) ) ) 
688             d1 = sorted( list (s1.difference( set( self.cmip5TableVars[snn] ) ) ))
689             d2 = sorted( list (set( self.cmip5TableVars[snn] ).difference( s1 ) ))
690             log.info( 'MODIFIED Standard Output sheet (.ctd): %s, %s: only here: %s, only CMIP5: %s' % (mip,snn,str(d1), str(d2) ) ) 
691             toSh = True
692
693      log.info( 'INFO.tosh.00001: %s, %s, %s, %s' % ( mip, sname, kok, toSh ) )
694      if toSh:
695        k = kk
696        for rrr in thisTab:
697          vr = rrr[17]
698          vo = rrr[5]
699          ##snn = {'OImon':'SImon'}.get(snn,snn)
700          ##snn = {'aero':'aermonthly'}.get(snn,snn)
701          if vr == 'cllcalipso':
702             log.info( 'INFO.cllcalipso.0001: %s, %s, %s, %s' % (mip,snn, mip in self.refCmv, snn in self.refCmv[mip]) )
703          omit = False
704          if mip in self.refCmv and snn in self.refCmv[mip]:
705             if mip in omitThese and snn in omitThese[mip]:
706                vid = str( uuid.uuid1() )
707                log.info( 'ERROR.newvid.00001: new vid minted for %s, %s, %s: %s' % (mip,sname,vr,vid) )
708                pass
709             else:
710                if vr in {'*','include Oyr 3D tracers'}:
711                   log.info( 'WARN.copy.00004: copy directive found ... copy not implemented: %s,%s:: %s' % (mip,sname,str(rrr)) )
712                   omit = True
713                   vid, sect = '',None
714                else:
715                  vid,sect = self.makeRefVarRec( rrr, k, snn, mip )
716                  log.info( 'INFO.sect.0005: sect=%s [%s,%s] %s' % (sect, snn, mip,vid) )
717                if sect == 'Oyr_3dtr':
718                   rrrc = rrr[:]
719                   rrrc[0] = 2
720                   rrrc[16] = 'longitude latitude time depth0m'
721                   rrrc[19] = 'mon'
722                   rrrc[20] = 'area: areacello'
723                   rrrc[4] = 'Concentrations of all 3D tracers in the uppermost ocean layer. See first table in Oyr for a complete list of these tracers.  "Tracer"  concentations should be reported even if they are diagnosed rather than prognostically calculated.'
724                   vid,sect = self.makeRefVarRec( rrrc, 1000 + k, 'Omon', mip )
725                   log.info( 'INFO.copy.0005: copy to Omon of 3d-tracer : %s' % vr )
726                self.uidLookup[ snn ][vr] = vid
727                stnm = rrr[self.istnm]
728                dims = rrr[self.idims]
729                self.uidLookupSn[ snn ][(stnm,dims)] = (vid,vr,mip)
730          elif snn in ['OImon',]:
731                vid = str( uuid.uuid1() )
732                log.info( 'INFO.newvid.00002: new vid minted for %s, %s, %s' % (mip,sname,vr) )
733          else:
734                assert snn in self.uidLookup or snn in ['aero','LImon','Odec'], 'Bad table name; %s; %s:: %s' % (mip,snn, str( self.uidLookup.keys() ) )
735                if vr in {'*','include Oyr 3D tracers'}:
736                   log.info( 'WARN.copy.00001: copy directive found ... copy not implemented: %s,%s:: %s' % (mip,sname,str(rrr)) )
737                   omit = True
738                elif snn == 'aero':
739                  if vr in self.uidLookup['aermonthly']:
740                    vid = self.uidLookup['aermonthly'][vr]
741                  elif vr in self.refUid['aermonthly']:
742                    vid = self.refUid['aermonthly'][vr]
743                    log.info( 'INFO.newvid.00088: vid from refUid for aermonthly %s, %s: %s' % (vr,mip,vid) )
744                  else:
745                    vid = str( uuid.uuid1() )
746                    log.info( 'WARN.newvid.00088: new vid for aermonthly %s, %s: %s' % (vr,mip,vid) )
747                elif vr in self.uidLookup[snn]:
748                  vid = self.uidLookup[snn][vr]
749                else:
750                  stnm = rrr[self.istnm]
751                  dims = rrr[self.idims]
752                  if (stnm,dims) in self.uidLookupSn[ snn ]:
753                    vr0 = vr
754                    vid,vr,mip0 = self.uidLookupSn[ snn ][(stnm,dims)]
755                    if vr != vr0:
756                      log.info( 'INFO.newvr.00001: new var name for %s, %s, %s: %s,%s,%s' % (mip,sname,vr0, vr,vid,mip0) )
757                  else:
758                    if snn in self.snch.omit and stnm in self.snch.omit[snn]:
759                      log.info( 'INFO.omit.00001: %s, %s, %s, %s' % (mip,sname,vr,stnm) )
760                      omit = True
761                    elif snn in self.snch.trigger and stnm in self.snch.trigger[snn]:
762                      log.info( 'INFO.trigger.00001: %s, %s, %s, %s' % (mip,sname,vr,stnm) )
763                      omit = True
764                    elif snn in self.snch.map and stnm in self.snch.map[snn]:
765                      st2 = self.snch.map[snn][stnm][0]
766                      if (st2,dims) in self.uidLookupSn[ snn ]:
767                        vid,vr,mip0 = self.uidLookupSn[ snn ][(st2,dims)]
768                        log.info( 'INFO.vmap.00001: %s, %s, %s, %s,%s: %s' % (mip,sname,vr,stnm,st2,vid) )
769                      else:
770                        vid = str( uuid.uuid1() )
771                        log.info( 'INFO.newvid.00005: new vid minted for %s, %s, %s, %s: %s' % (mip,sname,vr,stnm,vid) )
772                    elif snn == 'LImon' and vr + 'Li' in self.urefcmv.byTab[snn]:
773                      vid = self.urefcmv.byTab[snn][vr + 'Li']
774                      log.info( 'INFO.vid.01004: vid from urefcmv.byTab -- with Li suffix -- for %s, %s, %s, %s: %s' % (mip,sname,vr,stnm,vid) )
775                    elif snn in self.urefcmv.byTab and vr in self.urefcmv.byTab[snn]:
776                      vid = self.urefcmv.byTab[snn][vr]
777                      log.info( 'INFO.vid.00004: vid from urefcmv.byTab for %s, %s, %s, %s: %s' % (mip,sname,vr,stnm,vid) )
778                    else:
779                      vid = str( uuid.uuid1() )
780                      log.info( 'INFO.newvid.00004: new vid minted for %s, %s, %s, %s: %s' % (mip,sname,vr,stnm,vid) )
781          uid = str( uuid.uuid1() )
782
783          p = int( float( rrr[0] ) )
784          if rrr[24] != '':
785            prs = int( float( rrr[24] ) )
786            if prs == 0:
787              omit=True
788            elif prs == 2:
789              p=1
790## kk = ['var', 'table', 'mip', 'vid', 'priority']
791         
792          if not omit:
793            assert vo not in {'*','include Oyr 3D tracers'} and vr not in {'*','include Oyr 3D tracers'}, 'Bad vo,vr: %s,%s' % (vo,vr)
794            rec = [vr, '%s-%s' % (mip,snn), mip, str(vid), p  ]
795           
796            log.info( 'INFO.requestvar.00004: %s' % str(rec) )
797            self.sh[ uid ] = rec
798            k += 1
799
800  def addAerChem(self):
801    mip = 'AerChemMIP'
802    lc = util_gen.loadAerChem()
803    lsp = util_gen.loadSpatial()
804    self.sh = shelve.open( 'inSh/sh__so_%s' % mip, 'n' )
805    self.sh['__cols__'] = self.shCols
806    self.shInfo = {'prov': '%s request template, request scoping sheet' % mip, 'label': mip, 'title': 'CMIP6 Data Request'}
807    self.sh['__info__'] = self.shInfo
808    dmin = ['minpblz','tasmin']
809    dmax = ['maxpblz','tasmax','sfo3max']
810
811    self.nnss = 0
812    for tab in lc.cc2.keys():
813      nn = 0
814      for var in lc.cc2[tab].a:
815## ['air_temperature', 'Surface Air Temperature', 'tas', 'K', 'near-surface (usually, 2 meter) air temperature', 'AerChemMIP-Day2d', 'daily', 'XY-na', 'mean']
816        assert len( lc.cc2[tab].a[var] ) == 1, 'Multiple definitions for %s, %s' % (tab,var)
817         
818        sn, ln, v0, units, desc, sect, freq, splab, tlab = lc.cc2[tab].a[var][0]
819        x = sect.split( '-' )[0]
820        mipt = {'aer6hr':'6hrLev', 'aerzonal':'aermonthlyz'}.get( x,x )
821        assert splab in lsp.uidByLab, 'Spatial shape label %s not found' % splab
822        spid = lsp.uidByLab[splab]
823        print 'INFO.spatial.00010: setting spid: ',splab, spid
824        spdims = lsp.ssu[spid][2]
825        assert tlab in ['mean','point'], 'Time dimension label %s not recognised' % tlab
826        tdim, cmet = {'mean':('time','time: mean'), 'point':('time1','')}[tlab]
827        if v0 in dmin:
828          cmet = 'time: minimum'
829        elif v0 in dmax:
830          cmet = 'time: maximum'
831        cmea = 'area: areacella'
832        if var in ['tos','tossq']:
833          cmea = 'area: areacello'
834       
835        dims = spdims + ' ' + tdim
836        if var in ['tasmax','tasmin']:
837          dims += ' height2m'
838        p = 1
839        vid = '----'
840        gpid = '----'
841        if var not in self.refUid[tab]:
842            self.actions['WARNING: New uid generated for variable in %s %s' % (mip,tab)] += 1
843            uid =  str( uuid.uuid1() )
844            log.warn( 'WARN.uid.0001: new uid for %s (%s, %s): %s' % (var,mip,tab,uid) )
845        else:
846            uid = self.refUid[tab][var]
847        thisrealm = 'unset'
848        rec0 = [uid, desc, '', '', '', '', 'float', '', sn, '', ln, '', cmet, '', cmea, var, 'aerosol', units, '', '', '', var, mipt, dims, vid, gpid, sect, p]
849      ##self.shCols = ['priority', 'long name', 'units', 'comment', 'questions & notes', 'output variable name', 'CF Standard name', 'unconfirmed or proposed standard name', 'unformatted units', 'cell_methods', 'valid min', 'valid max', 'mean absolute min', 'mean absolute max', 'positive', 'type', 'CMOR dimensions', 'CMOR variable name', 'realm', 'frequency', 'cell_measures', 'flag_values', 'flag_meanings','table','section','row']
850        rec0 = [p,ln, units, desc, '', var, sn, '', units, cmet, '','','','','','float',dims,var,'aerosol',freq,cmea,'','',tab,sect,-1]
851        rec = [var, tab, mip, str(uid), p  ]
852        self.sh[ uid ] = rec
853
854        nss = None
855        if sect in [u'AerChemMIP-Zonal2d',u'AerChemMIP-Zonal',u'AerChemMIP-Mon2d', u'Monthly-mean 2d', u'Monthly-mean 1d', u'Monthly-mean zonal mean 2d', u'Monthly-mean 2d (T2)', u'Monthly-mean zonal mean 2d (T2)']:
856          print 'INFO.aerchem.00010: ', rec
857          nss = 'aermonthly-oth'
858        elif sect in [ u'AerChemMIP-Mon3d',u'Monthly-mean 3d', u'Monthly-mean 3d (T2)']:
859          print 'INFO.aerchem.00020: ', rec
860          nss = 'aermonthly-3d'
861        if sect == 'Monthly-mean 2dxx':
862          print 'INFO.aerchem.00011: ', rec
863          nss = 'aermonthly-2d'
864        if sect == 'Daily 2d':
865          print 'INFO.aerchem.00021: ', rec
866          nss = 'aerdaily-2d'
867
868        if nss != None:
869          self.nnss += 1
870          rrr = rec[:]
871          rrr[1] = nss
872          self.sh[ str( uuid.uuid1() ) ] = rrr
873          sect = nss
874        if sect in ['AerChemMIP-hr','AerChemMIP-Day2d','fx']:
875          sect = ''
876        else:
877          print 'INFO.aerchem.00050:  unrecognised section', sect, rec
878
879        lset = {'ssect':sect, 'uid':uid, 'rowIndex':-1, 'mipTable':mipt}
880        ro = self._getRefRec(rec0,lset)
881        self.shref[uid] = ro
882    self.sh.close()
883
884  def makeRefVarRec( self, rrr, k, snn, mip ):
885    ## ['uuid', 'comment', 'deflate_level', 'shuffle', 'ok_max_mean_abs', 'flag_meanings', \
886     #                     'type', 'ok_min_mean_abs', 'standard_name', 'deflate', 'long_name', 'valid_min',\
887                           #'cell_methods', 'flag_values', 'cell_measures', 'out_name', 'modeling_realm', 'units',\
888                           #'#cell_methods', 'valid_max', 'positive', 'var', 'mipTable','dimensions','vid','gpid','ssect','priority']
889      ##self.shCols = ['priority', 'long name', 'units', 'comment', 'questions & notes', 'output variable name', 'CF Standard name', 'unconfirmed or proposed standard name', 'unformatted units', 'cell_methods', 'valid min', 'valid max', 'mean absolute min', 'mean absolute max', 'positive', 'type', 'CMOR dimensions', 'CMOR variable name', 'realm', 'frequency', 'cell_measures', 'flag_values', 'flag_meanings','table','section','row']
890    tab = self.refCmv[mip][snn]
891    isn = 6
892    var = rrr[17]
893    if var not in self.refUid[tab]:
894        self.actions['WARNING: New uid generated for variable in %s %s' % (mip,tab)] += 1
895        uid =  str( uuid.uuid1() )
896        log.warn( 'WARN.uid.0001: new uid for %s (%s, %s): %s' % (var,mip,tab,uid) )
897    else:
898      uid = self.refUid[tab][var]
899
900    sn = rrr[isn]
901    ln = rrr[1]
902    dims = rrr[16]
903    flg, sect = util_gen.sect(  mip, var, snn, k, dims, ln, isBgc=(self.sss == 'bgc') )
904    if not flg:
905       sect = ''
906
907    lset = {'ssect':sect, 'uid':uid, 'rowIndex':k, 'mipTable':tab}
908    ro = self._getRefRec(rrr,lset)
909    self.shref[uid] = ro
910    return uid,sect
911
912  def _getRefRec(self,rrr,lset):
913    defer = {'gpid','vid'}
914    redundant = {'shuffle','deflate_level', 'cell_methods_xx','deflate'}
915   
916    ro = []
917    for x in self.tabInfo.oh:
918      if x in defer:
919        v = '__deferred__'
920      elif x in lset:
921        v = lset[x]
922      elif x in redundant:
923        v = ''
924      elif x in self.tabInfo.ih:
925        v = rrr[ self.tabInfo.iix[x] ]
926      elif x in self.tabInfo.oix:
927        v = rrr[ self.tabInfo.oix[x] ]
928      else:
929        raise baseException( 'Table heading not found: %s' % x )
930
931      ro.append( v )
932    return ro
933     
934  def refCmvSetup(self, mode='new'):
935    self.refCmv = collections.defaultdict( dict )
936    self.tabMap = {}
937    self.refUid = collections.defaultdict( dict )
938    for x in targTabs:
939      if x[:5] == 'CMIP5':
940        mip,tab = x.split( '_' )
941      else:
942        mip,tab = x.split( '.' )
943      if mip == 'OMIP':
944        tab = {'day':'Oday', 'fx':'Ofx'}.get( tab, tab )
945      self.refCmv[mip][tab] = tab
946      self.tabMap[x] = (mip,tab)
947
948    if mode == 'new':
949      sh = shelve.open( 'inSh/refCmvId', 'r' )
950      for k in sh.keys():
951        tab, lab, ver = sh[k]
952        self.refUid[tab][lab] = k
953    else:
954      for i in self.dq.coll['CMORvar'].items:
955        self.refUid[i.mipTable][i.label] = i.uid
956
957  def compareMipTabRec( self, r1, r2 ):
958    if len(r1) != len(r2):
959      return False
960    return all( [r1[k] == r2[k] for k in [0,1,2,3,4,5,6,9,16,24] ] )
961
962class requestScope(object):
963  rq = dreq_cfg.rqcfg()
964
965  def __init__(self,sdir='inSh'):
966
967    keys = sorted( self.rq.ee.keys() )
968
969    ##self.vgss = util_varGroups.varGroupSs()
970    ##self.vgss.loadGroups()
971    ##self.vgss.setUid()
972##
973    ee = {}
974    self.shCols = ['Short name of group', 'Variable short name', 'Table', 'Frequency', 'Description extension (optional)', 'Shape', 'Levels', 'Time mean, point or climatology', 'Mask (optional)', 'Priority', 'MIP','uid','Prev. Var Name']
975##
976## array for information and debugging
977##
978    self.pr4 = dreq_utils.pr4()
979 
980    eh = {}
981    er = {}
982    for mip in keys:
983        self.mip = mip
984        self.actions = collections.defaultdict( int )
985        self.shInfo = {'prov': '%s request template, request scoping sheet' % mip, 'label': mip, 'title': '%s request'}
986        fn = self.rq.ee[mip]
987        path = '%s%s/%s' % (self.rq.dir0,mip,fn)
988        self.path = path
989        stt = os.stat( path )
990        self.ctime = stt[stat.ST_CTIME]
991        self.fsize = stt[stat.ST_SIZE]
992        wb = workbook( path )
993        if 'Request scoping' in wb.sns:
994          print 'INFO.requestscope.000001: scanning %s' % fn
995          sh = wb.book.sheet_by_name( 'Request scoping' )
996          r4 = map( lambda x: x.value, sh.row(3) )
997          self.pr4.parse( self.mip, r4 )
998          eh[mip] = (list( self.pr4.r4info ), r4)
999          rl = self.scanSheet( sh, self.pr4.r4info )
1000          print 'MIP:: %s, %s' % (mip, len(rl))
1001          er[mip] = rl
1002        else:
1003          print 'Skipping ... no request scoping sheet: ',mip
1004    sh = shelve.open( '%s/sh__requestScoping' % sdir, 'n' )
1005    sh['__headings__'] = eh
1006    sh['__records__'] = er
1007    sh.close()
1008
1009  def scanSheet( self,sh, r4info ):
1010    rl = []
1011    gpmaps = {}
1012    gpmaps['ISMIP6'] = {'icesheetfx':['LIfxgre','LIfxant'], 'icesheetyear':['LIyrgre','LIyrant'], 'icesheetmon':['LImongre','LImonant']}
1013    gpmaps['VolMIP'] = {'DYVR_monthly':['DYVR_monthly_a','DYVR_monthly_b','DYVR_monthly_c','DYVR_monthly_d']}
1014    for i in range(4,sh.nrows):
1015      rr = [x.value for x in sh.row(i)]
1016      if not (rr[0] in ['',u''] or rr[0][0] == '#'):
1017        if self.mip == 'DCPP':
1018          j0 = r4info.ownix[0]
1019        else:
1020          j0 = r4info.ixcntl
1021        if all( [x in {u'','',0,0.0} for x in rr[j0:]] ):
1022          if rr[1] != 'none':
1023            print 'skipping blank line: ',self.mip,rr
1024        elif rr[0] == 'Short name of variable group':
1025            print 'skipping title line: ',self.mip,rr
1026        elif rr[1] == 'none':
1027            print 'skipping non-blank line marked as *none*:',self.mip,rr
1028        else:
1029          if self.mip in gpmaps and rr[0] in gpmaps[self.mip]:
1030            rr0 = rr[0]
1031            for x in gpmaps[self.mip][rr0]:
1032              rr[0] = x
1033              rl.append( rr[:] )
1034          else:
1035            rl.append( rr )
1036    return rl
1037
1038if __name__ == '__main__':
1039  #ts = templateStat()
1040  rs = requestScope()
1041  logFarm.shutdown() 
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.