source: CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/ing02/scanDreq2.py @ 1149

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/exarch/CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/ing02/scanDreq2.py@1149
Revision 1149, 6.6 KB checked in by mjuckes, 2 years ago (diff)

release cand

Line 
1import xml, os, sys, shelve, json, hashlib
2import re
3import xml.dom, xml.dom.minidom
4import collections
5
6import utils_wb
7
8structure_m2 = [[('str-h022', 'fa21f210-267c-11e7-9bed-ac72891c3257'), ('str-h016', '529e44a0-1ed7-11e7-9366-ac72891c3257')], [('str-h025', 'fa22430a-267c-11e7-9bed-ac72891c3257'), ('str-h012', '529da6e4-1ed7-11e7-9366-ac72891c3257')], [('str-h030', '52a0fe48-1ed7-11e7-9366-ac72891c3257'), ('str-h045', 'fa246518-267c-11e7-9bed-ac72891c3257')], [('str-h033', 'fa22e74c-267c-11e7-9bed-ac72891c3257'), ('str-h001', '529d09d2-1ed7-11e7-9366-ac72891c3257')], [('str-h034', 'fa230ab0-267c-11e7-9bed-ac72891c3257'), ('str-h013', '529dda38-1ed7-11e7-9366-ac72891c3257')], [('str-h038', 'fa237568-267c-11e7-9bed-ac72891c3257'), ('str-h010', '529d9c30-1ed7-11e7-9366-ac72891c3257')]]
9
10empty=re.compile('^$')
11
12skipNull = [ ('requestItem','treset'),('requestItem','nexmax'), ('requestItem','tslice'),
13             ('structure','cids'),('structure','dids'),
14             ('spatialShape','dimids'),
15             ('temporalShape','dimid'),
16             ('grids','standardName'),
17             ('remarks','tid'),
18             ('timeSlice','start'), ('timeSlice','end'), ('timeSlice','sliceLen') ]
19
20class main(object):
21  def __init__(self,src, defn, idir='exports/l0sh'):
22    self.skipNull = set()
23    self.src = src
24    self.defn = defn
25    self.idir = idir
26    self.defnDoc = xml.dom.minidom.parse( self.defn  )
27    self.parseDefn()
28    self.uidset = set()
29    self.doc = xml.dom.minidom.parse( self.src  )
30    self.scanmaps()
31    self.nodes = dict()
32    for chapter in ['main','annex']:
33      parent = self.doc.getElementsByTagName( chapter )[0]
34      for c in parent.childNodes:
35        tag = c.nodeName
36        if tag != '#text':
37          dil = c.getElementsByTagName('item')
38          for d in dil:
39            c.removeChild(d)
40          print tag
41          assert os.path.isfile( '%s/%s' % (idir,tag) )
42          assert tag not in self.nodes, 'section name re-used: %s' % tag
43          self.nodes[tag] = (chapter,c)
44
45    sh = shelve.open( '%s/%s' % (idir,'remarks'), 'r' )
46    urmk = set( [k for k in sh.keys() if k[0:1] != '__' ] )
47    sh.close()
48    tags = self.nodes.keys()
49    tags.remove( 'remarks' )
50    tags = sorted( tags ) + ['remarks',]
51    self.lnks = set()
52    forceInt = ['ntot','nstart','yps']
53    forceIntList = ['ensz','tier']
54
55    for tag in tags:
56        chapter,c = self.nodes[tag]
57        sh = shelve.open( '%s/%s' % (idir,tag), 'r' )
58        cols = sh['__cols__']
59        if tag == 'remarks':
60          icl = cols.index( 'class' )
61        for k in sh.keys():
62          if len(k) == 0 or k[:2] != '__' or k == '__cm_not_found__':
63            if tag == 'remarks' and k not in self.lnks and sh[k][icl] != 'Supplement':
64              print 'skipping remark: ',k,sh[k]
65            else:
66              item = self.doc.createElement( 'item' )
67              for i in range( len(cols) ):
68                if not ( (tag,cols[i]) in self.skipNull and sh[k][i] == '' ):
69                   try:
70                     v = str( utils_wb.uniCleanFunc( sh[k][i] ) )
71                   except:
72                     print 'FAILED TO EVALUATE str: sh[k]', k
73                     print sh[k]
74                     print tag
75                     raise
76                   if tag == 'CMORvar' and cols[i] == 'stid':
77                     if v in self.smapu['structure']:
78                        v1 = self.smapu['structure'][v]
79                        print 'MAPPING stid: %s --> %s' % (v,v1)
80                        v = v1
81                   elif tag == 'varChoiceLinkC' and cols[i] == 'cfg':
82                        v = v.lower()
83                   elif tag == 'spatialShape' and cols[i] == 'levelFlag':
84                        v = v.lower()
85                   elif cols[i] in forceInt:
86                        v = str( int( float( v ) ) )
87                   elif cols[i] in forceIntList:
88                        v = ' '.join( [str( int( float( x ) ) ) for x in v.split() ] )
89                   item.setAttribute( cols[i], v )
90                   if cols[i] == 'uid':
91                     if v in self.uidset:
92                       print "ERROR[SEVERE].uid.00001: uid reused: %s" % v
93                     self.uidset.add(v)
94                   if cols[i] not in self.aindex[tag]:
95                     print 'WARNING.aindex: attribute not recognised: %s, %s' % (tag,cols[i])
96                   else:
97                     if self.aindex[tag][cols[i]][2] in ['internalLink','internalLinkList']:
98                       if self.aindex[tag][cols[i]][2] == 'internalLink' or v.find( ' ' ) == -1:
99                         vl = [v,]
100                       else:
101                         vl = v.split()
102                       for v in vl:
103                         if v == '':
104                           if (tag,cols[i]) == ('var','sn'):
105                             v = 'missing'
106                             item.setAttribute( cols[i], v )
107                           else:
108                             print 'ERROR: blank in internal link: ',tag,cols[i],sh[k]
109                       
110                         self.lnks.add(v)
111
112              c.appendChild( item )
113        sh.close()
114
115  def parseDefn(self):
116    self.aindex = collections.defaultdict( dict )
117    for tab in self.defnDoc.getElementsByTagName( 'table' ) + self.defnDoc.getElementsByTagName( 'annextable' ):
118      section = tab.getAttribute( 'label' )
119      for row in tab.getElementsByTagName( 'rowAttribute' ):
120        self.aindex[section][row.getAttribute('label')] = (row.getAttribute('type'),row.getAttribute('title'),row.getAttribute('useClass'))
121        if row.getAttribute('required') != 'true':
122           self.skipNull.add( (section,row.getAttribute('label')) )
123    for s in sorted( self.aindex.keys() ):
124       print s, self.aindex[s]
125
126  def scanmaps(self):
127    sh = shelve.open( '%s_maps/importMaps' % self.idir, 'r' )
128    self.smapu = collections.defaultdict( dict )
129    self.smapl = collections.defaultdict( dict )
130    for t,f in structure_m2:
131      self.smapu['structure'][f[1]] = t[1]
132    for k in sh.keys():
133      s,u,l = k.split( ' ' )
134      v = sh[k]
135      self.smapu[s][u] = v
136      self.smapl[s][l] = v
137    sh.close()
138     
139  def write(self,ofile):
140    txt = self.doc.toprettyxml(indent='\t', newl='\n', encoding=None)
141    oo = open( ofile, 'w' )
142    lines = txt.split( '\n' )
143    for line in lines:
144      l = utils_wb.uniCleanFunc( line.strip() )
145      if empty.match(l):
146        continue
147      else:
148        oo.write(l + '\n')
149    oo.close()
150             
151mode = 'dreq2'
152sampleXml = '../out/%sSample.xml' % mode
153defnXml = '../out/%sDefn.xml' % mode
154
155m = main(sampleXml,defnXml,  idir='exports/l1sh')
156print 'SCANNED'
157m.write( 'test.xml' )
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.