source: CCCC/trunk/ceda_cc/utils_c4.py @ 279

Subversion URL: http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/exarch/CCCC/trunk/ceda_cc/utils_c4.py@279
Revision 279, 45.3 KB checked in by astephen, 7 years ago (diff)

drs for esa-cci

Line 
1import string, re, os, sys, traceback, ctypes
2
3def strmm3( mm ):
4  return string.join( map( lambda x: '%s="%s" [correct: "%s"]' % x, mm ), '; ' )
5
6from fcc_utils import mipTableScan
7from xceptions import *
8
9class reportSection(object):
10
11  def __init__(self,id,cls,parent=None, description=None):
12    self.id = id
13    self.cls = cls
14    self.parent = parent
15    self.description = description
16    self.records = []
17    self.subsections = []
18    self.closed = False
19    self.npass = 0
20    self.fail = 0
21    self.auditDone = True
22
23  def addSubSection( self, id, cls, description=None):
24    assert not self.closed, 'Attempt to add sub-section to closed report section'
25    self.subsections.append( reportSection(id, cls, parent=self, description=description )  )
26    self.auditDone = False
27    return self.subsections[-1]
28
29  def addRecord( self, id, cls, res, msg ):
30    assert not self.closed, 'Attempt to add record to closed report section'
31    self.records.append( (id, cls, res, msg) )
32    self.auditDone = False
33
34  def close(self):
35    self.closed = True
36
37  def reopen(self):
38    self.closed = False
39
40  def audit(self):
41    if self.auditDone:
42      return
43    self.closed = True
44    self.fail = 0
45    self.npass = 0
46    for ss in self.subsections:
47      ss.audit()
48      self.fail += ss.fail
49      self.npass += ss.npass
50
51    for r in self.records:
52      if r[2]:
53        self.npass += 1
54      else:
55        self.fail += 1
56
57class checkSeq(object):
58  def __init__(self):
59    pass
60
61  def check(self,x):
62    d = map( lambda i: x[i+1] - x[i], range(len(x)-1) )
63    self.delt = sum(d)/len(d)
64    self.dmx = max(d)
65    self.dmn = min(d)
66    return self.dmx - self.dmn < abs(self.delt)*1.e-4
67
68cs = checkSeq()
69
70class checkBase(object):
71
72  def  __init__(self,cls="CORDEX",reportPass=True,parent=None,monitor=None):
73    self.cls = cls
74    self.project = cls
75    self.abortMessageCount = parent.abortMessageCount
76    self.monitor = monitor
77    ## check done earlier
78    ## assert cls in ['CORDEX','SPECS'],'This version of the checker only supports CORDEX, SPECS'
79    self.re_isInt = re.compile( '[0-9]+' )
80    self.errorCount = 0
81    self.passCount = 0
82    self.missingValue = 1.e20
83    self.missingValue = ctypes.c_float(1.00000002004e+20).value
84    from file_utils import ncLib
85    if ncLib == 'netCDF4':
86      import numpy
87      self.missingValue = numpy.float32(self.missingValue)
88    self.parent = parent
89    self.reportPass=reportPass
90    self.pcfg = parent.pcfg
91################################
92    self.requiredGlobalAttributes = self.pcfg.requiredGlobalAttributes
93    self.controlledGlobalAttributes = self.pcfg.controlledGlobalAttributes
94    self.globalAttributesInFn = self.pcfg.globalAttributesInFn
95    self.requiredVarAttributes = self.pcfg.requiredVarAttributes
96    self.drsMappings = self.pcfg.drsMappings
97#######################################
98    self.checks = ()
99    self.messageCount = 0
100    self.init()
101    if not hasattr( self.parent, 'amapListDraft' ):
102      self.parent.amapListDraft = []
103
104  def isInt(self,x):
105    return self.re_isInt.match( x ) != None
106
107  def logMessage(self, msg, error=False ):
108    self.messageCount += 1
109    assert self.abortMessageCount < 0 or self.abortMessageCount > self.messageCount, 'Raising error [TESTX01], perhaps for testing'
110    if self.parent != None and self.parent.log != None:
111       if error:
112         self.parent.log.error( msg )
113       else:
114         self.parent.log.info( msg )
115    else:
116       print msg
117
118    doThis = True
119    if self.appendLogfile[0] != None and doThis:
120      if self.monitor != None:
121         nofh0 = self.monitor.get_open_fds()
122      xlog = self.c4i.getFileLog( self.appendLogfile[1], flf=self.appendLogfile[0] )
123      if error:
124         xlog.error( msg )
125      else:
126         xlog.info( msg )
127      self.c4i.closeFileLog()
128      if self.monitor != None:
129         nofh9 = self.monitor.get_open_fds()
130         if nofh9 > nofh0:
131           print 'Leaking file handles [1]: %s --- %s' % (nofh0, nofh9)
132
133  def log_exception( self, msg):
134    if self.parent != None and self.parent.log != None:
135        self.parent.log.error("Exception has occured" ,exc_info=1)
136    else:
137        traceback.print_exc(file=sys.stdout)
138
139  def log_error( self, msg ):
140    self.lastError = msg
141    self.errorCount += 1
142    self.logMessage( '%s.%s: FAILED:: %s' % (self.id,self.getCheckId(),msg), error=True )
143
144  def log_pass( self ):
145    self.passCount = True
146    if self.reportPass:
147      self.logMessage(  '%s.%s: OK' % (self.id,self.getCheckId()) )
148
149  def log_abort( self ):
150    self.completed = False
151    self.logMessage(   '%s.%s: ABORTED:: Errors too severe to complete further checks in this module' % (self.id,'xxx') )
152    raise abortChecks
153
154  def status(self):
155    return '%s.%s' % (self.id,self.getCheckId())
156
157  def getCheckId(self,full=True):
158    if type( self.checkId ) == type( 'x' ):
159      return self.checkId
160    else:
161      if full:
162        return '%s: [%s]' % self.checkId
163      else:
164        return self.checkId[0]
165
166  def test(self,res,msg,abort=False,part=False,appendLogfile=(None,None)):
167    self.appendLogfile = appendLogfile
168    if res:
169      if not part:
170         self.log_pass()
171    else:
172      self.log_error(msg)
173      if abort:
174        self.log_abort()
175    return res
176
177  def runChecks(self):
178
179    try:
180      for c in self.checks:
181        c()  # run check
182      self.completed = True
183    except abortChecks:
184      ## error logging done before raising this exception
185      return
186    except:
187      self.log_exception( 'Exception caught by runChecks' )
188      raise loggedException
189      ##traceback.print_exc(file=open("errlog.txt","a"))
190      ##logger.error("Exception has occured" ,exc_info=1)
191   
192class checkFileName(checkBase):
193
194  def init(self):
195    self.id = 'C4.001'
196    self.checkId = 'unset'
197    self.isFixed = False
198    self.step = 'Initialised'
199    self.checks = (self.do_check_fn,self.do_check_fnextra)
200    self.re_c1 = re.compile( '^[0-9]*$' )
201    self.fnDict = {}
202####
203
204  def check(self,fn):
205    self.errorCount = 0
206    assert type(fn) in [type('x'),type(u'x')], '1st argument to "check" method of checkGrids shound be a string variable name (not %s)' % type(fn)
207    self.fn = fn
208    self.fnsep = self.pcfg.fNameSep
209
210    self.runChecks()
211    self.parent.fnDict = self.fnDict
212###
213  def do_check_fn(self):
214    fn = self.fn
215    self.errorCount = 0
216    self.completed = False
217
218## check basic parsing of file name
219    self.checkId = ('001','parse_filename')
220    self.test( fn[-3:] == '.nc', 'File name ending ".nc" expected', abort=True, part=True )
221    bits = string.split( fn[:-3], self.fnsep )
222
223    self.fnParts = bits[:]
224    if self.pcfg.domainIndex != None:
225      self.domain = self.fnParts[self.pcfg.domainIndex]
226    else:
227      self.domain = None
228
229
230    if self.pcfg.projectV.id in ['ESA-CCI']:
231      self.test( 'ESACCI' in bits[:2], 'File name not a valid ESA-CCI file name: %s' % fn, abort=True )
232      if bits[0] == 'ESACCI':
233        self.esaFnId = 1
234      else:
235        self.esaFnId = 0
236        bb = string.split( bits[2], '_' )
237        self.test( bits[2][0] == 'L' and len(bb) == 2, 'Cannot parse ESA-CCI file name: %s' % fn, abort=True )
238        bits = bits[:2] + bb + bits[3:]
239        self.fnParts = bits[:]
240       
241      self.pcfg.setEsaCciFNType(self.esaFnId)
242    self.test( len(bits) in self.pcfg.fnPartsOkLen, 'File name not parsed in %s elements [%s]' % (str(self.pcfg.fnPartsOkLen),str(bits)), abort=True )
243
244    self.fnDict = {}
245    if self.pcfg.projectV.id in ['ESA-CCI']:
246      l0 = {0:6, 1:5}[self.esaFnId] 
247      for i in range(l0):
248        x = self.pcfg.globalAttributesInFn[i]
249        if x != None and x[0] == '*':
250          self.fnDict[x[1:]] = bits[i]
251      self.fnDict['version'] = bits[-1]
252      if self.esaFnId == 0:
253        if len(bits) == 9:
254          self.fnDict['additional'] = bits[-3]
255          self.fnDict['gdsv'] = bits[-2]
256        elif len(bits) == 8:
257          if bits[-2][0] == 'v':
258            self.fnDict['gdsv'] = bits[-2]
259          else:
260            self.fnDict['additional'] = bits[-2]
261      elif self.esaFnId == 1:
262        if len(bits) == 8:
263          self.fnDict['additional'] = bits[-3]
264       
265    if self.pcfg.groupIndex != None:
266      self.group = self.fnParts[self.pcfg.groupIndex]
267    else:
268      self.group = None
269
270    if self.pcfg.freqIndex != None:
271      self.freq = self.fnParts[self.pcfg.freqIndex]
272    elif self.group in ['fx','fixed']:
273      self.freq = 'fx'
274    else:
275      self.freq = None
276
277    ##if self.cls == 'CORDEX':
278      ##self.freq = self.fnParts[7]
279    ##elif self.cls == 'SPECS':
280      ##self.freq = self.fnParts[1]
281
282    self.var = self.fnParts[self.pcfg.varIndex]
283
284    if self.pcfg.fnvdict != None:
285      if self.pcfg.fnvdict.has_key( self.var ):
286        self.var = self.pcfg.fnvdict.get( self.var )['v']
287
288    self.isFixed = self.freq in ['fx','fixed']
289    self.parent.fileIsFixed = True
290    if self.isFixed:
291      self.test( len(self.fnParts) in self.pcfg.fnPartsOkFixedLen, 'Number of file name elements not acceptable for fixed data' )
292
293    self.checkId = ('002','parse_filename_timerange')
294    if not self.isFixed:
295
296## test time segment
297      if self.pcfg.trangeType == 'CMIP':
298        bits = string.split( self.fnParts[-1], '-' )
299        self.test( len(bits) == 2, 'File time segment [%s] will not parse into 2 elements' % (self.fnParts[-1] ), abort=True, part=True )
300
301        self.test(  len(bits[0]) == len(bits[1]), 'Start and end time specified in file name [%s] of unequal length' % (self.fnParts[-1] ), abort=True, part=True  )
302
303        for b in bits:
304          self.test( self.isInt(b), 'Time segment in filename [%s] contains non integer characters' % (self.fnParts[-1] ),  abort=True, part=True  )
305        self.log_pass()
306        self.fnTimeParts = bits[:]
307      elif self.pcfg.trangeType == 'ESA-CCI':
308        self.pcfg.checkTrangeLen = False
309        tt = self.fnParts[self.pcfg.trangeIndex] 
310        if self.test( len(tt) in [4,6,8,10,12,14] and self.re_c1.match(tt) != None, 'Length of indicative date/time not consistent with YYYY[MM[DD[HH[MM[SS]]]]] specification: %s' % self.fnParts[-1], part=True  ):
311          ll = [tt[:4],]
312          tt = tt[4:]
313          for j in range(5):
314            if len(tt) > 0:
315              ll.append( tt[:2] )
316              tt = tt[2:]
317            else:
318              ll.append( '00' )
319          indDateTime = map( int, ll )
320          self.test( indDateTime[1] in range(1,13), 'Invalid Month in indicative date time %s' % str(ll), part=True )
321          self.test( indDateTime[2] in range(1,32), 'Invalid Day in indicative date time %s' % str(ll), part=True )
322          self.test( indDateTime[3] in range(25), 'Invalid hour in indicative date time %s' % str(ll), part=True )
323          self.test( indDateTime[4] in range(60), 'Invalid minute in indicative date time %s' % str(ll), part=True )
324          self.test( indDateTime[5] in range(60), 'Invalid second in indicative date time %s' % str(ll), part=True )
325
326    self.checkId = '003'
327
328    self.checkId, ok = (('004','filename_timerange_length'),True)
329    if (not self.isFixed) and self.pcfg.checkTrangeLen:
330      ltr = { 'mon':6, 'sem':6, 'day':8, '3hr':[10,12], '6hr':10 }
331      ok &=self.test( self.freq in ltr.keys(), 'Frequency [%s] not recognised' % self.freq, part=True )
332      if ok:
333        if type( ltr[self.freq] ) == type(0):
334          msg = 'Length of time range parts [%s,%s] not equal to required length [%s] for frequency %s' % (self.fnTimeParts[0],self.fnTimeParts[1],ltr[self.freq],self.freq)
335          ok &= self.test( len(self.fnTimeParts[0]) == ltr[self.freq], msg, part=True )
336        elif type( ltr[self.freq] ) in [type([]),type( () )]:
337          msg = 'Length of time range parts [%s,%s] not in acceptable list [%s] for frequency %s' % (self.fnTimeParts[0],self.fnTimeParts[1],str(ltr[self.freq]),self.freq)
338          ok &= self.test( len(self.fnTimeParts[0]) in ltr[self.freq], msg, part=True )
339
340      if ok:
341        self.log_pass()
342
343  def do_check_fnextra(self):
344    self.checkId = ('004','file_name_extra' )
345    vocabs = self.pcfg.vocabs
346    m = []
347    for a in self.pcfg.controlledFnParts:
348      if self.fnDict.has_key(a):
349        try:
350          if not vocabs[a].check( str(self.fnDict[a]) ):
351            m.append( (a,self.fnDict[a],vocabs[a].note) )
352        except:
353          print 'failed trying to check file name component %s' % a
354          raise
355          ##raise baseException1( 'failed trying to check file name component %s' % a )
356
357    self.test( len(m)  == 0, 'File name components do not match constraints: %s' % str(m) )
358
359
360class checkGlobalAttributes(checkBase):
361
362  def init(self):
363    self.id = 'C4.002'
364    self.checkId = 'unset'
365    self.step = 'Initialised'
366    self.checks = (self.do_check_ga,)
367    self.fileId = None
368
369  def check(self,globalAts, varAts,varName,varGroup, vocabs, fnParts):
370    self.errorCount = 0
371    assert type(varName) in [type('x'),type(u'x')], '1st argument to "check" method of checkGrids shound be a string variable name (not %s)' % type(varName)
372    self.var = varName
373    self.globalAts = globalAts
374    self.varAts = varAts
375    self.varGroup = varGroup
376    self.vocabs = vocabs
377    self.fnParts = fnParts
378    self.runChecks()
379
380  def getId(self):
381    if self.fileId == None:
382      self.fileId = '%s.%s' % (self.globalAts['naming_authority'],self.globalAts['id'])
383
384  def getDrs( self ):
385    assert self.completed, 'method getDrs should not be called if checks have not been completed successfully'
386    ee = {}
387    drsDefaults = { 'convention_version':'n/a'}
388    if not self.globalAts.has_key('product'):
389        self.globalAts['product'] = 'output'
390    for k in self.drsMappings:
391      if self.drsMappings[k] == '@var':
392        ee[k] = self.var
393      elif self.drsMappings[k] == '@ensemble':
394        ee[k] = "r%si%sp%s" % (self.globalAts["realization"],self.globalAts["initialization_method"],self.globalAts["physics_version"])
395      elif self.drsMappings[k] == '@forecast_reference_time':
396        x = self.globalAts.get("forecast_reference_time",'yyyy-mm-dd Thh:mm:ssZ' )
397        ee[k] = "%s%s%s" % (x[:4],x[5:7],x[8:10])
398      elif self.drsMappings[k] == '@mip_id':
399        ee[k] = string.split( self.globalAts["table_id"] )[1]
400      elif self.drsMappings[k] == '@ecv':
401        ee[k] = self.pcfg.ecvMappings[ self.parent.fnDict['project'] ]
402      elif self.drsMappings[k][0] == '$':
403        self.pcfg.getExtraAtts()
404        print self.pcfg.extraAtts
405        self.getId()
406        if string.find(self.drsMappings[k],':') != -1:
407          k2,dflt = string.split( self.drsMappings[k][1:],':')
408          ee[k] = self.pcfg.extraAtts[self.fileId].get( k2, dflt )
409        else:
410          ee[k] = self.pcfg.extraAtts[self.fileId][self.drsMappings[k][1:]]
411      elif self.drsMappings[k][0] == '*':
412        thisk = self.drsMappings[k][1:]
413        ee[k] = self.varAts[self.var][thisk]
414      elif self.drsMappings[k][0] == '#':
415        thisk = self.drsMappings[k][1:]
416        if drsDefaults.has_key( thisk ):
417          ee[k] = self.parent.fnDict.get(thisk, drsDefaults[thisk] )
418        else:
419          ee[k] = self.parent.fnDict[thisk]
420      else:
421        ee[k] = self.globalAts[ self.drsMappings[k] ]
422
423    for k in ['creation_date','tracking_id']:
424      if k in self.globalAts.keys():
425        ee[k] = self.globalAts[k]
426
427    return ee
428
429  def do_check_ga(self):
430    varName = self.var
431    globalAts = self.globalAts
432    varAts = self.varAts
433    varGroup = self.varGroup
434    vocabs = self.vocabs
435    fnParts = self.fnParts
436
437    self.completed = False
438    self.checkId = ('001','global_ncattribute_present')
439    m = []
440    for k in self.requiredGlobalAttributes:
441      if not globalAts.has_key(k):
442         m.append(k)
443         self.globalAts[k] = '__errorReported__'
444
445    if not self.test( len(m)  == 0, 'Required global attributes missing: %s' % str(m) ):
446      gaerr = True
447      for k in m:
448        self.parent.amapListDraft.append( '#@;%s=%s|%s=%s' % (k,'__absent__',k,'<insert attribute value and uncomment>') )
449
450    self.checkId = ('002','variable_in_group')
451
452    self.test( varAts.has_key( varName ), 'Expected variable [%s] not present' % varName, abort=True, part=True )
453    msg = 'Variable %s not in table %s' % (varName,varGroup)
454    self.test( vocabs['variable'].isInTable( varName, varGroup ), msg, abort=True, part=True )
455
456    if self.pcfg.checkVarType:
457      self.checkId = ('003','variable_type')
458
459      mipType = vocabs['variable'].getAttr( varName, varGroup, 'type' )
460      thisType = {'real':'float32', 'integer':'int32', 'float':'float32', 'double':'float64' }.get( mipType, mipType )
461      self.test( mipType == None or varAts[varName]['_type'] == thisType, 'Variable [%s/%s] not of type %s [%s]' % (varName,varGroup,str(thisType),varAts[varName]['_type']) )
462    else:
463      mipType = None
464
465    self.checkId = ('004','variable_ncattribute_present')
466    m = []
467    reqAts = self.requiredVarAttributes[:]
468    if (not self.parent.fileIsFixed) and self.pcfg.projectV.id in ['CORDEX']:
469      reqAts.append( 'cell_methods' )
470    for k in reqAts + vocabs['variable'].lists(varName, 'addRequiredAttributes'):
471      if not varAts[varName].has_key(k):
472         m.append(k)
473    if not self.test( len(m)  == 0, 'Required variable attributes missing: %s' % str(m) ):
474      vaerr = True
475      for k in m:
476        self.parent.amapListDraft.append( '#@var=%s;%s=%s|%s=%s' % (varName,k,'__absent__',k,'<insert attribute value and uncomment>') )
477        ## print self.parent.amapListDraft[-1]
478    ##vaerr = not self.test( len(m)  == 0, 'Required variable attributes missing: %s' % str(m) )
479
480    ##if vaerr or gaerr:
481      ##self.log_abort()
482
483## need to insert a check that variable is present
484    self.checkId = ('005','variable_ncattribute_mipvalues')
485    ok = True
486    hm = varAts[varName].get( 'missing_value', None ) != None
487    hf = varAts[varName].has_key( '_FillValue' )
488    if hm or hf:
489      if self.pcfg.varTables=='CMIP':
490        ok &= self.test( hm, 'missing_value must be present if _FillValue is [%s]' % varName )
491        ok &= self.test( hf, '_FillValue must be present if missing_value is [%s]' % varName )
492      else:
493        ok = True
494      if mipType == 'real':
495        if varAts[varName].has_key( 'missing_value' ):
496           msg = 'Variable [%s] has incorrect attribute missing_value=%s [correct: %s]' % (varName,varAts[varName]['missing_value'],self.missingValue)
497           ## print varAts[varName]['missing_value'], type(varAts[varName]['missing_value'])
498           ## print self.missingValue, type(self.missingValue)
499### need to use ctypes here when using ncq3 to read files -- appears OK for other libraries.
500           ok &= self.test( ctypes.c_float(varAts[varName]['missing_value']).value == ctypes.c_float(self.missingValue).value, msg, part=True )
501        if varAts[varName].has_key( '_FillValue' ):
502           msg = 'Variable [%s] has incorrect attribute _FillValue=%s [correct: %s]' % (varName,varAts[varName]['_FillValue'],self.missingValue)
503           ok &= self.test( varAts[varName]['_FillValue'] == self.missingValue, msg, part=True )
504
505    mm = []
506   
507    if self.pcfg.varTables=='CMIP':
508      contAts = ['long_name', 'standard_name', 'units']
509      if not self.parent.fileIsFixed:
510      ##if varGroup not in ['fx','fixed']:
511        contAts.append( 'cell_methods' )
512    else:
513      contAts = ['standard_name']
514    hcm = varAts[varName].has_key( "cell_methods" )
515    for k in contAts + vocabs['variable'].lists(varName,'addControlledAttributes'):
516      targ = varAts[varName].get( k, 'Attribute not present' )
517      val = vocabs['variable'].getAttr( varName, varGroup, k )
518
519      if k == "cell_methods":
520        if val != None:
521          parenthesies1 = []
522          targ0 = targ[:]
523          while string.find( targ, '(' ) != -1:
524            i0 = targ.index( '(' )
525            i1 = targ.index( ')' )
526            parenthesies1.append( targ[i0:i1+1] )
527            targ = targ[:i0-1] + targ[i1+1:]
528          parenthesies2 = []
529          val0 = val[:]
530          while string.find( val, '(' ) != -1:
531            i0 = val.index( '(' )
532            i1 = val.index( ')' )
533            parenthesies2.append( val[i0:i1+1] )
534            val = val[:i0-1] + val[i1+1:]
535          for p in parenthesies2:
536            if p not in parenthesies1:
537              mm.append( (k,parenthesies1,p) )
538          if string.find( targ, val):
539             mm.append( (k,targ,val) )
540      elif targ != 'Attribute not present' and targ != val:
541        mm.append( (k,targ,val) )
542
543    ok &= self.test( len(mm)  == 0, 'Variable [%s] has incorrect attributes: %s' % (varName, strmm3(mm)), part=True )
544    if len( mm  ) != 0:
545      if self.parent.amapListDraft == None:
546        self.parent.amapListDraft = []
547      for m in mm:
548          self.parent.amapListDraft.append( '@var=%s;%s=%s|%s=%s' % (varName,m[0],m[1],m[0],m[2]) )
549
550    if ok:
551       self.log_pass()
552
553    if (not self.parent.fileIsFixed) and hcm:
554    ## if (varGroup not in ['fx','fixed']) and hcm:
555      self.isInstantaneous = string.find( varAts[varName]['cell_methods'], 'time: point' ) != -1
556    else:
557      self.isInstantaneous = True
558
559    self.checkId = ('006','global_ncattribute_cv' )
560    m = []
561    for a in self.controlledGlobalAttributes:
562      if globalAts.has_key(a):
563        try:
564          if not vocabs[a].check( str(globalAts[a]) ):
565            m.append( (a,globalAts[a],vocabs[a].note) )
566        except:
567          print 'failed trying to check global attribute %s' % a
568          raise baseException( 'failed trying to check global attribute %s' % a )
569
570    if not self.test( len(m)  == 0, 'Global attributes do not match constraints: %s' % str(m) ):
571      for t in m:
572        self.parent.amapListDraft.append( '#@;%s=%s|%s=%s' % (t[0],str(t[1]),t[0],'<insert attribute value and uncomment>' + str(t[2]) ) )
573
574    self.checkId = ('007','filename_filemetadata_consistency')
575    m = []
576    for i in range(len(self.globalAttributesInFn)):
577       if self.globalAttributesInFn[i] != None and self.globalAttributesInFn[i][0] != '*':
578         targVal = fnParts[i]
579         if self.globalAttributesInFn[i][0] == "@":
580           if self.globalAttributesInFn[i][1:] == "mip_id":
581               bits = string.split( globalAts[ "table_id" ] ) 
582               if len( bits ) > 2 and bits[0] == "Table":
583                 thisVal = bits[1]
584               else:
585                 thisVal = globalAts[ "table_id" ]
586                 self.test( False, 'Global attribute table_id does not conform to CMOR pattern ["Table ......"]: %s' % thisVal, part=True)
587           elif self.globalAttributesInFn[i][1:] == "ensemble":
588               thisVal = "r%si%sp%s" % (globalAts["realization"],globalAts["initialization_method"],globalAts["physics_version"])
589## following mappings are depricated -- introduced for SPECS and withdrawn ---
590           elif self.globalAttributesInFn[i][1:] == "experiment_family":
591               thisVal = globalAts["experiment_id"][:-4]
592           elif self.globalAttributesInFn[i][1:] == "forecast_reference_time":
593               x = self.globalAts.get("forecast_reference_time",'yyyy-mm-dd Thh:mm:ssZ' )
594               thisVal = "S%s%s%s" % (x[:4],x[5:7],x[8:10])
595           elif self.globalAttributesInFn[i][1:] == "series":
596               thisVal = 'series%s' % globalAts["series"]
597           else:
598               assert False, "Not coded to deal with this configuration: globalAttributesInFn[%s]=%s" % (i,self.globalAttributesInFn[i])
599         
600         else:
601             thisVal = globalAts[self.globalAttributesInFn[i]]
602
603         if thisVal not in [targVal,'__errorReported__']:
604             m.append( (i,self.globalAttributesInFn[i]) )
605
606    self.test( len(m)  == 0,'File name segments do not match corresponding global attributes: %s' % str(m) )
607
608    self.completed = True
609       
610class checkStandardDims(checkBase):
611
612  def init(self):
613    self.id = 'C4.003'
614    self.checkId = 'unset'
615    self.step = 'Initialised'
616    self.checks = (self.do_check,)
617    self.plevRequired = self.pcfg.plevRequired
618    self.plevValues = self.pcfg.plevValues
619    self.heightRequired = self.pcfg.heightRequired
620    self.heightValues = self.pcfg.heightValues
621    self.heightRange = self.pcfg.heightRange
622
623  def check(self,varName,varGroup, da, va, isInsta,vocabs):
624    self.errorCount = 0
625    assert type(varName) in [type('x'),type(u'x')], '1st argument to "check" method of checkGrids shound be a string variable name (not %s)' % type(varName)
626    self.var = varName
627    self.varGroup = varGroup
628    self.da = da
629    self.va = va
630    self.isInsta = isInsta
631    self.vocabs = vocabs
632    self.runChecks()
633
634  def do_check(self):
635    varName = self.var
636    varGroup = self.varGroup
637    da = self.da
638    va = self.va
639    isInsta = self.isInsta
640
641    self.errorCount = 0
642    self.completed = False
643    self.checkId = ('001','time_attributes')
644    self.calendar = 'None'
645    if not self.parent.fileIsFixed:
646    ## if varGroup not in ['fx','fixed']:
647      ok = True
648      self.test( 'time' in da.keys(), 'Time dimension not found' , abort=True, part=True )
649      if self.pcfg.varTables=='CMIP':
650        if not isInsta:
651          ok &= self.test(  da['time'].get( 'bounds', 'xxx' ) == 'time_bnds', 'Required bounds attribute not present or not correct value', part=True )
652
653## is time zone designator needed?
654        tunits = da['time'].get( 'units', 'xxx' )
655        if self.project  == 'CORDEX':
656          ok &= self.test( tunits in ["days since 1949-12-01 00:00:00Z", "days since 1949-12-01 00:00:00", "days since 1949-12-01"],
657               'Time units [%s] attribute not set correctly to "days since 1949-12-01 00:00:00Z"' % tunits, part=True )
658        else:
659          ok &= self.test( tunits[:10] == "days since", 'time units [%s] attribute not set correctly to "days since ....."' % tunits, part=True )
660
661        ok &= self.test(  da['time'].has_key( 'calendar' ), 'Time: required attribute calendar missing', part=True )
662
663        ok &= self.test( da['time']['_type'] in ["float64","double"], 'Time: data type not float64 [%s]' % da['time']['_type'], part=True )
664       
665        if ok:
666          self.log_pass()
667        self.calendar = da['time'].get( 'calendar', 'None' )
668
669    self.checkId = ('002','pressure_levels')
670    if varName in self.plevRequired:
671      ok = True
672      self.test( 'plev' in va.keys(), 'plev coordinate not found %s' % str(va.keys()), abort=True, part=True )
673
674      ok &= self.test( int( va['plev']['_data'][0] ) == self.plevValues[varName],  \
675                  'plev value [%s] does not match required [%s]' % (va['plev']['_data'],self.plevValues[varName] ), part=True )
676     
677      plevAtDict = {'standard_name':"air_pressure", \
678                    'long_name':"pressure", \
679                    'units':"Pa", \
680                    'positive':"down", \
681                    'axis':"Z" }
682
683      if varName in ['clh','clm','cll']:
684        plevAtDict['bounds']= "plev_bnds"
685
686      for k in plevAtDict.keys():
687        ok &= self.test( va['plev'].get( k, None ) == plevAtDict[k], 
688                     'plev attribute %s absent or wrong value (should be %s)' % (k,plevAtDict[k]), part=True )
689
690      if varName in ['clh','clm','cll']:
691         self.test( "plev_bnds" in va.keys(), 'plev_bnds variable not found %s' % str(va.keys()), abort=True, part=True )
692         mm = []
693         for k in plevAtDict.keys():
694            if k != 'bounds' and k in va['plev_bnds'].keys():
695               if va['plev_bnds'][k] != va['plev'][k]:
696                 mm.append(k)
697         ok &= self.test( len(mm) == 0, 'Attributes of plev_bnds do not match those of plev: %s' % str(mm), part=True )
698
699         bndsVals = {'clh':[44000, 0], 'clm':[68000, 44000], 'cll':[100000, 68000] }
700         res = self.test( len( va['plev_bnds']['_data'] ) == 2, 'plev_bnds array is of wrong length', part=True )
701         ok &= res
702         if res:
703            kk = 0
704            for i in [0,1]:
705               if int(va['plev_bnds']['_data'][i]) != bndsVals[varName][i]:
706                  kk+=1
707            ok &= self.test( kk == 0, 'plev_bnds values not correct: should be %s' % str(bndsVals[varName]), part=True )
708
709      if ok:
710        self.log_pass()
711
712    self.checkId = ('003','height_levels')
713    hreq = varName in self.heightRequired
714    if self.parent.experimental:
715      print 'utils_c4: ', varName, self.vocabs['variable'].varcons[varGroup][varName].get( '_dimension',[])
716      hreq = "height2m" in self.vocabs['variable'].varcons[varGroup][varName].get( '_dimension',[])
717      if hreq:
718        print 'testing height, var=%s' % varName
719    if hreq:
720      heightAtDict = {'long_name':"height", 'standard_name':"height", 'units':"m", 'positive':"up", 'axis':"Z" }
721      ok = True
722      ok &= self.test( 'height' in va.keys(), 'height coordinate not found %s' % str(va.keys()), abort=True, part=True )
723      ##ok &= self.test( abs( va['height']['_data'] - self.heightValues[varName]) < 0.001, \
724                ##'height value [%s] does not match required [%s]' % (va['height']['_data'],self.heightValues[varName] ), part=True )
725
726      ok1 = self.test( len( va['height']['_data'] ) == 1, 'More height values (%s) than expected (1)' % (len( va['height']['_data'])), part=True )
727      if ok1:
728        r = self.heightRange[varName]
729        ok1 &= self.test( r[0] <= va['height']['_data'][0] <= r[1], \
730                'height value [%s] not in specified range [%s]' % (va['height']['_data'], (self.heightRange[varName] ) ), part=True )
731
732      ok &= ok1
733     
734      for k in heightAtDict.keys():
735        val =  va['height'].get( k, "none" )
736        if not self.test( val == heightAtDict[k], \
737                         'height attribute %s absent or wrong value (should be %s)' % (k,heightAtDict[k]), part=True ):
738          self.parent.amapListDraft.append( '@var=%s;%s=%s|%s=%s' % ('height',k,val,k,heightAtDict[k]) )
739          ok = False
740
741      if ok:
742        self.log_pass()
743
744    self.completed = True
745
746class checkGrids(checkBase):
747
748  def init(self):
749    self.id = 'C4.004'
750    self.checkId = 'unset'
751    self.step = 'Initialised'
752    self.checks = (self.do_check_rp,self.do_check_intd)
753
754  def check(self,varName, domain, da, va):
755    self.errorCount = 0
756    assert type(varName) in [type('x'),type(u'x')], '1st argument to "check" method of checkGrids shound be a string variable name (not %s)' % type(varName)
757    self.var = varName
758    self.domain = domain
759    self.da = da
760    self.va = va
761
762    self.runChecks()
763    ##for c in self.checks:
764      ##c()
765    ##self.do_check_rp()
766    ##self.do_check_intd()
767
768  def do_check_rp(self):
769    varName = self.var
770    domain = self.domain
771    da = self.da
772    va = self.va
773    if va[varName].get( 'grid_mapping', None ) == "rotated_pole":
774      self.checkId = ('001','grid_mapping')
775      atDict = { 'grid_mapping_name':'rotated_latitude_longitude' }
776      atDict['grid_north_pole_latitude'] = self.pcfg.rotatedPoleGrids[domain]['grid_np_lat']
777      if self.pcfg.rotatedPoleGrids[domain]['grid_np_lon'] != 'N/A':
778        atDict['grid_north_pole_longitude'] = self.pcfg.rotatedPoleGrids[domain]['grid_np_lon']
779
780      self.checkId = ('002','rotated_latlon_attributes')
781      self.test( 'rlat' in da.keys() and 'rlon' in da.keys(), 'rlat and rlon not found (required for grid_mapping = rotated_pole )', abort=True, part=True )
782
783      atDict = {'rlat':{'long_name':"rotated latitude", 'standard_name':"grid_latitude", 'units':"degrees", 'axis':"Y", '_type':'float64'},
784                'rlon':{'long_name':"rotated longitude", 'standard_name':"grid_longitude", 'units':"degrees", 'axis':"X", '_type':'float64'} }
785      mm = []
786      for k in ['rlat','rlon']:
787        for k2 in atDict[k].keys():
788          if atDict[k][k2] != da[k].get(k2, None ):
789            mm.append( (k,k2) )
790            record = '#@ax=%s;%s=%s|%s=%s <uncomment if correct>' % (k,k2,da[k].get(k2, '__missing__'),k2,atDict[k][k2]   )
791            self.parent.amapListDraft.append( record )
792      self.test( len(mm) == 0, 'Required attributes of grid coordinate arrays not correct: %s' % str(mm) )
793
794      self.checkId = ('003','rotated_latlon_domain')
795      ok = True
796      for k in ['rlat','rlon']:
797        res = len(da[k]['_data']) == self.pcfg.rotatedPoleGrids[domain][ {'rlat':'nlat','rlon':'nlon' }[k] ]
798        if not res:
799          self.test( res, 'Size of %s dimension does not match specification (%s,%s)' % (k,a,b), part=True  )
800          ok = False
801
802      a = ( da['rlat']['_data'][0], da['rlat']['_data'][-1], da['rlon']['_data'][0], da['rlon']['_data'][-1] )
803      b = map( lambda x: self.pcfg.rotatedPoleGrids[domain][x], ['s','n','w','e'] )
804      mm = []
805      for i in range(4):
806        if abs(a[i] - b[i]) > self.pcfg.gridSpecTol:
807          mm.append( (a[i],b[i]) )
808
809      ok &= self.test( len(mm) == 0, 'Domain boundaries for rotated pole grid do not match %s within tolerance (%s)' % (str(mm),self.pcfg.gridSpecTol), part=True )
810
811      for k in ['rlat','rlon']:
812        ok &= self.test( cs.check( da[k]['_data'] ), '%s values not evenly spaced -- min/max delta = %s, %s' % (k,cs.dmn,cs.dmx), part=True )
813
814      if ok:
815        self.log_pass()
816
817  def do_check_intd(self):
818    varName = self.var
819    domain = self.domain
820    da = self.da
821    va = self.va
822    if domain[-1] == 'i':
823      self.checkId = ('004','regular_grid_attributes')
824      self.test( 'lat' in da.keys() and 'lon' in da.keys(), 'lat and lon not found (required for interpolated data)', abort=True, part=True )
825
826      atDict = {'lat':{'long_name':"latitude", 'standard_name':"latitude", 'units':"degrees_north", '_type':'float64'},
827                'lon':{'long_name':"longitude", 'standard_name':"longitude", 'units':"degrees_east", '_type':'float64'} }
828      mm = []
829      for k in ['lat','lon']:
830        for k2 in atDict[k].keys():
831          if atDict[k][k2] != da[k].get(k2, None ):
832            mm.append( (k,k2) )
833            record = '#@ax=%s;%s=%s|%s=%s <uncomment if correct>' % (k,k2,da[k].get(k2, '__missing__'),k2,atDict[k][k2]   )
834            self.parent.amapListDraft.append( record )
835
836      self.test( len(mm) == 0,  'Required attributes of grid coordinate arrays not correct: %s' % str(mm), part=True )
837
838      ok = True
839      self.checkId = ('005','regular_grid_domain')
840      for k in ['lat','lon']:
841        res = len(da[k]['_data']) >= self.pcfg.interpolatedGrids[domain][ {'lat':'nlat','lon':'nlon' }[k] ]
842        if not res:
843          a,b =  len(da[k]['_data']), self.pcfg.interpolatedGrids[domain][ {'lat':'nlat','lon':'nlon' }[k] ]
844          self.test( res, 'Size of %s dimension does not match specification (%s,%s)' % (k,a,b), part=True )
845          ok = False
846
847      a = ( da['lat']['_data'][0], da['lat']['_data'][-1], da['lon']['_data'][0], da['lon']['_data'][-1] )
848      b = map( lambda x: self.pcfg.interpolatedGrids[domain][x], ['s','n','w','e'] )
849      rs = self.pcfg.interpolatedGrids[domain]['res']
850      c = [-rs,rs,-rs,rs]
851      mm = []
852      for i in range(4):
853        if a[i] != b[i]:
854          x = (a[i]-b[i])/c[i]
855          if x < 0 or abs( x - int(x) ) > 0.001:
856             skipThis = False
857             if self.project  == 'CORDEX':
858               if domain[:3] == 'ANT':
859                 if i == 2 and abs( a[i] - 0.25 ) < 0.001:
860                    skipThis = True
861                 elif i == 3 and abs( a[i] - 359.75 ) < 0.001:
862                    skipThis = True
863             if not skipThis:
864               mm.append( (a[i],b[i]) )
865
866      ok &= self.test( len(mm) == 0, 'Interpolated grid boundary error: File %s; Req. %s' % (str(a),str(b)), part=True )
867
868      for k in ['lat','lon']:
869        ok &= self.test( cs.check( da[k]['_data'] ), '%s values not evenly spaced -- min/max delta = %s, %s' % (k,cs.dmn,cs.dmx), part=True )
870      if ok:
871        self.log_pass()
872
873class mipVocab(object):
874
875  def __init__(self,pcfg,dummy=False):
876     self.pcfg = pcfg
877     if dummy:
878       self.dummyMipTable()
879     elif pcfg.varTables=='CMIP':
880       self.ingestMipTables()
881     elif pcfg.varTables=='FLAT':
882       self.flatTable()
883   
884  def ingestMipTables(self):
885     dir, tl, vgmap, fnpat = self.pcfg.mipVocabPars
886     ms = mipTableScan()
887     self.varInfo = {}
888     self.varcons = {}
889     for f in tl:
890        vg = vgmap.get( f, f )
891        self.varcons[vg] = {}
892        fn = fnpat % f
893        ll = open( '%s%s' % (dir,fn) ).readlines()
894        ee = ms.scan_table(ll,None,asDict=True)
895        for v in ee.keys():
896## set global default: type float
897          eeee = { 'type':self.pcfg.defaults.get( 'variableDataType', 'float' ) }
898          eeee['_dimension'] = ee[v][0]
899          ar = []
900          ac = []
901          for a in ee[v][1].keys():
902            eeee[a] = ee[v][1][a]
903          ##if 'positive' in eeee.keys():
904            ##ar.append( 'positive' )
905            ##ac.append( 'positive' )
906          self.varInfo[v] = {'ar':ar, 'ac':ac }
907          self.varcons[vg][v] = eeee
908           
909  def dummyMipTable(self):
910     self.varInfo = {}
911     self.varcons = {}
912     ee = { 'standard_name':'sn%s', 'long_name':'n%s', 'units':'1' }
913     dir, tl, vgmap, fnpat = self.pcfg.mipVocabPars
914     for f in tl:
915        vg = vgmap.get( f, f )
916        self.varcons[vg] = {}
917        for i in range(12):
918          v = 'v%s' % i
919          eeee = {}
920          eeee['standard_name'] = ee['standard_name'] % i
921          eeee['long_name'] = ee['long_name'] % i
922          eeee['cell_methods'] = 'time: point'
923          eeee['units'] = ee['units']
924          eeee['type'] = 'float'
925          ar = []
926          ac = []
927          self.varInfo[v] = {'ar':ar, 'ac':ac }
928          self.varcons[vg][v] = eeee
929
930  def flatTable(self):
931     self.varInfo = {}
932     self.varcons = {}
933     dir, tl, vg, fn = self.pcfg.mipVocabPars
934     ee = { 'standard_name':'sn%s', 'long_name':'n%s', 'units':'1' }
935     ll = open( '%s%s' % (dir,fn) ).readlines()
936     self.varcons[vg] = {}
937     for l in ll:
938       if l[0] != '#':
939          dt, v, sn = string.split( string.strip(l) )
940          self.pcfg.fnvdict[dt] = { 'v':v, 'sn':sn }
941          ar = []
942          ac = []
943          self.varInfo[v] = {'ar':ar, 'ac':ac }
944          self.varcons[vg][v] = {'standard_name':sn, 'type':'float' }
945
946  def lists( self, k, k2 ):
947     if k2 == 'addRequiredAttributes':
948       return self.varInfo[k]['ar']
949     elif k2 == 'addControlledAttributes':
950       return self.varInfo[k]['ac']
951     else:
952       raise baseException( 'mipVocab.lists called with bad list specifier %s' % k2 )
953
954  def isInTable( self, v, vg ):
955    assert vg in self.varcons.keys(), '%s not found in  self.varcons.keys() [%s]' % (vg,str(self.varcons.keys()) )
956    return (v in self.varcons[vg].keys())
957     
958  def getAttr( self, v, vg, a ):
959    assert vg in self.varcons.keys(), '%s not found in  self.varcons.keys()'
960    assert v in self.varcons[vg].keys(), '%s not found in self.varcons[%s].keys()' % (v,vg)
961     
962    return self.varcons[vg][v][a]
963     
964class patternControl(object):
965
966  def __init__(self,tag,pattern,list=None,cls=None,examples=None,badExamples=None,runTest=True):
967    if cls != None:
968      assert cls in ['ISO'], 'value of cls [%s] not recognised' % cls
969      if cls == 'ISO':
970        assert pattern in ['ISO8601 duration'], 'value of pattern [%s] for ISO constraint not recognised' % pattern
971        if pattern == 'ISO8601 duration':
972          thispat = '^(P([0-9]+Y){0,1}([0-9]+M){0,1}([0-9]+D){0,1}(T([0-9]+H){0,1}([0-9]+M){0,1}([0-9]+(.[0-9]+){0,1}S){0,1}){0,1})$'
973        self.re_pat = re.compile( thispat )
974        self.pattern = thispat
975        self.pattern_src = pattern
976    else:
977      try:
978        self.re_pat = re.compile( pattern )
979      except:
980        print "Failed to compile pattern >>%s<< (%s)" % (pattern, tag)
981      self.pattern = pattern
982   
983    self.examples = examples
984    self.badExamples = badExamples
985    self.list = list
986    self.cls = cls
987
988    if runTest:
989      if examples != None:
990        for e in examples:
991          assert self.check(e), 'Internal check failed: example %s does not fit pattern %s' % (e,self.pattern)
992
993  def check(self,val):
994    self.note = '-'
995    m = self.re_pat.match( val )
996    if self.list == None:
997      self.note = "simple test"
998      return m != None
999    else:
1000      if m == None:
1001        self.note = "no match %s::%s" % (val,self.pattern)
1002        return False
1003      if not m.groupdict().has_key("val"):
1004        self.note = "no 'val' in match"
1005        return False
1006      self.note = "val=%s" % m.groupdict()["val"]
1007      return m.groupdict()["val"] in self.list
1008   
1009class listControl(object):
1010  def __init__(self,tag,list,split=False,splitVal=None,enumeration=False):
1011    self.list = list
1012    self.tag = tag
1013    self.split = split
1014    self.splitVal = splitVal
1015    self.enumeration = enumeration
1016    self.etest = re.compile( '(.*)<([0-9]+(,[0-9]+)*)>' )
1017    self.essplit = re.compile(r'(?:[^\s,<]|<(?:\\.|[^>])*>)+')
1018
1019  def check(self,val):
1020    self.note = '-'
1021    if len(self.list) < 4:
1022      self.note = str( self.list )
1023    else:
1024      self.note = str( self.list[:4] )
1025    if self.split:
1026      if self.splitVal == None:
1027        vs = string.split( val )
1028      elif self.enumeration:
1029        vs = map( string.strip, self.essplit.findall( val ) )
1030      else:
1031        vs = map( string.strip, string.split( val, self.splitVal ) )
1032    else:
1033      vs = [val,]
1034    if self.enumeration:
1035      vs2 = []
1036      for v in vs:
1037        m = self.etest.findall( v )
1038        if m in [None,[]]:
1039          vs2.append( v )
1040        else:
1041          opts = string.split( m[0][1], ',' )
1042          for o in opts:
1043            vs2.append( '%s%s' % (m[0][0],o) )
1044      vs = vs2[:]
1045       
1046    return all( map( lambda x: x in self.list, vs ) )
1047
1048
1049class checkByVar(checkBase):
1050
1051  def init(self,fileNameSeparator='_'):
1052    self.id = 'C5.001'
1053    self.checkId = 'unset'
1054    self.step = 'Initialised'
1055    self.checks = (self.checkTrange,)
1056    self.fnsep = fileNameSeparator
1057
1058  def setLogDict( self,fLogDict ):
1059    self.fLogDict = fLogDict
1060
1061  def impt(self,flist):
1062    ee = {}
1063    elist = []
1064    for f in flist:
1065      fn = string.split(f, '/' )[-1]
1066      fnParts = string.split( fn[:-3], self.fnsep )
1067     
1068      try:
1069        if self.pcfg.freqIndex != None:
1070          freq = fnParts[self.pcfg.freqIndex]
1071        else:
1072          freq = None
1073
1074        ### isFixed = freq  in ['fx','fixed']
1075        group = fnParts[ self.pcfg.groupIndex ]
1076
1077        if self.parent.fileIsFixed:
1078       ## if isFixed:
1079          trange = None
1080        else:
1081          trange = string.split( fnParts[-1], '-' )
1082        var = fnParts[self.pcfg.varIndex]
1083        thisKey = string.join( fnParts[:-1], '.' )
1084        if group not in ee.keys():
1085          ee[group] = {}
1086        if thisKey not in ee[group].keys():
1087          ee[group][thisKey] = []
1088        ee[group][thisKey].append( (f,fn,group,trange) )
1089      except:
1090        print 'Cannot parse file name: %s' % (f) 
1091        elist.append(f)
1092## this ee entry is not used, except in bookkeeping check below.
1093## parsing of file name is repeated later, and a error log entry is created at that stage -- this could be improved.
1094## in order to improve, need to clarify flow of program: the list here is used to provide preliminary info before log files etc are set up.
1095        group = '__error__'
1096        thisKey = fn
1097        if group not in ee.keys():
1098          ee[group] = {}
1099        if thisKey not in ee[group].keys():
1100          ee[group][thisKey] = []
1101        ee[group][thisKey].append( (f,fn,group) )
1102
1103    nn = len(flist)
1104    n2 = 0
1105    for k in ee.keys():
1106      for k2 in ee[k].keys():
1107        n2 += len( ee[k][k2] )
1108
1109    assert nn==n2, 'some file lost!!!!!!'
1110    if len(elist) == 0:
1111      self.info =  '%s files, %s' % (nn,str(ee.keys()) )
1112    else:
1113      self.info =  '%s files, %s frequencies, severe errors in file names: %s' % (nn,len(ee.keys()),len(elist) )
1114      for e in elist:
1115        self.info += '\n%s' % e
1116    self.ee = ee
1117
1118  def check(self, recorder=None,calendar='None',norun=False):
1119    self.errorCount = 0
1120    self.recorder=recorder
1121    self.calendar=calendar
1122    if calendar == '360-day':
1123      self.enddec = 30
1124    else:
1125      self.enddec = 31
1126    mm = { 'enddec':self.enddec }
1127    self.pats = {'mon':('(?P<d>[0-9]{3})101','(?P<e>[0-9]{3})012'), \
1128            'sem':('(?P<d>[0-9]{3})(012|101)','(?P<e>[0-9]{3})(011|010)'), \
1129            'day':('(?P<d>[0-9]{3}[16])0101','(?P<e>[0-9]{3}[50])12%(enddec)s' % mm), \
1130            'subd':('(?P<d>[0-9]{4})0101(?P<h1>[0-9]{2})(?P<mm>[30]0){0,1}$', '(?P<e>[0-9]{4})12%(enddec)s(?P<h2>[0-9]{2})([30]0){0,1}$' % mm ), \
1131            'subd2':('(?P<d>[0-9]{4})0101(?P<h1>[0-9]{2})', '(?P<e>[0-9]{4})010100' ) }
1132
1133    if not norun:
1134      self.runChecks()
1135
1136  def checkTrange(self):
1137    keys = self.ee.keys()
1138    keys.sort()
1139    for k in keys:
1140      if k not in ['fx','fixed']:
1141        keys2 = self.ee[k].keys()
1142        keys2.sort()
1143        for k2 in keys2:
1144          self.checkThisTrange( self.ee[k][k2], k )
1145
1146  def checkThisTrange( self, tt, group):
1147
1148    if group in ['3hr','6hr']:
1149       kg = 'subd'
1150    else:
1151       kg = group
1152    ps = self.pats[kg]
1153    rere = (re.compile( ps[0] ), re.compile( ps[1] ) )
1154
1155    n = len(tt)
1156    self.checkId = ('001','filename_timerange_value')
1157    for j in range(n):
1158      if self.monitor != None:
1159         nofh0 = self.monitor.get_open_fds()
1160      t = tt[j]
1161      fn = t[1]
1162      isFirst = j == 0
1163      isLast = j == n-1
1164      lok = True
1165      for i in [0,1]:
1166        if not (i==0 and isFirst or i==1 and isLast):
1167          x = rere[i].match( t[3][i] )
1168          lok &= self.test( x != None, 'Cannot match time range %s: %s [%s/%s]' % (i,fn,j,n), part=True, appendLogfile=(self.fLogDict.get(fn,None),fn) )
1169        if not lok:
1170          if self.recorder != None:
1171            self.recorder.modify( t[1], 'ERROR: time range' )
1172      if self.monitor != None:
1173         nofh9 = self.monitor.get_open_fds()
1174         if nofh9 > nofh0:
1175           print 'Open file handles: %s --- %s [%s]' % (nofh0, nofh9, j )
1176
1177### http://stackoverflow.com/questions/2023608/check-what-files-are-open-in-python
1178class sysMonitor(object):
1179
1180  def __init__(self):
1181    self.fhCountMax = 0
1182
1183  def get_open_fds(self):
1184    '''
1185    return the number of open file descriptors for current process
1186    .. warning: will only work on UNIX-like os-es.
1187    '''
1188    import subprocess
1189    import os
1190
1191    pid = os.getpid()
1192    self.procs = subprocess.check_output( 
1193        [ "lsof", '-w', '-Ff', "-p", str( pid ) ] )
1194
1195    self.ps = filter( 
1196            lambda s: s and s[ 0 ] == 'f' and s[1: ].isdigit(),
1197            self.procs.split( '\n' ) )
1198    self.fhCountMax = max( self.fhCountMax, len(self.ps) )
1199    return len( self.ps )
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.