source: CMIP6dreq/trunk/dreqPy/makeTables.py @ 1021

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/exarch/CMIP6dreq/trunk/dreqPy/makeTables.py@1021
Revision 1021, 16.7 KB checked in by mjuckes, 3 years ago (diff)

candidate

Line 
1import collections, os, sys
2nt__charmeEnable = collections.namedtuple( 'charme', ['id','site'] )
3
4try:
5  import dreq
6  import vrev
7  import misc_utils
8  import rvgExtraTable
9  import volsum
10  import table_utils
11except:
12  import dreqPy.volsum as volsum
13  import dreqPy.dreq as dreq
14  import dreqPy.vrev as vrev
15  import dreqPy.misc_utils as misc_utils
16  import dreqPy.table_utils as table_utils
17  import dreqPy.rvgExtraTable as rvgExtraTable
18
19def realmFlt( ss ):
20  if ss == '':
21    return ss
22  if ss.find( ' ' ) == -1:
23    return ss
24  return ss.split( ' ' )[0]
25
26python2 = True
27if sys.version_info[0] == 3:
28  python2 = False
29  def cmp(x,y):
30    if x == y:
31      return 0
32    elif x > y:
33      return 1
34    else:
35      return -1
36
37setMlab = misc_utils.setMlab
38
39#priority       long name       units   comment         questions & notes       output variable name    standard name   unconfirmed or proposed standard name   unformatted units       cell_methods    valid min       valid max       mean absolute min       mean absolute max       positive        type    CMOR dimensions CMOR variable name      realm   frequency       cell_measures   flag_values     flag_meanings
40
41strkeys = [u'procNote', u'uid', u'odims', u'flag_meanings', u'prov', u'title', u'tmid', u'label', u'cell_methods', u'coords', u'cell_measures', u'spid', u'flag_values', u'description']
42
43ntstr = collections.namedtuple( 'ntstr', strkeys )
44
45class cmpd(object):
46  def __init__(self,k):
47    self.k = k
48  def cmp(self,x,y):
49    return cmp( x.__dict__[self.k], y.__dict__[self.k] )
50
51class cmpd2(object):
52  def __init__(self,k1,k2):
53    self.k1 = k1
54    self.k2 = k2
55  def cmp(self,x,y):
56    if x.__dict__[self.k1] == y.__dict__[self.k1]:
57      return cmp( x.__dict__[self.k2], y.__dict__[self.k2] )
58    else:
59      return cmp( x.__dict__[self.k1], y.__dict__[self.k1] )
60
61class cmpdn(object):
62  def __init__(self,kl):
63    self.kl = kl
64  def cmp(self,x,y):
65    for k in self.kl:
66      if x.__dict__[k] != y.__dict__[k]:
67        return cmp( x.__dict__[k], y.__dict__[k] )
68   
69    return cmp( 0,0 )
70
71import re
72
73class makePurl(object):
74  def __init__(self):
75    c1 = re.compile( '^[a-zA-Z][a-zA-Z0-9]*$' )
76    mv = dq.coll['var'].items
77    oo = open( 'htmlRewrite.txt', 'w' )
78    for v in mv:
79      if c1.match( v.label ):
80         oo.write( 'RewriteRule ^%s$ http://clipc-services.ceda.ac.uk/dreq/u/%s.html\n' % (v.label,v.uid) )
81      else:
82         print ('Match failed: %s' % v.label )
83    oo.close()
84     
85
86hdr = """
87function f000(value) { return (value + "").replace(/&/g,"&amp;").replace(/</g,"&lt;").replace(/>/g,"&gt;") };
88
89function formatter00(row, cell, value, columnDef, dataContext) {
90        var vv = value.split(" ");
91        return '<b><a href="u/' + vv[1] + '.html">' + (vv[0] + " ").replace(/&/g,"&amp;") + '</a></b>, ';
92    };
93function formatter01(row, cell, value, columnDef, dataContext) { return '<i>' + f000(value) + '</i> ' };
94function formatter02(row, cell, value, columnDef, dataContext) { return '[' + f000(value) + '] ' };
95function formatter03(row, cell, value, columnDef, dataContext) { if (value != "'unset'"  ) { return '(' + f000(value) + ') ' } else {return ''} };
96function formatter04(row, cell, value, columnDef, dataContext) { return '{' + f000(value) + '} ' };
97function formatter05(row, cell, value, columnDef, dataContext) { return '&lt;' + f000(value) + '&gt; ' };
98
99var getData  = {
100cols: function() {
101  var columns = [ {id:0, name:'Variable', field:0, width: 100, formatter:formatter00 },
102              {id:1, name:'Standard name', field:1, width: 210, formatter:formatter01 },
103              {id:2, name:'Long name', field:2, width: 180, formatter:formatter02},
104              {id:3, name:'Units', field:3, width: 180, formatter:formatter03},
105              {id:4, name:'Description', field:4, width: 180, formatter:formatter04},
106              {id:5, name:'uid', field:5, width: 180, formatter:formatter05}];
107 return columns;
108},
109
110data: function() {
111var data = [];
112"""
113ftr = """return data;
114}
115};
116"""
117##rtmpl = 'data[%(n)s] = { "id":%(n)s, 0:"%(var)s",  1:"%(sn)s", 2:"%(ln)s", 3:"%(u)s", 4:"%(uid)s" };'
118rtmpl = 'data[%(n)s] = { "id":%(n)s, 0:"%(var)s",  1:"%(sn)s", 2:"%(ln)s", 3:"%(u)s", 4:"%(d)s", 5:"%(uid)s" };'
119
120class htmlTrees(object):
121  def __init__(self,dq,odir='html/t/'):
122    self.dq = dq
123    self.odir = odir
124    self.c = vrev.checkVar( dq )
125    self.anno = {}
126    for v in dq.coll['var'].items:
127      self.makeTree( v )
128   
129  def makeTree( self, v ):
130    ee = self.c.chk2( v.label )
131    if len(ee.keys()) > 0:
132      title = 'Usage tree for %s' % v.label
133      bdy = ['<h1>%s</h1>' % title, ]
134      bdy.append( '<html><head></head><body>\n' )
135      bdy.append( '<ul>\n' )
136      for k in sorted( ee.keys() ):
137        l1, xx = ee[k]
138        lx = list( xx )
139        if len( lx ) == 0:
140          bdy.append( '<li>%s: Empty</li>\n' % l1 )
141        else:
142          bdy.append( '<li>%s:\n<ul>' % l1 )
143          for x in lx:
144            bdy.append( '<li>%s</li>\n' % x )
145          bdy.append( '</ul></li>\n' )
146      bdy.append( '</ul></body></html>\n' )
147      oo = open( '%s/%s.html' % (self.odir,v.label), 'w' )
148      oo.write( dq.pageTmpl % ( title, '', '../', '../index.html', '\n'.join( bdy ) ) )
149      oo.close()
150      self.anno[v.label] = '<a href="../t/%s.html">Usage</a>' % v.label
151    else:
152      self.anno[v.label] = 'Unused'
153       
154
155class makeJs(object):
156  def __init__(self,dq):
157    n = 0
158    rl = []
159    for v in dq.coll['var'].items:
160      if 'CMORvar' in dq.inx.iref_by_sect[v.uid].a and len(dq.inx.iref_by_sect[v.uid].a['CMORvar'] ) > 0:
161        var = '%s %s' % (v.label,v.uid)
162        sn = v.sn
163        ln = v.title
164        u = v.units
165        d = v.description
166        uid = v.uid
167        d = locals()
168        for k in ['sn','ln','u','var','d']:
169   
170          if  d[k].find( '"' ) != -1:
171            print ( "WARNING ... quote in %s .. %s [%s]" % (k,var,d[k]) )
172            d[k] =  d[k].replace( '"', "'" )
173            print ( d[k] )
174       
175        rr = rtmpl % d
176        rl.append( rr )
177        n += 1
178    oo = open( 'data3.js', 'w' )
179    oo.write( hdr )
180    for r in rl:
181      oo.write( r + '\n' )
182    oo.write( ftr )
183    oo.close()
184
185class styles(object):
186  def __init__(self):
187    pass
188
189  def rqvLink01(self,targ,frm='',ann=''):
190    if targ._h.label == 'remarks':
191      return '<li>%s: %s</li>' % ( targ.__href__(odir='../u/', label=targ.title), "Link to request variable broken"  )
192    elif frm != "CMORvar":
193      cmv = targ._inx.uid[ targ.vid ]
194      if targ._h.label == 'remarks':
195        return '<li>%s [%s]: %s</li>' % ( cmv.label, targ.__href__(odir='../u/',label=targ.priority) , 'Variable not defined or not found'  )
196      else:
197        ng = len( targ._inx.iref_by_sect[cmv.uid].a['requestVar'] )
198        nv = len( targ._inx.iref_by_sect[cmv.vid].a['CMORvar'] )
199        return '<li>%s.%s [%s]: %s {groups: %s, vars: %s}</li>' % ( cmv.label,cmv.mipTable, targ.__href__(odir='../u/',label=targ.priority) , cmv.__href__(odir='../u/',label=cmv.title), ng, nv  )
200    else:
201      rg = targ._inx.uid[ targ.vgid ]
202      if targ._h.label == 'remarks':
203        return '<li>%s [%s]: %s</li>' % ( targ.label, targ.__href__(label=targ.priority) , 'Link not defined or not found'  )
204      elif rg._h.label == 'remarks':
205        return '<li>%s [%s]: %s</li>' % ( rg.label, targ.__href__(label=targ.priority) , 'Group not defined or not found'  )
206      else:
207        return '<li>%s [%s]: %s</li>' % ( rg.label, targ.__href__(label=targ.priority) , rg.__href__(label=rg.mip)  )
208
209  def snLink01(self,a,targ,frm='',ann=''):
210    if targ._h.label == 'remarks':
211      return '<li>%s: Standard name under review [%s]</li>' % ( a, targ.__href__() )
212    else:
213      return '<li>%s [%s]: %s</li>' % ( targ._h.title, a, targ.__href__(label=targ.label)  )
214
215  def stidLink01(self,a,targ,frm='',ann=''):
216    if targ._h.label == 'remarks':
217      return '<li>%s: Broken link to structure  [%s]</li>' % ( a, targ.__href__() )
218    else:
219      return '<li>%s [%s]: %s [%s]</li>' % ( targ._h.title, a, targ.__href__(label=targ.title), targ.label  )
220
221  def rqlLink02(self,targ,frm='',ann=''):
222    t2 = targ._inx.uid[targ.refid]
223    if t2._h.label == 'remarks':
224      return '<li>%s: %s</li>' % ( targ.__href__(odir='../u/', label=targ.title), "Link to variable group broken"  )
225    elif frm == "requestVarGroup":
226      return '<li>%s: %s [%s]</li>' % ( targ.__href__(odir='../u/', label=targ.mip), targ.title, targ.objective  )
227    else:
228      gpsz = len(t2._inx.iref_by_sect[t2.uid].a['requestVar'])
229      return '<li>%s: Link to group: %s [%s]</li>' % ( targ.__href__(odir='../u/', label='%s:%s' % (targ.mip,targ.title)), t2.__href__(odir='../u/', label=t2.title), gpsz  )
230
231  def rqiLink02(self,targ,frm='',ann=''):
232    t2 = targ._inx.uid[targ.rlid]
233    if t2._h.label == 'remarks':
234      return '<li>%s: %s</li>' % ( targ.__href__(odir='../u/', label=targ.title), "Link to request link broken"  )
235    else:
236      t3 = t2._inx.uid[t2.refid]
237      if t3._h.label == 'remarks':
238        return '<li>%s [%s]: %s</li>' % ( targ.__href__(odir='../u/', label=targ.title), t2.__href__(odir='../u/', label=t2.title),"Link to request group broken"  )
239      else:
240        nv = len( t3._inx.iref_by_sect[t3.uid].a['requestVar'] )
241        return '<li>%s [%s]: %s (%s variables)</li>' % ( targ.__href__(odir='../u/', label=targ.title), t2.__href__(odir='../u/', label=t2.title), t3.__href__(odir='../u/', label=t3.title), nv )
242
243  def snLink(self,targ,frm='',ann=''):
244    return '<li>%s [%s]: %s</li>' % ( targ.title, targ.units, targ.__href__(odir='../u/') )
245
246  def varLink(self,targ,frm='',ann=''):
247    return '<li>%s: %s [%s]%s</li>' % (  targ.__href__(odir='../u/', label=targ.label), targ.title, targ.units, ann )
248
249  def mipLink(self,targ,frm='',ann=''):
250    if targ.url != '':
251      return '<li>%s: %s <a href="%s">[project site]</a></li>' % (  targ.__href__(odir='../u/', label=targ.label), targ.title, targ.url )
252    else:
253      return '<li>%s: %s</li>' % (  targ.__href__(odir='../u/', label=targ.label), targ.title )
254
255  def cmvLink(self,targ,frm='',ann=''):
256    t2 = targ._inx.uid[targ.stid]
257    if 'requestVar' in targ._inx.iref_by_sect[targ.uid].a:
258      nrq = len( targ._inx.iref_by_sect[targ.uid].a['requestVar'] )
259    else:
260      nrq = 'unused'
261    return '<li>%s {%s}: %s [%s: %s] (%s)</li>' % (  targ.__href__(odir='../u/', label=targ.label), targ.mipTable, targ.title, targ.frequency, t2.title, nrq )
262
263  def objLink(self,targ,frm='',ann=''):
264    return '<li>%s: %s</li>' % (  targ.label, targ.__href__(odir='../u/', label=targ.title,title=targ.description) )
265
266  def unitLink(self,targ,frm='',ann=''):
267    return '<li>%s [%s]: %s</li>' % (  targ.text, targ.label, targ.__href__(odir='../u/', label=targ.title) )
268
269  def strLink(self,targ,frm='',ann=''):
270    sz0 = len(targ._inx.iref_by_sect[targ.uid].a['CMORvar'])
271    sz1 = 0
272    if sz0 > 0:
273      for u in targ._inx.iref_by_sect[targ.uid].a['CMORvar']:
274        sz1 += len( targ._inx.iref_by_sect[u].a['requestVar'] )
275    return '<li>%s: %s [%s/%s]</li>' % (  targ.label, targ.__href__(odir='../u/', label=targ.title), sz0, sz1 )
276
277  def remarkLink(self,targ,frm='',ann=''):
278    if 'tid' in targ.__dict__ and targ.tid in targ._inx.uid:
279      ii = targ._inx.uid[ targ.tid ]
280      return '<li>%s.%s [%s]: %s</li>' % (  ii._h.label, targ.tattr, ii.label, targ.__href__(odir='../u/', label=targ.uid) )
281    else:
282      return '<li>%s [%s]: %s</li>' % (  targ.label, targ.tattr, targ.__href__(odir='../u/', label=targ.uid) )
283
284  def cmLink(self,targ,frm='',ann=''):
285    sz0 = len(targ._inx.iref_by_sect[targ.uid].a['structure'])
286    sz1 = 0
287    if sz0 > 0:
288      for id in targ._inx.iref_by_sect[targ.uid].a['structure']:
289        sz1 += len(targ._inx.iref_by_sect[id].a['CMORvar'])
290    return '<li>%s [%s]: %s {%s/%s}</li>' % (  targ.cell_methods,targ.label, targ.__href__(odir='../u/', label=targ.title),sz0,sz1 )
291
292  def objLnkLink(self,targ,frm='',ann=''):
293    if frm == 'objective':
294      t2 = targ._inx.uid[targ.rid]
295      t3 = targ._inx.uid[t2.refid]
296      thislab = '%s (%s)' % (t2.mip,t3.label)
297      return '<li>%s: %s</li>' % (  t2.title, t2.__href__(odir='../u/',label=thislab) )
298    else:
299      t2 = targ._inx.uid[targ.oid]
300      return '<li>%s: %s</li>' % (  t2.label, t2.__href__(odir='../u/',label=t2.title) )
301
302  def labTtl(self,targ,frm='',ann=''):
303    return '<li>%s: %s</li>' % (  targ.__href__(odir='../u/', label=targ.label), targ.title )
304
305  def vgrpLink(self,targ,frm='',ann=''):
306    gpsz = len(targ._inx.iref_by_sect[targ.uid].a['requestVar'])
307    nlnk = len(targ._inx.iref_by_sect[targ.uid].a['requestLink'])
308    return '<li>%s {%s}: %s variables, %s request links</li>' % (  targ.__href__(odir='../u/', label=targ.label), targ.mip, gpsz, nlnk )
309
310  def miptableLink(self,targ,frm='',ann=''):
311    sz = len(targ._inx.iref_by_sect[targ.uid].a['CMORvar'])
312    return '<li>%s:%s [%s] (%s variables)</li>' % (  targ.__href__(odir='../u/', label=targ.label), targ.title, targ.frequency, sz )
313
314def obsolete_getTable(sc,m,m2,pmax,odsz,npy,odir='d1',txt=False,xls=False,txtOpts=None):
315     """replaces tables.getTable( self, m,m2,pmax,odsz,npy)"""
316##
317## this creates a new instance, and calls doTable ....
318## very messy ...
319##
320     vs = volsum.vsum( sc, odsz, npy, table_utils.makeTab, tables )
321     mlab = setMlab( m )
322     vs.run( m, 'requestVol_%s_%s_%s' % (mlab,sc.tierMax,pmax), pmax=pmax )
323
324
325## collected=summed volumes by table for first page.
326     table_utils.makeTab( sc.dq, subset=vs.thiscmvset, dest='%s/%s-%s_%s_%s' % (odir,mlab,mlab2,sc.tierMax,pmax), collected=collector[kkc].a,
327              mcfgNote=sc.mcfgNote,
328              txt=doTxt, xls=doXls, txtOpts=txtOpts )
329
330styls = styles()
331
332htmlStyle = {}
333htmlStyle['CMORvar'] = {'getIrefs':['__all__']}
334htmlStyle['requestVarGroup'] = {'getIrefs':['requestVar','requestLink']}
335htmlStyle['var'] = {'getIrefs':['CMORvar']}
336htmlStyle['objective'] = {'getIrefs':['objectiveLink']}
337htmlStyle['requestLink'] = {'getIrefs':['objectiveLink','requestItem']}
338htmlStyle['exptgroup'] = {'getIrefs':['__all__']}
339htmlStyle['requestItem'] = {'getIrefs':['__all__']}
340htmlStyle['experiment'] = {'getIrefs':['__all__']}
341htmlStyle['mip'] = {'getIrefs':['__all__']}
342htmlStyle['miptable'] = {'getIrefs':['__all__']}
343htmlStyle['remarks'] = {'getIrefs':['__all__']}
344htmlStyle['grids'] = {'getIrefs':['__all__']}
345htmlStyle['varChoice'] = {'getIrefs':['__all__']}
346htmlStyle['spatialShape'] = {'getIrefs':['__all__']}
347htmlStyle['temporalShape'] = {'getIrefs':['__all__']}
348htmlStyle['structure']    = {'getIrefs':['__all__']}
349htmlStyle['cellMethods']  = {'getIrefs':['__all__']}
350htmlStyle['standardname'] = {'getIrefs':['__all__']}
351htmlStyle['varRelations'] = {'getIrefs':['__all__']}
352htmlStyle['varRelLnk']    = {'getIrefs':['__all__']}
353htmlStyle['units']        = {'getIrefs':['__all__']}
354htmlStyle['timeSlice']    = {'getIrefs':['__all__']}
355
356if __name__ == "__main__":
357  assert os.path.isdir( 'html' ), 'Before running this script you need to create "html", "html/index" and "html/u" sub-directories, or edit the call to dq.makeHtml'
358  assert os.path.isdir( 'html/u' ), 'Before running this script you need to create "html", "html/index" and "html/u" sub-directories, or edit the call to dq.makeHtml, and refernces to "u" in style lines below'
359  assert os.path.isdir( 'html/index' ), 'Before running this script you need to create "html", "html/index" and "html/u" sub-directories, or edit the call to dq.makeHtml, and refernces to "u" in style lines below'
360  assert os.path.isdir( 'tables' ), 'Before running this script you need to create a "tables" sub-directory, or edit the table_utils.makeTab class'
361
362  dq = dreq.loadDreq( htmlStyles=htmlStyle, manifest='out/dreqManifest.txt' )
363##
364## add special styles to dq object "itemStyle" dictionary.
365##
366  dq.itemStyles['standardname'] = styls.snLink
367  dq.itemStyles['var'] = styls.varLink
368  dq.itemStyles['mip'] = styls.mipLink
369  dq.itemStyles['CMORvar'] = styls.cmvLink
370  dq.itemStyles['objective'] = styls.objLink
371  dq.itemStyles['units'] = styls.unitLink
372  dq.itemStyles['structure'] = styls.strLink
373  dq.itemStyles['cellMethods'] = styls.cmLink
374  dq.itemStyles['remarks'] = styls.remarkLink
375  dq.itemStyles['objectiveLink'] = styls.objLnkLink
376  dq.itemStyles['requestVarGroup'] = styls.vgrpLink
377  dq.itemStyles['miptable'] = styls.miptableLink
378  dq.itemStyles['requestLink'] = styls.rqlLink02
379  dq.itemStyles['requestItem'] = styls.rqiLink02
380  dq.itemStyles['spatialShape'] = styls.labTtl
381  dq.indexSortBy['miptable'] = 'label'
382  dq.coll['var'].items[0].__class__._linkAttrStyle['sn'] = styls.snLink01
383  dq.coll['CMORvar'].items[0].__class__._linkAttrStyle['stid'] = styls.stidLink01
384##dq.coll['requestVarGroup'].items[0].__class__._linkAttrStyle['requestVar'] = styls.rqvLink01
385  dq.itemStyles['requestVar'] = styls.rqvLink01
386
387  dreq.dreqItemBase._extraHtml['requestVarGroup'] = rvgExtraTable.vgx1(dq).mxoGet
388  dreq.dreqItemBase.__charmeEnable__['var'] = nt__charmeEnable( 'test','http://clipc-services.ceda.ac.uk/dreq' )
389
390  ht = htmlTrees(dq)
391  dq.makeHtml( annotations={'var':ht.anno}, ttl0='Data Request [%s]' % dreq.version )
392  try:
393    mt = table_utils.makeTab( dq)
394  except:
395    print ('Could not make tables ...')
396    raise
397  mp = makePurl()
398  mj = makeJs( dq )
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.