source: CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/dreqPy/scope.py @ 553

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/exarch/CMIP6dreqbuild/trunk/src/framework/dreqPy/scope.py@553
Revision 553, 24.3 KB checked in by mjuckes, 6 years ago (diff)

debugging and code cleaning of overview tables

Line 
1"""Date Request Scoping module
2---------------------------
3The scope.py module contains the dreqQuery class and a set of ancilliary functions. The dreqQuery class contains methods for analysing the data request.
4"""
5import dreq
6from utilities import cmvFilter
7import collections, string, operator
8import sys
9
10python2 = True
11if sys.version_info[0] == 3:
12  python2 = False
13  from functools import reduce
14  from utilP3 import mlog3
15  mlg = mlog3()
16else:
17  from utilP2 import mlog
18  mlg = mlog()
19
20class baseException(Exception):
21  """Basic exception for general use in code."""
22
23  def __init__(self,msg):
24    self.msg = 'scope:: %s' % msg
25
26  def __str__(self):
27    return repr( self.msg )
28
29  def __repr__(self):
30    return self.msg
31
32nt_mcfg = collections.namedtuple( 'mcfg', ['nho','nlo','nha','nla','nlas','nls','nh1'] )
33class cmpd(object):
34  def __init__(self,dct):
35    self.d = dct
36  def cmp(self,x,y,):
37    return cmp( self.d[x], self.d[y] )
38
39    self.default_mcfg = nt_mcfg._make( [259200,60,64800,40,20,5,100] )
40
41def filter1( a, b ):
42  if b < 0:
43    return a
44  else:
45    return min( [a,b] )
46
47def filter2( a, b, tt, tm ):
48## largest tier less than or equal to tm
49  t1 = [t for t in tt if t <= tm][-1]
50  it1 = tt.index(t1)
51  aa = a[it1]
52  if b < 0:
53    return aa
54  else:
55    return min( [aa,b] )
56
57npy = {'daily':365, u'Annual':1, u'fx':0.01, u'1hr':24*365, u'3hr':8*365, u'monClim':12, u'Timestep':100, u'6hr':4*365, u'day':365, u'1day':365, u'mon':12, u'yr':1, u'1mon':12, 'month':12, 'year':1, 'monthly':12, 'hr':24*365, 'other':24*365, 'subhr':24*365, 'Day':365, '6h':4*365,
58'3 hourly':8*365, '':1 }
59## There are 4 cmor variables with blank frequency ....
60
61def vol01( sz, v, npy, freq, inx ):
62  n1 = npy[freq]
63  s = sz[inx.uid[v].stid]
64  assert type(s) == type(1), 'Non-integer size found for %s' % v
65  assert type(n1) in (type(1),type(0.)), 'Non-number "npy" found for %s, [%s]' % (v,freq)
66  return s*n1
67
68class col_list(object):
69  def __init__(self):
70    self.a = collections.defaultdict(list)
71
72class col_count(object):
73  def __init__(self):
74    self.a = collections.defaultdict(int)
75
76class dreqQuery(object):
77  __doc__ = """Methods to analyse the data request, including data volume estimates"""
78  def __init__(self,dq=None,tierMax=1):
79    if dq == None:
80      self.dq = dreq.loadDreq()
81    else:
82      self.dq=dq
83    self.rlu = {}
84    for i in self.dq.coll['objective'].items:
85      k = '%s.%s' % (i.mip,i.label)
86      assert not k in self.rlu, 'Duplicate label in objectives: %s' % k
87      self.rlu[k] = i.uid
88
89    self.cmvFilter = cmvFilter( self )
90    self.tierMax = tierMax
91
92    self.mips = set( [x.label for x in self.dq.coll['mip'].items ] )
93    self.mipls = sorted( list( self.mips ) )
94
95    self.default_mcfg = nt_mcfg._make( [259200,60,64800,40,20,5,100] )
96    self.mcfg = self.default_mcfg._asdict()
97    ##for k in self.default_mcfg.__dict__.keys():
98      ##self.mcfg[k] = self.default_mcfg.__dict__[k]
99    self.szcfg()
100    self.requestItemExpAll(  )
101
102  def szcfg(self):
103    self.szss = {}
104    self.sz = {}
105    for i in self.dq.coll['spatialShape'].items:
106      type = 'a'
107      if i.levelFlag == False:
108        ds =  i.dimensions.split( '|' )
109        if ds[-1] in ['site', 'basin']:
110          vd = ds[-2]
111        else:
112          vd = ds[-1]
113 
114        if vd[:4] == 'olev' or vd == 'rho':
115          type = 'o'
116          nz = self.mcfg['nlo']
117        elif vd[:4] == 'alev':
118          nz = self.mcfg['nla']
119        elif vd in ['slevel','sdepth']:
120          nz = self.mcfg['nls']
121        elif vd == 'aslevel':
122          nz = self.mcfg['nlas']
123        else:
124          mlg.prnt( 'Failed to parse dimensions %s' % i.dimensions )
125          raise
126      else:
127        nz = i.levels
128
129      dims = set( i.dimensions.split( '|' ) )
130      if 'latitude' in dims and 'longitude' in dims:
131        if type == 'o':
132          nh = self.mcfg['nho']
133        else:
134          nh = self.mcfg['nha']
135      else:
136        nh = 10
137
138      self.szss[i.uid] = nh*nz
139    for i in self.dq.coll['structure'].items:
140      s = self.szss[i.spid]
141      if i.odims != '':
142        s = s*5
143      self.sz[i.uid] = s
144
145  def getRequestLinkByMip( self, mipSel ):
146    """Return the set of request links which are associated with specified MIP"""
147    if type(mipSel) == type(''):
148      t1 = lambda x: x == mipSel
149    elif type(mipSel) == type(set()):
150      t1 = lambda x: x in mipSel
151
152    s = set()
153    for i in self.dq.coll['objectiveLink'].items:
154      if t1(i.label):
155        s.add( self.dq.inx.uid[i.rid] )
156    ##self.rqs = list({self.dq.inx.uid[i.rid] for i in self.dq.coll['objectiveLink'].items if t1(i.label) })
157    self.rqs = list( s )
158    return self.rqs
159
160  def getRequestLinkByObjective( self, objSel ):
161    """Return the set of request links which are associated with specified objectives"""
162    if type(objSel) == type(''):
163      t1 = lambda x: x == self.rlu[objSel]
164    elif type(objSel) == type(set()):
165      t1 = lambda x: x in [self.rlu[i] for i in objSel]
166
167    s = set()
168    for i in self.dq.coll['objectiveLink'].items:
169      if t1(i.label):
170        s.add( self.dq.inx.uid[i.oid] )
171##
172    self.rqs = list( s )
173    ##self.rqs = list({self.dq.inx.uid[i.rid] for i in self.dq.coll['objectiveLink'].items if t1(i.oid) })
174    return self.rqs
175
176  def varGroupXexpt(self, rqList ):
177    """For a list of request links, return a list of variable group IDs for each experiment"""
178    self.cc = collections.defaultdict( list )
179    ## dummy = {self.cc[i.expt].append(i.rlid) for i in self.dq.coll['requestItem'].items if i.rlid in {j.uid for j in rqList} }
180    return self.cc
181
182  def yearsInRequest(self, rql ):
183    self.ntot = sum( [i.ny for i in self.dq.coll['requestItem'].items if i.rlid == rql.uid] )
184    return self.ntot
185
186  def rqlByExpt( self, l1, ex, pmax=2, expFullEx=False ):
187    """rqlByExpt: return a set of request links for an experiment"""
188##
189    inx = self.dq.inx
190   
191    exi = self.dq.inx.uid[ex]
192    if exi._h.label == 'experiment':
193      exset = set( [ex,exi.egid,exi.mip] )
194    else:
195      exset = set( self.esid_to_exptList(ex,deref=False,full=expFullEx) )
196##
197## rql is the set of all request links which are associated with a request item for this experiment set
198##
199    l1p = set()
200    for i in l1:
201      if i.preset < 0 or i.preset <= pmax:
202        if i.esid in exset:
203          l1p.add(i)
204
205    rql0 = set()
206    for i in l1p:
207       rql0.add(i.rlid)
208
209    rqlInv = set()
210    for u in rql0:
211      if inx.uid[u]._h.label == 'remarks':
212        rqlInv.add( u )
213    if len(rqlInv) != 0:
214      mlg.prnt ( 'WARNING.001.00002: %s invalid request links from request items ...' % len(rqlInv) )
215    rql = set()
216    for u in rql0:
217       if inx.uid[u]._h.label != 'remarks':
218         rql.add( u ) 
219
220    return rql, l1p, exset
221
222  def varsByRql( self, rql, pmax=2, intersection=False): 
223      """The complete set of variables associated with a set of rquest links."""
224      inx = self.dq.inx
225      cc1 = collections.defaultdict( set )
226      for i in rql:
227        o = inx.uid[i]
228        if o.opt == 'priority':
229          p = int( float( o.opar ) )
230          assert p in [1,2,3], 'Priority incorrectly set .. %s, %s, %s' % (o.label,o.title, o.uid)
231          cc1[inx.uid[i].mip].add( (inx.uid[i].refid,p) )
232        else:
233          cc1[inx.uid[i].mip].add( inx.uid[i].refid )
234
235      if intersection:
236        ccv = {}
237#
238# set of request variables for each MIP
239#
240        for k in cc1:
241          thisc = reduce( operator.or_, [set( inx.iref_by_sect[vg].a['requestVar'] ) for vg in cc1[k] ] )
242          rqvgs = collections.defaultdict( set )
243          for x in cc1[k]:
244            if type(x) == type( () ):
245              rqvgs[x[0]].add( x[1] )
246            else:
247              rqvgs[x].add( 3 )
248         
249          s = set()
250          for vg in rqvgs:
251            for l in inx.iref_by_sect[vg].a['requestVar']:
252              if inx.uid[l].priority <= min(pmax,max(rqvgs[vg])):
253                s.add( inx.uid[l].vid )
254          ccv[k] = s
255
256        if len( ccv.keys() ) < len( list(imips) ):
257          vars = set()
258        else:
259          vars =  reduce( operator.and_, [ccv[k] for k in ccv] )
260      else:
261        rqvgs = collections.defaultdict( set )
262        for k in cc1:
263          for x in cc1[k]:
264            if type(x) == type( () ):
265              rqvgs[x[0]].add( x[1] )
266            else:
267              rqvgs[x].add( 3 )
268         
269###To obtain a set of variables associated with this collection of variable groups:
270
271        vars = set()
272        for vg in rqvgs:
273          for l in inx.iref_by_sect[vg].a['requestVar']:
274            if inx.uid[l].priority <= min(pmax,max(rqvgs[vg])):
275               vars.add(inx.uid[l].vid)
276        ##col1 = reduce( operator.or_, [set( inx.iref_by_sect[vg].a['requestVar'] ) for vg in rqvg ] )
277
278### filter out cases where the request does not point to a CMOR variable.
279    ##vars = {vid for vid in vars if inx.uid[vid][0] == u'CMORvar'}
280      thisvars = set()
281      for vid in vars:
282         if inx.uid[vid]._h.label == u'CMORvar':
283             thisvars.add(vid)
284
285      return thisvars
286
287  def volByExpt( self, l1, ex, pmax=1, cc=None, retainRedundantRank=False, intersection=False,expFullEx=False, adsCount=False ):
288    """volByExpt: calculates the total data volume associated with an experiment/experiment group and a list of request items.
289          The calculation has some approximations concerning the number of years in each experiment group.
290          cc: an optional collector, to accumulate indexed volumes. """
291##
292    inx = self.dq.inx
293    imips = set()
294    for i in l1:
295      imips.add(i.mip)
296    ##imips = {i.mip for i in l1}
297   
298    rql, l1p, exset = self.rqlByExpt( l1, ex, pmax=pmax, expFullEx=expFullEx )
299    dn = False
300    if dn:
301      exi = self.dq.inx.uid[ex]
302      if exi._h.label == 'experiment':
303        exset = set( [ex,exi.egid,exi.mip] )
304      else:
305        exset = set( self.esid_to_exptList(ex,deref=False,full=expFullEx) )
306##
307## rql is the set of all request links which are associated with a request item for this experiment set
308##
309      l1p = set()
310      for i in l1:
311        if i.preset < 0 or i.preset <= pmax:
312          if i.esid in exset:
313            l1p.add(i)
314 
315      rql0 = set()
316      for i in l1p:
317         rql0.add(i.rlid)
318 
319      rqlInv = set()
320      for u in rql0:
321        if inx.uid[u]._h.label == 'remarks':
322          rqlInv.add( u )
323      if len(rqlInv) != 0:
324        mlg.prnt ( 'WARNING.001.00002: %s invalid request links from request items ...' % len(rqlInv) )
325      rql = set()
326      for u in rql0:
327         if inx.uid[u]._h.label != 'remarks':
328           rql.add( u ) 
329
330#####
331    if len( rql ) == 0:
332      self.vars = set()
333      return (0,{},{} )
334
335## The complete set of variables associated with these requests:
336    vars = self.varsByRql( rql, pmax=pmax, intersection=intersection) 
337    tm = 3
338    if tm == 0:
339      s = set()
340      for i in rql:
341        s.add( inx.uid[i].refid )
342      rqvg = list( s )
343    elif tm == 1:
344      cc1 = collections.defaultdict( set )
345      for i in rql:
346        o = inx.uid[i]
347        if o.opt == 'priority':
348          p = int( float( o.opar ) )
349          assert p in [1,2,3], 'Priority incorrectly set .. %s, %s, %s' % (o.label,o.title, o.uid)
350          cc1[inx.uid[i].mip].add( (inx.uid[i].refid,p) )
351        else:
352          cc1[inx.uid[i].mip].add( inx.uid[i].refid )
353
354      if intersection:
355        ccv = {}
356#
357# set of request variables for each MIP
358#
359        for k in cc1:
360          thisc = reduce( operator.or_, [set( inx.iref_by_sect[vg].a['requestVar'] ) for vg in cc1[k] ] )
361          rqvgs = collections.defaultdict( set )
362          for x in cc1[k]:
363            if type(x) == type( () ):
364              rqvgs[x[0]].add( x[1] )
365            else:
366              rqvgs[x].add( 3 )
367         
368          s = set()
369          for vg in rqvgs:
370            for l in inx.iref_by_sect[vg].a['requestVar']:
371              if inx.uid[l].priority <= min(pmax,max(rqvgs[vg])):
372                s.add( inx.uid[l].vid )
373          ccv[k] = s
374
375        if len( ccv.keys() ) < len( list(imips) ):
376          vars = set()
377        else:
378          vars =  reduce( operator.and_, [ccv[k] for k in ccv] )
379      else:
380        rqvgs = collections.defaultdict( set )
381        for k in cc1:
382          for x in cc1[k]:
383            if type(x) == type( () ):
384              rqvgs[x[0]].add( x[1] )
385            else:
386              rqvgs[x].add( 3 )
387         
388###To obtain a set of variables associated with this collection of variable groups:
389
390        vars = set()
391        for vg in rqvgs:
392          for l in inx.iref_by_sect[vg].a['requestVar']:
393            if inx.uid[l].priority <= min(pmax,max(rqvgs[vg])):
394               vars.add(inx.uid[l].vid)
395        ##col1 = reduce( operator.or_, [set( inx.iref_by_sect[vg].a['requestVar'] ) for vg in rqvg ] )
396
397### filter out cases where the request does not point to a CMOR variable.
398    ##vars = {vid for vid in vars if inx.uid[vid][0] == u'CMORvar'}
399      thisvars = set()
400      for vid in vars:
401         if inx.uid[vid]._h.label == u'CMORvar':
402             thisvars.add(vid)
403      vars = thisvars
404##
405## filter by configuration option and rank
406##
407    if not retainRedundantRank:
408      len1 = len(vars)
409      cmv = self.cmvFilter.filterByChoiceRank(cmv=vars)
410
411      vars = cmv
412   
413    self.vars = vars
414
415    e = {}
416    for u in rql:
417### for request variables which reference the variable group attached to the link, add the associate CMOR variables, subject to priority
418      i = inx.uid[u]
419      e[i.uid] = set()
420      for x in inx.iref_by_sect[i.refid].a['requestVar']:
421           if inx.uid[x].priority <= pmax:
422              e[i.uid].add( inx.uid[x].vid )
423#
424# for each variable, calculate the maximum number of years across all the request links which reference that variable.
425##
426## for each request item we have nymax, nenmax, nexmax.
427##
428    nym = {}
429
430##
431## if dataset count rather than volume is wanted, use item 3 from rqiExp tuple.
432    if adsCount:
433      irqi = 3
434    else:
435      irqi = 2
436
437    for v in vars:
438      s = set()
439      cc2 = collections.defaultdict( set )
440      for i in l1p:
441##################
442        if i.esid in exset and v in e[i.rlid]:
443          ix = inx.uid[i.esid]
444          if ix._h.label == 'experiment':
445            cc2[i.esid].add( self.rqiExp[i.uid][irqi] )
446          else:
447            if 'experiment' in inx.iref_by_sect[i.esid].a:
448              for u in inx.iref_by_sect[i.esid].a['experiment']:
449                cc2[u].add( self.rqiExp[i.uid][irqi] )
450            ##else:
451              ##print 'WARNING .... empty experiment set'
452          s.add( self.rqiExp[i.uid][irqi] )
453      ##nym[v] = max( {self.rqiExp[i.uid][2] for i in l1p if i.esid == ex and v in e[i.rlid]} )
454      if len(s) == 0:
455        nym[v] = 0
456      else:
457        ##print 'debug2:: ',v,cc2
458        nym[v] = sum( [max( cc2[k] ) for k in cc2] )
459
460    szv = {}
461    ov = []
462    for v in vars:
463      szv[v] = self.sz[inx.uid[v].stid]*npy[inx.uid[v].frequency]
464      ov.append( self.dq.inx.uid[v] )
465    ee = self.listIndexDual( ov, 'mipTable', 'label', acount=None, alist=None, cdict=szv, cc=cc )
466    ff = {}
467    for v in vars:
468      if adsCount:
469        ff[v] = nym[v]
470      else:
471        ff[v] = self.sz[ inx.uid[v].stid ] * npy[inx.uid[v].frequency] * nym[v]
472    self.ngptot = sum( [  ff[v]  for v in vars] )
473    return (self.ngptot, ee, ff )
474
475  def esid_to_exptList(self,esid,deref=False,full=False):
476    if not esid in self.dq.inx.uid:
477      mlg.prnt ( 'Attempt to dereferece invalid uid: %s' % esid )
478      raise
479
480    if self.dq.inx.uid[esid]._h.label == 'experiment':
481      expts = [esid,]
482    elif self.dq.inx.uid[esid]._h.label != 'remarks':
483      if esid in self.dq.inx.iref_by_sect and 'experiment' in self.dq.inx.iref_by_sect[esid].a:
484        expts = list( self.dq.inx.iref_by_sect[esid].a['experiment'][:] )
485      else:
486        expts = []
487
488## add in groups and mips for completeness
489##
490      if full:
491        if self.dq.inx.uid[esid]._h.label == 'mip':
492          s = set()
493          for e in expts:
494            if self.dq.inx.uid[e]._h.label != 'experiment':
495              mlg.prnt ( 'ERROR: %s, %s, %s ' % (esid,e, self.dq.inx.uid[e].title ) )
496            s.add( self.dq.inx.uid[e].egid )
497          for i in s:
498            expts.append( i )
499        expts.append( esid )
500    else:
501      ##print ( 'WARNING: request link not associated with valid experiment group' )
502      ##raise
503      return None
504
505
506    if self.tierMax > 0:
507      expts1 = []
508      for i in expts:
509        if self.dq.inx.uid[i]._h.label == 'experiment':
510          if self.dq.inx.uid[i].tier[0] <= self.tierMax:
511            expts1.append( i )
512        elif self.dq.inx.uid[i]._h.label == 'exptgroup':
513          if self.dq.inx.uid[i].tierMin <= self.tierMax:
514            expts1.append( i )
515        else:
516            expts1.append( i )
517    else:
518      expts1 = expts
519
520    if deref:
521      return [self.dq.inx.uid[e] for e in expts1]
522    else:
523      return expts1
524 
525##
526## need to call this on load
527## then use instead of i.ny etc below
528##
529  def requestItemExpAll( self ):
530    self.rqiExp = {}
531    for rqi in self.dq.coll['requestItem'].items:
532      a,b,c,d = self.requestItemExp( rqi )
533      if a != None:
534        self.rqiExp[rqi.uid] = (a,b,c,d)
535
536  def requestItemExp( self, rqi ):
537    assert rqi._h.label == "requestItem", 'Argument to requestItemExp must be a requestItem'
538    u = rqi.esid
539    if self.dq.inx.uid[u]._h.label == 'experiment':
540      expts = [u,]
541    elif self.dq.inx.uid[u]._h.label != 'remarks':
542      if u in self.dq.inx.iref_by_sect and 'experiment' in self.dq.inx.iref_by_sect[u].a:
543        expts = self.dq.inx.iref_by_sect[u].a['experiment']
544      else:
545        expts = []
546    else:
547      # print ( 'WARNING: request link not associated with valid experiment group'  )
548      ##rqi.__info__()
549      ##raise
550      return (None, None, None, None)
551
552    if self.tierMax > 0:
553      expts = [i for i in expts if self.dq.inx.uid[i].tier[0] <= self.tierMax]
554
555    self.multiTierOnly = False
556    if self.multiTierOnly:
557      expts = [i for i in expts if len(self.dq.inx.uid[i].tier) > 1]
558      print 'Len expts: ',len(expts)
559
560    if len(expts) > 0:
561      e = [self.dq.inx.uid[i] for i in expts]
562      for i in e:
563        if i._h.label != 'experiment':
564          mlg.prnt ( 'ERROR: %s, %s, %s ' % ( u,i._h.label, i.label, i.title ) )
565      dat = [ (i.ntot, i.yps, i.ensz, i.tier, i.nstart, filter1(i.yps,rqi.nymax), filter2(i.ensz,rqi.nenmax,i.tier,self.tierMax) ) for i in e]
566      nytot = sum( [x[-2]*x[-1] for x in dat ] )
567      netot = sum( [x[-1] for x in dat ] )
568      ##print 'debug1:: ',dat, nytot, netot
569    else:
570      dat = [ (0,0,0,0,0) ]
571      nytot = 0
572      netot = 0
573   
574    return (expts, dat, nytot, netot )
575
576  def setTierMax( self, tierMax ):
577    """Set the maxium tier and recompute request sizes"""
578    if tierMax != self.tierMax:
579      self.tierMax = tierMax
580      self.requestItemExpAll(  )
581
582  def summaryByMip( self, pmax=1 ):
583    bytesPerFloat = 2.
584    for m in self.mipls:
585      v = self.volByMip( m, pmax=pmax )
586      mlg.prnt ( '%12.12s: %6.2fTb' % (m,v*bytesPerFloat*1.e-12) )
587
588  def rqiByMip( self, mip):
589
590    if type(mip) in [type( '' ),type( u'') ]:
591      if mip not in self.mips:
592        mlg.prnt ( self.mips )
593        raise baseException( 'rqiByMip: Name of mip not recognised: %s' % mip )
594      l1 = [i for i in  self.dq.coll['requestItem'].items if i.mip == mip]
595    elif type(mip) == type( set()):
596      nf = [ m for m in mip if m not in self.mips]
597      if len(nf) > 0:
598        raise baseException( 'rqiByMip: Name of mip(s) not recognised: %s' % str(nf) )
599      l1 = [i for i in  self.dq.coll['requestItem'].items if i.mip in mip]
600    else:
601      raise baseException( 'rqiByMip: "mip" (1st explicit argument) should be type string or set: %s -- %s' % (mip, type(mip))   )
602    return l1
603     
604  def volByMip( self, mip, pmax=2, retainRedundantRank=False, intersection=False, adsCount=False, exptid=None):
605
606    l1 = self.rqiByMip( mip )
607     
608    #### The set of experiments/experiment groups:
609    if exptid == None:
610      exps = self.mips
611    else:
612      exps = set( [exptid,] )
613      ##print exptid, exps
614    self.volByE = {}
615    vtot = 0
616    cc = collections.defaultdict( col_count )
617    self.allVars = set()
618    for e in exps:
619      expts = self.esid_to_exptList(e,deref=True,full=False)
620      if expts != None:
621        self.volByE[e] = self.volByExpt( l1, e, pmax=pmax, cc=cc, retainRedundantRank=retainRedundantRank, intersection=intersection, adsCount=adsCount )
622        vtot += self.volByE[e][0]
623        self.allVars = self.allVars.union( self.vars )
624    self.indexedVol = cc
625
626    return vtot
627
628  def listIndexDual(self, ll, a1, a2, acount=None, alist=None, cdict=None, cc=None ):
629    do_count = acount != None
630    do_list = alist != None
631    assert not (do_count and do_list), 'It is an error to request both list and count'
632    if not (do_count or do_list):
633      acount = '__number__'
634      do_count = True
635
636    if cc == None:
637      if do_count:
638        cc = collections.defaultdict( col_count )
639      elif do_list:
640        cc = collections.defaultdict( col_list )
641
642    if do_count:
643      for l in ll:
644        if cdict != None:
645          v = cdict[l.uid]
646        elif acount == '__number__':
647          v = 1
648        else:
649          v = l.__dict__[acount]
650
651        cc[ l.__dict__[a1] ].a[ l.__dict__[a2] ] += v
652    elif do_list:
653      for l in ll:
654        if cdict != None:
655          v = cdict[l.uid]
656        elif alist == '__item__':
657          v = l
658        else:
659          v = l.__dict__[alist]
660        cc[ l.__dict__[a1] ].a[ l.__dict__[a2] ].append( v )
661
662    od = {}
663    for k in cc.keys():
664      d2 = {}
665      for k2 in cc[k].a.keys():
666        d2[k2] = cc[k].a[k2]
667      od[k] = d2
668    return od
669
670class dreqUI(object):
671  """Data Request Command line.
672-------------------------
673      -v : print version and exit;
674      --unitTest : run some simple tests;
675      -m <mip>:  MIP of list of MIPs (comma separated);
676      -h :       help: print help text;
677      -e <expt>: experiment;
678      -t <tier> maxmum tier;
679      -p <priority>  maximum priority;
680      --printLinesMax <n>: Maximum number of lines to be printed
681      --printVars  : If present, a summary of the variables fitting the selection options will be printed
682      --intersection : Analyse the intersection of requests rather than union.
683"""
684  def __init__(self,args):
685    self.adict = {}
686    self.knownargs = {'-m':('m',True), '-p':('p',True), '-e':('e',True), '-t':('t',True), '-h':('h',False), '--printLinesMax':('plm',True), '--printVars':('vars',False), '--intersection':('intersection',False),'--count':('count',False)} 
687    aa = args[:]
688    while len(aa) > 0:
689      a = aa.pop(0)
690      if a in self.knownargs:
691        b = self.knownargs[a][0]
692        if self.knownargs[a][1]:
693          v = aa.pop(0)
694          self.adict[b] = v
695        else:
696          self.adict[b] = True
697
698    if 'm' in self.adict:
699      self.adict['m'] = set(self.adict['m'].split(',') )
700
701    integerArgs = set( ['p','t','plm'] )
702    for i in integerArgs.intersection( self.adict ):
703      self.adict[i] = int( self.adict[i] )
704
705    self.intersection = self.adict.get( 'intersection', False )
706
707  def run(self, dq=None):
708    if 'h' in self.adict:
709      mlg.prnt ( self.__doc__ )
710      return
711
712    if not 'm' in self.adict:
713      mlg.prnt ( 'Current version requires -m argument'  )
714      mlg.prnt ( self.__doc__ )
715      sys.exit(0)
716
717    if dq == None:
718      self.dq = dreq.loadDreq()
719    else:
720      self.dq = None
721
722    sc = dreqQuery( dq=self.dq )
723
724    ok = True
725    for i in self.adict['m']:
726        if i not in sc.mips:
727          ok = False
728          mlg.prnt ( 'NOT FOUND: %s' % i )
729
730    eid = None
731    if self.adict.has_key('e'):
732      for i in self.dq.coll['experiment'].items:
733        if i.label == self.adict['e']:
734          eid = i.uid
735      assert eid != None, 'Experiment %s not found' % self.adict['e']
736    print 'eid=',eid
737    assert ok,'Available MIPs: %s' % str(sc.mips)
738    adsCount = self.adict.get( 'count', False )
739
740    tierMax = self.adict.get( 't', 1 )
741    sc.setTierMax(  tierMax )
742    pmax = self.adict.get( 'p', 1 )
743    v0 = sc.volByMip( self.adict['m'], pmax=pmax, intersection=self.intersection, adsCount=adsCount, exptid=eid )
744    #mlg.prnt ( '%7.2fTb' % (v0*2.*1.e-12) )
745    mlg.prnt ( '%s' % v0 )
746    cc = collections.defaultdict( int )
747    for e in sc.volByE:
748      for v in sc.volByE[e][2]:
749          cc[v] += sc.volByE[e][2][v]
750    x = 0
751    for v in cc:
752      x += cc[v]
753   
754    if python2:
755      vl = sorted( cc.keys(), cmp=cmpd(cc).cmp, reverse=True )
756    else:
757      vl = sorted( cc.keys(), key=lambda x: cc[x], reverse=True )
758    if self.adict.get( 'vars', False ):
759      printLinesMax = self.adict.get( 'plm', 20 )
760      if printLinesMax > 0:
761        mx = min( [printLinesMax,len(vl)] )
762      else:
763        mx = len(vl)
764
765      for v in vl[:mx]:
766        mlg.prnt ( self.dq.inx.uid[v].label, '%7.2fTb' % (cc[v]*2.*1.e-12) )
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.